ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53892

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.017, 0.044, 0.072, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.044 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.010, 0.046, 0.082, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.046 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.023, 0.061, 0.099, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.061 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.035, 0.083, 0.132, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.083 std_dev=0.048
N7 A 0, 0.028, 0.080, 0.132, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.080 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.014, 0.155, 0.296, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.155 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.109, 0.358, 0.607, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.358 std_dev=0.249
C2' A 0, -0.037, 0.221, 0.479, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.221 std_dev=0.258
C4' A 0, 0.007, 0.266, 0.524, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.266 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.153, 0.430, 0.707, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.430 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.127, 0.412, 0.697, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.412 std_dev=0.285
C3' A 0, -0.024, 0.328, 0.680, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.328 std_dev=0.352
O2' A 0, -0.040, 0.314, 0.668, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.314 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.218, 0.659, 1.100, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.659 std_dev=0.441
C5' A 0, 0.010, 0.453, 0.897, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.453 std_dev=0.443
C2 B 0, 0.111, 0.585, 1.059, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.585 std_dev=0.474
C8 B 0, 0.120, 0.599, 1.077, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.599 std_dev=0.478
O4' B 0, 0.214, 0.699, 1.183, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.699 std_dev=0.485
O5' A 0, 0.015, 0.513, 1.011, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.513 std_dev=0.498
C5 B 0, 0.004, 0.509, 1.015, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.509 std_dev=0.505
O3' A 0, -0.077, 0.486, 1.048, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.486 std_dev=0.563
N1 B 0, 0.070, 0.693, 1.316, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.693 std_dev=0.623
N2 B 0, 0.108, 0.732, 1.357, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.732 std_dev=0.625
N7 B 0, 0.022, 0.649, 1.277, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.649 std_dev=0.628
C3' B 0, 0.202, 0.831, 1.460, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.831 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.175, 0.819, 1.463, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.819 std_dev=0.644
C6 B 0, 0.016, 0.688, 1.360, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.688 std_dev=0.672
OP2 A 0, 0.179, 0.854, 1.528, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.854 std_dev=0.674
O3' B 0, 0.287, 0.987, 1.687, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.987 std_dev=0.700
C2' B 0, 0.213, 1.005, 1.797, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.005 std_dev=0.792
C5' B 0, 0.060, 0.873, 1.686, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.873 std_dev=0.813
O6 B 0, 0.014, 0.866, 1.717, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.866 std_dev=0.851
P A 0, -0.068, 0.795, 1.658, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.795 std_dev=0.863
O5' B 0, -0.044, 0.977, 1.999, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.977 std_dev=1.021
OP1 A 0, 0.119, 1.248, 2.376, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.248 std_dev=1.128
O2' B 0, -0.028, 1.425, 2.877, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.425 std_dev=1.453
P B 0, 0.041, 1.738, 3.436, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.738 std_dev=1.698
