ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.054 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.018, 0.049, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.021, 0.061, 0.102, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.061 std_dev=0.040
C5 B 0, 0.344, 0.543, 0.741, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.543 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.252, 0.488, 0.724, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.488 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.296, 0.565, 0.833, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.565 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.347, 0.626, 0.904, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.626 std_dev=0.279
N7 B 0, 0.451, 0.757, 1.064, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.757 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.280, 0.593, 0.906, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.593 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.292, 0.622, 0.951, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.622 std_dev=0.329
N2 B 0, 0.520, 0.889, 1.258, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.889 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.406, 0.801, 1.196, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.801 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.256, 0.654, 1.051, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.654 std_dev=0.397
O6 B 0, 0.409, 0.819, 1.228, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.819 std_dev=0.409
O4' B 0, 0.450, 1.014, 1.579, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.014 std_dev=0.565
C1' B 0, 0.313, 0.885, 1.456, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.885 std_dev=0.571
O4' A 0, 0.318, 0.892, 1.466, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.892 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.467, 1.060, 1.654, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.060 std_dev=0.593
C2' A 0, 0.324, 0.930, 1.535, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.930 std_dev=0.605
C4' B 0, 0.472, 1.096, 1.721, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.096 std_dev=0.624
O3' B 0, 0.614, 1.298, 1.981, 2.470 max_d=2.470 avg_d=1.298 std_dev=0.683
C3' A 0, 0.572, 1.345, 2.118, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.345 std_dev=0.773
C5' B 0, 0.667, 1.479, 2.291, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.479 std_dev=0.812
C4' A 0, 0.457, 1.283, 2.109, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.283 std_dev=0.826
C2' B 0, 0.361, 1.207, 2.052, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.207 std_dev=0.846
O5' B 0, 0.698, 1.575, 2.453, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.575 std_dev=0.877
O3' A 0, 0.826, 1.707, 2.589, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.707 std_dev=0.882
O5' A 0, 0.747, 1.656, 2.565, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.656 std_dev=0.909
O2' A 0, 0.292, 1.231, 2.170, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.231 std_dev=0.939
P A 0, 1.573, 2.681, 3.788, 4.232 max_d=4.232 avg_d=2.681 std_dev=1.108
OP2 A 0, 1.895, 3.016, 4.137, 4.288 max_d=4.288 avg_d=3.016 std_dev=1.121
O2' B 0, 0.610, 1.842, 3.074, 3.852 max_d=3.852 avg_d=1.842 std_dev=1.232
OP1 B 0, 1.159, 2.420, 3.682, 4.847 max_d=4.847 avg_d=2.420 std_dev=1.262
C5' A 0, 0.937, 2.234, 3.530, 4.260 max_d=4.260 avg_d=2.234 std_dev=1.297
P B 0, 0.592, 1.938, 3.284, 4.387 max_d=4.387 avg_d=1.938 std_dev=1.346
OP2 B 0, 0.785, 2.255, 3.725, 4.844 max_d=4.844 avg_d=2.255 std_dev=1.470
OP1 A 0, 1.557, 3.296, 5.036, 6.294 max_d=6.294 avg_d=3.296 std_dev=1.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.26 0.00 0.33 0.41 0.53 0.21
C2 0.04 0.00 0.30 0.18 0.01 0.16 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.30 0.28 0.53 0.69 0.95 0.51
