ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.020, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.020, 0.032, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.029, 0.049, 0.068, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.049 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.030, 0.049, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.049 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.032, 0.052, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.052 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.025, 0.046, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.021, 0.045, 0.070, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.038, 0.069, 0.100, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.069 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.052, 0.090, 0.127, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.090 std_dev=0.037
C2 B 0, 0.234, 0.488, 0.743, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.488 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.280, 0.534, 0.789, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.534 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.273, 0.532, 0.792, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.532 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.290, 0.556, 0.822, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.556 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.238, 0.505, 0.772, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.505 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.267, 0.565, 0.863, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.565 std_dev=0.298
O6 B 0, 0.318, 0.622, 0.926, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.622 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.355, 0.662, 0.968, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.662 std_dev=0.307
N2 B 0, 0.203, 0.529, 0.855, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.529 std_dev=0.326
N9 B 0, 0.296, 0.673, 1.050, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.673 std_dev=0.377
C8 B 0, 0.369, 0.748, 1.127, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.748 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.295, 0.713, 1.130, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.713 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.364, 1.244, 2.124, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.244 std_dev=0.880
O4' B 0, 0.509, 1.396, 2.283, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.396 std_dev=0.887
O4' A 0, -0.067, 0.979, 2.026, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.979 std_dev=1.047
C2' A 0, -0.088, 0.993, 2.074, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.993 std_dev=1.081
C4' B 0, 0.626, 1.712, 2.798, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.712 std_dev=1.086
C3' B 0, 0.433, 1.656, 2.879, 4.003 max_d=4.003 avg_d=1.656 std_dev=1.223
O2' A 0, -0.065, 1.174, 2.414, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.174 std_dev=1.240
C4' A 0, -0.070, 1.341, 2.752, 3.703 max_d=3.703 avg_d=1.341 std_dev=1.411
