ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53884

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N7 B 0, 0.123, 0.235, 0.348, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.235 std_dev=0.113
O4' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C5 B 0, 0.124, 0.251, 0.378, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.251 std_dev=0.127
C4 B 0, 0.146, 0.287, 0.427, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.287 std_dev=0.140
N9 B 0, 0.120, 0.274, 0.429, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.274 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.103, 0.264, 0.426, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.264 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.035, 0.199, 0.363, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.199 std_dev=0.164
C8 B 0, 0.096, 0.263, 0.430, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.263 std_dev=0.167
O3' A 0, 0.159, 0.333, 0.506, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.333 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.161, 0.337, 0.513, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.337 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.019, 0.195, 0.371, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.195 std_dev=0.176
C3' B 0, 0.097, 0.289, 0.482, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.188, 0.385, 0.582, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.385 std_dev=0.197
O6 B 0, 0.150, 0.353, 0.556, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.353 std_dev=0.203
P B 0, 0.157, 0.369, 0.580, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.369 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.029, 0.241, 0.454, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.241 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.124, 0.346, 0.567, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.346 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.129, 0.355, 0.581, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.355 std_dev=0.226
O3' B 0, 0.131, 0.357, 0.584, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.357 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.116, 0.344, 0.572, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.344 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.172, 0.409, 0.646, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.409 std_dev=0.237
OP1 B 0, 0.189, 0.430, 0.670, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.430 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.195, 0.445, 0.694, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.445 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.214, 0.465, 0.717, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.465 std_dev=0.252
O5' B 0, 0.139, 0.395, 0.650, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.395 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.148, 0.413, 0.677, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.413 std_dev=0.264
C5' A 0, 0.020, 0.306, 0.592, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.306 std_dev=0.286
P A 0, 0.110, 0.415, 0.720, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.415 std_dev=0.305
N2 B 0, 0.260, 0.598, 0.936, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.598 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.145, 0.500, 0.856, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.500 std_dev=0.356
O2' A 0, 0.094, 0.457, 0.820, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.457 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.116, 0.492, 0.869, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.492 std_dev=0.376
OP1 A 0, 0.113, 0.566, 1.019, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.566 std_dev=0.453
OP2 A 0, 0.112, 0.629, 1.146, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.629 std_dev=0.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.06 0.23 0.14 0.04
C2 0.03 0.00 0.14 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.04 0.09 0.33 0.16 0.09
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.08 0.05 0.08 0.10 0.13 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.15 0.29 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.26 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.14 0.02 0.09 0.34 0.11 0.09
C4' 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.01 0.09 0.38 0.09 0.12
C5' 0.03 0.05 0.08 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.11 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.10 0.38 0.10 0.12
C8 0.01 0.01 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.13 0.05 0.10 0.38 0.09 0.15
N1 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.03 0.10 0.36 0.13 0.10
N3 0.03 0.00 0.13 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.14 0.04 0.09 0.31 0.16 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.11 0.40 0.09 0.14
N7 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.13 0.03 0.10 0.41 0.11 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.08 0.31 0.09 0.09
O2' 0.03 0.21 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.07 0.10 0.11 0.16 0.21 0.09 0.10 0.05 0.00 0.05 0.04 0.17 0.20 0.40 0.24
O3' 0.16 0.13 0.02 0.01 0.14 0.04 0.13 0.05 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.05 0.00 0.15 0.05 0.04 0.26 0.09
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.15 0.00 0.12 0.26 0.16 0.13
