ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53894

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.038, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.019, 0.067, 0.114, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.067 std_dev=0.047
C6 A 0, 0.019, 0.069, 0.119, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.069 std_dev=0.050
N3 A 0, 0.021, 0.073, 0.124, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.073 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.076 std_dev=0.054
N1 A 0, 0.022, 0.078, 0.134, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.078 std_dev=0.056
C5 A 0, 0.024, 0.083, 0.142, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.083 std_dev=0.059
N6 A 0, 0.033, 0.113, 0.193, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.113 std_dev=0.080
C1' A 0, 0.034, 0.128, 0.223, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.128 std_dev=0.094
C8 A 0, 0.049, 0.169, 0.289, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.169 std_dev=0.120
N7 A 0, 0.053, 0.182, 0.311, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.182 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.169, 0.587, 1.006, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.587 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.119, 0.564, 1.008, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.564 std_dev=0.444
N3 B 0, 0.024, 0.518, 1.013, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.518 std_dev=0.495
N9 B 0, 0.064, 0.562, 1.060, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.562 std_dev=0.498
C2 B 0, 0.001, 0.637, 1.273, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.637 std_dev=0.636
C5 B 0, 0.251, 0.897, 1.542, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.897 std_dev=0.646
N1 B 0, 0.162, 0.813, 1.464, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.813 std_dev=0.651
C8 B 0, 0.163, 0.886, 1.609, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.886 std_dev=0.723
C6 B 0, 0.304, 1.043, 1.782, 1.629 max_d=1.629 avg_d=1.043 std_dev=0.739
O4' B 0, 0.305, 1.119, 1.933, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.119 std_dev=0.814
N7 B 0, 0.280, 1.104, 1.928, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.104 std_dev=0.824
N2 B 0, 0.070, 0.925, 1.780, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.925 std_dev=0.855
O6 B 0, 0.406, 1.391, 2.376, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.391 std_dev=0.985
O4' A 0, -0.011, 1.055, 2.121, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.055 std_dev=1.066
C2' A 0, 0.110, 1.238, 2.366, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.238 std_dev=1.128
O2' A 0, 0.387, 1.523, 2.659, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.523 std_dev=1.136
C4' B 0, 0.329, 1.610, 2.890, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.610 std_dev=1.281
C2' B 0, 0.145, 1.511, 2.877, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.511 std_dev=1.366
C4' A 0, 0.162, 1.661, 3.161, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.661 std_dev=1.499
C3' B 0, 0.142, 1.929, 3.715, 4.307 max_d=4.307 avg_d=1.929 std_dev=1.787
