Doublet Group distance statistics: 53887

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.015, 0.036, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N9	A	0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N6	A	0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C4	B	0, 0.092, 0.238, 0.383, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.145
N9	B	0, 0.086, 0.262, 0.437, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.262 std_dev=0.175
N3	B	0, 0.038, 0.288, 0.538, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.288 std_dev=0.250
C8	B	0, 0.078, 0.382, 0.687, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.382 std_dev=0.305
C1'	B	0, 0.075, 0.381, 0.686, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.381 std_dev=0.306
C5	B	0, 0.018, 0.332, 0.646, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.332 std_dev=0.314
N7	B	0, 0.041, 0.417, 0.792, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.417 std_dev=0.375
O4'	B	0, 0.084, 0.515, 0.946, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.515 std_dev=0.431
O4'	A	0, -0.117, 0.317, 0.750, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.317 std_dev=0.433
C2	B	0, -0.068, 0.370, 0.808, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.370 std_dev=0.438
C6	B	0, -0.086, 0.423, 0.932, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.423 std_dev=0.509
C2'	A	0, -0.216, 0.315, 0.846, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.315 std_dev=0.531
N1	B	0, -0.122, 0.419, 0.960, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.419 std_dev=0.541
C2'	B	0, -0.012, 0.552, 1.116, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.552 std_dev=0.564
N2	B	0, -0.116, 0.488, 1.091, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.488 std_dev=0.604
C4'	A	0, -0.230, 0.379, 0.989, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.379 std_dev=0.610
C3'	A	0, -0.087, 0.561, 1.209, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.561 std_dev=0.648
O6	B	0, -0.114, 0.569, 1.251, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.569 std_dev=0.682
O5'	B	0, 0.354, 1.052, 1.751, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.052 std_dev=0.698
P	B	0, 0.133, 0.878, 1.624, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.878 std_dev=0.746
O2'	A	0, -0.091, 0.722, 1.534, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.722 std_dev=0.813
O2'	B	0, -0.073, 0.756, 1.585, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.756 std_dev=0.829
OP2	B	0, 0.240, 1.071, 1.901, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.071 std_dev=0.830
C4'	B	0, 0.052, 0.892, 1.733, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.892 std_dev=0.840
C3'	B	0, 0.001, 0.896, 1.792, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.896 std_dev=0.896
O3'	A	0, 0.040, 0.985, 1.930, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.985 std_dev=0.945
C5'	A	0, -0.168, 0.798, 1.765, 2.803 max_d=2.803 avg_d=0.798 std_dev=0.967