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.18 0.13 0.18 0.23 0.30 0.09 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.47 0.68 0.43 0.44
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.19 0.00 0.27 0.02 0.26 0.33 0.22 0.16 0.30 0.34 0.20 0.02 0.01 0.01 0.25 0.61 0.43 0.31
C4 0.02 0.01 0.16 0.19 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.14 0.15 0.52 0.68 0.97 0.53
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.23 0.09 0.16 0.07 0.19 0.07 0.26 0.03 0.00 0.01 0.36 0.36 0.18
C5 0.02 0.02 0.07 0.27 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.07 0.08 0.59 0.82 1.26 0.72
C5' 0.06 0.22 0.18 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.10 0.22 0.16 0.21 0.12 0.20 0.05 0.08 0.17 0.01 0.00 0.39 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.26 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.08 0.13 0.60 0.86 1.31 0.76
C8 0.02 0.02 0.18 0.33 0.01 0.23 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.23 0.18 0.58 0.77 1.22 0.71
N1 0.04 0.00 0.23 0.22 0.01 0.09 0.02 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.19 0.22 0.58 0.80 1.15 0.65
N3 0.04 0.01 0.30 0.16 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.28 0.32 0.28 0.49 0.62 0.82 0.42
N6 0.03 0.01 0.09 0.30 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.11 0.10 0.63 0.95 1.47 0.87
N7 0.02 0.02 0.11 0.34 0.01 0.19 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.39 0.23 0.11 0.63 0.88 1.43 0.84
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.03 0.48 0.61 0.88 0.47
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.14 0.26 0.23 0.08 0.20 0.41 0.20 0.28 0.26 0.39 0.19 0.00 0.04 0.19 0.29 0.63 0.41 0.43
O3' 0.26 0.30 0.03 0.01 0.14 0.03 0.07 0.17 0.08 0.23 0.19 0.32 0.11 0.23 0.08 0.04 0.00 0.19 0.32 0.94 0.59 0.55
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.15 0.00 0.08 0.01 0.13 0.18 0.22 0.28 0.10 0.11 0.03 0.19 0.19 0.00 0.25 0.29 0.53 0.28
O5' 0.33 0.53 0.47 0.25 0.52 0.01 0.59 0.00 0.60 0.58 0.58 0.49 0.63 0.63 0.48 0.29 0.32 0.25 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.41 0.69 0.68 0.61 0.68 0.36 0.82 0.39 0.86 0.77 0.80 0.62 0.95 0.88 0.61 0.63 0.94 0.29 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.53 0.95 0.43 0.43 0.97 0.36 1.26 0.39 1.31 1.22 1.15 0.82 1.47 1.43 0.88 0.41 0.59 0.53 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.21 0.51 0.44 0.31 0.53 0.18 0.72 0.02 0.76 0.71 0.65 0.42 0.87 0.84 0.47 0.43 0.55 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.21 0.36 0.52 0.19 0.26 0.26 0.32 0.25 0.31 0.20 0.29 0.17 0.35 0.23 0.42 0.40 0.17 0.62 0.31 0.96 1.09 0.80
C2 0.26 0.22 0.64 0.56 0.29 0.25 0.33 0.29 0.32 0.35 0.24 0.23 0.24 0.37 0.30 0.69 0.52 0.19 0.54 0.34 0.84 0.86 0.63
C2' 0.23 0.42 0.29 0.46 0.27 0.29 0.29 0.32 0.34 0.29 0.41 0.53 0.33 0.33 0.25 0.37 0.32 0.26 0.56 0.39 0.89 1.04 0.73
C3' 0.54 0.60 0.57 0.77 0.58 0.65 0.64 0.70 0.67 0.62 0.64 0.61 0.56 0.67 0.58 0.47 0.57 0.60 0.88 0.74 1.19 1.17 1.00
C4 0.20 0.20 0.45 0.53 0.22 0.26 0.30 0.31 0.28 0.33 0.20 0.27 0.18 0.37 0.25 0.47 0.42 0.15 0.61 0.32 0.94 1.01 0.75
C4' 0.33 0.35 0.40 0.67 0.37 0.49 0.47 0.58 0.49 0.50 0.40 0.36 0.31 0.56 0.39 0.36 0.49 0.40 0.84 0.59 1.21 1.23 1.02
C5 0.20 0.21 0.43 0.56 0.22 0.31 0.29 0.36 0.24 0.34 0.19 0.27 0.19 0.37 0.25 0.45 0.43 0.17 0.68 0.26 1.02 1.06 0.83
C5' 0.41 0.42 0.40 0.76 0.46 0.62 0.58 0.73 0.60 0.60 0.49 0.41 0.39 0.68 0.48 0.37 0.61 0.53 1.00 0.72 1.39 1.39 1.21
C6 0.22 0.19 0.54 0.57 0.24 0.30 0.29 0.37 0.23 0.35 0.16 0.25 0.19 0.36 0.27 0.54 0.45 0.17 0.66 0.24 1.00 0.99 0.78
C8 0.23 0.24 0.31 0.57 0.23 0.36 0.28 0.42 0.25 0.35 0.24 0.29 0.21 0.38 0.26 0.45 0.46 0.24 0.74 0.27 1.09 1.18 0.92
N1 0.27 0.17 0.66 0.58 0.28 0.28 0.32 0.33 0.28 0.36 0.19 0.20 0.21 0.37 0.31 0.70 0.52 0.20 0.59 0.29 0.90 0.88 0.68
N3 0.22 0.22 0.55 0.53 0.25 0.23 0.32 0.27 0.31 0.33 0.23 0.27 0.21 0.37 0.27 0.58 0.46 0.15 0.54 0.36 0.86 0.92 0.66
N6 0.24 0.22 0.54 0.60 0.23 0.36 0.25 0.44 0.18 0.35 0.17 0.28 0.22 0.33 0.28 0.53 0.47 0.21 0.74 0.19 1.09 1.03 0.86