O2' B 0, 0.082, 1.889, 3.697, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.889 std_dev=1.807
C3' A 0, -0.035, 1.795, 3.626, 4.308 max_d=4.308 avg_d=1.795 std_dev=1.830
C5' B 0, 0.217, 2.648, 5.078, 5.870 max_d=5.870 avg_d=2.648 std_dev=2.431
O3' A 0, 0.159, 2.716, 5.273, 6.142 max_d=6.142 avg_d=2.716 std_dev=2.557
C5' A 0, 0.286, 2.957, 5.628, 6.472 max_d=6.472 avg_d=2.957 std_dev=2.671
O3' B 0, 0.049, 2.796, 5.543, 6.531 max_d=6.531 avg_d=2.796 std_dev=2.747
O5' B 0, 0.621, 3.623, 6.625, 7.351 max_d=7.351 avg_d=3.623 std_dev=3.002
O5' A 0, -0.530, 3.027, 6.584, 8.020 max_d=8.020 avg_d=3.027 std_dev=3.557
OP1 A 0, 0.730, 4.360, 7.990, 8.888 max_d=8.888 avg_d=4.360 std_dev=3.630
P A 0, -0.376, 3.673, 7.722, 9.313 max_d=9.313 avg_d=3.673 std_dev=4.049
P B 0, 0.363, 4.468, 8.572, 9.911 max_d=9.911 avg_d=4.468 std_dev=4.105
OP2 A 0, 0.213, 4.861, 9.509, 11.124 max_d=11.124 avg_d=4.861 std_dev=4.648
OP2 B 0, 0.594, 5.311, 10.027, 11.461 max_d=11.461 avg_d=5.311 std_dev=4.717
OP1 B 0, -0.390, 4.365, 9.119, 10.976 max_d=10.976 avg_d=4.365 std_dev=4.754

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.07 0.03 0.09 0.04 0.08 0.07 0.09 0.06 0.04 0.02 0.31 0.01 0.19 0.71 0.67 0.28
C2 0.08 0.00 0.26 0.18 0.02 0.64 0.01 0.95 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.36 0.18 0.78 0.92 1.89 2.15 1.70
C2' 0.04 0.26 0.00 0.03 0.21 0.02 0.19 0.03 0.22 0.09 0.25 0.26 0.20 0.12 0.12 0.01 0.14 0.06 0.17 0.58 0.67 0.22
C3' 0.09 0.18 0.03 0.00 0.16 0.01 0.31 0.07 0.23 0.55 0.10 0.21 0.31 0.52 0.28 0.05 0.04 0.05 0.25 0.42 0.40 0.06
C4 0.07 0.02 0.21 0.16 0.00 0.24 0.01 0.24 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.19 0.25 0.40 0.18 0.74 1.06 0.55
C4' 0.09 0.64 0.02 0.01 0.24 0.00 0.10 0.01 0.18 0.49 0.44 0.63 0.11 0.38 0.12 0.21 0.06 0.02 0.03 0.58 0.52 0.27
C5 0.07 0.01 0.19 0.31 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.28 0.31 0.20 0.55 0.27 0.75 0.11
C5' 0.03 0.95 0.03 0.07 0.24 0.01 0.14 0.00 0.14 0.88 0.62 0.89 0.08 0.73 0.23 0.20 0.14 0.00 0.01 0.28 0.27 0.03
C6 0.09 0.02 0.22 0.23 0.02 0.18 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.26 0.27 0.36 0.28 0.59 0.95 0.41
C8 0.04 0.02 0.09 0.55 0.02 0.49 0.00 0.88 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.51 0.40 0.37 1.40 1.03 1.05 1.06
N1 0.08 0.01 0.25 0.10 0.02 0.44 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.27 0.18 0.60 0.49 1.40 1.58 1.17
N3 0.07 0.01 0.26 0.21 0.01 0.63 0.01 0.89 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.35 0.23 0.78 0.85 1.65 2.02 1.54
N6 0.09 0.03 0.20 0.31 0.03 0.11 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.31 0.32 0.27 0.53 0.24 0.84 0.22
N7 0.06 0.02 0.12 0.52 0.02 0.38 0.01 0.73 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.47 0.41 0.21 1.28 0.86 1.11 0.97
N9 0.04 0.03 0.12 0.28 0.01 0.12 0.03 0.23 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.23 0.28 0.06 0.56 0.51 0.57 0.10
O2' 0.02 0.36 0.01 0.05 0.19 0.21 0.28 0.20 0.26 0.51 0.27 0.35 0.31 0.47 0.23 0.00 0.29 0.17 0.17 0.92 0.53 0.37
