ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53910

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 15, 13, 4, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.039, 0.075, 0.110, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.075 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.033, 0.069, 0.105, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.062, 0.124, 0.186, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.124 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.065, 0.128, 0.191, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.128 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.057, 0.128, 0.200, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.128 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.087, 0.166, 0.246, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.166 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.093, 0.222, 0.352, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.222 std_dev=0.129
C2 B 0, 0.076, 0.228, 0.380, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.228 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.062, 0.219, 0.376, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.219 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.066, 0.223, 0.380, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.223 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.079, 0.237, 0.395, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.237 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.050, 0.215, 0.381, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.215 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.057, 0.226, 0.394, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.226 std_dev=0.168
N6 B 0, 0.087, 0.258, 0.428, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.258 std_dev=0.170
O5' A 0, 0.086, 0.265, 0.445, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.265 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.067, 0.248, 0.428, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.248 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.086, 0.269, 0.452, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.269 std_dev=0.183
N9 B 0, 0.071, 0.259, 0.448, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.259 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.072, 0.272, 0.472, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.272 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.089, 0.290, 0.491, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.290 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.101, 0.303, 0.506, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.303 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.136, 0.342, 0.547, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.342 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.117, 0.326, 0.536, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.326 std_dev=0.210
P A 0, 0.096, 0.308, 0.520, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.308 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.162, 0.375, 0.589, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.375 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.085, 0.300, 0.514, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.300 std_dev=0.214
P B 0, 0.084, 0.307, 0.530, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.307 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.084, 0.312, 0.539, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.312 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.111, 0.341, 0.571, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.341 std_dev=0.230
O2' B 0, 0.158, 0.392, 0.626, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.392 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.107, 0.352, 0.597, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.352 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.136, 0.405, 0.674, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.405 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.146, 0.423, 0.699, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.423 std_dev=0.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.13 0.07 0.09
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.07 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.10 0.09 0.08
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.11 0.05 0.06 0.08 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.11 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.12 0.12 0.14 0.12
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.12 0.07 0.08
N3 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.11 0.07 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.12 0.09 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.12 0.12 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.09 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.09 0.06
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.10 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.07 0.05
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.12 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.13 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.02 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.08 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.04 0.07 0.14 0.07 0.07 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.03 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.07 0.12 0.08 0.08 0.09 0.12 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.11 0.15 0.09 0.07 0.13 0.15 0.11 0.09 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.08
C2 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.13 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.24 0.11 0.13
C2' 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.14 0.15 0.12 0.10 0.16 0.16 0.13 0.12 0.10 0.13 0.14 0.12 0.12 0.07
C3' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.10 0.18 0.16 0.12 0.12 0.10 0.13 0.16 0.08 0.11 0.07
C4 0.07 0.13 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.13 0.10 0.10 0.09 0.14 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.21 0.12 0.10
C4' 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12 0.14 0.11 0.08 0.15 0.15 0.11 0.10 0.12 0.15 0.17 0.10 0.13 0.09
C5 0.07 0.16 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.14 0.13 0.10 0.11 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.21 0.12 0.11
C5' 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.08 0.17 0.15 0.11 0.09 0.13 0.15 0.18 0.12 0.15 0.11
C6 0.09 0.17 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.15 0.15 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.23 0.11 0.12
C8 0.07 0.14 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.12 0.14 0.10 0.15 0.13 0.08 0.09 0.07 0.08 0.12 0.17 0.13 0.09
N1 0.09 0.15 0.10 0.11 0.10 0.12 0.07 0.13 0.09 0.09 0.13 0.15 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.24 0.11 0.13
N3 0.10 0.12 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.17 0.09 0.11 0.10 0.16 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.23 0.11 0.12
N6 0.11 0.18 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.14 0.09 0.17 0.16 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.08 0.23 0.11 0.12
N7 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.11 0.16 0.12 0.15 0.12 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.19 0.12 0.10
N9 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.12 0.14 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.18 0.12 0.09
O2' 0.14 0.11 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.16 0.12 0.13 0.15 0.16 0.15 0.14 0.13 0.16 0.15 0.13 0.13 0.09
O3' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.11 0.19 0.16 0.12 0.13 0.11 0.14 0.16 0.11 0.13 0.09
O4' 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.15 0.10 0.07 0.13 0.14 0.11 0.09 0.12 0.15 0.17 0.13 0.13 0.10
O5' 0.13 0.09 0.11 0.14 0.09 0.16 0.12 0.15 0.12 0.15 0.12 0.08 0.16 0.15 0.12 0.10 0.16 0.18 0.20 0.16 0.18 0.14
OP1 0.18 0.11 0.16 0.19 0.13 0.21 0.14 0.19 0.14 0.18 0.13 0.11 0.16 0.17 0.16 0.15 0.22 0.22 0.24 0.22 0.20 0.19
OP2 0.15 0.12 0.13 0.16 0.12 0.19 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.11 0.19 0.17 0.14 0.13 0.18 0.19 0.22 0.22 0.18 0.18
P 0.15 0.10 0.12 0.15 0.11 0.18 0.12 0.16 0.13 0.16 0.12 0.09 0.16 0.15 0.13 0.11 0.18 0.19 0.22 0.19 0.18 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.13 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.05 0.11 0.21 0.14 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.14 0.11 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.10 0.18 0.11 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.12 0.19 0.12 0.12
C5' 0.05 0.10 0.05 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.13 0.21 0.14 0.13
C8 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.10 0.17 0.12 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04 0.13 0.21 0.14 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.10 0.19 0.12 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.14 0.21 0.14 0.14
N7 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.12 0.19 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.16 0.10 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.16 0.14 0.10
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.07 0.08 0.14 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.11 0.09 0.03
O5' 0.03 0.11 0.06 0.06 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.08 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.21 0.14 0.09 0.18 0.07 0.19 0.09 0.21 0.17 0.21 0.19 0.21 0.19 0.16 0.16 0.08 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.09 0.14 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.04 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.09 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.05 0.13 0.08 0.05 0.10 0.03 0.12 0.02 0.13 0.09 0.14 0.11 0.14 0.11 0.08 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00