O3' B 0, 0.582, 2.006, 3.431, 4.608 max_d=4.608 avg_d=2.006 std_dev=1.425
O2' B 0, 0.147, 1.655, 3.163, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.655 std_dev=1.508
C3' A 0, -0.155, 1.511, 3.178, 4.199 max_d=4.199 avg_d=1.511 std_dev=1.667
C5' B 0, 0.463, 2.722, 4.980, 6.574 max_d=6.574 avg_d=2.722 std_dev=2.259
O3' A 0, -0.190, 2.074, 4.338, 5.757 max_d=5.757 avg_d=2.074 std_dev=2.264
C5' A 0, -0.158, 2.402, 4.962, 6.589 max_d=6.589 avg_d=2.402 std_dev=2.560
O5' B 0, -0.275, 2.633, 5.540, 7.687 max_d=7.687 avg_d=2.633 std_dev=2.908
O5' A 0, -0.439, 2.692, 5.822, 7.717 max_d=7.717 avg_d=2.692 std_dev=3.131
P B 0, -0.832, 3.431, 7.694, 10.672 max_d=10.672 avg_d=3.431 std_dev=4.263
P A 0, -0.571, 3.783, 8.138, 10.660 max_d=10.660 avg_d=3.783 std_dev=4.355
OP2 B 0, -0.987, 3.458, 7.903, 11.025 max_d=11.025 avg_d=3.458 std_dev=4.445
OP2 A 0, -0.709, 3.925, 8.560, 11.451 max_d=11.451 avg_d=3.925 std_dev=4.634
OP1 A 0, -0.379, 4.508, 9.396, 12.300 max_d=12.300 avg_d=4.508 std_dev=4.888
OP1 B 0, -0.990, 4.077, 9.144, 12.489 max_d=12.489 avg_d=4.077 std_dev=5.067

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.15 0.22 0.17
C2 0.04 0.00 0.12 0.61 0.02 0.74 0.02 1.16 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.42 0.56 0.62 1.42 1.60 1.85 1.68
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.08 0.13 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.14 0.10
C3' 0.02 0.61 0.00 0.00 0.25 0.01 0.09 0.03 0.21 0.39 0.44 0.59 0.12 0.28 0.08 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.10 0.07
C4 0.03 0.02 0.06 0.25 0.00 0.30 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.30 0.39 0.40 0.39 0.40
C4' 0.01 0.74 0.01 0.01 0.30 0.00 0.07 0.00 0.24 0.49 0.53 0.73 0.12 0.35 0.07 0.04 0.04 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.09 0.23 0.28 0.37 0.29
C5' 0.04 1.16 0.03 0.03 0.38 0.00 0.10 0.00 0.30 0.85 0.80 1.08 0.13 0.68 0.18 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.24 0.01 0.30 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.22 0.23 0.32 0.35 0.37 0.35
C8 0.02 0.03 0.07 0.39 0.01 0.49 0.02 0.85 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.27 0.30 0.38 1.20 1.28 1.51 1.37
N1 0.03 0.00 0.08 0.44 0.01 0.53 0.01 0.80 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.42 0.45 0.96 1.11 1.27 1.15
N3 0.04 0.00 0.13 0.59 0.01 0.73 0.01 1.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.42 0.51 0.63 1.30 1.36 1.50 1.43
N6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.14 0.13 0.20 0.27 0.35 0.27
N7 0.03 0.02 0.05 0.28 0.01 0.35 0.00 0.68 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.20 0.22 0.25 1.01 1.16 1.42 1.23
N9 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.35 0.36 0.46 0.39
O2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.17 0.04 0.05 0.04 0.13 0.27 0.30 0.42 0.07 0.20 0.04 0.00 0.04 0.07 0.06 0.13 0.10 0.05
O3' 0.01 0.56 0.02 0.01 0.22 0.04 0.09 0.03 0.22 0.30 0.42 0.51 0.14 0.22 0.06 0.04 0.00 0.03 0.11 0.22 0.16 0.14
O4' 0.00 0.62 0.01 0.02 0.30 0.00 0.09 0.02 0.23 0.38 0.45 0.63 0.13 0.25 0.03 0.07 0.03 0.00 0.08 0.11 0.12 0.11