C5'	B	0, 0.160, 1.150, 2.140, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.150 std_dev=0.990
O5'	A	0, -0.049, 0.962, 1.973, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.962 std_dev=1.011
OP1	B	0, 0.715, 1.970, 3.226, 3.400 max_d=3.400 avg_d=1.970 std_dev=1.255
O3'	B	0, -0.211, 1.207, 2.625, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.207 std_dev=1.418
P	A	0, -0.102, 1.369, 2.840, 3.475 max_d=3.475 avg_d=1.369 std_dev=1.471
OP1	A	0, -0.043, 1.551, 3.145, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.551 std_dev=1.594
OP2	A	0, -0.213, 1.492, 3.197, 4.110 max_d=4.110 avg_d=1.492 std_dev=1.705

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.09	0.03	0.01	0.03	0.03	0.04	0.02	0.01	0.03	0.31	0.00	0.14	0.24	0.17	0.15
C2	0.03	0.00	0.28	0.40	0.01	0.17	0.01	0.18	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.32	0.46	0.05	0.25	0.33	0.34	0.28
C2'	0.01	0.28	0.00	0.01	0.12	0.02	0.05	0.24	0.10	0.18	0.19	0.30	0.07	0.13	0.03	0.01	0.03	0.03	0.48	0.66	0.69	0.60
C3'	0.02	0.40	0.01	0.00	0.23	0.01	0.18	0.02	0.23	0.24	0.33	0.39	0.19	0.21	0.11	0.02	0.02	0.01	0.08	0.35	0.21	0.21
C4	0.02	0.01	0.12	0.23	0.00	0.08	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.28	0.25	0.03	0.13	0.17	0.17	0.14
C4'	0.01	0.17	0.02	0.01	0.08	0.00	0.02	0.01	0.05	0.12	0.12	0.17	0.03	0.08	0.02	0.24	0.06	0.00	0.01	0.16	0.03	0.05
C5	0.03	0.01	0.05	0.18	0.00	0.02	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.32	0.14	0.04	0.09	0.08	0.12	0.07
C5'	0.09	0.18	0.24	0.02	0.09	0.01	0.12	0.00	0.11	0.26	0.13	0.17	0.15	0.22	0.11	0.08	0.13	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02
C6	0.03	0.01	0.10	0.23	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.36	0.21	0.04	0.11	0.12	0.15	0.11
C8	0.01	0.02	0.18	0.24	0.01	0.12	0.01	0.26	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.22	0.21	0.05	0.26	0.24	0.29	0.20
N1	0.03	0.00	0.19	0.33	0.01	0.12	0.01	0.13	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.35	0.35	0.04	0.19	0.25	0.27	0.21
N3	0.03	0.00	0.30	0.39	0.00	0.17	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.29	0.45	0.05	0.24	0.31	0.31	0.26
N6	0.04	0.01	0.07	0.19	0.02	0.03	0.02	0.15	0.01	0.04	0.02	0.01	0.00	0.04	0.04	0.38	0.15	0.06	0.11	0.08	0.14	0.07
N7	0.02	0.01	0.13	0.21	0.01	0.08	0.00	0.22	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.28	0.15	0.04	0.20	0.19	0.28	0.17
N9	0.01	0.02	0.03	0.11	0.01	0.02	0.02	0.11	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.19	0.17	0.02	0.11	0.14	0.09	0.09
O2'	0.03	0.32	0.01	0.02	0.28	0.24	0.32	0.08	0.36	0.22	0.35	0.29	0.38	0.28	0.19	0.00	0.07	0.16	0.42	0.66	0.88	0.63
O3'	0.31	0.46	0.03	0.02	0.25	0.06	0.14	0.13	0.21	0.21	0.35	0.45	0.15	0.15	0.17	0.07	0.00	0.26	0.07	0.13	0.12	0.07
O4'	0.00	0.05	0.03	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.05	0.04	0.05	0.06	0.04	0.02	0.16	0.26	0.00	0.10	0.05	0.18	0.15
