ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53877

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.010, 0.030, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.017, 0.038, 0.060, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.052 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.010, 0.053, 0.097, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.053 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.006, 0.057, 0.109, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.057 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.048, 0.197, 0.345, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.197 std_dev=0.149
C2' A 0, -0.007, 0.162, 0.332, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.162 std_dev=0.170
O4' A 0, -0.047, 0.183, 0.412, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.183 std_dev=0.230
P A 0, 0.119, 0.398, 0.678, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.398 std_dev=0.279
C3' A 0, -0.019, 0.283, 0.586, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.283 std_dev=0.303
C4' A 0, -0.040, 0.273, 0.587, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.273 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.246, 0.594, 0.941, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.594 std_dev=0.347
C5 B 0, 0.193, 0.544, 0.895, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.544 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.214, 0.569, 0.924, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.569 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.254, 0.624, 0.994, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.624 std_dev=0.370
O6 B 0, 0.254, 0.629, 1.004, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.629 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.218, 0.605, 0.992, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.605 std_dev=0.387
O5' A 0, -0.060, 0.342, 0.743, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.342 std_dev=0.401
N9 B 0, 0.174, 0.577, 0.979, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.577 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.212, 0.617, 1.023, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.617 std_dev=0.405
N7 B 0, 0.112, 0.530, 0.949, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.530 std_dev=0.419
C8 B 0, 0.128, 0.570, 1.011, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.570 std_dev=0.442
O3' A 0, -0.009, 0.436, 0.881, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.436 std_dev=0.445
C1' B 0, 0.151, 0.610, 1.068, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.610 std_dev=0.459
C5' A 0, -0.071, 0.417, 0.905, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.417 std_dev=0.488
N2 B 0, 0.172, 0.662, 1.152, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.662 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.212, 0.709, 1.206, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.709 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.098, 0.667, 1.236, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.667 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.091, 0.708, 1.325, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.708 std_dev=0.617
OP2 A 0, -0.016, 0.623, 1.262, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.623 std_dev=0.639
C4' B 0, 0.103, 0.866, 1.629, 2.878 max_d=2.878 avg_d=0.866 std_dev=0.763
C3' B 0, -0.014, 0.854, 1.723, 3.300 max_d=3.300 avg_d=0.854 std_dev=0.869
OP1 A 0, -0.115, 0.758, 1.630, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.758 std_dev=0.873
C5' B 0, 0.053, 1.016, 1.979, 3.686 max_d=3.686 avg_d=1.016 std_dev=0.963
OP2 B 0, 0.015, 1.133, 2.252, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.133 std_dev=1.119
O3' B 0, -0.123, 1.022, 2.167, 4.395 max_d=4.395 avg_d=1.022 std_dev=1.145
P B 0, -0.002, 1.161, 2.325, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.161 std_dev=1.163
