ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53899

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O6 B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N7 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C4 B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
N9 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C8 B 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C2 B 0, 0.000, 0.382, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N3 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
N2 B 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O5' A 0, 0.000, 0.569, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.569 std_dev=0.569
O4' A 0, 0.000, 0.694, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C2' A 0, 0.000, 0.813, 1.626, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.813 std_dev=0.813
C3' A 0, 0.000, 0.849, 1.699, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.849 std_dev=0.849
O3' A 0, 0.000, 0.852, 1.704, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.852 std_dev=0.852
C4' A 0, 0.000, 0.906, 1.812, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.906 std_dev=0.906
P A 0, 0.000, 1.088, 2.177, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.088 std_dev=1.088
O3' B 0, 0.000, 1.171, 2.342, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.171 std_dev=1.171
C2' B 0, 0.000, 1.321, 2.642, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.321 std_dev=1.321
O2' A 0, 0.000, 1.383, 2.766, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.383 std_dev=1.383
C5' A 0, 0.000, 1.398, 2.797, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.398 std_dev=1.398
C3' B 0, 0.000, 1.574, 3.149, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.574 std_dev=1.574
O4' B 0, 0.000, 1.620, 3.240, 3.240 max_d=3.240 avg_d=1.620 std_dev=1.620
OP1 A 0, 0.000, 1.628, 3.257, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.628 std_dev=1.628
OP2 A 0, 0.000, 1.663, 3.326, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.663 std_dev=1.663
C4' B 0, 0.000, 1.852, 3.705, 3.705 max_d=3.705 avg_d=1.852 std_dev=1.852
O2' B 0, 0.000, 1.951, 3.902, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.951 std_dev=1.951
C5' B 0, 0.000, 3.253, 6.506, 6.506 max_d=6.506 avg_d=3.253 std_dev=3.253
O5' B 0, 0.000, 3.956, 7.913, 7.913 max_d=7.913 avg_d=3.956 std_dev=3.956
P B 0, 0.000, 5.206, 10.411, 10.411 max_d=10.411 avg_d=5.206 std_dev=5.206
OP1 B 0, 0.000, 5.586, 11.172, 11.172 max_d=11.172 avg_d=5.586 std_dev=5.586
OP2 B 0, 0.000, 5.916, 11.832, 11.832 max_d=11.832 avg_d=5.916 std_dev=5.916

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.00 0.16 0.42 0.27 0.06
C2 0.00 0.00 0.34 0.24 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.06 0.16 0.21 0.27 0.56 0.13
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.16 0.01 0.05 0.18 0.12 0.21 0.25 0.34 0.06 0.13 0.02 0.00 0.00 0.02 0.56 0.05 0.76 0.37
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.19 0.03 0.23 0.21 0.18 0.08 0.08 0.01 0.00 0.01 0.31 0.16 0.35 0.14
C4 0.00 0.01 0.16 0.16 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.22 0.19 0.57 0.17
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.48 0.10 0.22
C5 0.00 0.01 0.05 0.15 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.04 0.24 0.00 0.74 0.31
C5' 0.07 0.09 0.18 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01
C6 0.00 0.00 0.12 0.19 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.08 0.25 0.00 0.77 0.33