O5'	0.14	0.25	0.48	0.08	0.13	0.01	0.09	0.01	0.11	0.26	0.19	0.24	0.11	0.20	0.11	0.42	0.07	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.24	0.33	0.66	0.35	0.17	0.16	0.08	0.04	0.12	0.24	0.25	0.31	0.08	0.19	0.14	0.66	0.13	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.17	0.34	0.69	0.21	0.17	0.03	0.12	0.01	0.15	0.29	0.27	0.31	0.14	0.28	0.09	0.88	0.12	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.28	0.60	0.21	0.14	0.05	0.07	0.02	0.11	0.20	0.21	0.26	0.07	0.17	0.09	0.63	0.07	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.20	0.47	0.63	0.11	0.46	0.22	0.63	0.35	0.20	0.31	0.20	0.10	0.21	0.15	0.62	0.66	0.23	0.32	0.47	1.11	0.41	0.38
C2	0.08	0.11	0.07	0.15	0.07	0.07	0.16	0.19	0.16	0.16	0.08	0.16	0.10	0.22	0.08	0.32	0.12	0.10	0.29	0.22	0.64	0.59	0.28
C2'	0.23	0.20	0.37	0.68	0.21	0.48	0.26	0.59	0.30	0.29	0.26	0.18	0.18	0.32	0.24	0.38	0.76	0.28	0.33	0.38	1.27	0.38	0.44
C3'	0.39	0.17	0.51	0.59	0.25	0.55	0.19	0.79	0.10	0.34	0.11	0.17	0.24	0.24	0.33	0.69	0.66	0.37	0.59	0.06	1.51	0.66	0.70
C4	0.13	0.09	0.24	0.34	0.06	0.21	0.11	0.37	0.15	0.14	0.14	0.09	0.06	0.13	0.10	0.44	0.27	0.11	0.26	0.19	0.86	0.47	0.33
C4'	0.52	0.12	0.72	0.93	0.26	0.84	0.16	1.10	0.05	0.43	0.06	0.11	0.22	0.27	0.41	0.75	1.01	0.56	0.73	0.14	1.27	0.79	0.70
C5	0.08	0.09	0.13	0.22	0.05	0.12	0.08	0.21	0.08	0.11	0.07	0.12	0.08	0.13	0.06	0.38	0.13	0.07	0.32	0.11	0.82	0.51	0.38
C5'	0.74	0.34	0.91	1.25	0.49	1.20	0.41	1.49	0.26	0.66	0.26	0.31	0.45	0.50	0.63	0.77	1.37	0.87	1.01	0.18	1.14	1.15	0.91
C6	0.12	0.16	0.16	0.18	0.06	0.16	0.10	0.04	0.14	0.12	0.17	0.19	0.09	0.10	0.09	0.36	0.25	0.12	0.40	0.15	0.68	0.63	0.40
C8	0.24	0.07	0.40	0.52	0.06	0.39	0.16	0.47	0.21	0.13	0.13	0.09	0.09	0.23	0.10	0.64	0.58	0.23	0.34	0.30	1.10	0.37	0.45
N1	0.15	0.08	0.14	0.17	0.07	0.19	0.16	0.07	0.23	0.10	0.18	0.07	0.03	0.16	0.09	0.35	0.30	0.17	0.39	0.27	0.60	0.66	0.36
N3	0.09	0.16	0.20	0.29	0.07	0.15	0.12	0.35	0.14	0.19	0.18	0.20	0.11	0.20	0.11	0.38	0.17	0.07	0.24	0.16	0.76	0.51	0.27
N6	0.24	0.28	0.37	0.37	0.07	0.34	0.10	0.23	0.19	0.20	0.27	0.36	0.17	0.12	0.15	0.50	0.51	0.22	0.53	0.19	0.64	0.71	0.48
N7	0.16	0.11	0.23	0.33	0.05	0.23	0.11	0.28	0.12	0.16	0.07	0.17	0.13	0.22	0.05	0.50	0.33	0.15	0.34	0.19	0.97	0.43	0.44
N9	0.22	0.11	0.39	0.51	0.08	0.37	0.16	0.51	0.24	0.14	0.20	0.10	0.06	0.18	0.13	0.58	0.52	0.20	0.30	0.33	1.04	0.42	0.39
O2'	0.64	0.82	0.62	0.97	0.80	0.82	0.90	0.87	0.96	0.76	0.90	0.79	0.77	0.89	0.73	0.37	0.98	0.75	0.66	1.04	1.24	0.57	0.68
O3'	0.32	0.10	0.45	0.48	0.17	0.47	0.14	0.72	0.09	0.30	0.10	0.11	0.14	0.22	0.26	0.61	0.56	0.31	0.70	0.14	1.80	0.94	0.94
O4'	0.49	0.05	0.73	0.90	0.17	0.78	0.07	1.01	0.15	0.37	0.14	0.07	0.13	0.18	0.35	0.81	0.95	0.52	0.68	0.29	1.15	0.71	0.64
O5'	0.86	0.54	0.97	1.32	0.66	1.32	0.60	1.61	0.49	0.81	0.48	0.52	0.62	0.68	0.78	0.79	1.40	1.02	1.07	0.42	1.00	1.20	0.93
OP1	1.01	0.75	1.06	1.50	0.83	1.63	0.77	2.01	0.71	0.90	0.70	0.74	0.81	0.81	0.91	0.87	1.61	1.28	1.58	0.67	1.30	1.94	1.47
OP2	1.13	0.90	1.12	1.59	0.96	1.74	0.91	2.08	0.85	1.01	0.86	0.89	0.95	0.93	1.04	0.88	1.60	1.43	1.51	0.81	0.98	1.73	1.32
