ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53897

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.006, 0.039, 0.073, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N1 B 0, -0.003, 0.241, 0.486, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.241 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.113, 0.408, 0.703, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.408 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.123, 0.422, 0.720, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.422 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.133, 0.526, 0.919, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.526 std_dev=0.393
N3 B 0, 0.151, 0.580, 1.009, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.580 std_dev=0.429
C4 B 0, 0.111, 0.555, 0.999, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.555 std_dev=0.444
C3' B 0, 0.207, 0.711, 1.215, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.711 std_dev=0.504
N2 B 0, 0.196, 0.711, 1.225, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.711 std_dev=0.514
O6 B 0, 0.167, 0.685, 1.204, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.685 std_dev=0.519
N7 B 0, 0.252, 0.887, 1.522, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.887 std_dev=0.635
N9 B 0, 0.234, 0.902, 1.569, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.902 std_dev=0.668
C4' B 0, 0.244, 0.968, 1.691, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.968 std_dev=0.724
C8 B 0, 0.286, 1.031, 1.776, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.031 std_dev=0.745
O3' B 0, 0.267, 1.016, 1.765, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.016 std_dev=0.749
C1' B 0, 0.361, 1.265, 2.170, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.265 std_dev=0.905
O4' B 0, 0.337, 1.299, 2.260, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.299 std_dev=0.961
O4' A 0, 0.516, 1.761, 3.007, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.761 std_dev=1.245
C2' A 0, 0.541, 1.847, 3.153, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.847 std_dev=1.306
C2' B 0, 0.539, 1.867, 3.195, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.867 std_dev=1.328
C4' A 0, 0.666, 2.282, 3.898, 3.529 max_d=3.529 avg_d=2.282 std_dev=1.616
C5' B 0, 0.547, 2.194, 3.841, 3.968 max_d=3.968 avg_d=2.194 std_dev=1.647
O2' A 0, 0.693, 2.390, 4.086, 3.767 max_d=3.767 avg_d=2.390 std_dev=1.696
C3' A 0, 0.786, 2.684, 4.583, 4.041 max_d=4.041 avg_d=2.684 std_dev=1.898
O5' B 0, 0.913, 3.123, 5.333, 4.789 max_d=4.789 avg_d=3.123 std_dev=2.210
O2' B 0, 1.015, 3.469, 5.922, 5.298 max_d=5.298 avg_d=3.469 std_dev=2.454
O3' A 0, 1.029, 3.514, 6.000, 5.320 max_d=5.320 avg_d=3.514 std_dev=2.485
C5' A 0, 1.249, 4.270, 7.290, 6.509 max_d=6.509 avg_d=4.270 std_dev=3.021
P B 0, 1.377, 4.702, 8.028, 7.114 max_d=7.114 avg_d=4.702 std_dev=3.325
O5' A 0, 1.504, 5.139, 8.775, 7.825 max_d=7.825 avg_d=5.139 std_dev=3.635
OP1 B 0, 1.508, 5.164, 8.819, 7.963 max_d=7.963 avg_d=5.164 std_dev=3.656
OP2 B 0, 1.704, 5.854, 10.004, 9.137 max_d=9.137 avg_d=5.854 std_dev=4.150
OP1 A 0, 1.863, 6.372, 10.882, 9.783 max_d=9.783 avg_d=6.372 std_dev=4.510
P A 0, 1.949, 6.659, 11.368, 10.124 max_d=10.124 avg_d=6.659 std_dev=4.710
OP2 A 0, 2.201, 7.516, 12.831, 11.341 max_d=11.341 avg_d=7.516 std_dev=5.315

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.13 0.10 0.14
C2 0.04 0.00 0.13 0.33 0.00 0.44 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.28 0.39 0.36 0.42 0.21 0.29
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.10 0.13 0.05 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.21 0.17 0.13 0.01
C3' 0.00 0.33 0.01 0.00 0.14 0.00 0.04 0.01 0.11 0.19 0.24 0.32 0.05 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01 0.19 0.07 0.26 0.03
