ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53882

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C6 A 0, -0.001, 0.020, 0.042, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.020 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.028, 0.062, 0.095, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.062 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.021, 0.060, 0.099, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.060 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.028, 0.067, 0.106, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.067 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.006, 0.067, 0.127, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.067 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.307, 0.487, 0.667, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.487 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.181, 0.363, 0.545, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.363 std_dev=0.182
OP1 A 0, 0.175, 0.366, 0.557, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.366 std_dev=0.191
P A 0, 0.267, 0.465, 0.663, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.465 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.367, 0.586, 0.804, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.586 std_dev=0.218
O3' B 0, 0.171, 0.431, 0.691, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.431 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.376, 0.639, 0.902, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.639 std_dev=0.263
C3' B 0, 0.177, 0.441, 0.705, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.441 std_dev=0.264
C8 B 0, 0.255, 0.539, 0.822, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.539 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.172, 0.456, 0.741, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.456 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.331, 0.622, 0.914, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.622 std_dev=0.291
C4' B 0, 0.272, 0.565, 0.857, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.565 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.257, 0.551, 0.845, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.551 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.232, 0.531, 0.830, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.531 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.452, 0.757, 1.062, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.757 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.230, 0.538, 0.846, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.538 std_dev=0.308
P B 0, 0.452, 0.760, 1.068, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.760 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.239, 0.559, 0.880, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.559 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.229, 0.550, 0.871, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.550 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.473, 0.799, 1.124, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.799 std_dev=0.325
OP2 B 0, 0.467, 0.795, 1.124, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.795 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.240, 0.573, 0.905, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.573 std_dev=0.332
C4' A 0, 0.477, 0.811, 1.144, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.811 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.247, 0.584, 0.920, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.584 std_dev=0.336
C2' A 0, 0.338, 0.683, 1.029, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.683 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.295, 0.644, 0.992, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.644 std_dev=0.348
O6 B 0, 0.248, 0.606, 0.964, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.606 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.297, 0.658, 1.019, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.658 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.280, 0.645, 1.010, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.645 std_dev=0.365
O2' B 0, 0.250, 0.620, 0.990, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.620 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.488, 0.873, 1.258, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.873 std_dev=0.385
N2 B 0, 0.359, 0.761, 1.164, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.761 std_dev=0.402
O2' A 0, 0.685, 1.267, 1.849, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.267 std_dev=0.582
C5' A 0, 0.812, 1.447, 2.082, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.447 std_dev=0.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.18 0.18 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.19 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.11 0.09 0.18 0.11 0.10 0.08
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.02 0.06 0.11 0.13 0.20 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.43 0.19 0.36 0.31
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.11 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.14 0.32 0.21
C4 0.01 0.00 0.10 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.06 0.07 0.19 0.11 0.09 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.06 0.01 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.22 0.07 0.09 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.04 0.12 0.09 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.07 0.11 0.24 0.09 0.11 0.12
C8 0.04 0.01 0.11 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.14 0.08 0.04 0.21 0.09 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.13 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.22 0.08 0.11 0.22 0.08 0.11 0.10
N3 0.04 0.01 0.20 0.11 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.10 0.07 0.16 0.14 0.10 0.07