P	1.05	0.74	1.13	1.58	0.84	1.65	0.77	1.98	0.68	0.95	0.68	0.72	0.81	0.83	0.95	0.90	1.67	1.31	1.45	0.63	1.05	1.70	1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.08	0.03	0.01	0.04	0.06	0.05	0.01	0.01	0.01	0.13	0.00	0.29	0.03	0.46	0.51	0.28
C2	0.05	0.00	0.03	0.08	0.01	0.16	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.26	0.13	0.50	0.02	0.50	0.84	0.41
C2'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.04	0.05	0.10	0.04	0.08	0.02	0.05	0.03	0.08	0.04	0.00	0.03	0.02	0.39	0.05	0.66	0.38	0.38
C3'	0.02	0.08	0.01	0.00	0.13	0.01	0.22	0.02	0.21	0.33	0.12	0.13	0.07	0.33	0.18	0.03	0.00	0.02	0.39	0.25	0.55	0.22	0.30
C4	0.02	0.01	0.02	0.13	0.00	0.02	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.06	0.06	0.39	0.02	0.57	0.72	0.34
C4'	0.01	0.16	0.04	0.01	0.02	0.00	0.07	0.00	0.04	0.21	0.07	0.25	0.15	0.19	0.07	0.24	0.07	0.01	0.01	0.07	0.42	0.20	0.08
C5	0.02	0.00	0.05	0.22	0.01	0.07	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.17	0.11	0.04	0.41	0.01	0.81	0.73	0.39
C5'	0.08	0.09	0.10	0.02	0.13	0.00	0.24	0.00	0.20	0.36	0.10	0.18	0.09	0.37	0.19	0.16	0.14	0.01	0.01	0.26	0.30	0.20	0.01
C6	0.03	0.01	0.04	0.21	0.02	0.04	0.01	0.20	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.17	0.08	0.06	0.44	0.00	0.75	0.80	0.38
C8	0.01	0.01	0.08	0.33	0.01	0.21	0.00	0.36	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.17	0.31	0.06	0.43	0.02	1.06	0.58	0.50
N1	0.04	0.01	0.02	0.12	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.12	0.10	0.48	0.01	0.58	0.84	0.39
N2	0.06	0.01	0.05	0.13	0.01	0.25	0.00	0.18	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.13	0.39	0.17	0.57	0.02	0.60	0.88	0.49
N3	0.05	0.01	0.03	0.07	0.00	0.15	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.26	0.13	0.46	0.02	0.43	0.77	0.37
N7	0.01	0.01	0.08	0.33	0.01	0.19	0.00	0.37	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.19	0.30	0.04	0.43	0.02	1.10	0.66	0.49
N9	0.01	0.02	0.04	0.18	0.01	0.07	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.11	0.06	0.01	0.36	0.02	0.69	0.61	0.36
O2'	0.01	0.13	0.00	0.03	0.13	0.24	0.17	0.16	0.17	0.17	0.15	0.13	0.11	0.19	0.11	0.00	0.07	0.17	0.19	0.19	0.52	0.25	0.21
O3'	0.13	0.26	0.03	0.00	0.06	0.07	0.11	0.14	0.08	0.31	0.12	0.39	0.26	0.30	0.06	0.07	0.00	0.11	0.26	0.15	0.56	0.25	0.12
O4'	0.00	0.13	0.02	0.02	0.06	0.01	0.04	0.01	0.06	0.06	0.10	0.17	0.13	0.04	0.01	0.17	0.11	0.00	0.31	0.06	0.32	0.51	0.22
O5'	0.29	0.50	0.39	0.39	0.39	0.01	0.41	0.01	0.44	0.43	0.48	0.57	0.46	0.43	0.36	0.19	0.26	0.31	0.00	0.44	0.02	0.01	0.00
O6	0.03	0.02	0.05	0.25	0.02	0.07	0.01	0.26	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.19	0.15	0.06	0.44	0.00	0.88	0.80	0.40
OP1	0.46	0.50	0.66	0.55	0.57	0.42	0.81	0.30	0.75	1.06	0.58	0.60	0.43	1.10	0.69	0.52	0.56	0.32	0.02	0.88	0.00	0.01	0.01
OP2	0.51	0.84	0.38	0.22	0.72	0.20	0.73	0.20	0.80	0.58	0.84	0.88	0.77	0.66	0.61	0.25	0.25	0.51	0.01	0.80	0.01	0.00	0.01
P	0.28	0.41	0.38	0.30	0.34	0.08	0.39	0.01	0.38	0.50	0.39	0.49	0.37	0.49	0.36	0.21	0.12	0.22	0.00	0.40	0.01	0.01	0.00