OP2 B 0, 0.140, 2.117, 4.094, 4.997 max_d=4.997 avg_d=2.117 std_dev=1.977
OP1 B 0, -0.017, 2.196, 4.410, 5.481 max_d=5.481 avg_d=2.196 std_dev=2.213

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.15 0.12 0.11
C2 0.07 0.00 0.20 0.15 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.26 0.24 0.02 0.15 0.19 0.32 0.24
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.16 0.19 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.10 0.06
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.14 0.11 0.15 0.10 0.15 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.13 0.05
C4 0.03 0.01 0.11 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.13 0.17 0.26 0.19
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.06 0.07 0.10 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.06 0.20 0.08 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.08 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.03 0.19 0.27 0.36 0.27
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.04 0.19 0.18 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.25 0.04 0.05
C6 0.02 0.02 0.09 0.08 0.01 0.07 0.02 0.14 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.11 0.04 0.22 0.32 0.42 0.32
C8 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.12 0.01 0.16 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.14 0.04 0.17 0.23 0.26 0.19
N1 0.05 0.00 0.16 0.11 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.21 0.18 0.03 0.20 0.27 0.39 0.30
N3 0.07 0.01 0.19 0.15 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.24 0.23 0.02 0.11 0.14 0.25 0.18
N6 0.02 0.04 0.05 0.10 0.01 0.10 0.03 0.19 0.02 0.06 0.05 0.02 0.00 0.09 0.03 0.08 0.09 0.06 0.28 0.40 0.51 0.40
N7 0.04 0.03 0.08 0.15 0.01 0.13 0.02 0.18 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.06 0.15 0.05 0.21 0.31 0.36 0.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.11 0.14 0.19 0.14
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.12 0.05 0.07 0.05 0.12 0.08 0.21 0.24 0.08 0.06 0.02 0.00 0.08 0.04 0.07 0.14 0.11 0.08
O3' 0.07 0.24 0.06 0.02 0.13 0.01 0.10 0.03 0.11 0.14 0.18 0.23 0.09 0.15 0.06 0.08 0.00 0.03 0.05 0.12 0.18 0.07
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.14 0.24 0.10 0.14
O5' 0.09 0.15 0.05 0.03 0.13 0.06 0.19 0.02 0.22 0.17 0.20 0.11 0.28 0.21 0.11 0.07 0.05 0.14 0.00 0.05 0.04 0.02
OP1 0.15 0.19 0.10 0.10 0.17 0.20 0.27 0.25 0.32 0.23 0.27 0.14 0.40 0.31 0.14 0.14 0.12 0.24 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.32 0.10 0.13 0.26 0.08 0.36 0.04 0.42 0.26 0.39 0.25 0.51 0.36 0.19 0.11 0.18 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.06 0.05 0.19 0.07 0.27 0.05 0.32 0.19 0.30 0.18 0.40 0.27 0.14 0.08 0.07 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.23 0.50 0.24 0.17 0.26 0.20 0.18 0.11 0.43 0.26 0.41 0.11 0.39 0.31 1.09 0.54 0.30 0.14 0.14 0.35 0.44 0.38
C2 0.41 0.16 0.41 0.32 0.29 0.35 0.28 0.23 0.12 0.42 0.12 0.25 0.22 0.38 0.37 1.01 0.73 0.38 0.14 0.06 0.14 0.22 0.22
C2' 0.31 0.26 0.48 0.28 0.15 0.31 0.24 0.30 0.07 0.47 0.24 0.51 0.10 0.46 0.32 0.96 0.51 0.32 0.30 0.10 0.59 0.67 0.59
C3' 0.36 0.28 0.57 0.32 0.15 0.35 0.20 0.34 0.06 0.49 0.29 0.52 0.09 0.46 0.34 1.06 0.51 0.36 0.33 0.04 0.60 0.65 0.57
C4 0.40 0.25 0.52 0.27 0.22 0.29 0.20 0.17 0.18 0.42 0.33 0.39 0.17 0.36 0.34 1.15 0.59 0.34 0.05 0.24 0.17 0.29 0.24
C4' 0.38 0.23 0.60 0.31 0.15 0.33 0.18 0.29 0.05 0.48 0.26 0.45 0.06 0.41 0.34 1.18 0.54 0.35 0.25 0.08 0.46 0.52 0.46
C5 0.41 0.31 0.57 0.26 0.19 0.29 0.17 0.17 0.33 0.39 0.43 0.40 0.18 0.28 0.31 1.23 0.52 0.35 0.04 0.46 0.09 0.18 0.14
C5' 0.44 0.23 0.71 0.37 0.16 0.38 0.15 0.34 0.11 0.49 0.29 0.43 0.06 0.39 0.37 1.32 0.56 0.40 0.29 0.18 0.42 0.47 0.42
C6 0.46 0.26 0.56 0.30 0.22 0.34 0.17 0.22 0.29 0.39 0.37 0.33 0.17 0.27 0.35 1.25 0.59 0.40 0.15 0.38 0.11 0.11 0.08
C8 0.36 0.35 0.58 0.23 0.16 0.24 0.16 0.16 0.37 0.35 0.47 0.47 0.19 0.25 0.26 1.21 0.42 0.29 0.09 0.52 0.24 0.30 0.25
N1 0.45 0.16 0.46 0.33 0.27 0.37 0.20 0.26 0.09 0.39 0.19 0.23 0.21 0.31 0.37 1.11 0.71 0.42 0.20 0.14 0.14 0.12 0.15
N3 0.39 0.19 0.44 0.28 0.27 0.31 0.28 0.18 0.13 0.44 0.18 0.33 0.19 0.41 0.36 1.04 0.68 0.35 0.07 0.08 0.19 0.31 0.28