N7 0.24 0.25 0.33 0.58 0.25 0.38 0.29 0.44 0.24 0.36 0.23 0.30 0.24 0.38 0.28 0.46 0.48 0.25 0.76 0.24 1.12 1.17 0.94
N9 0.20 0.22 0.37 0.53 0.21 0.29 0.28 0.34 0.26 0.33 0.21 0.29 0.18 0.36 0.24 0.42 0.41 0.18 0.65 0.31 0.99 1.09 0.82
O2' 0.38 0.22 0.39 0.43 0.36 0.40 0.47 0.53 0.42 0.57 0.24 0.31 0.24 0.62 0.43 0.51 0.41 0.44 0.72 0.55 1.01 1.35 0.98
O3' 0.42 0.42 0.45 0.64 0.43 0.53 0.50 0.63 0.51 0.55 0.45 0.46 0.39 0.60 0.46 0.44 0.43 0.49 0.83 0.59 1.16 1.18 0.97
O4' 0.23 0.23 0.36 0.60 0.24 0.36 0.32 0.43 0.30 0.38 0.23 0.31 0.20 0.43 0.28 0.40 0.48 0.26 0.73 0.38 1.11 1.16 0.92
O5' 0.45 0.46 0.49 0.57 0.44 0.51 0.46 0.61 0.46 0.50 0.45 0.50 0.45 0.52 0.45 0.92 0.58 0.48 0.79 0.51 1.29 1.21 1.03
OP1 0.97 0.90 0.99 0.90 0.92 0.86 0.93 0.88 0.93 0.96 0.91 0.89 0.91 0.95 0.95 1.45 1.04 0.88 1.01 0.98 1.42 1.27 1.07
OP2 1.75 1.50 1.74 1.83 1.70 1.86 1.74 1.94 1.62 1.86 1.49 1.39 1.60 1.87 1.78 1.70 1.73 1.83 1.91 1.59 2.29 1.98 2.00
P 0.90 0.75 0.93 0.95 0.85 0.93 0.87 0.99 0.82 0.95 0.75 0.72 0.80 0.95 0.90 1.21 0.95 0.91 1.05 0.83 1.55 1.30 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.23 0.02 0.47 0.29 0.25
C2 0.04 0.00 0.28 0.14 0.01 0.21 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.43 0.36 0.34 0.31 0.01 0.44 0.60 0.38
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.20 0.13 0.19 0.22 0.34 0.28 0.13 0.04 0.00 0.05 0.02 0.58 0.12 0.94 0.59 0.64
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.17 0.00 0.25 0.03 0.24 0.31 0.19 0.13 0.12 0.32 0.18 0.03 0.00 0.02 0.35 0.28 0.70 0.17 0.37
C4 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.21 0.18 0.32 0.01 0.50 0.56 0.37
C4' 0.02 0.21 0.02 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.09 0.21 0.15 0.28 0.20 0.17 0.07 0.26 0.03 0.01 0.03 0.08 0.23 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.25 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.08 0.40 0.01 0.58 0.72 0.46
C5' 0.09 0.36 0.20 0.03 0.24 0.01 0.23 0.00 0.27 0.25 0.32 0.43 0.33 0.25 0.16 0.13 0.18 0.02 0.01 0.26 0.17 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.09 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.20 0.14 0.38 0.00 0.54 0.78 0.46
C8 0.01 0.01 0.19 0.31 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.21 0.19 0.51 0.03 0.71 0.62 0.52
N1 0.03 0.00 0.22 0.19 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.28 0.26 0.33 0.01 0.48 0.71 0.42
N2 0.05 0.00 0.34 0.13 0.01 0.28 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.55 0.46 0.42 0.32 0.02 0.43 0.58 0.39
N3 0.04 0.00 0.28 0.12 0.00 0.20 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.36 0.34 0.29 0.01 0.44 0.52 0.34
N7 0.01 0.01 0.13 0.32 0.00 0.17 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.21 0.11 0.51 0.03 0.71 0.78 0.56
N9 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.14 0.03 0.34 0.02 0.55 0.46 0.35
O2' 0.03 0.43 0.00 0.03 0.25 0.26 0.30 0.13 0.32 0.43 0.36 0.55 0.42 0.42 0.20 0.00 0.10 0.17 0.52 0.35 1.00 0.68 0.64
O3' 0.25 0.36 0.05 0.00 0.21 0.03 0.17 0.18 0.20 0.21 0.28 0.46 0.36 0.21 0.14 0.10 0.00 0.17 0.30 0.20 0.78 0.32 0.41
O4' 0.01 0.34 0.02 0.02 0.18 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.26 0.42 0.34 0.11 0.03 0.17 0.17 0.00 0.13 0.10 0.19 0.27 0.17
O5' 0.23 0.31 0.58 0.35 0.32 0.03 0.40 0.01 0.38 0.51 0.33 0.32 0.29 0.51 0.34 0.52 0.30 0.13 0.00 0.41 0.04 0.05 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.28 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.35 0.20 0.10 0.41 0.00 0.58 0.87 0.51
OP1 0.47 0.44 0.94 0.70 0.50 0.23 0.58 0.17 0.54 0.71 0.48 0.43 0.44 0.71 0.55 1.00 0.78 0.19 0.04 0.58 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.60 0.59 0.17 0.56 0.21 0.72 0.31 0.78 0.62 0.71 0.58 0.52 0.78 0.46 0.68 0.32 0.27 0.05 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.38 0.64 0.37 0.37 0.05 0.46 0.02 0.46 0.52 0.42 0.39 0.34 0.56 0.35 0.64 0.41 0.17 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00