O5' 0.16 1.42 0.10 0.07 0.39 0.02 0.23 0.01 0.32 1.20 0.96 1.30 0.20 1.01 0.35 0.06 0.11 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.15 1.60 0.13 0.14 0.40 0.09 0.28 0.09 0.35 1.28 1.11 1.36 0.27 1.16 0.36 0.13 0.22 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 1.85 0.14 0.10 0.39 0.04 0.37 0.03 0.37 1.51 1.27 1.50 0.35 1.42 0.46 0.10 0.16 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 1.68 0.10 0.07 0.40 0.02 0.29 0.01 0.35 1.37 1.15 1.43 0.27 1.23 0.39 0.05 0.14 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.16 0.90 0.64 0.09 0.58 0.12 1.16 0.15 0.14 0.15 0.24 0.14 0.16 0.11 1.18 0.91 0.93 1.36 0.20 1.70 1.72 1.90
C2 0.35 0.21 0.98 1.45 0.24 0.71 0.14 0.81 0.12 0.27 0.14 0.23 0.27 0.18 0.30 0.68 1.40 0.34 1.10 0.20 1.34 1.35 1.10
C2' 0.98 0.82 0.20 0.38 0.89 1.58 0.71 2.18 0.58 0.77 0.63 0.80 0.98 0.66 0.90 0.33 0.16 1.96 2.39 0.46 2.55 2.59 2.85
C3' 0.42 1.03 0.56 0.40 0.62 0.95 0.46 1.71 0.56 0.25 0.82 1.29 0.94 0.26 0.42 0.96 0.93 1.29 2.09 0.45 2.54 2.75 2.89
C4 0.24 0.18 0.89 1.01 0.18 0.22 0.12 0.31 0.08 0.20 0.09 0.23 0.23 0.17 0.21 0.82 1.11 0.53 0.19 0.16 0.25 0.35 0.46
C4' 0.76 0.20 1.68 1.38 0.36 0.17 0.33 0.75 0.10 0.67 0.15 0.46 0.21 0.52 0.62 2.18 1.91 0.26 1.19 0.11 1.92 2.02 2.11
C5 0.24 0.18 0.72 0.92 0.19 0.18 0.15 0.22 0.08 0.23 0.11 0.23 0.21 0.21 0.22 0.59 1.00 0.42 0.11 0.15 0.14 0.25 0.31
C5' 1.53 0.30 2.47 2.32 0.72 1.12 0.60 0.31 0.17 1.28 0.28 0.74 0.40 0.96 1.21 3.03 3.04 0.72 0.36 0.10 1.26 1.60 1.45
C6 0.28 0.20 0.70 1.07 0.22 0.40 0.17 0.34 0.09 0.28 0.16 0.23 0.22 0.24 0.27 0.45 1.08 0.27 0.63 0.13 0.76 0.80 0.56
C8 0.15 0.12 0.66 0.58 0.13 0.44 0.16 0.95 0.17 0.18 0.11 0.20 0.14 0.20 0.15 0.76 0.78 0.72 1.01 0.25 1.38 1.49 1.56
N1 0.34 0.21 0.81 1.31 0.25 0.68 0.17 0.80 0.12 0.30 0.17 0.22 0.25 0.22 0.31 0.48 1.26 0.31 1.17 0.20 1.45 1.53 1.23
N3 0.31 0.20 1.06 1.31 0.21 0.44 0.11 0.40 0.09 0.22 0.11 0.23 0.26 0.17 0.25 0.90 1.36 0.45 0.43 0.17 0.52 0.49 0.30
N6 0.28 0.19 0.58 0.99 0.21 0.40 0.19 0.37 0.11 0.30 0.17 0.22 0.20 0.27 0.27 0.33 0.99 0.23 0.71 0.10 0.87 0.93 0.68
N7 0.18 0.15 0.60 0.67 0.15 0.26 0.16 0.63 0.14 0.20 0.08 0.23 0.16 0.22 0.18 0.58 0.81 0.55 0.56 0.23 0.80 0.90 0.98
N9 0.17 0.15 0.84 0.75 0.13 0.37 0.13 0.81 0.14 0.17 0.11 0.22 0.16 0.17 0.15 0.94 0.95 0.73 0.87 0.20 1.12 1.22 1.34
O2' 1.36 0.59 0.47 0.90 0.98 2.18 0.80 2.75 0.54 1.11 0.44 0.43 0.90 0.91 1.19 0.14 0.53 2.45 2.95 0.43 3.13 2.87 3.30
O3' 0.84 1.29 0.32 0.43 0.94 1.55 0.71 2.41 0.76 0.53 1.02 1.55 1.27 0.50 0.77 0.61 0.45 1.76 2.86 0.61 3.52 3.44 3.80
O4' 1.08 0.49 1.97 1.64 0.82 0.44 0.71 0.38 0.50 0.93 0.39 0.34 0.73 0.79 0.97 2.31 1.96 0.17 0.66 0.42 1.27 1.32 1.42
O5' 1.51 0.75 2.39 2.57 0.56 1.39 0.47 0.65 0.28 1.35 0.75 1.36 0.31 0.96 1.18 2.74 3.34 0.87 0.18 0.32 0.56 1.20 0.88
OP1 1.84 0.96 2.60 2.96 0.60 2.04 0.51 1.33 0.42 1.63 0.99 1.71 0.35 1.12 1.38 3.16 4.10 1.41 0.66 0.50 0.27 1.07 0.52
OP2 1.87 1.16 2.51 3.20 0.59 2.33 0.51 1.91 0.55 1.80 1.25 1.97 0.39 1.25 1.46 2.69 4.02 1.62 1.55 0.66 1.15 0.19 0.68
