ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.022, 0.041, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.021, 0.041, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.028, 0.051, 0.073, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.051 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.019, 0.043, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.039, 0.078, 0.117, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.078 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.048, 0.090, 0.131, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.090 std_dev=0.041
N6 A 0, 0.045, 0.089, 0.134, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.089 std_dev=0.045
C4 B 0, 0.321, 0.677, 1.033, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.677 std_dev=0.356
C2 B 0, 0.263, 0.623, 0.982, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.623 std_dev=0.360
N3 B 0, 0.263, 0.634, 1.006, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.634 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.362, 0.749, 1.136, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.749 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.317, 0.713, 1.109, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.713 std_dev=0.396
N2 B 0, 0.306, 0.748, 1.191, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.748 std_dev=0.442
C6 B 0, 0.346, 0.796, 1.245, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.796 std_dev=0.449
N9 B 0, 0.359, 0.836, 1.314, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.836 std_dev=0.478
N7 B 0, 0.374, 0.901, 1.429, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.901 std_dev=0.527
C8 B 0, 0.388, 0.936, 1.483, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.936 std_dev=0.547
C1' B 0, 0.269, 0.874, 1.478, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.874 std_dev=0.604
O6 B 0, 0.344, 0.998, 1.653, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.998 std_dev=0.654
C2' B 0, 0.396, 1.334, 2.273, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.334 std_dev=0.939
O2' B 0, 0.456, 1.606, 2.755, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.606 std_dev=1.149
O4' A 0, 0.268, 1.514, 2.761, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.514 std_dev=1.246
C2' A 0, 0.273, 1.623, 2.974, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.623 std_dev=1.351
O4' B 0, 0.565, 2.012, 3.459, 3.537 max_d=3.537 avg_d=2.012 std_dev=1.447
O2' A 0, 0.355, 1.859, 3.363, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.859 std_dev=1.504
C4' B 0, 0.734, 2.350, 3.966, 4.230 max_d=4.230 avg_d=2.350 std_dev=1.616
C3' B 0, 0.650, 2.334, 4.017, 4.584 max_d=4.584 avg_d=2.334 std_dev=1.684
C4' A 0, 0.383, 2.199, 4.016, 3.839 max_d=3.839 avg_d=2.199 std_dev=1.816
C3' A 0, 0.423, 2.501, 4.580, 4.377 max_d=4.377 avg_d=2.501 std_dev=2.078
O3' B 0, 0.807, 3.133, 5.459, 6.193 max_d=6.193 avg_d=3.133 std_dev=2.326
C5' B 0, 0.991, 3.791, 6.590, 7.082 max_d=7.082 avg_d=3.791 std_dev=2.800
