Doublet Group distance statistics: 53876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2	A	0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N7	A	0, 0.015, 0.046, 0.076, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.046 std_dev=0.030
N6	A	0, 0.010, 0.043, 0.077, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C8	A	0, 0.020, 0.054, 0.088, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.054 std_dev=0.034
O4'	A	0, 0.370, 0.608, 0.845, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.608 std_dev=0.238
C3'	A	0, 0.333, 0.579, 0.825, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.579 std_dev=0.246
C2'	A	0, 0.413, 0.667, 0.921, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.667 std_dev=0.254
C5	B	0, 0.494, 0.752, 1.009, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.752 std_dev=0.257
C6	B	0, 0.471, 0.731, 0.990, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.731 std_dev=0.259
N1	B	0, 0.415, 0.687, 0.958, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.687 std_dev=0.271
C2	B	0, 0.473, 0.759, 1.045, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.759 std_dev=0.286
O6	B	0, 0.555, 0.863, 1.170, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.863 std_dev=0.308
C4	B	0, 0.496, 0.804, 1.112, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.804 std_dev=0.308
N7	B	0, 0.537, 0.849, 1.161, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.849 std_dev=0.312
N3	B	0, 0.518, 0.847, 1.177, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.847 std_dev=0.330
C4'	A	0, 0.664, 1.004, 1.343, 1.358 max_d=1.358 avg_d=1.004 std_dev=0.340
N2	B	0, 0.510, 0.852, 1.193, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.852 std_dev=0.342
N9	B	0, 0.544, 0.915, 1.286, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.915 std_dev=0.371
C8	B	0, 0.542, 0.920, 1.299, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.920 std_dev=0.378
C1'	B	0, 0.612, 1.090, 1.568, 1.647 max_d=1.647 avg_d=1.090 std_dev=0.478
O2'	A	0, 0.807, 1.301, 1.796, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.301 std_dev=0.495
C2'	B	0, 0.568, 1.073, 1.578, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.073 std_dev=0.505
C5'	A	0, 1.125, 1.692, 2.259, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.692 std_dev=0.567
C3'	B	0, 0.477, 1.061, 1.645, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.061 std_dev=0.584
OP2	B	0, 0.649, 1.247, 1.845, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.247 std_dev=0.598
O4'	B	0, 0.636, 1.237, 1.838, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.237 std_dev=0.601
O3'	A	0, 0.192, 0.808, 1.424, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.808 std_dev=0.616
O2'	B	0, 0.692, 1.314, 1.937, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.314 std_dev=0.622
O5'	B	0, 0.553, 1.204, 1.856, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.204 std_dev=0.651
O3'	B	0, 0.466, 1.154, 1.843, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.154 std_dev=0.688