O3' 0.31 0.18 0.14 0.04 0.25 0.06 0.31 0.14 0.27 0.40 0.18 0.23 0.32 0.41 0.28 0.29 0.00 0.14 0.32 0.71 0.22 0.30
O4' 0.01 0.78 0.06 0.05 0.40 0.02 0.20 0.00 0.36 0.37 0.60 0.78 0.27 0.21 0.06 0.17 0.14 0.00 0.05 0.71 0.89 0.45
O5' 0.19 0.92 0.17 0.25 0.18 0.03 0.55 0.01 0.28 1.40 0.49 0.85 0.53 1.28 0.56 0.17 0.32 0.05 0.00 0.02 0.06 0.01
OP1 0.71 1.89 0.58 0.42 0.74 0.58 0.27 0.28 0.59 1.03 1.40 1.65 0.24 0.86 0.51 0.92 0.71 0.71 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.67 2.15 0.67 0.40 1.06 0.52 0.75 0.27 0.95 1.05 1.58 2.02 0.84 1.11 0.57 0.53 0.22 0.89 0.06 0.04 0.00 0.01
P 0.28 1.70 0.22 0.06 0.55 0.27 0.11 0.03 0.41 1.06 1.17 1.54 0.22 0.97 0.10 0.37 0.30 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.42 1.00 0.64 0.33 0.60 0.35 1.16 0.38 0.32 0.40 0.49 0.38 0.34 0.29 1.41 1.24 1.05 1.54 0.39 1.81 2.43 2.22
C2 0.27 0.05 0.84 0.91 0.29 0.26 0.41 0.24 0.34 0.48 0.17 0.09 0.09 0.51 0.36 0.77 1.32 0.55 0.43 0.38 0.69 0.31 0.52
C2' 1.07 1.16 0.15 0.41 1.10 1.52 0.98 2.11 0.95 0.94 1.02 1.19 1.23 0.90 1.05 0.47 0.40 1.99 2.54 0.87 2.66 3.24 3.13
C3' 0.56 1.38 0.48 0.14 0.93 1.02 0.84 1.78 0.98 0.52 1.22 1.66 1.25 0.61 0.67 0.93 0.86 1.45 2.40 0.93 2.81 3.45 3.27
C4 0.28 0.23 1.00 0.69 0.33 0.44 0.41 0.86 0.40 0.41 0.31 0.19 0.22 0.44 0.34 1.21 1.17 0.89 0.83 0.43 1.01 1.66 1.38
C4' 0.54 0.55 1.61 1.28 0.12 0.26 0.11 0.59 0.13 0.52 0.42 0.91 0.36 0.38 0.38 2.04 2.01 0.29 1.28 0.14 1.87 2.36 2.19
C5 0.23 0.14 0.93 0.54 0.28 0.46 0.40 0.97 0.42 0.37 0.30 0.10 0.12 0.43 0.29 1.17 0.96 0.81 0.81 0.47 1.12 1.80 1.43
C5' 1.21 0.52 2.27 2.07 0.46 1.05 0.47 0.33 0.08 1.15 0.37 1.06 0.29 0.90 0.95 2.68 2.91 0.50 0.59 0.15 1.24 1.82 1.52
C6 0.17 0.08 0.82 0.56 0.21 0.28 0.37 0.66 0.38 0.35 0.20 0.22 0.07 0.42 0.24 0.96 0.93 0.62 0.35 0.46 0.65 1.14 0.84
C8 0.26 0.33 0.98 0.46 0.30 0.70 0.39 1.43 0.44 0.35 0.41 0.33 0.24 0.40 0.29 1.41 0.89 1.00 1.56 0.49 2.07 2.83 2.40
N1 0.18 0.12 0.77 0.72 0.22 0.18 0.38 0.28 0.35 0.40 0.17 0.21 0.08 0.47 0.26 0.77 1.08 0.49 0.31 0.42 0.61 0.40 0.45
N3 0.33 0.17 0.99 0.93 0.34 0.32 0.41 0.46 0.36 0.47 0.24 0.13 0.21 0.48 0.40 1.01 1.42 0.77 0.46 0.38 0.56 0.90 0.80
N6 0.12 0.19 0.75 0.44 0.13 0.28 0.28 0.72 0.32 0.27 0.17 0.35 0.14 0.35 0.15 0.92 0.77 0.54 0.30 0.45 0.66 1.17 0.82
N7 0.25 0.21 0.94 0.43 0.27 0.62 0.38 1.31 0.44 0.35 0.36 0.14 0.15 0.40 0.27 1.31 0.83 0.90 1.27 0.51 1.75 2.50 2.04
N9 0.28 0.35 1.03 0.60 0.33 0.61 0.39 1.19 0.41 0.37 0.38 0.37 0.30 0.40 0.32 1.39 1.11 1.02 1.35 0.44 1.66 2.37 2.05
O2' 1.42 0.92 0.55 0.88 1.14 1.97 1.03 2.44 0.88 1.21 0.82 0.82 1.11 1.09 1.28 0.49 0.45 2.33 2.99 0.80 3.08 3.39 3.46
O3' 0.87 1.54 0.10 0.46 1.15 1.51 1.03 2.35 1.14 0.76 1.36 1.80 1.46 0.83 0.93 0.54 0.24 1.76 3.17 1.07 3.80 4.05 4.14
O4' 0.79 0.18 1.93 1.60 0.42 0.55 0.43 0.39 0.22 0.75 0.08 0.43 0.25 0.63 0.66 2.25 2.25 0.21 0.83 0.22 1.26 1.80 1.61
O5' 1.06 1.01 2.12 2.06 0.18 1.08 0.18 0.48 0.33 1.03 0.88 1.68 0.52 0.71 0.76 2.45 2.97 0.45 0.60 0.33 0.97 1.81 1.36
OP1 2.15 0.30 3.01 3.05 1.16 2.17 1.25 1.55 0.64 2.29 0.14 1.10 0.46 1.93 1.89 3.21 3.72 1.64 0.99 0.64 0.33 0.55 0.12
OP2 2.10 0.64 3.06 2.95 1.15 2.08 1.14 1.51 0.65 2.08 0.63 1.28 0.64 1.70 1.82 3.20 3.53 1.54 1.24 0.61 0.49 0.89 0.65