O5' B 0, -0.004, 1.197, 2.398, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.197 std_dev=1.201
OP1 B 0, -0.192, 1.571, 3.335, 5.251 max_d=5.251 avg_d=1.571 std_dev=1.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.32 0.20 0.08
C2 0.04 0.00 0.15 0.20 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.27 0.05 0.11 0.40 0.44 0.11
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.13 0.14 0.09 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.27 0.26 0.15
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.15 0.05 0.19 0.18 0.14 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.08 0.30 0.25 0.19
C4 0.02 0.02 0.09 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.10 0.43 0.40 0.10
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.15 0.14 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.11 0.52 0.50 0.12
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.11 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.15 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.19 0.04 0.11 0.53 0.55 0.13
C8 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.14 0.56 0.42 0.12
N1 0.04 0.00 0.13 0.19 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.25 0.05 0.11 0.47 0.52 0.13
N3 0.04 0.01 0.14 0.18 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.23 0.05 0.10 0.37 0.37 0.09
N6 0.03 0.02 0.09 0.14 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.18 0.05 0.11 0.58 0.62 0.15
N7 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.12 0.60 0.52 0.12
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.43 0.33 0.09
O2' 0.04 0.09 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.00 0.14 0.07 0.04 0.24 0.21 0.11
O3' 0.04 0.27 0.06 0.01 0.15 0.03 0.13 0.04 0.19 0.04 0.25 0.23 0.18 0.05 0.06 0.14 0.00 0.03 0.13 0.51 0.37 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.10 0.31 0.16 0.13
O5' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.04 0.13 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.40 0.27 0.30 0.43 0.15 0.52 0.11 0.53 0.56 0.47 0.37 0.58 0.60 0.43 0.24 0.51 0.31 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.20 0.44 0.26 0.25 0.40 0.14 0.50 0.25 0.55 0.42 0.52 0.37 0.62 0.52 0.33 0.21 0.37 0.16 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.08 0.11 0.15 0.19 0.10 0.04 0.12 0.02 0.13 0.12 0.13 0.09 0.15 0.12 0.09 0.11 0.29 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.19 0.38 0.48 0.15 0.37 0.15 0.41 0.22 0.10 0.21 0.21 0.19 0.12 0.16 0.38 0.59 0.25 0.40 0.27 0.49 0.46 0.31
C2 0.24 0.29 0.23 0.27 0.24 0.23 0.16 0.28 0.16 0.19 0.22 0.32 0.30 0.16 0.23 0.25 0.25 0.23 0.41 0.19 0.86 0.41 0.46
C2' 0.34 0.22 0.46 0.62 0.21 0.48 0.17 0.56 0.22 0.22 0.22 0.23 0.23 0.11 0.26 0.41 0.74 0.31 0.45 0.27 0.57 0.43 0.32
C3' 0.46 0.28 0.60 0.78 0.31 0.64 0.28 0.70 0.29 0.35 0.28 0.28 0.31 0.27 0.37 0.57 0.94 0.45 0.64 0.34 0.62 0.65 0.49
C4 0.21 0.19 0.24 0.29 0.15 0.23 0.12 0.27 0.17 0.14 0.18 0.21 0.20 0.14 0.16 0.23 0.29 0.19 0.32 0.21 0.64 0.36 0.33
C4' 0.44 0.25 0.58 0.73 0.29 0.62 0.28 0.65 0.28 0.34 0.25 0.24 0.28 0.31 0.35 0.61 0.94 0.46 0.71 0.32 0.66 0.83 0.62
C5 0.18 0.15 0.20 0.21 0.11 0.18 0.16 0.19 0.18 0.20 0.15 0.18 0.15 0.22 0.15 0.25 0.21 0.17 0.27 0.23 0.62 0.36 0.31
C5' 0.48 0.29 0.62 0.78 0.34 0.70 0.35 0.71 0.34 0.40 0.30 0.28 0.32 0.41 0.39 0.70 1.06 0.53 0.86 0.38 0.83 1.02 0.81
C6 0.21 0.15 0.26 0.24 0.13 0.24 0.16 0.22 0.19 0.20 0.18 0.20 0.16 0.19 0.19 0.35 0.29 0.20 0.29 0.24 0.75 0.41 0.39
C8 0.19 0.16 0.23 0.25 0.13 0.22 0.21 0.21 0.23 0.22 0.18 0.18 0.15 0.29 0.11 0.32 0.29 0.17 0.31 0.27 0.44 0.37 0.26
N1 0.23 0.22 0.24 0.24 0.19 0.24 0.14 0.24 0.17 0.18 0.17 0.26 0.26 0.16 0.21 0.33 0.26 0.22 0.38 0.24 0.87 0.44 0.47
N3 0.24 0.27 0.26 0.33 0.22 0.25 0.15 0.32 0.17 0.18 0.23 0.29 0.28 0.13 0.22 0.22 0.32 0.22 0.38 0.18 0.75 0.37 0.40
N6 0.25 0.22 0.35 0.34 0.16 0.34 0.21 0.29 0.26 0.23 0.26 0.27 0.15 0.22 0.21 0.49 0.46 0.23 0.28 0.29 0.73 0.46 0.38
