ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53913

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 6, 24, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.032, 0.044, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.044 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.030, 0.045, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.045 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.029, 0.052, 0.075, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.050, 0.077, 0.104, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.077 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.041, 0.081, 0.121, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.081 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.046, 0.096, 0.146, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.096 std_dev=0.050
C5 B 0, 0.247, 0.363, 0.478, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.363 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.461, 0.586, 0.711, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.586 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.470, 0.605, 0.741, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.605 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.202, 0.340, 0.478, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.340 std_dev=0.138
N7 B 0, 0.338, 0.513, 0.688, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.513 std_dev=0.175
N9 B 0, 0.283, 0.460, 0.637, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.460 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.424, 0.607, 0.790, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.607 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.672, 0.859, 1.046, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.859 std_dev=0.187
O2' A 0, 0.554, 0.742, 0.930, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.742 std_dev=0.188
C3' A 0, 0.699, 0.893, 1.086, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.893 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.404, 0.597, 0.791, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.597 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.329, 0.526, 0.723, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.526 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.525, 0.737, 0.949, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.737 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.548, 0.766, 0.985, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.766 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.562, 0.801, 1.039, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.801 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.518, 0.766, 1.014, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.766 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.886, 1.148, 1.411, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.148 std_dev=0.262
N6 B 0, 0.607, 0.888, 1.169, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.888 std_dev=0.281
C4' B 0, 1.057, 1.358, 1.660, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.358 std_dev=0.302
C5' A 0, 1.314, 1.639, 1.964, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.639 std_dev=0.325
C5' B 0, 1.109, 1.459, 1.809, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.459 std_dev=0.350
O5' A 0, 1.604, 1.993, 2.381, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.993 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.652, 1.049, 1.446, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.049 std_dev=0.397
C3' B 0, 1.938, 2.385, 2.832, 3.008 max_d=3.008 avg_d=2.385 std_dev=0.447
O5' B 0, 1.803, 2.276, 2.748, 2.995 max_d=2.995 avg_d=2.276 std_dev=0.473
OP1 A 0, 1.511, 1.997, 2.483, 3.378 max_d=3.378 avg_d=1.997 std_dev=0.486
P A 0, 2.325, 2.870, 3.416, 3.720 max_d=3.720 avg_d=2.870 std_dev=0.546
O2' B 0, 1.269, 1.816, 2.363, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.816 std_dev=0.547
P B 0, 2.684, 3.346, 4.008, 4.193 max_d=4.193 avg_d=3.346 std_dev=0.662
O3' B 0, 3.234, 3.919, 4.605, 4.506 max_d=4.506 avg_d=3.919 std_dev=0.686
OP2 A 0, 3.146, 3.864, 4.581, 4.833 max_d=4.833 avg_d=3.864 std_dev=0.717
OP2 B 0, 3.575, 4.382, 5.189, 5.138 max_d=5.138 avg_d=4.382 std_dev=0.807
OP1 B 0, 3.616, 4.482, 5.348, 5.682 max_d=5.682 avg_d=4.482 std_dev=0.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.15 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.06 0.09 0.21 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.11 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.22 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.09 0.26 0.08
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.10 0.09 0.27 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.08 0.26 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.08 0.09 0.24 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.09 0.20 0.06
N6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.12 0.11 0.29 0.11
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.10 0.29 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.21 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.06
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.08 0.13 0.06