N6 0.48 0.26 0.64 0.33 0.16 0.36 0.21 0.26 0.40 0.36 0.41 0.30 0.12 0.25 0.31 1.36 0.53 0.42 0.23 0.49 0.27 0.26 0.18
N7 0.39 0.36 0.61 0.24 0.18 0.25 0.21 0.15 0.45 0.34 0.50 0.44 0.21 0.24 0.27 1.26 0.40 0.31 0.02 0.62 0.17 0.23 0.16
N9 0.37 0.29 0.54 0.24 0.18 0.26 0.17 0.16 0.22 0.41 0.37 0.43 0.16 0.34 0.30 1.16 0.52 0.31 0.09 0.30 0.25 0.34 0.29
O2' 0.29 0.23 0.42 0.28 0.19 0.31 0.31 0.31 0.20 0.48 0.15 0.51 0.13 0.51 0.33 0.84 0.52 0.32 0.32 0.30 0.68 0.75 0.66
O3' 0.37 0.35 0.56 0.36 0.21 0.41 0.27 0.43 0.17 0.52 0.32 0.60 0.21 0.50 0.37 0.97 0.52 0.41 0.44 0.18 0.78 0.81 0.72
O4' 0.37 0.23 0.56 0.26 0.16 0.27 0.16 0.20 0.12 0.41 0.28 0.40 0.12 0.34 0.31 1.20 0.54 0.31 0.14 0.17 0.31 0.40 0.35
O5' 0.48 0.26 0.78 0.38 0.17 0.40 0.11 0.34 0.18 0.49 0.34 0.43 0.12 0.35 0.37 1.39 0.55 0.42 0.28 0.30 0.38 0.43 0.38
OP1 0.65 0.18 0.99 0.61 0.24 0.64 0.20 0.64 0.14 0.64 0.29 0.38 0.08 0.47 0.52 1.56 0.68 0.64 0.60 0.27 0.65 0.64 0.61
OP2 0.56 0.31 0.96 0.48 0.20 0.43 0.14 0.33 0.36 0.43 0.44 0.41 0.20 0.22 0.38 1.59 0.59 0.44 0.22 0.56 0.20 0.21 0.19
P 0.53 0.28 0.88 0.44 0.18 0.43 0.08 0.37 0.25 0.47 0.38 0.43 0.16 0.29 0.39 1.52 0.57 0.45 0.29 0.40 0.30 0.32 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.02 0.04 0.33 0.00 0.08 0.09 0.15 0.25 0.26
C2 0.04 0.00 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.22 0.50 0.05 0.22 0.05 0.42 0.54 0.48
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.15 0.07 0.14 0.05 0.13 0.09 0.14 0.02 0.01 0.07 0.03 0.30 0.11 0.32 0.38 0.32
C3' 0.04 0.05 0.01 0.00 0.16 0.01 0.27 0.07 0.25 0.37 0.14 0.10 0.02 0.37 0.21 0.02 0.02 0.01 0.23 0.30 0.36 0.21 0.17
C4 0.02 0.02 0.03 0.16 0.00 0.09 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.27 0.29 0.05 0.26 0.03 0.37 0.46 0.43
C4' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.20 0.02 0.17 0.30 0.08 0.13 0.06 0.30 0.14 0.26 0.03 0.01 0.03 0.23 0.05 0.14 0.16
C5 0.06 0.01 0.08 0.27 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.40 0.16 0.12 0.42 0.03 0.56 0.65 0.59
C5' 0.03 0.12 0.15 0.07 0.20 0.02 0.34 0.00 0.33 0.41 0.23 0.07 0.07 0.45 0.21 0.12 0.17 0.04 0.02 0.40 0.07 0.04 0.04
C6 0.05 0.02 0.07 0.25 0.02 0.17 0.01 0.33 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.06 0.41 0.20 0.11 0.43 0.02 0.64 0.75 0.66
C8 0.07 0.02 0.14 0.37 0.01 0.30 0.03 0.41 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.38 0.19 0.14 0.44 0.09 0.46 0.44 0.46
N1 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.08 0.02 0.23 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.33 0.35 0.07 0.33 0.04 0.56 0.68 0.60
N2 0.08 0.02 0.13 0.10 0.02 0.13 0.02 0.07 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.17 0.65 0.10 0.17 0.10 0.37 0.50 0.44
N3 0.04 0.00 0.09 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.16 0.51 0.06 0.15 0.02 0.32 0.41 0.39
N7 0.08 0.02 0.14 0.37 0.03 0.30 0.01 0.45 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.46 0.18 0.15 0.52 0.07 0.64 0.69 0.64
N9 0.02 0.03 0.02 0.21 0.02 0.14 0.06 0.21 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.24 0.16 0.05 0.23 0.09 0.26 0.32 0.32
O2' 0.04 0.22 0.01 0.02 0.27 0.26 0.40 0.12 0.41 0.38 0.33 0.17 0.16 0.46 0.24 0.00 0.10 0.22 0.26 0.47 0.37 0.46 0.28
O3' 0.33 0.50 0.07 0.02 0.29 0.03 0.16 0.17 0.20 0.19 0.35 0.65 0.51 0.18 0.16 0.10 0.00 0.20 0.31 0.16 0.52 0.29 0.27
O4' 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.04 0.11 0.14 0.07 0.10 0.06 0.15 0.05 0.22 0.20 0.00 0.08 0.16 0.32 0.41 0.42
O5' 0.08 0.22 0.30 0.23 0.26 0.03 0.42 0.02 0.43 0.44 0.33 0.17 0.15 0.52 0.23 0.26 0.31 0.08 0.00 0.50 0.04 0.03 0.03
O6 0.09 0.05 0.11 0.30 0.03 0.23 0.03 0.40 0.02 0.09 0.04 0.10 0.02 0.07 0.09 0.47 0.16 0.16 0.50 0.00 0.77 0.88 0.77
OP1 0.15 0.42 0.32 0.36 0.37 0.05 0.56 0.07 0.64 0.46 0.56 0.37 0.32 0.64 0.26 0.37 0.52 0.32 0.04 0.77 0.00 0.04 0.02
OP2 0.25 0.54 0.38 0.21 0.46 0.14 0.65 0.04 0.75 0.44 0.68 0.50 0.41 0.69 0.32 0.46 0.29 0.41 0.03 0.88 0.04 0.00 0.02
P 0.26 0.48 0.32 0.17 0.43 0.16 0.59 0.04 0.66 0.46 0.60 0.44 0.39 0.64 0.32 0.28 0.27 0.42 0.03 0.77 0.02 0.02 0.00