N7 0.15 0.16 0.18 0.19 0.14 0.17 0.23 0.17 0.22 0.28 0.18 0.19 0.15 0.31 0.17 0.24 0.19 0.15 0.26 0.26 0.48 0.33 0.24
N9 0.22 0.18 0.29 0.35 0.13 0.27 0.16 0.30 0.22 0.10 0.20 0.20 0.18 0.18 0.12 0.30 0.40 0.19 0.33 0.27 0.51 0.38 0.27
O2' 0.32 0.29 0.44 0.63 0.24 0.49 0.23 0.59 0.30 0.24 0.32 0.30 0.27 0.18 0.26 0.39 0.76 0.31 0.44 0.36 0.57 0.42 0.31
O3' 0.50 0.32 0.64 0.88 0.36 0.74 0.32 0.84 0.33 0.43 0.32 0.33 0.35 0.33 0.43 0.60 1.07 0.51 0.72 0.37 0.66 0.64 0.51
O4' 0.35 0.21 0.47 0.56 0.23 0.48 0.24 0.48 0.26 0.27 0.23 0.21 0.23 0.28 0.27 0.50 0.72 0.36 0.61 0.30 0.58 0.72 0.53
O5' 0.51 0.32 0.65 0.80 0.36 0.71 0.37 0.68 0.35 0.42 0.32 0.32 0.35 0.43 0.41 0.72 1.08 0.55 0.86 0.38 0.83 0.98 0.80
OP1 0.73 0.44 0.92 0.87 0.42 0.86 0.32 0.68 0.29 0.40 0.31 0.51 0.53 0.40 0.48 1.31 1.26 0.73 1.17 0.34 1.20 1.41 1.18
OP2 0.61 0.65 0.55 0.44 0.67 0.48 0.68 0.43 0.67 0.70 0.66 0.64 0.65 0.70 0.67 0.51 0.62 0.65 1.15 0.67 1.12 1.17 1.10
P 0.52 0.33 0.65 0.75 0.35 0.73 0.34 0.64 0.33 0.40 0.30 0.34 0.37 0.41 0.40 0.85 1.17 0.58 0.99 0.36 0.98 1.10 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.04 0.43 0.33 0.21
C2 0.05 0.00 0.07 0.05 0.01 0.10 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.10 0.07 0.41 0.02 1.03 0.46 0.53
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05 0.09 0.07 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.21 0.05 0.23 0.27 0.16
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.02 0.16 0.25 0.09 0.07 0.05 0.24 0.13 0.03 0.01 0.01 0.33 0.20 0.34 0.16 0.23
C4 0.03 0.01 0.04 0.10 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.05 0.05 0.34 0.02 0.78 0.30 0.37
C4' 0.03 0.10 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.15 0.06 0.16 0.11 0.14 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.11 0.16 0.42 0.12
C5 0.02 0.02 0.04 0.17 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.15 0.05 0.39 0.03 0.77 0.22 0.35
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.21 0.00 0.21 0.27 0.13 0.12 0.08 0.29 0.14 0.09 0.05 0.02 0.01 0.26 0.33 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.13 0.06 0.44 0.01 0.91 0.26 0.43
C8 0.02 0.02 0.07 0.25 0.01 0.15 0.02 0.27 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.26 0.03 0.30 0.05 0.45 0.25 0.19
N1 0.04 0.01 0.05 0.09 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.17 0.05 0.06 0.45 0.02 1.03 0.36 0.51
N2 0.06 0.01 0.09 0.07 0.02 0.16 0.02 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.21 0.18 0.08 0.43 0.03 1.12 0.58 0.59
N3 0.06 0.01 0.07 0.05 0.01 0.11 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.17 0.11 0.07 0.35 0.02 0.92 0.46 0.47
N7 0.01 0.03 0.06 0.24 0.02 0.14 0.01 0.29 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.15 0.26 0.04 0.36 0.05 0.57 0.26 0.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.02 0.25 0.04 0.56 0.23 0.24
O2' 0.02 0.19 0.01 0.03 0.13 0.11 0.14 0.09 0.16 0.13 0.17 0.21 0.17 0.15 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.15 0.28 0.46 0.20
O3' 0.05 0.10 0.04 0.01 0.05 0.03 0.15 0.05 0.13 0.26 0.05 0.18 0.11 0.26 0.10 0.10 0.00 0.03 0.35 0.19 0.49 0.15 0.25
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.09 0.03 0.00 0.20 0.07 0.44 0.42 0.27
O5' 0.13 0.41 0.21 0.33 0.34 0.02 0.39 0.01 0.44 0.30 0.45 0.43 0.35 0.36 0.25 0.08 0.35 0.20 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.05 0.20 0.02 0.11 0.03 0.26 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.15 0.19 0.07 0.47 0.00 0.91 0.25 0.44
OP1 0.43 1.03 0.23 0.34 0.78 0.16 0.77 0.33 0.91 0.45 1.03 1.12 0.92 0.57 0.56 0.28 0.49 0.44 0.02 0.91 0.00 0.03 0.01
OP2 0.33 0.46 0.27 0.16 0.30 0.42 0.22 0.34 0.26 0.25 0.36 0.58 0.46 0.26 0.23 0.46 0.15 0.42 0.02 0.25 0.03 0.00 0.02
P 0.21 0.53 0.16 0.23 0.37 0.12 0.35 0.02 0.43 0.19 0.51 0.59 0.47 0.25 0.24 0.20 0.25 0.27 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00