C4 0.02 0.00 0.07 0.14 0.00 0.18 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.12 0.19 0.18 0.11 0.32 0.24
C4' 0.00 0.44 0.01 0.00 0.18 0.00 0.05 0.01 0.14 0.28 0.31 0.44 0.08 0.19 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.18 0.30 0.12
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.48 0.35 0.78 0.61
C5' 0.03 0.73 0.01 0.01 0.26 0.01 0.09 0.00 0.22 0.48 0.52 0.68 0.15 0.38 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.16 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.10 0.14 0.33 0.28 0.68 0.49
C8 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.28 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.23 0.13 0.24 0.96 0.68 1.16 1.02
N1 0.03 0.00 0.10 0.24 0.01 0.31 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.21 0.28 0.15 0.19 0.26 0.16
N3 0.04 0.00 0.13 0.32 0.00 0.44 0.00 0.68 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.33 0.26 0.41 0.33 0.44 0.23 0.29
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.05 0.08 0.51 0.49 0.98 0.73
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.19 0.00 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.18 0.08 0.15 0.91 0.73 1.28 1.06
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.46 0.19 0.51 0.46
O2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.14 0.05 0.08 0.05 0.13 0.23 0.25 0.33 0.09 0.18 0.04 0.00 0.05 0.08 0.08 0.43 0.37 0.20
O3' 0.02 0.28 0.03 0.00 0.12 0.01 0.05 0.00 0.10 0.13 0.21 0.26 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.26 0.64 0.29
O4' 0.01 0.39 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.02 0.14 0.24 0.28 0.41 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.00 0.17 0.07 0.07 0.13
O5' 0.23 0.36 0.21 0.19 0.18 0.02 0.48 0.01 0.33 0.96 0.15 0.33 0.51 0.91 0.46 0.08 0.05 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.42 0.17 0.07 0.11 0.18 0.35 0.16 0.28 0.68 0.19 0.44 0.49 0.73 0.19 0.43 0.26 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.21 0.13 0.26 0.32 0.30 0.78 0.25 0.68 1.16 0.26 0.23 0.98 1.28 0.51 0.37 0.64 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.14 0.29 0.01 0.03 0.24 0.12 0.61 0.02 0.49 1.02 0.16 0.29 0.73 1.06 0.46 0.20 0.29 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.06 0.49 0.17 0.17 0.34 0.20 0.74 0.14 0.29 0.03 0.16 0.11 0.28 0.24 0.73 0.09 0.34 0.78 0.17 0.96 1.21 1.04
C2 0.17 0.22 0.10 0.09 0.12 0.27 0.05 0.31 0.08 0.21 0.20 0.27 0.19 0.19 0.15 0.14 0.13 0.41 0.14 0.07 0.17 0.24 0.09
C2' 0.46 0.47 0.31 0.60 0.47 1.05 0.41 1.45 0.37 0.40 0.40 0.47 0.52 0.38 0.46 0.20 0.58 1.05 1.55 0.33 1.69 1.88 1.78
C3' 0.28 0.68 0.21 0.43 0.39 0.98 0.27 1.48 0.34 0.10 0.53 0.86 0.63 0.14 0.24 0.44 0.37 0.95 1.69 0.29 2.05 2.23 2.11
C4 0.03 0.16 0.25 0.10 0.05 0.28 0.14 0.47 0.09 0.22 0.09 0.25 0.12 0.26 0.11 0.27 0.05 0.35 0.44 0.16 0.42 0.67 0.49
C4' 0.46 0.25 0.81 0.37 0.22 0.24 0.31 0.77 0.19 0.61 0.19 0.52 0.08 0.54 0.44 1.19 0.49 0.24 0.93 0.24 1.47 1.63 1.46
C5 0.02 0.19 0.19 0.08 0.03 0.24 0.14 0.39 0.11 0.21 0.10 0.29 0.13 0.26 0.10 0.21 0.08 0.28 0.42 0.21 0.30 0.66 0.41
C5' 0.66 0.37 1.06 0.67 0.32 0.16 0.47 0.53 0.27 0.93 0.28 0.78 0.12 0.82 0.65 1.41 0.86 0.18 0.77 0.34 1.45 1.64 1.38
C6 0.09 0.21 0.08 0.03 0.06 0.23 0.11 0.29 0.05 0.22 0.17 0.30 0.15 0.26 0.11 0.09 0.12 0.30 0.26 0.13 0.08 0.42 0.17
C8 0.19 0.12 0.37 0.15 0.18 0.24 0.23 0.55 0.22 0.26 0.08 0.23 0.17 0.29 0.21 0.51 0.03 0.21 0.70 0.30 0.69 1.18 0.84
N1 0.17 0.23 0.02 0.05 0.13 0.24 0.11 0.25 0.09 0.24 0.22 0.29 0.19 0.24 0.16 0.13 0.14 0.36 0.14 0.02 0.08 0.28 0.02
N3 0.08 0.18 0.21 0.10 0.04 0.30 0.07 0.42 0.05 0.19 0.14 0.25 0.16 0.22 0.08 0.21 0.10 0.42 0.29 0.10 0.34 0.40 0.32
N6 0.09 0.20 0.10 0.03 0.07 0.21 0.14 0.24 0.09 0.24 0.16 0.30 0.13 0.27 0.13 0.19 0.15 0.27 0.24 0.19 0.06 0.42 0.12
N7 0.11 0.17 0.28 0.12 0.11 0.22 0.19 0.44 0.19 0.22 0.04 0.30 0.15 0.27 0.14 0.37 0.07 0.21 0.57 0.31 0.46 0.95 0.61
