ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 14, 7, 2, 2, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.019, 0.064, 0.109, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.064 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.028, 0.092, 0.157, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.092 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.039, 0.116, 0.193, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.116 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.042, 0.138, 0.234, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.138 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.049, 0.146, 0.243, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.146 std_dev=0.097
O5' A 0, 0.071, 0.192, 0.314, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.192 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.060, 0.185, 0.309, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.185 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.140, 0.267, 0.395, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.267 std_dev=0.128
N7 B 0, 0.147, 0.286, 0.425, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.286 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.125, 0.276, 0.427, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.276 std_dev=0.151
P B 0, 0.161, 0.312, 0.463, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.312 std_dev=0.151
N9 B 0, 0.128, 0.280, 0.432, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.280 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.078, 0.233, 0.388, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.233 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.126, 0.284, 0.443, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.284 std_dev=0.158
C8 B 0, 0.131, 0.290, 0.450, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.290 std_dev=0.159
O2' B 0, 0.132, 0.292, 0.452, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.292 std_dev=0.160
N6 B 0, 0.136, 0.299, 0.462, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.299 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.114, 0.288, 0.462, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.288 std_dev=0.174
P A 0, 0.099, 0.274, 0.449, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.274 std_dev=0.175
OP1 B 0, 0.301, 0.479, 0.656, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.479 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.124, 0.310, 0.496, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.310 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.114, 0.322, 0.530, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.322 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.105, 0.315, 0.525, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.315 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.105, 0.325, 0.544, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.325 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.126, 0.346, 0.567, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.346 std_dev=0.220
OP2 B 0, 0.161, 0.383, 0.605, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.383 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.126, 0.350, 0.573, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.350 std_dev=0.223
C4' B 0, 0.144, 0.380, 0.616, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.380 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.107, 0.346, 0.585, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.346 std_dev=0.239
O4' B 0, 0.113, 0.359, 0.605, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.359 std_dev=0.246
O3' B 0, 0.145, 0.409, 0.672, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.409 std_dev=0.263
C5' B 0, 0.139, 0.408, 0.677, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.408 std_dev=0.269
O5' B 0, 0.102, 0.462, 0.823, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.462 std_dev=0.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.07 0.09 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.09 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.06 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.07 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.07 0.10 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.07 0.09 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.06 0.07 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.21 0.17 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.10 0.10
O5' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.13 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.21 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.05 0.09 0.09 0.02 0.11 0.02 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.05 0.17 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.04 0.07 0.08 0.03 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.04 0.13 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.08 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.04 0.13 0.23 0.10 0.09 0.15 0.22 0.16 0.15 0.12 0.16 0.06 0.11 0.03 0.05
C2 0.08 0.14 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.15 0.14 0.11 0.15 0.12 0.15 0.13 0.08 0.08 0.07 0.07 0.26 0.18 0.13 0.15
C2' 0.14 0.11 0.11 0.09 0.13 0.08 0.16 0.06 0.14 0.21 0.12 0.11 0.15 0.20 0.15 0.13 0.10 0.16 0.11 0.13 0.05 0.08
C3' 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.04 0.12 0.18 0.10 0.09 0.13 0.17 0.14 0.12 0.10 0.16 0.02 0.03 0.02 0.01
C4 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.13 0.09 0.11 0.18 0.10 0.08 0.13 0.20 0.11 0.10 0.07 0.09 0.19 0.12 0.09 0.11
C4' 0.17 0.08 0.15 0.14 0.12 0.14 0.14 0.09 0.11 0.21 0.09 0.09 0.13 0.19 0.16 0.15 0.15 0.19 0.11 0.04 0.05 0.03
C5 0.09 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.11 0.11 0.09 0.15 0.09 0.09 0.11 0.17 0.10 0.08 0.07 0.08 0.22 0.12 0.11 0.12
C5' 0.21 0.10 0.20 0.21 0.14 0.20 0.15 0.17 0.12 0.22 0.10 0.12 0.13 0.19 0.19 0.18 0.22 0.23 0.21 0.07 0.07 0.08
C6 0.08 0.15 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.15 0.10 0.10 0.13 0.14 0.10 0.12 0.09 0.08 0.07 0.08 0.26 0.14 0.14 0.14
C8 0.15 0.08 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.09 0.11 0.23 0.08 0.08 0.12 0.21 0.16 0.15 0.12 0.15 0.13 0.10 0.10 0.09
N1 0.07 0.16 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.16 0.11 0.08 0.16 0.13 0.11 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.28 0.16 0.14 0.16
N3 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.07 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.10 0.16 0.18 0.11 0.10 0.08 0.10 0.22 0.17 0.10 0.13
N6 0.13 0.22 0.11 0.11 0.15 0.13 0.13 0.18 0.14 0.11 0.19 0.20 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.29 0.14 0.17 0.16
N7 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.19 0.09 0.10 0.12 0.19 0.14 0.12 0.10 0.13 0.18 0.11 0.12 0.11
N9 0.13 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.14 0.05 0.12 0.23 0.09 0.07 0.13 0.22 0.15 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.06 0.08
O2' 0.13 0.13 0.11 0.09 0.14 0.08 0.17 0.09 0.17 0.19 0.15 0.12 0.19 0.21 0.15 0.13 0.10 0.15 0.11 0.22 0.07 0.10
O3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.04 0.12 0.04 0.12 0.12 0.11 0.08 0.14 0.14 0.09 0.12 0.08 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.17 0.07 0.16 0.15 0.12 0.13 0.15 0.07 0.12 0.23 0.08 0.08 0.14 0.21 0.17 0.17 0.16 0.18 0.05 0.07 0.04 0.01
O5' 0.18 0.09 0.18 0.18 0.13 0.18 0.14 0.14 0.11 0.20 0.09 0.10 0.12 0.18 0.17 0.17 0.19 0.20 0.16 0.12 0.08 0.09
OP1 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.10 0.10 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.11 0.09 0.22 0.13
OP2 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.14 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.09 0.12 0.09 0.21 0.13
P 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.11 0.23 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.06 0.19 0.19 0.10 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.16 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.18 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.21 0.18 0.10 0.08
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.09 0.05
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.26 0.14 0.14 0.12
C5' 0.04 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.12 0.17 0.09 0.05 0.14 0.18 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.26 0.15 0.15 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.29 0.11 0.14 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.23 0.17 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.16 0.21 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.28 0.16 0.17 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.30 0.13 0.17 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.21 0.18 0.09 0.06
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.11 0.08
O3' 0.03 0.10 0.02 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.04 0.19 0.11 0.05
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.31 0.05 0.11
O5' 0.11 0.19 0.09 0.04 0.21 0.01 0.26 0.01 0.26 0.29 0.23 0.16 0.28 0.30 0.21 0.09 0.04 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.19 0.16 0.18 0.18 0.22 0.14 0.13 0.15 0.11 0.17 0.21 0.16 0.13 0.18 0.14 0.19 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.14 0.10 0.15 0.14 0.13 0.08 0.17 0.17 0.09 0.11 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.02 0.13 0.11 0.11 0.07 0.16 0.15 0.06 0.08 0.05 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00