C4'	B	0, 0.606, 1.295, 1.983, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.295 std_dev=0.689
P	B	0, 0.648, 1.339, 2.031, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.339 std_dev=0.691
C5'	B	0, 0.612, 1.379, 2.145, 2.713 max_d=2.713 avg_d=1.379 std_dev=0.766
OP1	B	0, 0.780, 1.578, 2.376, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.578 std_dev=0.798
O5'	A	0, 2.730, 3.948, 5.166, 4.893 max_d=4.893 avg_d=3.948 std_dev=1.218
OP2	A	0, 3.136, 4.580, 6.025, 6.026 max_d=6.026 avg_d=4.580 std_dev=1.445
P	A	0, 3.462, 5.028, 6.594, 6.359 max_d=6.359 avg_d=5.028 std_dev=1.566
OP1	A	0, 4.195, 6.095, 7.995, 7.582 max_d=7.582 avg_d=6.095 std_dev=1.900

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.06	0.03	0.02	0.04	0.05	0.04	0.02	0.01	0.04	0.29	0.00	0.15	0.43	0.10	0.17
C2	0.05	0.00	0.11	0.12	0.02	0.06	0.02	0.11	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.22	0.47	0.08	0.23	0.32	0.10	0.12
C2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.06	0.03	0.05	0.13	0.06	0.07	0.09	0.11	0.07	0.06	0.03	0.01	0.08	0.03	0.21	0.45	0.18	0.26
C3'	0.03	0.12	0.01	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.06	0.13	0.08	0.12	0.07	0.12	0.05	0.03	0.01	0.02	0.09	0.30	0.15	0.08
C4	0.02	0.02	0.06	0.05	0.00	0.04	0.01	0.13	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.17	0.34	0.04	0.26	0.35	0.11	0.14
C4'	0.01	0.06	0.03	0.01	0.04	0.00	0.08	0.01	0.07	0.12	0.05	0.06	0.09	0.12	0.06	0.07	0.05	0.00	0.02	0.32	0.11	0.09
C5	0.02	0.02	0.05	0.06	0.01	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.21	0.26	0.04	0.34	0.35	0.17	0.20
C5'	0.06	0.11	0.13	0.02	0.13	0.01	0.20	0.00	0.20	0.23	0.15	0.09	0.24	0.25	0.13	0.09	0.09	0.03	0.01	0.17	0.15	0.02
C6	0.03	0.02	0.06	0.06	0.01	0.07	0.01	0.20	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.23	0.31	0.05	0.34	0.34	0.18	0.20
C8	0.02	0.03	0.07	0.13	0.02	0.12	0.01	0.23	0.03	0.00	0.03	0.02	0.04	0.01	0.01	0.17	0.11	0.06	0.38	0.40	0.18	0.22
N1	0.04	0.01	0.09	0.08	0.02	0.05	0.02	0.15	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.03	0.02	0.23	0.40	0.07	0.29	0.31	0.14	0.16
N3	0.05	0.01	0.11	0.12	0.00	0.06	0.02	0.09	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01	0.20	0.46	0.07	0.21	0.34	0.08	0.11
N6	0.04	0.02	0.07	0.07	0.02	0.09	0.02	0.24	0.01	0.04	0.02	0.03	0.00	0.04	0.04	0.26	0.27	0.06	0.39	0.37	0.24	0.26
N7	0.02	0.03	0.06	0.12	0.02	0.12	0.01	0.25	0.03	0.01	0.03	0.03	0.04	0.00	0.02	0.21	0.14	0.06	0.40	0.39	0.22	0.26
N9	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.06	0.01	0.13	0.02	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.12	0.23	0.02	0.26	0.39	0.11	0.15
O2'	0.04	0.22	0.01	0.03	0.17	0.07	0.21	0.09	0.23	0.17	0.23	0.20	0.26	0.21	0.12	0.00	0.10	0.06	0.23	0.49	0.18	0.31
O3'	0.29	0.47	0.08	0.01	0.34	0.05	0.26	0.09	0.31	0.11	0.40	0.46	0.27	0.14	0.23	0.10	0.00	0.20	0.11	0.30	0.31	0.13
O4'	0.00	0.08	0.03	0.02	0.04	0.00	0.04	0.03	0.05	0.06	0.07	0.07	0.06	0.06	0.02	0.06	0.20	0.00	0.14	0.45	0.16	0.20
O5'	0.15	0.23	0.21	0.09	0.26	0.02	0.34	0.01	0.34	0.38	0.29	0.21	0.39	0.40	0.26	0.23	0.11	0.14	0.00	0.03	0.03	0.01
