ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53893

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N7 A 0, -0.004, 0.029, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.018, 0.052, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.052 std_dev=0.034
C8 A 0, -0.002, 0.035, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.035 std_dev=0.037
O4' A 0, -0.004, 0.075, 0.153, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.075 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.002, 0.085, 0.168, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.085 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.022, 0.121, 0.220, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.099
P A 0, 0.016, 0.121, 0.226, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.105
C4' A 0, -0.004, 0.113, 0.230, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.113 std_dev=0.117
N3 B 0, 0.010, 0.137, 0.264, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.137 std_dev=0.127
OP1 A 0, 0.001, 0.132, 0.263, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.132 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.015, 0.146, 0.277, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.146 std_dev=0.131
O4' B 0, 0.030, 0.163, 0.295, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.163 std_dev=0.132
C1' B 0, 0.021, 0.157, 0.293, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.157 std_dev=0.136
OP2 A 0, 0.021, 0.157, 0.293, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.157 std_dev=0.136
C3' B 0, 0.019, 0.157, 0.295, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.157 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.004, 0.143, 0.282, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.143 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.013, 0.152, 0.292, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.152 std_dev=0.140
C4' B 0, 0.023, 0.163, 0.304, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.163 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.022, 0.165, 0.309, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.165 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.030, 0.184, 0.338, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.184 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.009, 0.164, 0.319, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.164 std_dev=0.155
N9 B 0, 0.010, 0.165, 0.320, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.165 std_dev=0.155
O5' A 0, -0.007, 0.150, 0.307, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.150 std_dev=0.157
O3' B 0, 0.023, 0.194, 0.365, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.194 std_dev=0.171
C5' B 0, 0.032, 0.208, 0.383, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.208 std_dev=0.176
C5' A 0, -0.011, 0.172, 0.355, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.172 std_dev=0.183
N2 B 0, -0.017, 0.170, 0.358, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.170 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.001, 0.194, 0.386, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.194 std_dev=0.193
O3' A 0, 0.031, 0.229, 0.427, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.229 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.003, 0.202, 0.402, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.202 std_dev=0.199
C6 B 0, -0.002, 0.208, 0.417, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.208 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.007, 0.219, 0.430, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.219 std_dev=0.212
N7 B 0, -0.008, 0.233, 0.474, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.233 std_dev=0.241
P B 0, -0.023, 0.252, 0.526, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.252 std_dev=0.275
O6 B 0, -0.007, 0.272, 0.551, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.272 std_dev=0.279
OP2 B 0, -0.018, 0.267, 0.552, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.267 std_dev=0.285
OP1 B 0, -0.059, 0.250, 0.558, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.250 std_dev=0.308

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.03 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.08 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.12 0.04 0.10 0.11 0.07 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.06 0.09 0.07 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05
C4 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.07 0.12 0.05 0.06
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.08 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.02 0.06 0.12 0.05 0.06
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.13 0.03 0.07 0.11 0.07 0.06
C8 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.12 0.03 0.04