P 2.09 0.32 3.08 3.12 1.05 2.16 1.07 1.48 0.46 2.09 0.23 1.11 0.37 1.70 1.78 3.25 3.92 1.54 1.05 0.42 0.11 0.77 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.29 0.01 0.59 0.18 0.22
C2 0.01 0.00 0.26 0.49 0.00 0.88 0.01 1.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.55 0.40 0.74 1.11 0.01 1.41 2.13 1.56
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.11 0.02 0.15 0.14 0.22 0.30 0.24 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.24 0.14 0.52 0.05 0.27
C3' 0.03 0.49 0.00 0.00 0.26 0.00 0.17 0.02 0.25 0.23 0.39 0.59 0.46 0.17 0.09 0.01 0.01 0.03 0.30 0.22 0.53 0.08 0.34
C4 0.01 0.00 0.14 0.26 0.00 0.41 0.00 0.69 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.21 0.37 0.16 0.01 0.49 0.70 0.30
C4' 0.00 0.88 0.01 0.00 0.41 0.00 0.19 0.01 0.38 0.37 0.67 1.10 0.84 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.27 0.32 0.31 0.08
C5 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.19 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.21 0.15 0.40 0.01 0.68 0.33 0.30
C5' 0.02 1.56 0.02 0.02 0.69 0.01 0.36 0.00 0.70 0.55 1.22 1.99 1.41 0.30 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.53 0.32 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.25 0.01 0.38 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.27 0.30 0.14 0.00 0.49 0.65 0.21
C8 0.01 0.01 0.14 0.23 0.01 0.37 0.00 0.55 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.22 0.38 1.32 0.02 1.62 1.17 1.37
N1 0.00 0.00 0.22 0.39 0.00 0.67 0.01 1.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.34 0.55 0.64 0.01 0.95 1.53 1.01
N2 0.01 0.00 0.30 0.59 0.00 1.10 0.01 1.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.68 0.50 0.90 1.70 0.01 2.19 3.03 2.36
N3 0.01 0.00 0.24 0.46 0.00 0.84 0.00 1.41 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.51 0.36 0.75 0.96 0.01 1.11 1.77 1.29
N7 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.20 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.23 0.21 1.16 0.03 1.47 1.06 1.22
N9 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.53 0.02 0.81 0.27 0.45
O2' 0.01 0.55 0.00 0.01 0.26 0.02 0.15 0.03 0.26 0.22 0.44 0.68 0.51 0.13 0.03 0.00 0.03 0.04 0.08 0.22 0.29 0.20 0.15
O3' 0.03 0.40 0.01 0.01 0.21 0.02 0.21 0.03 0.27 0.22 0.34 0.50 0.36 0.23 0.11 0.03 0.00 0.03 0.32 0.28 0.36 0.27 0.34
O4' 0.00 0.74 0.01 0.03 0.37 0.00 0.15 0.01 0.30 0.38 0.55 0.90 0.75 0.21 0.01 0.04 0.03 0.00 0.22 0.21 0.51 0.27 0.09
O5' 0.29 1.11 0.24 0.30 0.16 0.01 0.40 0.01 0.14 1.32 0.64 1.70 0.96 1.16 0.53 0.08 0.32 0.22 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.27 0.01 0.53 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.22 0.28 0.21 0.31 0.00 0.56 0.43 0.19
OP1 0.59 1.41 0.52 0.53 0.49 0.32 0.68 0.32 0.49 1.62 0.95 2.19 1.11 1.47 0.81 0.29 0.36 0.51 0.01 0.56 0.00 0.03 0.00
OP2 0.18 2.13 0.05 0.08 0.70 0.31 0.33 0.42 0.65 1.17 1.53 3.03 1.77 1.06 0.27 0.20 0.27 0.27 0.01 0.43 0.03 0.00 0.00
P 0.22 1.56 0.27 0.34 0.30 0.08 0.30 0.01 0.21 1.37 1.01 2.36 1.29 1.22 0.45 0.15 0.34 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00