ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53911

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 9, 8, 7, 3, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.048, 0.095, 0.142, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.095 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.020, 0.069, 0.118, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.069 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.017, 0.076, 0.136, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.076 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.046, 0.132, 0.218, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.132 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.043, 0.132, 0.222, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.132 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.072, 0.187, 0.303, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.187 std_dev=0.116
N6 B 0, 0.099, 0.238, 0.378, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.238 std_dev=0.139
N7 B 0, 0.094, 0.236, 0.379, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.236 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.086, 0.234, 0.382, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.234 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.090, 0.238, 0.387, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.238 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.070, 0.223, 0.376, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.223 std_dev=0.153
C8 B 0, 0.104, 0.259, 0.413, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.259 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.084, 0.240, 0.397, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.240 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.106, 0.266, 0.425, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.266 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.117, 0.279, 0.442, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.279 std_dev=0.162
N9 B 0, 0.110, 0.274, 0.438, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.274 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.187, 0.356, 0.526, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.356 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.134, 0.310, 0.485, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.310 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.130, 0.306, 0.482, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.306 std_dev=0.176
O2' B 0, 0.137, 0.317, 0.497, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.317 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.112, 0.293, 0.474, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.293 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.123, 0.312, 0.502, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.312 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.154, 0.348, 0.541, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.348 std_dev=0.194
P B 0, 0.176, 0.379, 0.581, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.379 std_dev=0.202
P A 0, 0.094, 0.305, 0.516, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.305 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.125, 0.339, 0.553, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.339 std_dev=0.214
O4' B 0, 0.129, 0.351, 0.572, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.351 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.109, 0.338, 0.567, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.338 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.142, 0.372, 0.601, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.372 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.158, 0.395, 0.632, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.395 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.137, 0.378, 0.618, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.378 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.103, 0.353, 0.603, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.353 std_dev=0.250
OP1 B 0, 0.208, 0.461, 0.713, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.461 std_dev=0.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.12 0.15 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.13 0.17 0.13
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.11 0.12 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.11 0.16 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.11 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.12 0.15 0.19 0.15
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.13 0.16 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.07 0.10 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.07 0.12 0.12 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.12 0.03 0.13 0.11 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.13 0.04 0.03 0.12 0.02 0.15 0.01 0.17 0.12 0.16 0.11 0.19 0.16 0.10 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.11 0.11 0.08 0.15 0.14 0.08 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.14 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.06 0.14 0.11 0.11 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.12 0.15 0.10
C2 0.16 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.11 0.14 0.10 0.14 0.13 0.16 0.08 0.11 0.15 0.16 0.16 0.15 0.13 0.12 0.14 0.12
C2' 0.07 0.15 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.13 0.06 0.16 0.12 0.13 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.10 0.11 0.16 0.11
C3' 0.07 0.16 0.07 0.06 0.11 0.05 0.11 0.07 0.15 0.06 0.18 0.13 0.17 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.15 0.10
C4 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.13 0.12 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.10 0.13 0.09
C4' 0.07 0.15 0.06 0.06 0.10 0.05 0.10 0.07 0.13 0.06 0.16 0.12 0.15 0.07 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.11 0.14 0.09
C5 0.07 0.13 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.14 0.11 0.11 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.13 0.09
C5' 0.08 0.16 0.08 0.07 0.12 0.06 0.12 0.06 0.15 0.08 0.17 0.13 0.17 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10 0.13 0.08
C6 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.14 0.12 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12
C8 0.08 0.13 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.11 0.14 0.10 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.13 0.16 0.12
N1 0.16 0.14 0.15 0.15 0.13 0.15 0.09 0.15 0.09 0.14 0.13 0.14 0.09 0.11 0.14 0.16 0.15 0.15 0.14 0.14 0.15 0.13
N3 0.12 0.15 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.14 0.14 0.07 0.09 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09
N6 0.10 0.16 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.09 0.10 0.12 0.08 0.10 0.13 0.14 0.16 0.14
N7 0.08 0.14 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.14 0.10 0.09 0.11 0.07 0.08 0.09 0.12 0.14 0.10
N9 0.07 0.13 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.14 0.11 0.12 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.11 0.15 0.10
O2' 0.08 0.16 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.12 0.08 0.16 0.13 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.16 0.11
O3' 0.08 0.18 0.07 0.07 0.12 0.06 0.12 0.08 0.17 0.07 0.19 0.14 0.19 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.16 0.10
O4' 0.07 0.14 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.12 0.06 0.14 0.11 0.12 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.12 0.15 0.10
O5' 0.10 0.17 0.09 0.08 0.14 0.07 0.15 0.07 0.17 0.11 0.19 0.15 0.19 0.12 0.11 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08
OP1 0.14 0.18 0.12 0.11 0.16 0.11 0.17 0.10 0.19 0.15 0.19 0.17 0.20 0.16 0.15 0.15 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10
OP2 0.16 0.21 0.15 0.12 0.19 0.12 0.20 0.10 0.21 0.17 0.22 0.19 0.22 0.19 0.17 0.18 0.13 0.15 0.11 0.11 0.11 0.10
P 0.13 0.18 0.12 0.10 0.16 0.10 0.17 0.09 0.19 0.14 0.20 0.17 0.20 0.15 0.14 0.15 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.04 0.06 0.06 0.12 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.07 0.07 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.09 0.15 0.10
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.09 0.10 0.16 0.10
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.11 0.09 0.14 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.03 0.08 0.08 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.04 0.05 0.05 0.11 0.06
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.11 0.11 0.17 0.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.11 0.17 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.11 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.10 0.12 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.11 0.08
O3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.08 0.06
O5' 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.05 0.11 0.11 0.07 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.09 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.12 0.07 0.04 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14 0.11 0.17 0.17 0.11 0.11 0.04 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.12 0.07 0.08 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00