ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.002, 0.027, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.002, 0.030, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.006, 0.035, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.030
N7 A 0, -0.009, 0.029, 0.067, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.003, 0.043, 0.083, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.043 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.016, 0.058, 0.100, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.058 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.003, 0.054, 0.105, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.054 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.032, 0.116, 0.200, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.116 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.046, 0.161, 0.276, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.161 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.048, 0.167, 0.285, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.167 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.048, 0.193, 0.337, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.193 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.059, 0.251, 0.444, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.251 std_dev=0.192
C5' A 0, 0.066, 0.307, 0.548, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.307 std_dev=0.241
OP2 B 0, 0.081, 0.348, 0.616, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.348 std_dev=0.268
N3 B 0, 0.109, 0.381, 0.653, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.381 std_dev=0.272
O2' A 0, 0.084, 0.358, 0.632, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.358 std_dev=0.274
P B 0, 0.113, 0.388, 0.662, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.388 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.133, 0.456, 0.778, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.456 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.136, 0.464, 0.792, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.464 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.108, 0.467, 0.826, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.467 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.139, 0.507, 0.875, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.507 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.158, 0.540, 0.921, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.540 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.158, 0.543, 0.928, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.543 std_dev=0.385
C4' B 0, 0.158, 0.544, 0.930, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.544 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.063, 0.503, 0.942, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.503 std_dev=0.439
O5' A 0, 0.015, 0.457, 0.899, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.457 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.182, 0.649, 1.117, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.649 std_dev=0.467
C5 B 0, 0.146, 0.634, 1.123, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.634 std_dev=0.488
C8 B 0, 0.188, 0.742, 1.296, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.742 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.111, 0.667, 1.224, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.667 std_dev=0.557
C3' B 0, 0.236, 0.808, 1.380, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.808 std_dev=0.572
N2 B 0, -0.054, 0.532, 1.119, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.532 std_dev=0.587
N1 B 0, 0.068, 0.668, 1.268, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.668 std_dev=0.600
N7 B 0, 0.170, 0.788, 1.405, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.788 std_dev=0.617
C6 B 0, 0.101, 0.737, 1.373, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.737 std_dev=0.636
