ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.040, 0.063, 0.087, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.063 std_dev=0.024
N2 B 0, 0.329, 0.614, 0.899, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.614 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.241, 0.549, 0.858, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.549 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.228, 0.549, 0.871, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.549 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.204, 0.535, 0.866, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.535 std_dev=0.331
C4 B 0, 0.181, 0.525, 0.868, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.525 std_dev=0.344
N9 B 0, 0.236, 0.583, 0.929, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.583 std_dev=0.346
C8 B 0, 0.252, 0.599, 0.947, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.599 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.172, 0.523, 0.874, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.523 std_dev=0.351
O4' A 0, -0.044, 0.311, 0.665, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.311 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.151, 0.510, 0.869, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.510 std_dev=0.359
N7 B 0, 0.195, 0.556, 0.916, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.556 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.311, 0.677, 1.044, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.677 std_dev=0.366
C2' A 0, 0.007, 0.379, 0.750, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.379 std_dev=0.371
O6 B 0, 0.201, 0.580, 0.959, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.580 std_dev=0.379
C4' A 0, 0.113, 0.581, 1.049, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.581 std_dev=0.468
C3' A 0, 0.158, 0.763, 1.367, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.763 std_dev=0.605
O3' B 0, 0.873, 1.589, 2.306, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.589 std_dev=0.716
C5' A 0, 0.030, 0.753, 1.475, 2.661 max_d=2.661 avg_d=0.753 std_dev=0.723
O2' A 0, 0.290, 1.035, 1.780, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.035 std_dev=0.745
OP1 A 0, 0.163, 0.997, 1.832, 3.274 max_d=3.274 avg_d=0.997 std_dev=0.835
O4' B 0, 0.471, 1.413, 2.355, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.413 std_dev=0.942
O5' A 0, 0.003, 0.971, 1.938, 3.440 max_d=3.440 avg_d=0.971 std_dev=0.967
C3' B 0, 0.661, 1.642, 2.623, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.642 std_dev=0.981
O3' A 0, 0.436, 1.510, 2.583, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.510 std_dev=1.074
P A 0, 0.155, 1.229, 2.304, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.229 std_dev=1.075
C2' B 0, 0.574, 1.668, 2.763, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.668 std_dev=1.095
C4' B 0, 0.529, 1.684, 2.840, 3.008 max_d=3.008 avg_d=1.684 std_dev=1.155
O2' B 0, 0.720, 2.655, 4.590, 4.993 max_d=4.993 avg_d=2.655 std_dev=1.935
OP2 A 0, 0.216, 2.199, 4.183, 6.102 max_d=6.102 avg_d=2.199 std_dev=1.983
C5' B 0, 0.440, 3.009, 5.579, 5.895 max_d=5.895 avg_d=3.009 std_dev=2.570
O5' B 0, 0.614, 3.880, 7.145, 7.378 max_d=7.378 avg_d=3.880 std_dev=3.266
P B 0, 0.562, 5.284, 10.005, 10.342 max_d=10.342 avg_d=5.284 std_dev=4.722
OP2 B 0, 0.759, 5.688, 10.618, 10.804 max_d=10.804 avg_d=5.688 std_dev=4.930
OP1 B 0, 0.586, 5.951, 11.317, 11.967 max_d=11.967 avg_d=5.951 std_dev=5.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.33 0.01 0.35 0.52 0.56 0.38
C2 0.03 0.00 0.25 0.17 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.37 0.24 0.41 0.65 0.69 0.50
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.04 0.05 0.24 0.10 0.16 0.19 0.25 0.06 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.63 0.75 0.78 0.70