O5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.12 0.12 0.07 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.09 0.04 0.05 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.21 0.11 0.08 0.22 0.06 0.26 0.04 0.27 0.26 0.24 0.20 0.29 0.29 0.21 0.08 0.08 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.06 0.11 0.10 0.06 0.06 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.19 0.13 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.17 0.12 0.20 0.16 0.20 0.09 0.12 0.39 0.09 0.11 0.11 0.22 0.21 0.14
C2 0.11 0.16 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14 0.15 0.17 0.12 0.11 0.09 0.13 0.12 0.17 0.18 0.11
C2' 0.14 0.16 0.16 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.16 0.14 0.18 0.12 0.21 0.10 0.11 0.41 0.08 0.09 0.07 0.20 0.20 0.10
C3' 0.15 0.15 0.21 0.08 0.09 0.06 0.10 0.04 0.18 0.13 0.18 0.11 0.23 0.08 0.11 0.49 0.10 0.08 0.05 0.21 0.20 0.10
C4 0.10 0.18 0.09 0.11 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.12 0.16 0.15 0.12 0.11 0.09 0.19 0.08 0.11 0.09 0.18 0.19 0.11
C4' 0.17 0.16 0.21 0.08 0.12 0.06 0.13 0.07 0.18 0.11 0.19 0.13 0.23 0.09 0.12 0.54 0.10 0.08 0.09 0.23 0.21 0.14
C5 0.08 0.15 0.12 0.12 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.12 0.14 0.11 0.12 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.16 0.18 0.10
C5' 0.19 0.16 0.26 0.10 0.13 0.08 0.14 0.09 0.19 0.11 0.19 0.14 0.23 0.12 0.13 0.61 0.12 0.09 0.11 0.23 0.22 0.16
C6 0.09 0.12 0.18 0.13 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.15 0.09 0.10 0.13 0.16 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.15 0.18 0.11
C8 0.15 0.19 0.10 0.13 0.14 0.11 0.13 0.12 0.16 0.09 0.18 0.18 0.18 0.12 0.12 0.30 0.10 0.13 0.14 0.22 0.21 0.16
N1 0.11 0.13 0.16 0.13 0.11 0.10 0.14 0.13 0.13 0.16 0.11 0.12 0.16 0.18 0.12 0.14 0.10 0.14 0.12 0.16 0.18 0.12
N3 0.11 0.18 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.11 0.17 0.08 0.12 0.10 0.19 0.19 0.11
N6 0.13 0.11 0.25 0.16 0.11 0.11 0.14 0.13 0.13 0.17 0.11 0.10 0.15 0.17 0.14 0.27 0.13 0.15 0.14 0.17 0.19 0.14
N7 0.11 0.17 0.12 0.14 0.11 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.15 0.16 0.14 0.12 0.08 0.15 0.10 0.11 0.11 0.19 0.19 0.14
N9 0.13 0.19 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.15 0.10 0.19 0.17 0.17 0.09 0.11 0.30 0.09 0.11 0.11 0.21 0.20 0.14
O2' 0.14 0.15 0.16 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.14 0.14 0.18 0.12 0.19 0.11 0.11 0.42 0.08 0.09 0.06 0.20 0.20 0.10
O3' 0.16 0.13 0.25 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.15 0.15 0.17 0.09 0.22 0.09 0.12 0.52 0.12 0.10 0.06 0.18 0.21 0.06
O4' 0.17 0.18 0.16 0.11 0.13 0.09 0.13 0.10 0.18 0.12 0.19 0.16 0.22 0.11 0.13 0.48 0.11 0.11 0.13 0.23 0.23 0.17
O5' 0.22 0.17 0.26 0.11 0.15 0.10 0.14 0.11 0.18 0.12 0.19 0.16 0.22 0.12 0.15 0.63 0.14 0.12 0.13 0.23 0.23 0.18
OP1 0.26 0.18 0.30 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15 0.18 0.15 0.18 0.18 0.21 0.14 0.18 0.64 0.18 0.18 0.19 0.30 0.35 0.28
OP2 0.43 0.29 0.49 0.26 0.29 0.23 0.23 0.17 0.22 0.24 0.25 0.32 0.21 0.19 0.32 0.88 0.29 0.29 0.18 0.25 0.26 0.22
P 0.23 0.18 0.27 0.13 0.16 0.12 0.16 0.14 0.18 0.13 0.18 0.18 0.22 0.15 0.16 0.64 0.16 0.14 0.15 0.22 0.24 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.13 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.15 0.22 0.15 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.18 0.35 0.27
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.08 0.14 0.05 0.02 0.10 0.13 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.23 0.13
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.06 0.12 0.19 0.15 0.11
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.11 0.07 0.10 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.11 0.23 0.15 0.13
C5' 0.04 0.18 0.09 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.11 0.11 0.15 0.17 0.09 0.10 0.06 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.11 0.23 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.07 0.14 0.23 0.18 0.16
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.08 0.13 0.22 0.14 0.12
N3 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.12 0.15 0.20 0.16 0.13
N6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.03 0.11 0.25 0.16 0.14
N7 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.08 0.05 0.14 0.26 0.19 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.10 0.17 0.15 0.10
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.12 0.11 0.03 0.08 0.21 0.05 0.10 0.13 0.20 0.08 0.00 0.02 0.09 0.18 0.14 0.36 0.26
O3' 0.09 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.05 0.08 0.07 0.11 0.05 0.08 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.19 0.10
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.12 0.03 0.05 0.01 0.09 0.05 0.00 0.04 0.18 0.07 0.08
O5' 0.09 0.15 0.22 0.07 0.12 0.01 0.11 0.01 0.11 0.14 0.13 0.15 0.11 0.14 0.10 0.18 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.22 0.18 0.08 0.19 0.06 0.23 0.07 0.23 0.23 0.22 0.20 0.25 0.26 0.17 0.14 0.07 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.15 0.35 0.23 0.15 0.09 0.15 0.08 0.15 0.18 0.14 0.16 0.16 0.19 0.15 0.36 0.19 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.13 0.27 0.13 0.11 0.02 0.13 0.01 0.12 0.16 0.12 0.13 0.14 0.18 0.10 0.26 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00