C8 0.01 0.01 0.21 0.03 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.34 0.12 0.09 0.24 0.07 0.71 0.33
N1 0.00 0.00 0.25 0.23 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.13 0.23 0.13 0.69 0.24
N3 0.00 0.00 0.34 0.21 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.09 0.15 0.20 0.33 0.48 0.07
N6 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.06 0.26 0.13 0.87 0.41
N7 0.00 0.01 0.13 0.08 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.09 0.04 0.25 0.16 0.83 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.14 0.00 0.21 0.19 0.52 0.14
O2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.17 0.15 0.01 0.08 0.34 0.08 0.24 0.16 0.32 0.14 0.00 0.05 0.09 0.43 0.35 0.66 0.17
O3' 0.23 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.16 0.06 0.12 0.05 0.09 0.05 0.09 0.14 0.05 0.00 0.17 0.12 0.51 0.06 0.13
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.09 0.13 0.15 0.06 0.04 0.00 0.09 0.17 0.00 0.14 0.59 0.14 0.35
O5' 0.16 0.21 0.56 0.31 0.22 0.00 0.24 0.00 0.25 0.24 0.23 0.20 0.26 0.25 0.21 0.43 0.12 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.42 0.27 0.05 0.16 0.19 0.48 0.00 0.08 0.00 0.07 0.13 0.33 0.13 0.16 0.19 0.35 0.51 0.59 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.56 0.76 0.35 0.57 0.10 0.74 0.08 0.77 0.71 0.69 0.48 0.87 0.83 0.52 0.66 0.06 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.37 0.14 0.17 0.22 0.31 0.01 0.33 0.33 0.24 0.07 0.41 0.41 0.14 0.17 0.13 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.15 0.02 0.18 0.21 0.66 0.22 1.06 0.18 0.25 0.15 0.11 0.18 0.24 0.23 0.19 0.21 0.70 0.51 0.15 0.17 0.61 0.36
C2 0.25 0.12 0.07 0.50 0.22 1.07 0.18 1.77 0.11 0.25 0.07 0.05 0.20 0.21 0.25 0.51 0.34 1.01 1.48 0.06 1.38 1.93 1.60
C2' 0.31 0.10 0.20 0.31 0.31 0.65 0.41 1.02 0.38 0.48 0.18 0.06 0.17 0.52 0.37 0.05 0.36 0.67 0.49 0.47 0.03 0.62 0.29
C3' 0.06 0.24 0.15 0.07 0.11 0.25 0.07 0.57 0.13 0.03 0.24 0.31 0.18 0.03 0.05 0.23 0.02 0.25 0.00 0.11 0.52 0.04 0.26
C4 0.23 0.09 0.01 0.28 0.20 0.82 0.19 1.32 0.11 0.25 0.06 0.02 0.16 0.22 0.23 0.38 0.24 0.86 0.86 0.06 0.61 1.07 0.81
C4' 0.00 0.16 0.18 0.09 0.08 0.33 0.11 0.62 0.19 0.00 0.22 0.18 0.11 0.05 0.03 0.26 0.03 0.37 0.00 0.26 0.47 0.09 0.28
C5 0.23 0.00 0.10 0.22 0.17 0.80 0.14 1.25 0.04 0.24 0.03 0.07 0.10 0.19 0.22 0.46 0.20 0.88 0.78 0.00 0.53 0.91 0.70
C5' 0.01 0.23 0.19 0.16 0.12 0.23 0.17 0.40 0.28 0.02 0.30 0.24 0.15 0.09 0.05 0.16 0.04 0.29 0.27 0.39 0.84 0.55 0.66
C6 0.24 0.02 0.09 0.34 0.16 0.98 0.12 1.54 0.02 0.23 0.05 0.11 0.10 0.17 0.22 0.62 0.25 1.03 1.16 0.02 0.98 1.37 1.16
C8 0.19 0.02 0.13 0.02 0.13 0.53 0.14 0.82 0.05 0.22 0.01 0.03 0.08 0.20 0.18 0.26 0.12 0.64 0.23 0.01 0.13 0.18 0.01
N1 0.25 0.04 0.01 0.49 0.19 1.11 0.15 1.81 0.06 0.24 0.00 0.05 0.15 0.18 0.23 0.62 0.32 1.07 1.53 0.02 1.44 1.92 1.65
N3 0.24 0.14 0.06 0.41 0.22 0.95 0.20 1.56 0.13 0.25 0.10 0.09 0.20 0.22 0.25 0.41 0.30 0.92 1.18 0.08 1.00 1.54 1.22
N6 0.24 0.10 0.20 0.29 0.10 1.00 0.06 1.50 0.03 0.20 0.11 0.18 0.01 0.13 0.19 0.78 0.21 1.10 1.14 0.05 0.98 1.27 1.12
N7 0.20 0.05 0.19 0.03 0.11 0.58 0.10 0.88 0.01 0.22 0.08 0.10 0.04 0.18 0.18 0.38 0.11 0.72 0.32 0.04 0.02 0.29 0.13
N9 0.22 0.10 0.04 0.17 0.19 0.67 0.19 1.07 0.13 0.24 0.08 0.04 0.15 0.22 0.22 0.27 0.20 0.73 0.53 0.08 0.21 0.62 0.39
O2' 0.76 0.70 0.70 0.81 0.83 1.13 0.93 1.55 0.97 0.93 0.84 0.52 0.72 0.98 0.84 0.51 0.79 1.13 1.06 1.05 0.64 1.31 0.91
O3' 0.09 0.01 0.06 0.15 0.06 0.46 0.07 0.83 0.02 0.13 0.02 0.04 0.03 0.11 0.09 0.06 0.21 0.42 0.29 0.00 0.23 0.39 0.06