N1 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.13 0.03 0.09 0.11 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.10 0.04 0.09 0.13 0.06 0.07
N6 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.08 0.03 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.03 0.15 0.04 0.08 0.13 0.07 0.07
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.03 0.11 0.04 0.04
N9 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.13 0.03 0.05
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.02 0.04 0.18 0.03 0.08
O3' 0.03 0.12 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.13 0.06 0.13 0.10 0.15 0.07 0.04 0.06 0.00 0.02 0.06 0.06 0.14 0.10
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.13 0.01 0.05
O5' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.09 0.09 0.08 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.11 0.10 0.02 0.12 0.06 0.12 0.01 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.13 0.18 0.06 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.05 0.00 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.13 0.10 0.08 0.03 0.09 0.06 0.02 0.05
C2 0.06 0.05 0.10 0.08 0.05 0.06 0.11 0.08 0.15 0.05 0.10 0.02 0.04 0.10 0.05 0.12 0.10 0.05 0.08 0.20 0.09 0.10 0.10
C2' 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.15 0.14 0.09 0.05 0.08 0.08 0.03 0.06
C3' 0.10 0.03 0.16 0.16 0.04 0.14 0.04 0.11 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.06 0.21 0.21 0.10 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07
C4 0.05 0.04 0.10 0.07 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.02 0.05 0.07 0.06 0.06 0.02 0.14 0.10 0.02 0.02 0.11 0.04 0.03 0.03
C4' 0.12 0.05 0.17 0.17 0.06 0.16 0.05 0.14 0.05 0.07 0.03 0.07 0.09 0.07 0.08 0.22 0.21 0.13 0.11 0.08 0.13 0.08 0.10
C5 0.07 0.05 0.11 0.07 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.09 0.07 0.01 0.05 0.14 0.10 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02
C5' 0.11 0.05 0.18 0.20 0.05 0.18 0.03 0.16 0.04 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05 0.07 0.22 0.25 0.12 0.13 0.07 0.14 0.09 0.11
C6 0.07 0.04 0.12 0.08 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.14 0.10 0.03 0.05 0.11 0.05 0.05 0.05
C8 0.09 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08 0.04 0.08 0.03 0.05 0.04 0.14 0.12 0.03 0.07 0.14 0.11 0.08 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04
N1 0.06 0.04 0.11 0.08 0.05 0.05 0.08 0.08 0.13 0.04 0.09 0.03 0.05 0.07 0.05 0.13 0.10 0.05 0.08 0.19 0.09 0.09 0.09
N3 0.04 0.02 0.09 0.07 0.03 0.04 0.10 0.05 0.12 0.05 0.07 0.03 0.02 0.10 0.03 0.12 0.10 0.03 0.06 0.15 0.06 0.07 0.07
N6 0.08 0.06 0.12 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.15 0.10 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04
N7 0.10 0.11 0.12 0.09 0.08 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.04 0.15 0.12 0.03 0.08 0.15 0.11 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03
N9 0.06 0.05 0.09 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.13 0.10 0.05 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02
O2' 0.08 0.08 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.05 0.08 0.08 0.03 0.06
O3' 0.14 0.05 0.19 0.20 0.05 0.20 0.03 0.17 0.07 0.04 0.03 0.08 0.09 0.05 0.07 0.26 0.26 0.15 0.13 0.12 0.15 0.09 0.11
O4' 0.09 0.06 0.12 0.11 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.07 0.08 0.09 0.06 0.17 0.14 0.08 0.06 0.09 0.08 0.04 0.06
O5' 0.05 0.01 0.11 0.16 0.03 0.15 0.08 0.14 0.09 0.08 0.05 0.02 0.02 0.11 0.04 0.18 0.23 0.08 0.10 0.12 0.11 0.05 0.08
OP1 0.13 0.12 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.04 0.14 0.14 0.12 0.11 0.11 0.15 0.14 0.10 0.11 0.09 0.09 0.15 0.07 0.07 0.08
OP2 0.08 0.05 0.08 0.11 0.04 0.13 0.06 0.12 0.05 0.07 0.02 0.07 0.06 0.08 0.05 0.12 0.18 0.09 0.11 0.08 0.11 0.06 0.09
P 0.05 0.03 0.02 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.05 0.02 0.02 0.11 0.07 0.04 0.16 0.02 0.08 0.11 0.07 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.08 0.03 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02
C5' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.11 0.16 0.13 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02
C6 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01
N1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.11 0.02 0.11 0.10 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.02 0.12 0.08 0.11
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.06 0.11 0.08
O5' 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.11 0.08 0.01 0.03 0.04 0.13 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03
OP1 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.11 0.08 0.03 0.02 0.04 0.12 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.10 0.08 0.02 0.04 0.03 0.08 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03 0.11 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00