ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53909

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 13, 12, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.045, 0.089, 0.133, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.089 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.067, 0.116, 0.165, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.116 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.056, 0.108, 0.159, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.108 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.041, 0.094, 0.147, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.094 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.101, 0.164, 0.226, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.164 std_dev=0.062
N1 B 0, 0.150, 0.235, 0.321, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.235 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.102, 0.191, 0.281, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.191 std_dev=0.089
N6 B 0, 0.158, 0.254, 0.350, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.254 std_dev=0.096
C2 B 0, 0.150, 0.247, 0.343, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.247 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.153, 0.250, 0.348, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.250 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.111, 0.214, 0.318, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.214 std_dev=0.104
N3 B 0, 0.153, 0.266, 0.379, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.266 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.138, 0.257, 0.376, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.257 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.170, 0.302, 0.434, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.302 std_dev=0.132
C5 B 0, 0.167, 0.302, 0.437, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.302 std_dev=0.135
C5' B 0, 0.124, 0.264, 0.405, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.264 std_dev=0.140
O4' B 0, 0.193, 0.343, 0.493, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.343 std_dev=0.150
O5' B 0, 0.121, 0.277, 0.433, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.277 std_dev=0.156
C4' B 0, 0.165, 0.329, 0.494, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.329 std_dev=0.164
P A 0, 0.227, 0.402, 0.577, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.402 std_dev=0.175
N9 B 0, 0.197, 0.372, 0.548, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.372 std_dev=0.175
P B 0, 0.187, 0.369, 0.551, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.369 std_dev=0.182
N7 B 0, 0.202, 0.386, 0.569, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.386 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.263, 0.449, 0.636, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.449 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.202, 0.392, 0.581, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.392 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.221, 0.427, 0.634, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.427 std_dev=0.206
C3' B 0, 0.182, 0.390, 0.598, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.390 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.281, 0.490, 0.700, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.490 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.191, 0.402, 0.613, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.402 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.252, 0.465, 0.679, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.465 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.255, 0.486, 0.718, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.486 std_dev=0.231
O3' B 0, 0.209, 0.452, 0.695, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.452 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.210, 0.473, 0.737, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.473 std_dev=0.263

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.09 0.07 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.07 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.08 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.09 0.13 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.09 0.12 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.10 0.09
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.07 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.08 0.13 0.12 0.08 0.10 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.15 0.09
C2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.13 0.08
C2' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.16 0.10
C3' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.15 0.09
C4 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.13 0.08
C4' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.15 0.09
C5 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.14 0.08
C5' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.14 0.08
C6 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08 0.07 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.13 0.08
C8 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.15 0.10
N1 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.08
N3 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08
N6 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.15 0.09 0.09 0.11 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.11 0.10 0.13 0.10
N7 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09 0.15 0.10
N9 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.14 0.09
O2' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.17 0.11
O3' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.15 0.09
O4' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.08
O5' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.14 0.08
OP1 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07
OP2 0.13 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.15 0.09 0.09 0.11 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.10
P 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.15 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.11 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.13 0.07
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.13 0.07
C5' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.08 0.13 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.14 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.08 0.09 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.13 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.08 0.13 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.14 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.14 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.17 0.11
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.10 0.05
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02
O5' 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.10 0.08 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.13 0.15 0.11 0.13 0.07 0.13 0.04 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00