OP1	0.43	0.32	0.45	0.30	0.35	0.32	0.35	0.17	0.34	0.40	0.31	0.34	0.37	0.39	0.39	0.49	0.30	0.45	0.03	0.00	0.03	0.01
OP2	0.10	0.10	0.18	0.15	0.11	0.11	0.17	0.15	0.18	0.18	0.14	0.08	0.24	0.22	0.11	0.18	0.31	0.16	0.03	0.03	0.00	0.01
P	0.17	0.12	0.26	0.08	0.14	0.09	0.20	0.02	0.20	0.22	0.16	0.11	0.26	0.26	0.15	0.31	0.13	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.35	0.27	0.17	0.32	0.15	0.37	0.16	0.41	0.31	0.39	0.35	0.31	0.38	0.28	0.29	0.16	0.18	0.18	0.45	0.28	0.25	0.21
C2	0.18	0.37	0.19	0.12	0.22	0.17	0.24	0.23	0.35	0.22	0.41	0.43	0.28	0.23	0.19	0.22	0.10	0.20	0.27	0.39	0.39	0.43	0.37
C2'	0.32	0.41	0.35	0.28	0.40	0.24	0.47	0.21	0.51	0.42	0.47	0.40	0.37	0.49	0.37	0.35	0.29	0.26	0.22	0.55	0.31	0.25	0.22
C3'	0.24	0.37	0.19	0.16	0.38	0.21	0.47	0.28	0.50	0.44	0.44	0.34	0.33	0.52	0.34	0.16	0.10	0.24	0.32	0.55	0.29	0.36	0.26
C4	0.17	0.35	0.20	0.10	0.25	0.12	0.27	0.17	0.34	0.18	0.37	0.37	0.29	0.21	0.19	0.24	0.08	0.15	0.21	0.36	0.32	0.34	0.29
C4'	0.19	0.26	0.18	0.15	0.27	0.18	0.35	0.25	0.38	0.35	0.32	0.25	0.23	0.41	0.25	0.18	0.13	0.18	0.27	0.43	0.30	0.34	0.25
C5	0.16	0.33	0.17	0.11	0.21	0.13	0.19	0.18	0.25	0.16	0.32	0.36	0.27	0.16	0.16	0.23	0.09	0.15	0.24	0.22	0.31	0.35	0.29
C5'	0.16	0.22	0.16	0.16	0.22	0.18	0.30	0.24	0.32	0.31	0.26	0.21	0.19	0.36	0.21	0.17	0.17	0.16	0.25	0.36	0.38	0.38	0.30
C6	0.16	0.33	0.16	0.12	0.18	0.14	0.17	0.20	0.21	0.21	0.32	0.40	0.25	0.21	0.17	0.22	0.11	0.17	0.26	0.18	0.33	0.39	0.32
C8	0.21	0.30	0.22	0.15	0.26	0.17	0.26	0.22	0.27	0.22	0.29	0.32	0.29	0.24	0.22	0.27	0.11	0.18	0.26	0.27	0.29	0.28	0.26
N1	0.17	0.35	0.16	0.12	0.19	0.16	0.20	0.22	0.27	0.23	0.37	0.43	0.26	0.24	0.18	0.21	0.09	0.19	0.28	0.28	0.36	0.42	0.36
N3	0.18	0.37	0.20	0.12	0.25	0.15	0.28	0.20	0.39	0.20	0.42	0.41	0.29	0.23	0.20	0.23	0.10	0.17	0.23	0.43	0.37	0.39	0.33
N6	0.16	0.30	0.16	0.15	0.17	0.16	0.20	0.21	0.19	0.24	0.25	0.40	0.23	0.27	0.19	0.22	0.15	0.18	0.28	0.21	0.31	0.38	0.32
N7	0.18	0.29	0.19	0.16	0.21	0.17	0.18	0.21	0.20	0.17	0.25	0.32	0.27	0.16	0.17	0.25	0.15	0.17	0.26	0.17	0.29	0.31	0.28
N9	0.21	0.33	0.23	0.12	0.28	0.12	0.31	0.16	0.35	0.23	0.36	0.34	0.30	0.28	0.23	0.27	0.09	0.16	0.20	0.37	0.30	0.28	0.24
O2'	0.57	0.62	0.55	0.47	0.63	0.46	0.68	0.40	0.69	0.66	0.66	0.61	0.60	0.71	0.62	0.54	0.42	0.52	0.41	0.72	0.40	0.42	0.39
O3'	0.27	0.42	0.19	0.20	0.40	0.33	0.52	0.47	0.57	0.46	0.51	0.40	0.36	0.57	0.36	0.16	0.16	0.32	0.46	0.66	0.54	0.41	0.40
O4'	0.23	0.28	0.27	0.20	0.27	0.18	0.32	0.19	0.35	0.30	0.32	0.28	0.26	0.35	0.25	0.30	0.20	0.18	0.20	0.39	0.27	0.26	0.20
O5'	0.31	0.36	0.32	0.32	0.35	0.33	0.39	0.35	0.41	0.38	0.39	0.35	0.34	0.41	0.34	0.31	0.31	0.32	0.34	0.43	0.40	0.31	0.31
OP1	0.51	0.49	0.53	0.45	0.48	0.44	0.44	0.37	0.43	0.44	0.45	0.50	0.50	0.42	0.48	0.57	0.43	0.47	0.38	0.41	0.42	0.42	0.39
OP2	0.31	0.29	0.33	0.31	0.27	0.32	0.27	0.33	0.27	0.30	0.26	0.33	0.30	0.30	0.28	0.39	0.34	0.31	0.29	0.28	0.30	0.28	0.24
P	0.38	0.33	0.39	0.38	0.33	0.38	0.32	0.34	0.31	0.34	0.31	0.35	0.34	0.33	0.34	0.41	0.40	0.37	0.31	0.30	0.34	0.31	0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.05	0.04	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.07	0.04	0.09	0.17	0.10