P A 0, 0.172, 0.927, 1.681, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.927 std_dev=0.755
C2' B 0, 0.257, 1.019, 1.782, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.019 std_dev=0.763
O6 B 0, 0.076, 0.922, 1.767, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.922 std_dev=0.845
OP2 A 0, 0.062, 1.049, 2.036, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.049 std_dev=0.987
OP1 A 0, 0.213, 1.461, 2.708, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.461 std_dev=1.248
O2' B 0, 0.472, 1.727, 2.982, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.727 std_dev=1.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.11 0.22 0.16
C2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.13 0.03 0.08 0.54 0.56 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.11 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.12 0.12
C4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.46 0.57 0.17
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.23 0.25 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.61 0.78 0.22
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.37 0.44 0.01
C6 0.02 0.02 0.09 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.08 0.69 0.82 0.20
C8 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.11 0.45 0.73 0.29
N1 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.08 0.65 0.71 0.17
N3 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.11 0.03 0.06 0.42 0.47 0.12
N6 0.01 0.03 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.08 0.78 0.95 0.23
N7 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.10 0.63 0.90 0.29
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.34 0.49 0.19
O2' 0.04 0.11 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.10 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.04 0.11 0.10 0.06
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.20 0.34 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.13 0.09 0.22
O5' 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.11 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.07 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.11 0.54 0.06 0.06 0.46 0.23 0.61 0.37 0.69 0.45 0.65 0.42 0.78 0.63 0.34 0.11 0.20 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.56 0.06 0.12 0.57 0.25 0.78 0.44 0.82 0.73 0.71 0.47 0.95 0.90 0.49 0.10 0.34 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.13 0.06 0.12 0.17 0.04 0.22 0.01 0.20 0.29 0.17 0.12 0.23 0.29 0.19 0.06 0.21 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.28 0.10 0.10 0.16 0.12 0.22 0.10 0.32 0.09 0.34 0.27 0.19 0.16 0.11 0.13 0.12 0.18 0.05 0.37 0.02 0.06 0.01
C2 0.26 0.08 0.24 0.20 0.05 0.15 0.04 0.15 0.13 0.12 0.14 0.09 0.05 0.01 0.15 0.35 0.03 0.15 0.26 0.17 0.22 0.10 0.17
C2' 0.12 0.39 0.07 0.07 0.25 0.10 0.29 0.09 0.37 0.12 0.42 0.39 0.31 0.21 0.14 0.10 0.10 0.16 0.07 0.40 0.04 0.01 0.02
C3' 0.03 0.50 0.18 0.05 0.31 0.09 0.37 0.09 0.47 0.17 0.53 0.53 0.38 0.28 0.16 0.08 0.08 0.13 0.04 0.50 0.01 0.02 0.01
C4 0.20 0.03 0.11 0.14 0.10 0.09 0.13 0.03 0.17 0.15 0.12 0.03 0.07 0.15 0.15 0.17 0.10 0.14 0.13 0.23 0.09 0.02 0.06
C4' 0.06 0.51 0.16 0.05 0.30 0.09 0.37 0.10 0.50 0.16 0.57 0.56 0.36 0.28 0.15 0.05 0.08 0.14 0.04 0.55 0.02 0.03 0.02
C5 0.22 0.10 0.13 0.19 0.14 0.12 0.17 0.00 0.16 0.24 0.04 0.17 0.13 0.25 0.20 0.14 0.11 0.16 0.12 0.26 0.06 0.05 0.04
C5' 0.01 0.57 0.24 0.05 0.34 0.08 0.44 0.10 0.59 0.22 0.65 0.63 0.39 0.36 0.19 0.18 0.06 0.12 0.03 0.65 0.07 0.05 0.05
C6 0.25 0.20 0.19 0.22 0.13 0.13 0.10 0.08 0.04 0.29 0.18 0.25 0.15 0.25 0.22 0.18 0.06 0.14 0.19 0.11 0.13 0.02 0.10
C8 0.19 0.10 0.18 0.20 0.14 0.18 0.25 0.12 0.35 0.19 0.27 0.01 0.10 0.26 0.15 0.17 0.19 0.23 0.04 0.45 0.08 0.17 0.09
N1 0.28 0.17 0.25 0.23 0.10 0.16 0.04 0.14 0.16 0.23 0.21 0.20 0.12 0.11 0.20 0.30 0.04 0.15 0.25 0.19 0.19 0.07 0.15
N3 0.21 0.04 0.14 0.13 0.06 0.08 0.05 0.11 0.10 0.08 0.10 0.03 0.05 0.04 0.12 0.27 0.03 0.10 0.21 0.14 0.18 0.07 0.14
