ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53895

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.005, 0.037, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.014, 0.055, 0.095, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.055 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.021, 0.070, 0.120, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.070 std_dev=0.050
N6 A 0, 0.014, 0.064, 0.115, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.064 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.029, 0.121, 0.214, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.121 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.029, 0.146, 0.263, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.146 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.075, 0.334, 0.593, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.334 std_dev=0.259
C3' A 0, -0.032, 0.228, 0.488, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.228 std_dev=0.260
N2 B 0, 0.115, 0.398, 0.681, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.398 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.083, 0.384, 0.685, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.384 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.090, 0.398, 0.707, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.398 std_dev=0.309
O3' A 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C4' A 0, 0.023, 0.360, 0.697, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.360 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.033, 0.385, 0.737, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.385 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.123, 0.476, 0.828, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.476 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.060, 0.417, 0.773, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.417 std_dev=0.357
O6 B 0, 0.096, 0.470, 0.843, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.470 std_dev=0.374
C5 B 0, -0.007, 0.403, 0.813, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.403 std_dev=0.410
C4 B 0, -0.035, 0.379, 0.793, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.379 std_dev=0.414
P A 0, 0.087, 0.532, 0.978, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.532 std_dev=0.446
O2' B 0, 0.043, 0.499, 0.956, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.499 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.008, 0.472, 0.935, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.472 std_dev=0.464
O3' B 0, 0.077, 0.548, 1.019, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.548 std_dev=0.471
N7 B 0, -0.033, 0.444, 0.920, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.444 std_dev=0.476
OP1 A 0, 0.133, 0.617, 1.101, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.617 std_dev=0.484
OP2 A 0, -0.013, 0.475, 0.964, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.475 std_dev=0.489
C3' B 0, 0.027, 0.525, 1.023, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.525 std_dev=0.498
N9 B 0, -0.121, 0.386, 0.892, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.386 std_dev=0.506
C1' B 0, -0.085, 0.438, 0.962, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.438 std_dev=0.524
C8 B 0, -0.097, 0.431, 0.960, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.431 std_dev=0.528
C4' B 0, -0.006, 0.564, 1.134, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.564 std_dev=0.570
O4' B 0, -0.078, 0.509, 1.097, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.509 std_dev=0.588
C5' A 0, 0.035, 0.639, 1.243, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.639 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.032, 0.654, 1.277, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.654 std_dev=0.623
O5' B 0, 0.224, 0.847, 1.470, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.847 std_dev=0.623
P B 0, 0.194, 0.842, 1.491, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.842 std_dev=0.648
OP2 B 0, 0.290, 1.001, 1.711, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.001 std_dev=0.710
OP1 B 0, 0.383, 1.370, 2.357, 2.287 max_d=2.287 avg_d=1.370 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.26 0.09 0.21
C2 0.04 0.00 0.08 0.21 0.01 0.25 0.01 0.45 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.24 0.09 0.42 0.40 0.35 0.41
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.23 0.03 0.16
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.19 0.03 0.21 0.18 0.18 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.18 0.27 0.05 0.16
C4 0.03 0.01 0.04 0.14 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.42 0.39 0.29 0.37
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.15 0.00 0.13 0.00 0.19 0.02 0.23 0.22 0.18 0.08 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.13 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.29 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.05 0.42 0.40 0.32 0.39
C5' 0.03 0.45 0.01 0.01 0.27 0.00 0.29 0.00 0.38 0.12 0.43 0.37 0.38 0.21 0.13 0.05 0.03 0.02 0.00 0.24 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.19 0.00 0.38 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.19 0.08 0.42 0.40 0.35 0.40
C8 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.12 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.38 0.36 0.25 0.34
N1 0.03 0.00 0.07 0.21 0.01 0.23 0.02 0.43 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.23 0.08 0.42 0.41 0.38 0.42
N3 0.04 0.00 0.07 0.18 0.01 0.22 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.19 0.08 0.43 0.39 0.30 0.39
N6 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.18 0.00 0.38 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.18 0.07 0.42 0.40 0.36 0.40