O3' A 0, 0.633, 3.499, 6.365, 6.117 max_d=6.117 avg_d=3.499 std_dev=2.866
C5' A 0, 0.674, 3.838, 7.002, 6.624 max_d=6.624 avg_d=3.838 std_dev=3.164
O5' B 0, 0.976, 4.449, 7.922, 8.619 max_d=8.619 avg_d=4.449 std_dev=3.473
O5' A 0, 1.118, 4.924, 8.730, 8.328 max_d=8.328 avg_d=4.924 std_dev=3.806
P B 0, 1.139, 5.964, 10.788, 11.620 max_d=11.620 avg_d=5.964 std_dev=4.825
P A 0, 1.546, 6.693, 11.839, 11.297 max_d=11.297 avg_d=6.693 std_dev=5.147
OP2 B 0, 1.182, 6.474, 11.766, 12.636 max_d=12.636 avg_d=6.474 std_dev=5.292
OP1 B 0, 1.375, 6.703, 12.031, 13.116 max_d=13.116 avg_d=6.703 std_dev=5.328
OP2 A 0, 1.681, 7.114, 12.546, 12.099 max_d=12.099 avg_d=7.114 std_dev=5.432
OP1 A 0, 1.934, 7.726, 13.519, 12.923 max_d=12.923 avg_d=7.726 std_dev=5.792

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.35 0.35 0.20 0.24
C2 0.07 0.00 0.05 0.76 0.02 0.82 0.02 1.30 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.30 0.78 0.53 1.25 1.54 1.90 1.61
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.33 0.14 0.16
C3' 0.02 0.76 0.01 0.00 0.34 0.01 0.13 0.01 0.30 0.41 0.57 0.74 0.20 0.28 0.06 0.02 0.01 0.02 0.20 0.35 0.29 0.20
C4 0.04 0.02 0.03 0.34 0.00 0.35 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.13 0.31 0.26 0.48 0.43 0.53 0.49
C4' 0.02 0.82 0.02 0.01 0.35 0.00 0.10 0.01 0.27 0.52 0.59 0.81 0.14 0.37 0.06 0.08 0.02 0.01 0.02 0.20 0.37 0.09
C5 0.03 0.02 0.04 0.13 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.15 0.07 0.62 0.49 0.46 0.54
C5' 0.05 1.30 0.02 0.01 0.51 0.01 0.20 0.00 0.42 0.82 0.93 1.23 0.25 0.64 0.16 0.07 0.05 0.03 0.01 0.29 0.37 0.01
C6 0.05 0.02 0.06 0.30 0.02 0.27 0.01 0.42 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.33 0.18 0.53 0.44 0.60 0.56
C8 0.01 0.03 0.05 0.41 0.01 0.52 0.03 0.82 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.17 0.38 0.38 1.41 1.43 1.37 1.42
N1 0.06 0.01 0.06 0.57 0.02 0.59 0.02 0.93 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.20 0.61 0.38 0.87 1.08 1.36 1.14
N3 0.07 0.01 0.04 0.74 0.01 0.81 0.02 1.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.31 0.70 0.56 1.14 1.29 1.59 1.38
N6 0.05 0.03 0.07 0.20 0.02 0.14 0.02 0.25 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.24 0.10 0.62 0.49 0.61 0.60
N7 0.02 0.03 0.05 0.28 0.02 0.37 0.00 0.64 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.13 0.26 0.25 1.27 1.32 1.32 1.32
N9 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.16 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.62 0.55 0.35 0.50
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.13 0.08 0.04 0.07 0.08 0.17 0.20 0.31 0.05 0.13 0.02 0.00 0.06 0.05 0.11 0.22 0.27 0.08
O3' 0.03 0.78 0.02 0.01 0.31 0.02 0.15 0.05 0.33 0.38 0.61 0.70 0.24 0.26 0.06 0.06 0.00 0.04 0.34 0.39 0.50 0.33
O4' 0.01 0.53 0.01 0.02 0.26 0.01 0.07 0.03 0.18 0.38 0.38 0.56 0.10 0.25 0.02 0.05 0.04 0.00 0.29 0.32 0.37 0.22