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.20 0.01 0.28 0.05 0.28 0.32 0.22 0.14 0.32 0.34 0.20 0.02 0.01 0.01 0.33 0.38 0.20 0.29
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.27 0.13 0.45 0.62 0.73 0.51
C4' 0.01 0.14 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.16 0.11 0.13 0.09 0.14 0.07 0.32 0.05 0.01 0.02 0.23 0.32 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.28 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.25 0.06 0.52 0.64 0.85 0.60
C5' 0.11 0.25 0.24 0.05 0.17 0.01 0.15 0.00 0.18 0.16 0.23 0.23 0.17 0.14 0.12 0.09 0.19 0.03 0.01 0.18 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.26 0.11 0.51 0.66 0.86 0.60
C8 0.01 0.01 0.16 0.32 0.00 0.16 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.25 0.14 0.58 0.59 0.87 0.62
N1 0.03 0.01 0.19 0.22 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.31 0.19 0.46 0.66 0.78 0.55
N3 0.03 0.00 0.25 0.14 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.39 0.24 0.39 0.62 0.65 0.46
N6 0.02 0.02 0.06 0.32 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.28 0.08 0.55 0.65 0.94 0.65
N7 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.38 0.27 0.07 0.59 0.61 0.95 0.66
N9 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.22 0.02 0.46 0.58 0.71 0.50
O2' 0.04 0.37 0.01 0.02 0.25 0.32 0.31 0.09 0.33 0.37 0.34 0.34 0.36 0.38 0.19 0.00 0.12 0.23 0.41 0.64 0.76 0.52
O3' 0.33 0.37 0.10 0.01 0.27 0.05 0.25 0.19 0.26 0.25 0.31 0.39 0.28 0.27 0.22 0.12 0.00 0.25 0.30 0.48 0.21 0.31
O4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.03 0.11 0.14 0.19 0.24 0.08 0.07 0.02 0.23 0.25 0.00 0.25 0.37 0.59 0.28
O5' 0.35 0.41 0.63 0.33 0.45 0.02 0.52 0.01 0.51 0.58 0.46 0.39 0.55 0.59 0.46 0.41 0.30 0.25 0.00 0.03 0.04 0.00
OP1 0.52 0.65 0.75 0.38 0.62 0.23 0.64 0.18 0.66 0.59 0.66 0.62 0.65 0.61 0.58 0.64 0.48 0.37 0.03 0.00 0.10 0.05
OP2 0.56 0.69 0.78 0.20 0.73 0.32 0.85 0.30 0.86 0.87 0.78 0.65 0.94 0.95 0.71 0.76 0.21 0.59 0.04 0.10 0.00 0.04
P 0.38 0.50 0.70 0.29 0.51 0.06 0.60 0.01 0.60 0.62 0.55 0.46 0.65 0.66 0.50 0.52 0.31 0.28 0.00 0.05 0.04 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.26 0.29 0.20 0.16 0.45 0.12 0.88 0.13 0.21 0.24 0.34 0.21 0.18 0.18 0.64 0.31 0.53 0.29 0.12 0.50 0.46 0.42
C2 0.16 0.09 0.31 0.39 0.15 0.98 0.22 1.85 0.23 0.23 0.16 0.16 0.10 0.25 0.18 0.62 0.21 0.82 1.31 0.28 1.74 1.98 1.91
C2' 0.17 0.35 0.20 0.16 0.19 0.34 0.18 0.68 0.26 0.22 0.38 0.45 0.26 0.22 0.18 0.50 0.25 0.40 0.39 0.28 0.48 0.43 0.30
C3' 0.53 0.43 0.67 0.75 0.49 0.46 0.53 0.51 0.49 0.62 0.45 0.44 0.44 0.62 0.54 0.76 0.69 0.41 1.06 0.53 1.18 1.19 0.98
C4 0.17 0.18 0.30 0.17 0.09 0.65 0.09 1.23 0.08 0.18 0.14 0.27 0.15 0.18 0.14 0.67 0.28 0.68 0.50 0.17 0.77 0.82 0.86
C4' 0.31 0.25 0.57 0.57 0.26 0.30 0.30 0.55 0.29 0.39 0.28 0.30 0.24 0.39 0.32 0.82 0.55 0.35 0.82 0.35 1.04 1.09 0.82
C5 0.20 0.19 0.44 0.22 0.11 0.62 0.09 1.15 0.11 0.19 0.15 0.25 0.17 0.18 0.16 0.84 0.37 0.72 0.43 0.18 0.70 0.71 0.75
C5' 0.31 0.31 0.56 0.56 0.26 0.33 0.30 0.54 0.35 0.35 0.35 0.35 0.27 0.35 0.29 0.91 0.52 0.44 1.01 0.46 1.36 1.48 1.12
C6 0.19 0.10 0.45 0.21 0.12 0.85 0.18 1.54 0.17 0.24 0.10 0.18 0.10 0.25 0.18 0.88 0.30 0.88 0.89 0.21 1.13 1.25 1.30
C8 0.26 0.27 0.54 0.42 0.20 0.31 0.14 0.61 0.19 0.22 0.27 0.31 0.25 0.15 0.22 0.90 0.49 0.52 0.52 0.21 0.82 0.81 0.57
N1 0.19 0.08 0.38 0.38 0.18 1.04 0.24 1.93 0.24 0.25 0.17 0.12 0.09 0.28 0.21 0.77 0.22 0.91 1.39 0.27 1.76 1.99 1.96
N3 0.14 0.13 0.24 0.26 0.10 0.81 0.15 1.55 0.16 0.20 0.11 0.24 0.10 0.22 0.14 0.56 0.21 0.72 0.89 0.23 1.25 1.41 1.39
N6 0.25 0.13 0.63 0.24 0.16 0.87 0.19 1.50 0.16 0.27 0.11 0.19 0.15 0.26 0.23 1.11 0.41 0.98 0.88 0.19 1.08 1.15 1.23
N7 0.26 0.25 0.61 0.44 0.19 0.36 0.13 0.69 0.17 0.20 0.23 0.29 0.24 0.14 0.22 1.00 0.52 0.60 0.43 0.20 0.78 0.73 0.53
N9 0.20 0.24 0.36 0.23 0.14 0.46 0.09 0.90 0.10 0.20 0.22 0.31 0.20 0.16 0.17 0.72 0.35 0.57 0.29 0.14 0.55 0.51 0.46