N6 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.04 0.12 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.14 0.29 0.15 0.15 0.18
N7 0.03 0.02 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.10 0.07 0.05 0.22 0.08 0.09 0.10
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.19 0.14 0.09 0.07
O2' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.22 0.30 0.06 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.47 0.23 0.40 0.36
O3' 0.06 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.18 0.16 0.22 0.12
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.11 0.04 0.11 0.07 0.14 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.27 0.12 0.15
O5' 0.18 0.18 0.43 0.32 0.19 0.01 0.22 0.01 0.24 0.21 0.22 0.16 0.29 0.22 0.19 0.47 0.18 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 0.11 0.19 0.14 0.11 0.18 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.14 0.15 0.08 0.14 0.23 0.16 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.10 0.36 0.32 0.09 0.12 0.09 0.25 0.11 0.08 0.11 0.10 0.15 0.09 0.09 0.40 0.22 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.08 0.31 0.21 0.07 0.07 0.09 0.02 0.12 0.08 0.10 0.07 0.18 0.10 0.07 0.36 0.12 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.07 0.15 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.11 0.16 0.13 0.21 0.10 0.11
C2 0.16 0.19 0.14 0.10 0.17 0.10 0.18 0.10 0.20 0.17 0.21 0.20 0.17 0.18 0.16 0.16 0.09 0.11 0.11 0.23 0.20 0.17 0.13
C2' 0.16 0.11 0.20 0.25 0.10 0.23 0.08 0.23 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.22 0.30 0.20 0.23 0.12 0.16 0.13 0.11
C3' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.14 0.11 0.15 0.10 0.10 0.09 0.16 0.11 0.12 0.17 0.10 0.17 0.13 0.28 0.25 0.20
C4 0.14 0.13 0.13 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.16 0.08 0.09 0.09 0.14 0.19 0.14 0.10
C4' 0.23 0.11 0.20 0.22 0.16 0.27 0.15 0.34 0.12 0.26 0.11 0.11 0.14 0.21 0.23 0.17 0.16 0.27 0.34 0.12 0.50 0.36 0.40
C5 0.12 0.13 0.11 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.12 0.14 0.12 0.06 0.10 0.15 0.07 0.07 0.07 0.09 0.18 0.14 0.10
C5' 0.40 0.19 0.31 0.39 0.29 0.49 0.29 0.59 0.23 0.45 0.20 0.16 0.24 0.38 0.39 0.23 0.27 0.48 0.59 0.21 0.72 0.58 0.65
C6 0.12 0.17 0.10 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.15 0.19 0.15 0.08 0.11 0.14 0.09 0.08 0.08 0.08 0.17 0.14 0.10
C8 0.12 0.11 0.12 0.06 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.06 0.11 0.12 0.11 0.05 0.10 0.15 0.06 0.09 0.11 0.12 0.18 0.12 0.10
N1 0.14 0.20 0.12 0.09 0.16 0.09 0.15 0.08 0.18 0.13 0.20 0.22 0.17 0.14 0.14 0.15 0.09 0.10 0.09 0.18 0.18 0.15 0.11
N3 0.16 0.16 0.15 0.11 0.16 0.10 0.17 0.10 0.18 0.17 0.18 0.17 0.15 0.18 0.16 0.17 0.10 0.11 0.11 0.21 0.21 0.17 0.13
N6 0.12 0.18 0.11 0.12 0.11 0.10 0.06 0.10 0.06 0.07 0.14 0.22 0.16 0.05 0.09 0.14 0.14 0.09 0.09 0.05 0.16 0.14 0.10
N7 0.11 0.12 0.10 0.05 0.09 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.11 0.12 0.11 0.06 0.09 0.15 0.06 0.07 0.09 0.12 0.18 0.14 0.11
N9 0.11 0.10 0.12 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.06 0.10 0.14 0.08 0.09 0.11 0.13 0.18 0.11 0.08
O2' 0.35 0.19 0.35 0.41 0.24 0.46 0.20 0.47 0.15 0.29 0.15 0.19 0.23 0.22 0.29 0.36 0.43 0.43 0.49 0.14 0.34 0.33 0.39
O3' 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.17 0.14 0.19 0.14 0.09
O4' 0.21 0.10 0.21 0.22 0.11 0.25 0.08 0.29 0.08 0.18 0.09 0.11 0.12 0.12 0.18 0.20 0.19 0.23 0.27 0.11 0.38 0.24 0.28
O5' 0.10 0.20 0.08 0.11 0.18 0.18 0.22 0.27 0.25 0.16 0.23 0.21 0.17 0.21 0.13 0.07 0.04 0.16 0.29 0.29 0.21 0.12 0.18
OP1 0.10 0.11 0.13 0.02 0.07 0.03 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.14 0.10 0.09 0.07 0.21 0.03 0.04 0.13 0.10 0.22 0.14 0.14
OP2 0.09 0.07 0.11 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.09 0.06 0.10 0.07 0.18 0.01 0.07 0.13 0.11 0.10 0.14 0.09
P 0.05 0.10 0.08 0.01 0.07 0.02 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.07 0.11 0.06 0.13 0.01 0.01 0.13 0.14 0.12 0.11 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.09 0.12 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.04 0.09 0.01 0.13 0.16 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.16 0.08
C3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.15 0.16 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.02 0.13 0.17 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.11 0.02 0.15 0.18 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.02 0.10 0.00 0.15 0.17 0.12
C8 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.04 0.12 0.05 0.15 0.17 0.12
N1 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.10 0.02 0.14 0.17 0.11
N2 0.03 0.01 0.09 0.08 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.13 0.05 0.08 0.01 0.12 0.16 0.09
N3 0.03 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.04 0.09 0.01 0.13 0.16 0.09
N7 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.12 0.05 0.16 0.19 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.03 0.13 0.16 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.12 0.13 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.04 0.04 0.00 0.01 0.10 0.11 0.19 0.20 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05
O5' 0.07 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.04 0.10 0.07 0.00 0.11 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.07 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.11 0.05 0.11 0.00 0.16 0.17 0.13
OP1 0.09 0.13 0.13 0.15 0.13 0.08 0.15 0.04 0.15 0.15 0.14 0.12 0.13 0.16 0.13 0.12 0.19 0.06 0.02 0.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.16 0.16 0.16 0.17 0.06 0.18 0.02 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16 0.19 0.16 0.13 0.20 0.07 0.03 0.17 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.08 0.09 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.06 0.13 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00