O5' 0.35 1.25 0.22 0.20 0.48 0.02 0.62 0.01 0.53 1.41 0.87 1.14 0.62 1.27 0.62 0.11 0.34 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.35 1.54 0.33 0.35 0.43 0.20 0.49 0.29 0.44 1.43 1.08 1.29 0.49 1.32 0.55 0.22 0.39 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 1.90 0.14 0.29 0.53 0.37 0.46 0.37 0.60 1.37 1.36 1.59 0.61 1.32 0.35 0.27 0.50 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 1.61 0.16 0.20 0.49 0.09 0.54 0.01 0.56 1.42 1.14 1.38 0.60 1.32 0.50 0.08 0.33 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.46 0.24 0.66 0.16 0.41 0.97 0.35 1.71 0.25 0.48 0.21 0.19 0.35 0.41 0.51 0.99 0.73 1.43 1.92 0.21 2.28 2.48 2.55
C2 0.47 0.20 0.92 1.12 0.32 0.54 0.28 0.49 0.20 0.49 0.19 0.22 0.27 0.41 0.45 0.82 1.49 0.55 0.54 0.25 0.61 0.50 0.41
C2' 1.25 1.10 0.48 0.68 1.15 1.78 0.93 2.53 0.77 1.02 0.85 1.13 1.27 0.88 1.20 0.61 0.14 2.20 2.73 0.60 2.98 3.09 3.28
C3' 0.53 0.98 0.47 0.63 0.60 1.38 0.41 2.33 0.46 0.38 0.74 1.32 0.92 0.30 0.52 0.78 0.86 1.58 2.70 0.35 3.31 3.49 3.57
C4 0.35 0.14 0.75 0.54 0.33 0.46 0.32 0.83 0.19 0.44 0.09 0.14 0.25 0.40 0.41 0.86 0.98 0.93 0.91 0.17 1.01 1.24 1.28
C4' 0.76 0.24 1.53 1.25 0.43 1.16 0.43 1.88 0.30 0.72 0.27 0.48 0.27 0.60 0.64 1.86 1.72 1.19 2.17 0.32 2.95 3.06 3.08
C5 0.32 0.22 0.62 0.44 0.31 0.47 0.33 0.82 0.21 0.43 0.14 0.28 0.26 0.42 0.38 0.73 0.79 0.83 0.92 0.20 1.04 1.29 1.29
C5' 1.74 0.36 2.57 2.36 1.08 1.90 1.03 2.09 0.69 1.59 0.44 0.43 0.72 1.34 1.49 2.88 2.86 1.62 2.22 0.67 2.99 3.07 3.01
C6 0.37 0.28 0.65 0.65 0.32 0.39 0.33 0.49 0.21 0.48 0.26 0.35 0.27 0.46 0.40 0.66 0.96 0.61 0.49 0.17 0.50 0.59 0.63
C8 0.32 0.21 0.53 0.15 0.33 0.88 0.33 1.56 0.27 0.39 0.17 0.20 0.30 0.37 0.39 0.82 0.46 1.19 1.85 0.29 2.25 2.62 2.50
N1 0.45 0.26 0.78 0.96 0.33 0.53 0.31 0.53 0.24 0.51 0.28 0.30 0.28 0.45 0.44 0.69 1.27 0.51 0.59 0.28 0.69 0.60 0.52
N3 0.42 0.14 0.93 0.91 0.32 0.33 0.29 0.40 0.16 0.47 0.08 0.15 0.25 0.40 0.44 0.92 1.38 0.77 0.33 0.17 0.29 0.40 0.52
N6 0.37 0.34 0.56 0.59 0.32 0.41 0.34 0.52 0.24 0.49 0.33 0.44 0.29 0.49 0.39 0.57 0.83 0.57 0.55 0.20 0.59 0.67 0.68
N7 0.30 0.24 0.50 0.22 0.31 0.71 0.33 1.25 0.26 0.39 0.15 0.32 0.29 0.39 0.36 0.72 0.50 1.00 1.48 0.29 1.78 2.13 2.02
N9 0.37 0.19 0.65 0.23 0.37 0.78 0.34 1.39 0.24 0.43 0.17 0.11 0.30 0.39 0.44 0.90 0.71 1.21 1.60 0.22 1.88 2.16 2.16
O2' 1.68 1.05 0.88 1.08 1.34 2.24 1.12 2.97 0.86 1.40 0.83 0.97 1.34 1.18 1.54 0.91 0.56 2.66 2.97 0.69 3.26 3.14 3.46
O3' 0.86 1.32 0.16 0.90 0.89 1.80 0.62 2.88 0.65 0.53 0.99 1.71 1.28 0.43 0.78 0.36 0.86 1.88 3.25 0.48 4.10 3.98 4.28
O4' 0.77 0.43 1.59 1.10 0.60 0.82 0.55 1.42 0.46 0.66 0.41 0.31 0.55 0.58 0.67 1.93 1.56 1.00 1.67 0.42 2.27 2.47 2.47
O5' 1.70 0.78 2.39 2.53 0.99 2.21 0.95 2.49 0.69 1.61 0.77 1.20 0.74 1.31 1.45 2.65 3.16 1.87 2.66 0.66 3.32 3.59 3.37
OP1 2.30 0.97 2.80 3.22 1.30 3.11 1.26 3.42 0.84 2.25 0.91 1.52 0.95 1.83 1.96 3.04 3.90 2.59 3.39 0.78 4.16 4.06 3.94
OP2 2.51 0.92 3.00 3.34 1.61 3.02 1.63 3.14 1.14 2.63 0.97 1.30 1.08 2.24 2.28 3.06 3.71 2.61 3.17 1.10 3.48 3.53 3.41