O2' 0.61 0.69 0.59 0.55 0.63 0.89 0.64 1.28 0.66 0.68 0.70 0.74 0.64 0.69 0.63 0.74 0.61 0.88 0.58 0.68 0.65 0.72 0.76
O3' 0.50 0.32 0.60 0.69 0.43 0.44 0.50 0.51 0.41 0.65 0.33 0.37 0.34 0.67 0.53 0.68 0.65 0.40 1.05 0.47 1.15 1.18 0.98
O4' 0.21 0.24 0.47 0.40 0.15 0.37 0.13 0.75 0.13 0.23 0.22 0.32 0.20 0.22 0.19 0.81 0.45 0.48 0.50 0.18 0.76 0.78 0.58
O5' 0.70 0.88 0.53 0.79 0.81 0.82 0.88 0.89 0.96 0.76 0.94 0.88 0.82 0.84 0.75 0.50 0.66 0.96 1.06 1.05 1.46 1.53 1.21
OP1 0.50 0.65 0.66 0.74 0.55 0.43 0.55 0.57 0.65 0.41 0.68 0.69 0.60 0.46 0.48 1.05 0.67 0.51 1.54 0.71 2.21 2.37 1.90
OP2 1.35 1.41 0.96 1.31 1.47 1.47 1.60 1.58 1.62 1.54 1.49 1.33 1.39 1.67 1.44 0.65 1.17 1.62 1.62 1.71 2.14 2.17 1.90
P 0.81 0.97 0.39 0.74 0.94 0.87 1.01 0.93 1.08 0.90 1.03 0.95 0.92 1.00 0.87 0.47 0.62 1.09 1.13 1.16 1.71 1.81 1.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.10 0.07 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.39 0.03 0.61 0.25 0.35
C2 0.07 0.00 0.47 0.52 0.01 0.61 0.01 1.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.34 0.43 0.35 0.79 0.01 1.06 1.49 1.21
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.23 0.03 0.10 0.20 0.19 0.27 0.35 0.57 0.46 0.16 0.03 0.00 0.07 0.03 0.33 0.13 0.73 0.42 0.41
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.19 0.01 0.16 0.03 0.17 0.48 0.35 0.71 0.51 0.40 0.15 0.02 0.02 0.03 0.06 0.17 0.67 0.30 0.30
C4 0.03 0.01 0.23 0.19 0.00 0.25 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.18 0.25 0.02 0.37 0.28 0.22
C4' 0.01 0.61 0.03 0.01 0.25 0.00 0.10 0.01 0.21 0.37 0.44 0.78 0.58 0.26 0.07 0.26 0.06 0.01 0.01 0.15 0.39 0.17 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.10 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.16 0.08 0.65 0.01 0.73 0.60 0.56
C5' 0.09 1.28 0.20 0.03 0.58 0.01 0.32 0.00 0.55 0.53 0.97 1.64 1.18 0.38 0.14 0.10 0.19 0.02 0.01 0.43 0.31 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.17 0.01 0.21 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.15 0.42 0.01 0.46 0.35 0.32
C8 0.02 0.01 0.27 0.48 0.00 0.37 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.38 0.28 0.19 1.42 0.02 1.62 1.59 1.48
N1 0.05 0.00 0.35 0.35 0.01 0.44 0.01 0.97 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.31 0.27 0.40 0.01 0.63 0.88 0.71
N2 0.10 0.00 0.57 0.71 0.02 0.78 0.01 1.64 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.45 0.56 0.42 1.32 0.01 1.77 2.36 1.93
N3 0.07 0.01 0.46 0.51 0.00 0.58 0.00 1.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.32 0.43 0.35 0.68 0.01 0.84 1.24 1.00
N7 0.01 0.01 0.16 0.40 0.01 0.26 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.24 0.11 1.31 0.02 1.50 1.53 1.37
N9 0.00 0.03 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.18 0.20 0.02 0.68 0.02 0.82 0.58 0.62
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.19 0.26 0.24 0.10 0.24 0.38 0.27 0.45 0.32 0.36 0.18 0.00 0.09 0.15 0.26 0.27 0.74 0.47 0.37
O3' 0.30 0.43 0.07 0.02 0.24 0.06 0.16 0.19 0.18 0.28 0.31 0.56 0.43 0.24 0.20 0.09 0.00 0.22 0.28 0.15 0.82 0.47 0.46
O4' 0.00 0.35 0.03 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.27 0.42 0.35 0.11 0.02 0.15 0.22 0.00 0.38 0.11 0.49 0.30 0.33
O5' 0.39 0.79 0.33 0.06 0.25 0.01 0.65 0.01 0.42 1.42 0.40 1.32 0.68 1.31 0.68 0.26 0.28 0.38 0.00 0.62 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.17 0.02 0.15 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.15 0.11 0.62 0.00 0.66 0.59 0.52
OP1 0.61 1.06 0.73 0.67 0.37 0.39 0.73 0.31 0.46 1.62 0.63 1.77 0.84 1.50 0.82 0.74 0.82 0.49 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 1.49 0.42 0.30 0.28 0.17 0.60 0.31 0.35 1.59 0.88 2.36 1.24 1.53 0.58 0.47 0.47 0.30 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.21 0.41 0.30 0.22 0.10 0.56 0.02 0.32 1.48 0.71 1.93 1.00 1.37 0.62 0.37 0.46 0.33 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00