ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N6 A 0, -0.002, 0.006, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.036, 0.142, 0.248, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.028, 0.134, 0.241, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.134 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.077, 0.188, 0.299, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.188 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.065, 0.217, 0.369, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.217 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.074, 0.237, 0.400, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.237 std_dev=0.163
OP2 A 0, 0.080, 0.296, 0.513, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.296 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.132, 0.364, 0.596, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.364 std_dev=0.232
P A 0, 0.099, 0.332, 0.565, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.332 std_dev=0.233
O5' A 0, 0.118, 0.352, 0.586, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.352 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.116, 0.369, 0.621, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.369 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.092, 0.344, 0.597, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.344 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.141, 0.401, 0.662, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.401 std_dev=0.260
C5' A 0, 0.113, 0.374, 0.635, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.374 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.086, 0.352, 0.618, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.352 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.063, 0.332, 0.601, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.332 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.137, 0.408, 0.679, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.408 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.132, 0.408, 0.685, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.408 std_dev=0.276
N1 B 0, 0.072, 0.354, 0.636, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.354 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.170, 0.452, 0.734, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.452 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.195, 0.480, 0.764, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.480 std_dev=0.285
C8 B 0, 0.179, 0.472, 0.765, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.472 std_dev=0.293
N2 B 0, 0.081, 0.375, 0.669, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.375 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.159, 0.465, 0.770, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.465 std_dev=0.305
C2' B 0, 0.218, 0.526, 0.834, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.526 std_dev=0.308
O6 B 0, 0.171, 0.482, 0.793, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.482 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.225, 0.542, 0.859, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.542 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.244, 0.583, 0.923, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.583 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.234, 0.578, 0.923, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.578 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.225, 0.570, 0.916, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.570 std_dev=0.346
O5' B 0, 0.254, 0.637, 1.020, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.637 std_dev=0.383
O3' B 0, 0.231, 0.641, 1.052, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.641 std_dev=0.410
P B 0, 0.310, 0.792, 1.273, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.792 std_dev=0.482
OP2 B 0, 0.309, 0.853, 1.397, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.853 std_dev=0.544
OP1 B 0, 0.284, 0.846, 1.407, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.846 std_dev=0.562

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.18 0.10
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.16 0.03 0.16 0.14 0.14 0.13
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.11 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.08 0.11 0.12 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.10 0.07
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.15 0.11 0.16 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.17 0.13 0.15 0.14
C5' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.18 0.15 0.14 0.15
C8 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.15 0.09 0.18 0.12
N1 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.02 0.18 0.15 0.14 0.14
N3 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.03 0.14 0.12 0.15 0.12
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.20 0.17 0.13 0.16
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.18 0.13 0.15 0.14
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.09 0.17 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.13 0.04
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.09 0.13 0.14 0.08 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.08 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.12 0.19 0.13
O5' 0.06 0.16 0.01 0.06 0.15 0.01 0.17 0.00 0.18 0.15 0.18 0.14 0.20 0.18 0.12 0.01 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.14 0.09 0.12 0.11 0.05 0.13 0.01 0.15 0.09 0.15 0.12 0.17 0.13 0.09 0.07 0.15 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.14 0.13 0.10 0.16 0.09 0.15 0.06 0.14 0.18 0.14 0.15 0.13 0.15 0.17 0.13 0.08 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.05 0.07 0.12 0.04 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.12 0.16 0.14 0.11 0.04 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.15 0.05 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.13 0.05 0.16 0.18 0.12 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.09 0.17 0.13 0.14 0.10
C2 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.06 0.08 0.07 0.14 0.05 0.13 0.03 0.04 0.08 0.04 0.08 0.12 0.04 0.07 0.18 0.15 0.11 0.08
C2' 0.05 0.13 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.12 0.05 0.14 0.16 0.10 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.15 0.11 0.11 0.09
C3' 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.11 0.06 0.08 0.05
C4 0.05 0.11 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.09 0.03 0.10 0.13 0.09 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.07 0.13 0.14 0.13 0.09
C4' 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.08 0.12 0.06 0.06 0.03 0.07 0.06 0.03 0.05 0.11 0.06 0.08 0.05
C5 0.06 0.13 0.06 0.07 0.09 0.05 0.08 0.06 0.11 0.05 0.13 0.14 0.12 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.13 0.14 0.13 0.10
C5' 0.09 0.06 0.12 0.10 0.06 0.09 0.05 0.09 0.02 0.10 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.12 0.12 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08
C6 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.05 0.08 0.10 0.15 0.13 0.10
C8 0.07 0.19 0.07 0.07 0.12 0.06 0.14 0.07 0.20 0.06 0.22 0.21 0.15 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.24 0.13 0.15 0.11
N1 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.13 0.06 0.12 0.04 0.05 0.08 0.06 0.08 0.12 0.05 0.08 0.16 0.15 0.11 0.09
N3 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.06 0.06 0.11 0.03 0.08 0.07 0.05 0.06 0.03 0.07 0.10 0.04 0.07 0.16 0.14 0.12 0.08
N6 0.09 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.05 0.06 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.16 0.13 0.10
N7 0.08 0.19 0.07 0.07 0.13 0.06 0.15 0.07 0.21 0.07 0.22 0.19 0.16 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.23 0.14 0.15 0.11
N9 0.06 0.15 0.06 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.13 0.04 0.16 0.18 0.12 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.17 0.13 0.14 0.10
O2' 0.10 0.18 0.09 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.15 0.08 0.19 0.22 0.15 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.17 0.14 0.13 0.10
O3' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05
O4' 0.06 0.13 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.13 0.06 0.14 0.16 0.10 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.10 0.18 0.14 0.16 0.12
O5' 0.16 0.06 0.20 0.19 0.11 0.18 0.09 0.17 0.03 0.16 0.02 0.08 0.09 0.14 0.15 0.20 0.21 0.15 0.17 0.06 0.16 0.14 0.15
OP1 0.15 0.04 0.21 0.22 0.07 0.19 0.06 0.19 0.09 0.14 0.09 0.06 0.05 0.11 0.13 0.20 0.25 0.16 0.19 0.17 0.21 0.17 0.17
OP2 0.11 0.10 0.14 0.14 0.09 0.12 0.11 0.10 0.15 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.15 0.11 0.09 0.22 0.09 0.13 0.09
P 0.14 0.03 0.18 0.18 0.07 0.16 0.06 0.15 0.07 0.12 0.07 0.05 0.05 0.09 0.11 0.18 0.20 0.13 0.14 0.13 0.14 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03
N1 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
N2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.13 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.15 0.11 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.07
O5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03
OP1 0.02 0.04 0.07 0.09 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.08 0.15 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00