P 2.46 0.83 3.07 3.40 1.48 3.07 1.44 3.19 0.97 2.39 0.84 1.20 1.02 1.98 2.14 3.25 4.06 2.59 3.16 0.91 3.66 3.69 3.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.08 0.22 0.14
C2 0.05 0.00 0.16 0.56 0.01 0.78 0.02 1.30 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.51 0.49 0.65 1.70 0.03 1.89 2.20 1.99
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.13 0.19 0.16 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.11 0.10 0.07
C3' 0.02 0.56 0.01 0.00 0.22 0.01 0.05 0.03 0.15 0.37 0.38 0.74 0.56 0.27 0.08 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.15 0.10 0.08
C4 0.03 0.01 0.08 0.22 0.00 0.33 0.01 0.48 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.33 0.55 0.02 0.55 0.55 0.57
C4' 0.01 0.78 0.01 0.01 0.33 0.00 0.09 0.01 0.24 0.45 0.54 1.02 0.76 0.31 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.14 0.10 0.08 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.12 0.12 0.02 0.11 0.18 0.12
C5' 0.02 1.30 0.02 0.03 0.48 0.01 0.11 0.00 0.38 0.76 0.91 1.76 1.20 0.56 0.10 0.05 0.05 0.01 0.01 0.20 0.09 0.04 0.04
C6 0.03 0.02 0.09 0.15 0.02 0.24 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.12 0.24 0.45 0.01 0.47 0.51 0.51
C8 0.05 0.01 0.09 0.37 0.01 0.45 0.01 0.76 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.30 0.37 1.07 0.04 1.16 1.44 1.25
N1 0.04 0.01 0.13 0.38 0.01 0.54 0.02 0.91 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.33 0.47 1.17 0.03 1.34 1.56 1.41
N2 0.07 0.01 0.19 0.74 0.02 1.02 0.02 1.76 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.67 0.67 0.79 2.33 0.05 2.76 3.26 2.87
N3 0.06 0.01 0.16 0.56 0.01 0.76 0.01 1.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.49 0.46 0.65 1.52 0.03 1.58 1.74 1.66
N7 0.04 0.02 0.07 0.27 0.01 0.31 0.01 0.56 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.22 0.24 0.21 0.84 0.03 0.98 1.26 1.03
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.21 0.04 0.22 0.37 0.27
O2' 0.02 0.51 0.00 0.01 0.20 0.06 0.08 0.05 0.17 0.30 0.37 0.67 0.49 0.22 0.03 0.00 0.04 0.08 0.03 0.13 0.15 0.08 0.06
O3' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.17 0.03 0.05 0.05 0.12 0.30 0.33 0.67 0.46 0.24 0.07 0.04 0.00 0.02 0.11 0.07 0.24 0.19 0.15
O4' 0.01 0.65 0.01 0.01 0.33 0.00 0.12 0.01 0.24 0.37 0.47 0.79 0.65 0.21 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.17 0.08 0.21 0.14
O5' 0.09 1.70 0.04 0.07 0.55 0.03 0.12 0.01 0.45 1.07 1.17 2.33 1.52 0.84 0.21 0.03 0.11 0.07 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.09 0.02 0.14 0.02 0.20 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.13 0.07 0.17 0.22 0.00 0.21 0.23 0.25
OP1 0.08 1.89 0.11 0.15 0.55 0.10 0.11 0.09 0.47 1.16 1.34 2.76 1.58 0.98 0.22 0.15 0.24 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 2.20 0.10 0.10 0.55 0.08 0.18 0.04 0.51 1.44 1.56 3.26 1.74 1.26 0.37 0.08 0.19 0.21 0.02 0.23 0.02 0.00 0.01
P 0.14 1.99 0.07 0.08 0.57 0.06 0.12 0.04 0.51 1.25 1.41 2.87 1.66 1.03 0.27 0.06 0.15 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00