P 2.07 0.79 2.86 3.34 0.78 2.32 0.66 1.66 0.31 1.84 0.86 1.53 0.32 1.31 1.61 3.23 4.35 1.65 1.10 0.39 0.41 0.52 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.26 0.01 0.18 0.02 0.15 0.15 0.16
C2 0.05 0.00 0.11 0.18 0.01 0.66 0.01 1.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.23 0.12 0.57 1.27 0.01 1.62 2.00 1.71
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.23 0.06 0.06 0.09 0.13 0.10 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.35 0.05 0.29 0.40 0.31
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.28 0.03 0.21 0.53 0.06 0.34 0.21 0.51 0.24 0.04 0.01 0.02 0.38 0.29 0.31 0.14 0.30
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.24 0.00 0.53 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.06 0.29 0.30 0.01 0.37 0.54 0.42
C4' 0.02 0.66 0.02 0.01 0.24 0.00 0.07 0.01 0.16 0.52 0.43 0.88 0.65 0.40 0.10 0.32 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.23 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.07 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.14 0.10 0.27 0.01 0.24 0.23 0.21
C5' 0.08 1.30 0.23 0.03 0.53 0.01 0.25 0.00 0.45 0.78 0.93 1.73 1.22 0.61 0.16 0.15 0.19 0.02 0.02 0.33 0.12 0.40 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.16 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.15 0.22 0.14 0.00 0.21 0.34 0.26
C8 0.02 0.01 0.06 0.53 0.01 0.52 0.01 0.78 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.48 0.19 0.35 1.23 0.03 1.28 1.34 1.32
N1 0.04 0.00 0.09 0.06 0.02 0.43 0.01 0.93 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.10 0.41 0.77 0.01 1.05 1.31 1.12
N2 0.06 0.00 0.13 0.34 0.02 0.88 0.01 1.73 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.19 0.69 1.83 0.02 2.43 2.94 2.50
N3 0.05 0.01 0.10 0.21 0.01 0.65 0.01 1.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.57 1.16 0.01 1.37 1.69 1.46
N7 0.02 0.01 0.03 0.51 0.00 0.40 0.00 0.61 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.50 0.24 0.21 1.06 0.03 1.17 1.28 1.18
N9 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.06 0.02 0.36 0.02 0.33 0.27 0.33
O2' 0.03 0.23 0.01 0.04 0.17 0.32 0.34 0.15 0.32 0.48 0.21 0.35 0.22 0.50 0.24 0.00 0.05 0.24 0.40 0.40 0.35 0.42 0.33
O3' 0.26 0.12 0.05 0.01 0.06 0.02 0.14 0.19 0.15 0.19 0.10 0.19 0.15 0.24 0.06 0.05 0.00 0.18 0.37 0.21 0.48 0.26 0.39
O4' 0.01 0.57 0.02 0.02 0.29 0.00 0.10 0.02 0.22 0.35 0.41 0.69 0.57 0.21 0.02 0.24 0.18 0.00 0.07 0.15 0.10 0.16 0.07
O5' 0.18 1.27 0.35 0.38 0.30 0.04 0.27 0.02 0.14 1.23 0.77 1.83 1.16 1.06 0.36 0.40 0.37 0.07 0.00 0.21 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.29 0.01 0.10 0.01 0.33 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.40 0.21 0.15 0.21 0.00 0.19 0.22 0.16
OP1 0.15 1.62 0.29 0.31 0.37 0.06 0.24 0.12 0.21 1.28 1.05 2.43 1.37 1.17 0.33 0.35 0.48 0.10 0.02 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 2.00 0.40 0.14 0.54 0.23 0.23 0.40 0.34 1.34 1.31 2.94 1.69 1.28 0.27 0.42 0.26 0.16 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.16 1.71 0.31 0.30 0.42 0.03 0.21 0.03 0.26 1.32 1.12 2.50 1.46 1.18 0.33 0.33 0.39 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00