C2	0.04	0.00	0.10	0.07	0.01	0.03	0.02	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.18	0.10	0.05	0.14	0.03	0.12	0.22	0.16
C2'	0.00	0.10	0.00	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.04	0.08	0.07	0.13	0.10	0.06	0.02	0.00	0.02	0.02	0.05	0.05	0.18	0.12	0.08
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.10	0.15	0.07	0.10	0.07	0.15	0.07	0.02	0.01	0.01	0.05	0.12	0.23	0.14	0.11
C4	0.02	0.01	0.04	0.06	0.00	0.03	0.01	0.07	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.05	0.03	0.15	0.03	0.12	0.22	0.16
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.00	0.08	0.01	0.08	0.12	0.04	0.06	0.04	0.12	0.05	0.06	0.03	0.01	0.03	0.10	0.14	0.07	0.03
C5	0.02	0.02	0.03	0.10	0.01	0.08	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.06	0.10	0.05	0.21	0.02	0.17	0.25	0.19
C5'	0.02	0.06	0.02	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.14	0.15	0.10	0.05	0.05	0.18	0.07	0.06	0.04	0.02	0.01	0.18	0.12	0.03	0.02
C6	0.03	0.02	0.04	0.10	0.02	0.08	0.01	0.14	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.09	0.09	0.06	0.23	0.01	0.19	0.26	0.21
C8	0.03	0.01	0.08	0.15	0.01	0.12	0.01	0.15	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.16	0.07	0.21	0.04	0.15	0.22	0.17
N1	0.03	0.01	0.07	0.07	0.02	0.04	0.01	0.10	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.14	0.07	0.05	0.19	0.02	0.16	0.24	0.19
N2	0.05	0.01	0.13	0.10	0.01	0.06	0.02	0.05	0.03	0.02	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.23	0.15	0.06	0.12	0.04	0.11	0.21	0.15
N3	0.04	0.01	0.10	0.07	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.10	0.05	0.12	0.02	0.11	0.21	0.15
N7	0.03	0.02	0.06	0.15	0.01	0.12	0.01	0.18	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.04	0.16	0.07	0.25	0.04	0.20	0.26	0.21
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.01	0.05	0.02	0.07	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.06	0.02	0.13	0.04	0.11	0.20	0.14
O2'	0.02	0.18	0.00	0.02	0.09	0.06	0.06	0.06	0.09	0.06	0.14	0.23	0.17	0.04	0.03	0.00	0.05	0.07	0.05	0.09	0.21	0.10	0.06
O3'	0.02	0.10	0.02	0.01	0.05	0.03	0.10	0.04	0.09	0.16	0.07	0.15	0.10	0.16	0.06	0.05	0.00	0.02	0.09	0.12	0.34	0.25	0.20
O4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.06	0.07	0.05	0.06	0.05	0.07	0.02	0.07	0.02	0.00	0.09	0.08	0.09	0.20	0.14
O5'	0.07	0.14	0.05	0.05	0.15	0.03	0.21	0.01	0.23	0.21	0.19	0.12	0.12	0.25	0.13	0.05	0.09	0.09	0.00	0.26	0.01	0.02	0.01
O6	0.04	0.03	0.05	0.12	0.03	0.10	0.02	0.18	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.04	0.09	0.12	0.08	0.26	0.00	0.23	0.29	0.24
OP1	0.09	0.12	0.18	0.23	0.12	0.14	0.17	0.12	0.19	0.15	0.16	0.11	0.11	0.20	0.11	0.21	0.34	0.09	0.01	0.23	0.00	0.02	0.01
OP2	0.17	0.22	0.12	0.14	0.22	0.07	0.25	0.03	0.26	0.22	0.24	0.21	0.21	0.26	0.20	0.10	0.25	0.20	0.02	0.29	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.16	0.08	0.11	0.16	0.03	0.19	0.02	0.21	0.17	0.19	0.15	0.15	0.21	0.14	0.06	0.20	0.14	0.01	0.24	0.01	0.01	0.00