N6 0.25 0.27 0.20 0.25 0.15 0.15 0.14 0.08 0.06 0.35 0.26 0.35 0.18 0.34 0.24 0.15 0.08 0.15 0.19 0.07 0.12 0.02 0.10
N7 0.21 0.08 0.16 0.21 0.16 0.17 0.25 0.08 0.30 0.25 0.13 0.18 0.14 0.31 0.19 0.15 0.18 0.21 0.07 0.43 0.06 0.14 0.07
N9 0.17 0.16 0.12 0.13 0.13 0.12 0.21 0.08 0.30 0.13 0.27 0.11 0.10 0.19 0.12 0.12 0.13 0.18 0.06 0.36 0.02 0.07 0.01
O2' 0.18 0.39 0.07 0.09 0.26 0.09 0.25 0.06 0.32 0.10 0.38 0.41 0.34 0.16 0.17 0.27 0.09 0.17 0.16 0.33 0.15 0.06 0.11
O3' 0.02 0.52 0.20 0.04 0.33 0.06 0.36 0.07 0.46 0.17 0.53 0.56 0.41 0.27 0.18 0.09 0.09 0.11 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00
O4' 0.12 0.39 0.11 0.07 0.22 0.10 0.30 0.10 0.42 0.13 0.46 0.40 0.26 0.23 0.12 0.06 0.10 0.16 0.04 0.48 0.01 0.05 0.02
O5' 0.11 0.60 0.33 0.10 0.39 0.06 0.49 0.12 0.64 0.30 0.70 0.67 0.42 0.43 0.26 0.33 0.04 0.04 0.14 0.70 0.07 0.11 0.10
OP1 0.47 1.19 0.54 0.24 0.95 0.12 1.18 0.03 1.43 0.90 1.47 1.21 0.90 1.12 0.76 0.65 0.26 0.21 0.16 1.59 0.30 0.12 0.14
OP2 0.29 0.22 0.34 0.10 0.27 0.12 0.33 0.11 0.37 0.33 0.33 0.13 0.20 0.35 0.29 0.42 0.11 0.32 0.12 0.43 0.42 0.20 0.27
P 0.25 0.69 0.47 0.29 0.49 0.17 0.56 0.21 0.69 0.40 0.76 0.80 0.54 0.49 0.37 0.54 0.25 0.07 0.33 0.74 0.30 0.39 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.21 0.00 0.13 0.01 0.15 0.11 0.10
C2 0.06 0.00 0.19 0.15 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.39 0.12 0.12 0.44 0.02 0.50 0.49 0.50
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.11 0.07 0.10 0.14 0.23 0.18 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.25 0.04 0.29 0.35 0.28
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.15 0.06 0.16 0.16 0.13 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.16 0.15 0.06 0.07
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.07 0.06 0.37 0.01 0.38 0.34 0.37
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.13 0.17 0.14 0.04 0.04 0.16 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.11 0.04 0.38 0.01 0.40 0.39 0.39
C5' 0.05 0.28 0.11 0.03 0.21 0.01 0.21 0.00 0.24 0.12 0.28 0.28 0.26 0.16 0.13 0.07 0.13 0.01 0.00 0.24 0.08 0.02 0.00
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.32 0.10 0.05 0.42 0.01 0.46 0.47 0.46
C8 0.03 0.01 0.10 0.06 0.00 0.02 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.22 0.06 0.26 0.01 0.26 0.25 0.24
N1 0.04 0.01 0.14 0.16 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.38 0.10 0.08 0.45 0.01 0.51 0.51 0.51
N2 0.09 0.01 0.23 0.16 0.01 0.17 0.02 0.28 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.42 0.19 0.16 0.41 0.06 0.52 0.51 0.52
N3 0.07 0.00 0.18 0.13 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.34 0.09 0.13 0.42 0.02 0.43 0.39 0.43
N7 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.05 0.32 0.01 0.33 0.33 0.32
N9 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.15 0.02 0.26 0.01 0.27 0.22 0.24
O2' 0.01 0.39 0.00 0.02 0.26 0.16 0.25 0.07 0.32 0.07 0.38 0.42 0.34 0.14 0.12 0.00 0.04 0.08 0.19 0.31 0.24 0.39 0.24
O3' 0.21 0.12 0.04 0.00 0.07 0.01 0.11 0.13 0.10 0.22 0.10 0.19 0.09 0.18 0.15 0.04 0.00 0.11 0.09 0.12 0.20 0.10 0.12
O4' 0.00 0.12 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.16 0.13 0.05 0.02 0.08 0.11 0.00 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06
O5' 0.13 0.44 0.25 0.05 0.37 0.00 0.38 0.00 0.42 0.26 0.45 0.41 0.42 0.32 0.26 0.19 0.09 0.06 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.31 0.12 0.05 0.43 0.00 0.47 0.49 0.48
OP1 0.15 0.50 0.29 0.15 0.38 0.09 0.40 0.08 0.46 0.26 0.51 0.52 0.43 0.33 0.27 0.24 0.20 0.09 0.00 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.49 0.35 0.06 0.34 0.03 0.39 0.02 0.47 0.25 0.51 0.51 0.39 0.33 0.22 0.39 0.10 0.07 0.01 0.49 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.50 0.28 0.07 0.37 0.01 0.39 0.00 0.46 0.24 0.51 0.52 0.43 0.32 0.24 0.24 0.12 0.06 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00