N7 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.21 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.40 0.38 0.29 0.36
N9 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.37 0.36 0.23 0.33
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.09 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.10 0.02
O3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.03 0.19 0.01 0.23 0.19 0.18 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.19 0.04
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.24 0.03 0.17
O5' 0.24 0.42 0.18 0.18 0.42 0.01 0.42 0.00 0.42 0.38 0.42 0.43 0.42 0.40 0.37 0.02 0.07 0.22 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.40 0.23 0.27 0.39 0.13 0.40 0.24 0.40 0.36 0.41 0.39 0.40 0.38 0.36 0.07 0.14 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.35 0.03 0.05 0.29 0.21 0.32 0.36 0.35 0.25 0.38 0.30 0.36 0.29 0.23 0.10 0.19 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.21 0.41 0.16 0.16 0.37 0.01 0.39 0.01 0.40 0.34 0.42 0.39 0.40 0.36 0.33 0.02 0.04 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.24 0.08 0.13 0.21 0.10 0.32 0.10 0.39 0.22 0.37 0.16 0.14 0.32 0.15 0.14 0.23 0.03 0.12 0.45 0.35 0.20 0.21
C2 0.31 0.19 0.39 0.39 0.19 0.37 0.02 0.34 0.15 0.09 0.04 0.25 0.29 0.08 0.22 0.39 0.43 0.32 0.32 0.32 0.81 0.22 0.44
C2' 0.07 0.23 0.01 0.08 0.22 0.07 0.33 0.08 0.40 0.25 0.35 0.15 0.15 0.34 0.18 0.07 0.19 0.02 0.14 0.46 0.31 0.12 0.18
C3' 0.09 0.27 0.02 0.06 0.28 0.07 0.42 0.08 0.48 0.33 0.42 0.17 0.18 0.44 0.23 0.09 0.20 0.03 0.13 0.56 0.22 0.11 0.12
C4 0.17 0.03 0.28 0.30 0.02 0.26 0.16 0.24 0.29 0.05 0.22 0.12 0.13 0.17 0.06 0.31 0.38 0.19 0.23 0.40 0.66 0.25 0.36
C4' 0.19 0.33 0.12 0.06 0.38 0.04 0.50 0.04 0.54 0.43 0.47 0.22 0.27 0.53 0.34 0.06 0.09 0.13 0.03 0.59 0.14 0.13 0.07
C5 0.22 0.15 0.32 0.33 0.11 0.29 0.05 0.27 0.17 0.05 0.07 0.25 0.22 0.08 0.14 0.33 0.39 0.23 0.24 0.32 0.76 0.27 0.40
C5' 0.22 0.41 0.15 0.09 0.50 0.04 0.65 0.05 0.68 0.58 0.57 0.27 0.34 0.70 0.45 0.16 0.18 0.14 0.08 0.75 0.23 0.26 0.16
C6 0.29 0.29 0.36 0.36 0.23 0.34 0.09 0.31 0.03 0.15 0.11 0.36 0.32 0.07 0.24 0.37 0.40 0.29 0.28 0.21 0.88 0.27 0.44
C8 0.09 0.08 0.21 0.25 0.05 0.20 0.17 0.19 0.27 0.07 0.24 0.05 0.05 0.16 0.02 0.24 0.33 0.11 0.18 0.35 0.61 0.28 0.33
N1 0.35 0.31 0.40 0.40 0.29 0.38 0.13 0.36 0.00 0.19 0.14 0.35 0.37 0.09 0.29 0.40 0.43 0.35 0.33 0.21 0.92 0.26 0.48
N3 0.21 0.03 0.32 0.34 0.03 0.30 0.18 0.27 0.30 0.05 0.20 0.11 0.15 0.20 0.08 0.34 0.41 0.23 0.26 0.41 0.65 0.22 0.37
N6 0.31 0.35 0.37 0.37 0.28 0.34 0.17 0.31 0.11 0.20 0.22 0.41 0.36 0.14 0.27 0.38 0.40 0.31 0.28 0.11 0.93 0.28 0.45
N7 0.16 0.08 0.26 0.28 0.05 0.24 0.08 0.22 0.18 0.02 0.12 0.18 0.14 0.09 0.08 0.28 0.35 0.17 0.20 0.30 0.72 0.28 0.37
N9 0.08 0.13 0.20 0.24 0.09 0.20 0.23 0.19 0.33 0.11 0.30 0.05 0.03 0.22 0.04 0.24 0.33 0.11 0.19 0.41 0.55 0.26 0.31
O2' 0.15 0.24 0.09 0.03 0.25 0.05 0.34 0.03 0.38 0.29 0.34 0.17 0.19 0.36 0.23 0.07 0.06 0.11 0.05 0.43 0.17 0.09 0.09
O3' 0.16 0.28 0.12 0.06 0.32 0.05 0.44 0.04 0.49 0.38 0.42 0.18 0.21 0.48 0.29 0.06 0.09 0.10 0.08 0.57 0.13 0.20 0.06
O4' 0.09 0.31 0.04 0.10 0.30 0.08 0.41 0.07 0.46 0.30 0.43 0.21 0.22 0.40 0.23 0.15 0.22 0.03 0.08 0.50 0.24 0.17 0.15
O5' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.08 0.11 0.07 0.15 0.09 0.12 0.05 0.07 0.03 0.02 0.22 0.10 0.17 0.11 0.17
OP1 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.07 0.10 0.03 0.07 0.01 0.01 0.31 0.07 0.22 0.10 0.11
OP2 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.13 0.09 0.10 0.01 0.05 0.00 0.04 0.31 0.06 0.27 0.12 0.21
P 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.05 0.13 0.08 0.11 0.03 0.07 0.00 0.00 0.26 0.06 0.15 0.08 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.02 0.07 0.54 0.15
C2 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.48 0.47 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.37 0.13
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.10 0.07 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.12 0.24 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.02 0.42 0.49 0.23
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.24 0.40 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.55 0.43 0.23
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.39 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.63 0.38 0.25
C8 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.23 0.03 0.38 0.50 0.18
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.59 0.42 0.26
N2 0.00 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.02 0.02 0.47 0.48 0.26
N3 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.02 0.39 0.50 0.23
N7 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.22 0.03 0.54 0.39 0.19
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.03 0.29 0.53 0.19
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.13 0.40 0.10
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.04 0.12 0.08 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.17 0.03 0.24 0.14 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.04 0.06 0.60 0.13
O5' 0.10 0.05 0.01 0.07 0.10 0.01 0.14 0.00 0.11 0.23 0.07 0.02 0.05 0.22 0.15 0.01 0.17 0.14 0.00 0.11 0.03 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.11 0.00 0.72 0.33 0.26
OP1 0.07 0.48 0.06 0.12 0.42 0.24 0.55 0.39 0.63 0.38 0.59 0.47 0.39 0.54 0.29 0.13 0.24 0.06 0.03 0.72 0.00 0.02 0.01
OP2 0.54 0.47 0.37 0.24 0.49 0.40 0.43 0.28 0.38 0.50 0.42 0.48 0.50 0.39 0.53 0.40 0.14 0.60 0.02 0.33 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.13 0.09 0.23 0.06 0.23 0.01 0.25 0.18 0.26 0.26 0.23 0.19 0.19 0.10 0.08 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00