ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 10, 14, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.016, 0.055, 0.093, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.057, 0.100, 0.143, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.100 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.041, 0.093, 0.145, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.093 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.056, 0.108, 0.160, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.108 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.091, 0.159, 0.226, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.159 std_dev=0.068
N7 B 0, 0.089, 0.163, 0.238, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.163 std_dev=0.074
C5 B 0, 0.072, 0.154, 0.236, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.154 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.069, 0.153, 0.237, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.153 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.092, 0.176, 0.260, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.176 std_dev=0.084
C6 B 0, 0.060, 0.149, 0.238, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.149 std_dev=0.089
C8 B 0, 0.106, 0.198, 0.289, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.198 std_dev=0.092
N6 B 0, 0.052, 0.146, 0.240, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.146 std_dev=0.094
C4 B 0, 0.100, 0.195, 0.291, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.195 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.083, 0.182, 0.281, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.182 std_dev=0.099
N9 B 0, 0.114, 0.218, 0.323, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.218 std_dev=0.104
N1 B 0, 0.079, 0.189, 0.299, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.189 std_dev=0.110
N3 B 0, 0.113, 0.228, 0.343, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.228 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.149, 0.266, 0.383, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.266 std_dev=0.117
C3' B 0, 0.127, 0.244, 0.361, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.244 std_dev=0.117
OP1 A 0, 0.140, 0.258, 0.377, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.258 std_dev=0.119
P A 0, 0.093, 0.212, 0.331, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.212 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.097, 0.220, 0.342, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.220 std_dev=0.122
C1' B 0, 0.146, 0.272, 0.398, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.272 std_dev=0.126
O5' B 0, 0.099, 0.232, 0.365, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.232 std_dev=0.133
O3' B 0, 0.133, 0.269, 0.404, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.269 std_dev=0.135
OP2 B 0, 0.094, 0.230, 0.365, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.230 std_dev=0.136
P B 0, 0.121, 0.257, 0.393, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.257 std_dev=0.136
O2' B 0, 0.193, 0.330, 0.467, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.330 std_dev=0.137
C4' B 0, 0.132, 0.271, 0.410, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.271 std_dev=0.139
O4' B 0, 0.148, 0.287, 0.427, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.287 std_dev=0.139
OP2 A 0, 0.126, 0.266, 0.406, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.266 std_dev=0.140
C5' B 0, 0.110, 0.260, 0.409, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.260 std_dev=0.150
OP1 B 0, 0.192, 0.353, 0.513, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.353 std_dev=0.160

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.10 0.09 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.08 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.07 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.10 0.10 0.10 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.10 0.09 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.09 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03
O5' 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.09 0.06 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.11 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05
C2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07
C2' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06
C3' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06
C4 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
C4' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
C5 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.07
C5' 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06
C6 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08
C8 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.09 0.06
N1 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07
N3 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06
N6 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10
N7 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08
N9 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10
O3' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
O5' 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07
OP1 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07
OP2 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.08
P 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.04 0.08 0.03 0.09 0.02 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.11 0.08 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00