N9 0.16 0.08 0.38 0.16 0.16 0.30 0.23 0.60 0.18 0.28 0.04 0.18 0.11 0.30 0.21 0.51 0.01 0.31 0.66 0.23 0.70 1.04 0.81
O2' 0.56 0.27 0.33 0.76 0.44 1.21 0.41 1.61 0.33 0.53 0.26 0.19 0.37 0.47 0.53 0.16 0.81 1.14 1.60 0.31 1.77 1.84 1.81
O3' 0.55 0.79 0.33 0.79 0.56 1.37 0.40 1.95 0.45 0.25 0.63 0.95 0.79 0.24 0.45 0.24 0.70 1.24 2.15 0.36 2.69 2.64 2.68
O4' 0.71 0.11 1.00 0.62 0.52 0.09 0.55 0.44 0.36 0.81 0.14 0.23 0.29 0.72 0.71 1.25 0.62 0.08 0.47 0.36 0.85 1.06 0.87
O5' 0.81 0.67 1.30 1.03 0.18 0.43 0.28 0.17 0.29 0.92 0.61 1.13 0.29 0.70 0.65 1.68 1.31 0.32 0.56 0.37 1.08 1.44 1.09
OP1 1.15 0.51 1.62 1.35 0.38 0.80 0.40 0.18 0.29 1.08 0.54 0.98 0.05 0.80 0.88 2.23 1.77 0.67 0.47 0.39 1.10 1.59 1.07
OP2 0.61 1.09 1.11 0.90 0.20 0.38 0.30 0.32 0.75 0.59 1.14 1.57 0.59 0.36 0.36 1.58 1.29 0.30 0.74 0.86 1.23 1.70 1.25
P 0.90 0.77 1.43 1.20 0.16 0.60 0.25 0.11 0.43 0.91 0.78 1.25 0.31 0.64 0.66 1.91 1.59 0.43 0.52 0.53 1.08 1.51 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.00 0.11 0.02 0.22 0.33 0.10
C2 0.01 0.00 0.39 0.25 0.02 0.26 0.02 0.40 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.51 0.29 0.30 0.57 0.01 0.31 0.99 0.49
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.19 0.01 0.09 0.10 0.16 0.18 0.30 0.47 0.38 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.43 0.11 0.16 0.73 0.39
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.08 0.36 0.13 0.37 0.25 0.32 0.13 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.10 0.41 0.18
C4 0.02 0.02 0.19 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.31 0.16 0.16 0.09 0.02 0.22 0.56 0.23
C4' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.25 0.16 0.37 0.26 0.22 0.07 0.15 0.01 0.01 0.00 0.10 0.38 0.05 0.16
C5 0.01 0.02 0.09 0.14 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.29 0.10 0.08 0.22 0.02 0.51 0.66 0.49
C5' 0.02 0.40 0.10 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.06 0.40 0.21 0.60 0.39 0.37 0.12 0.06 0.10 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.36 0.12 0.14 0.07 0.01 0.46 0.63 0.41
C8 0.02 0.03 0.18 0.36 0.01 0.25 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.29 0.13 0.13 0.62 0.02 0.71 0.89 0.77
N1 0.02 0.00 0.30 0.13 0.00 0.16 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.46 0.21 0.23 0.28 0.00 0.25 0.73 0.27
N2 0.01 0.01 0.47 0.37 0.03 0.37 0.03 0.60 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.59 0.37 0.36 0.88 0.02 0.62 1.41 0.84
N3 0.02 0.01 0.38 0.25 0.01 0.26 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.45 0.29 0.32 0.55 0.01 0.24 0.89 0.45
N7 0.01 0.03 0.09 0.32 0.01 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.27 0.13 0.08 0.59 0.02 0.78 0.97 0.83
N9 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.22 0.01 0.36 0.53 0.36
O2' 0.00 0.51 0.01 0.01 0.31 0.15 0.29 0.06 0.36 0.29 0.46 0.59 0.45 0.27 0.15 0.00 0.02 0.11 0.46 0.35 0.15 0.84 0.42
O3' 0.19 0.29 0.02 0.00 0.16 0.01 0.10 0.10 0.12 0.13 0.21 0.37 0.29 0.13 0.08 0.02 0.00 0.11 0.27 0.09 0.39 0.27 0.12
O4' 0.00 0.30 0.02 0.01 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.13 0.23 0.36 0.32 0.08 0.02 0.11 0.11 0.00 0.14 0.12 0.38 0.08 0.19
O5' 0.11 0.57 0.43 0.34 0.09 0.00 0.22 0.01 0.07 0.62 0.28 0.88 0.55 0.59 0.22 0.46 0.27 0.14 0.00 0.22 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.11 0.13 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.35 0.09 0.12 0.22 0.00 0.62 0.73 0.56
OP1 0.22 0.31 0.16 0.10 0.22 0.38 0.51 0.16 0.46 0.71 0.25 0.62 0.24 0.78 0.36 0.15 0.39 0.38 0.02 0.62 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.99 0.73 0.41 0.56 0.05 0.66 0.02 0.63 0.89 0.73 1.41 0.89 0.97 0.53 0.84 0.27 0.08 0.01 0.73 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.49 0.39 0.18 0.23 0.16 0.49 0.02 0.41 0.77 0.27 0.84 0.45 0.83 0.36 0.42 0.12 0.19 0.00 0.56 0.01 0.00 0.00