O5' 0.06 0.09 0.12 0.06 0.09 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.17 0.05 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.23 0.33 0.15 0.05 0.34 0.09 0.38 0.09 0.38 0.38 0.36 0.31 0.40 0.41 0.31 0.20 0.04 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.16 0.29 0.26 0.11 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.16 0.09 0.11 0.09 0.40 0.26 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.15 0.10 0.09 0.03 0.12 0.02 0.12 0.15 0.10 0.07 0.14 0.16 0.09 0.24 0.09 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.18 0.13 0.02 0.09 0.15 0.08 0.30 0.11 0.14 0.16 0.22 0.15 0.12 0.07 0.15 0.04 0.13 0.22 0.10 0.11 0.09 0.09
C2 0.17 0.22 0.23 0.10 0.16 0.09 0.13 0.14 0.16 0.14 0.21 0.24 0.19 0.11 0.15 0.30 0.11 0.12 0.14 0.15 0.17 0.20 0.15
C2' 0.13 0.16 0.04 0.14 0.11 0.28 0.10 0.41 0.12 0.11 0.14 0.19 0.16 0.14 0.08 0.07 0.16 0.23 0.29 0.15 0.15 0.17 0.10
C3' 0.10 0.17 0.08 0.07 0.11 0.22 0.10 0.36 0.12 0.12 0.15 0.20 0.15 0.14 0.09 0.08 0.08 0.19 0.22 0.14 0.12 0.22 0.08
C4 0.13 0.19 0.22 0.07 0.08 0.06 0.08 0.16 0.13 0.16 0.19 0.23 0.14 0.14 0.10 0.28 0.09 0.07 0.12 0.14 0.12 0.13 0.08
C4' 0.07 0.19 0.10 0.05 0.10 0.17 0.08 0.32 0.11 0.14 0.16 0.24 0.16 0.13 0.07 0.10 0.04 0.15 0.19 0.11 0.14 0.24 0.13
C5 0.19 0.20 0.27 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.14 0.19 0.21 0.25 0.13 0.15 0.13 0.36 0.12 0.12 0.06 0.16 0.10 0.13 0.05
C5' 0.07 0.21 0.08 0.06 0.10 0.14 0.07 0.26 0.10 0.16 0.18 0.27 0.17 0.13 0.07 0.07 0.03 0.12 0.19 0.09 0.28 0.34 0.24
C6 0.22 0.20 0.27 0.11 0.10 0.11 0.04 0.08 0.13 0.17 0.21 0.26 0.15 0.13 0.16 0.39 0.12 0.16 0.07 0.17 0.11 0.15 0.08
C8 0.13 0.22 0.23 0.09 0.08 0.09 0.10 0.17 0.15 0.21 0.21 0.27 0.15 0.16 0.11 0.30 0.11 0.10 0.11 0.15 0.09 0.13 0.06
N1 0.21 0.22 0.25 0.11 0.15 0.11 0.08 0.10 0.12 0.14 0.21 0.26 0.19 0.11 0.16 0.35 0.12 0.15 0.11 0.15 0.15 0.19 0.13
N3 0.13 0.20 0.21 0.08 0.13 0.08 0.12 0.18 0.15 0.14 0.19 0.22 0.16 0.12 0.12 0.26 0.09 0.09 0.16 0.15 0.17 0.17 0.14
N6 0.26 0.20 0.28 0.12 0.10 0.15 0.07 0.08 0.14 0.18 0.22 0.28 0.15 0.14 0.18 0.43 0.14 0.21 0.07 0.20 0.11 0.14 0.07
N7 0.20 0.23 0.28 0.12 0.07 0.11 0.11 0.11 0.17 0.22 0.23 0.29 0.14 0.17 0.14 0.39 0.14 0.14 0.07 0.18 0.10 0.13 0.06
N9 0.09 0.19 0.19 0.04 0.08 0.08 0.08 0.21 0.13 0.17 0.19 0.23 0.14 0.14 0.08 0.24 0.07 0.07 0.14 0.13 0.09 0.10 0.05
O2' 0.34 0.19 0.22 0.32 0.20 0.50 0.12 0.62 0.12 0.19 0.14 0.20 0.23 0.09 0.26 0.25 0.30 0.48 0.58 0.17 0.42 0.25 0.43
O3' 0.13 0.19 0.06 0.09 0.13 0.24 0.10 0.36 0.12 0.08 0.16 0.22 0.17 0.08 0.11 0.08 0.09 0.23 0.26 0.12 0.21 0.15 0.13
O4' 0.10 0.20 0.20 0.11 0.09 0.13 0.08 0.27 0.12 0.15 0.18 0.25 0.16 0.13 0.08 0.24 0.10 0.11 0.18 0.11 0.13 0.16 0.09
O5' 0.07 0.24 0.10 0.06 0.12 0.10 0.10 0.19 0.14 0.16 0.21 0.29 0.20 0.12 0.07 0.10 0.04 0.09 0.16 0.13 0.20 0.29 0.20
OP1 0.14 0.33 0.17 0.09 0.22 0.05 0.24 0.11 0.28 0.25 0.32 0.38 0.27 0.25 0.18 0.15 0.02 0.06 0.10 0.28 0.31 0.28 0.19
OP2 0.18 0.23 0.09 0.14 0.20 0.26 0.22 0.35 0.22 0.26 0.23 0.25 0.21 0.25 0.21 0.09 0.02 0.25 0.31 0.24 0.51 0.42 0.42
P 0.03 0.21 0.05 0.02 0.09 0.08 0.06 0.12 0.11 0.13 0.18 0.27 0.18 0.09 0.03 0.06 0.01 0.05 0.10 0.09 0.29 0.27 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.14 0.12 0.15
C2 0.04 0.00 0.12 0.16 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.21 0.09 0.10 0.01 0.11 0.15 0.11
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.12 0.08 0.14 0.12 0.10 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.07 0.13 0.06
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.11 0.13 0.19 0.15 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.10 0.16 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.10 0.02 0.12 0.14 0.12
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.05 0.08
C5 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.06 0.07 0.12 0.02 0.14 0.18 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.10 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.12 0.07 0.03 0.03
C6 0.04 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.11 0.08 0.14 0.01 0.15 0.19 0.15
C8 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.06 0.11 0.03 0.14 0.16 0.15
N1 0.04 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.17 0.09 0.12 0.01 0.13 0.17 0.13
N2 0.04 0.00 0.14 0.19 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.26 0.11 0.09 0.02 0.10 0.14 0.10
N3 0.03 0.00 0.12 0.15 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.09 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11
N7 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.06 0.13 0.03 0.15 0.19 0.16
N9 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.04 0.12 0.13 0.13
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.10 0.11 0.10 0.11
O3' 0.03 0.21 0.02 0.01 0.09 0.03 0.06 0.03 0.11 0.12 0.17 0.26 0.18 0.07 0.03 0.05 0.00 0.03 0.10 0.09 0.16 0.20 0.12
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.07 0.09 0.20 0.15 0.19
O5' 0.06 0.10 0.06 0.09 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.11 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.05 0.10 0.07 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.01 0.07 0.08 0.02 0.08 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.09 0.09 0.16 0.00 0.18 0.23 0.18
OP1 0.14 0.11 0.07 0.10 0.12 0.09 0.14 0.07 0.15 0.14 0.13 0.10 0.11 0.15 0.12 0.11 0.16 0.20 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.05 0.18 0.03 0.19 0.16 0.17 0.14 0.13 0.19 0.13 0.10 0.20 0.15 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.11 0.06 0.08 0.12 0.08 0.14 0.03 0.15 0.15 0.13 0.10 0.11 0.16 0.13 0.11 0.12 0.19 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00