O4' 0.05 0.04 0.20 0.05 0.02 0.46 0.08 0.79 0.15 0.00 0.12 0.03 0.00 0.06 0.01 0.33 0.04 0.51 0.19 0.24 0.18 0.13 0.03
O5' 0.31 0.16 0.06 0.04 0.23 0.43 0.21 0.55 0.14 0.29 0.12 0.13 0.20 0.25 0.27 0.15 0.24 0.53 0.17 0.08 0.72 0.51 0.58
OP1 0.54 0.06 0.25 0.25 0.35 0.63 0.39 0.70 0.21 0.65 0.04 0.08 0.20 0.60 0.51 0.37 0.50 0.74 0.01 0.19 0.56 0.40 0.44
OP2 1.23 0.88 0.93 0.83 1.09 1.18 1.10 1.14 0.94 1.26 0.83 0.78 0.99 1.23 1.19 1.16 1.09 1.32 0.37 0.87 0.22 0.18 0.14
P 0.71 0.35 0.39 0.37 0.56 0.77 0.57 0.83 0.43 0.75 0.31 0.26 0.46 0.71 0.67 0.53 0.61 0.90 0.09 0.38 0.45 0.34 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.22 0.00 0.20 0.01 0.57 0.07 0.40
C2 0.05 0.00 0.18 0.30 0.00 0.43 0.00 0.91 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.24 0.31 0.56 0.00 0.10 1.01 0.46
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.16 0.07 0.10 0.13 0.21 0.18 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.27 0.06
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.02 0.32 0.18 0.42 0.30 0.26 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.18 0.02
C4 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.19 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.18 0.17 0.03 0.00 0.54 0.13 0.29
C4' 0.00 0.43 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.01 0.15 0.24 0.32 0.55 0.42 0.15 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.10 0.26 0.15 0.07
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.07 0.35 0.00 0.92 0.34 0.70
C5' 0.05 0.91 0.16 0.02 0.41 0.01 0.19 0.00 0.37 0.34 0.69 1.17 0.84 0.20 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.26 0.32 0.24 0.02
C6 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.15 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.13 0.17 0.00 0.75 0.09 0.48
C8 0.02 0.00 0.10 0.32 0.00 0.24 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.03 0.16 0.92 0.02 1.39 1.08 1.32
N1 0.04 0.00 0.13 0.18 0.00 0.32 0.00 0.69 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.23 0.25 0.01 0.28 0.55 0.05
N2 0.06 0.00 0.21 0.42 0.00 0.55 0.00 1.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.27 0.36 0.93 0.00 0.55 1.59 0.95
N3 0.05 0.00 0.18 0.30 0.00 0.42 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.25 0.32 0.50 0.01 0.03 0.88 0.37
N7 0.01 0.00 0.06 0.26 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.04 0.09 0.83 0.02 1.40 1.04 1.28
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.00 0.39 0.00 0.84 0.33 0.68
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.16 0.15 0.01 0.11 0.26 0.00 0.19 0.11 0.25 0.13 0.00 0.04 0.08 0.02 0.16 0.12 0.34 0.03
O3' 0.22 0.24 0.00 0.00 0.18 0.01 0.12 0.12 0.14 0.03 0.20 0.27 0.25 0.04 0.14 0.04 0.00 0.14 0.01 0.12 0.07 0.10 0.01
O4' 0.00 0.31 0.03 0.01 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.16 0.23 0.36 0.32 0.09 0.00 0.08 0.14 0.00 0.24 0.09 0.70 0.13 0.45
O5' 0.20 0.56 0.01 0.01 0.03 0.01 0.35 0.01 0.17 0.92 0.25 0.93 0.50 0.83 0.39 0.02 0.01 0.24 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01
O6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.12 0.09 0.33 0.00 0.95 0.35 0.70
OP1 0.57 0.10 0.13 0.03 0.54 0.26 0.92 0.32 0.75 1.39 0.28 0.55 0.03 1.40 0.84 0.12 0.07 0.70 0.00 0.95 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 1.01 0.27 0.18 0.13 0.15 0.34 0.24 0.09 1.08 0.55 1.59 0.88 1.04 0.33 0.34 0.10 0.13 0.00 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.40 0.46 0.06 0.02 0.29 0.07 0.70 0.02 0.48 1.32 0.05 0.95 0.37 1.28 0.68 0.03 0.01 0.45 0.01 0.70 0.00 0.00 0.00