Doublet Group distance statistics: 53914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 6, 7, 11, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, -0.001, 0.004, 0.010, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1	A	0, -0.001, 0.008, 0.016, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N9	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N7	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1'	A	0, -0.005, 0.008, 0.021, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.008 std_dev=0.013
N3	A	0, -0.005, 0.008, 0.022, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.008 std_dev=0.013
C2	A	0, -0.009, 0.007, 0.023, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.007 std_dev=0.016
N6	A	0, -0.007, 0.015, 0.036, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.015 std_dev=0.021
C2'	A	0, 0.025, 0.099, 0.173, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.099 std_dev=0.074
O4'	A	0, 0.013, 0.094, 0.176, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.094 std_dev=0.081
O2'	A	0, 0.048, 0.132, 0.217, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.132 std_dev=0.085
C4'	A	0, 0.047, 0.154, 0.261, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.154 std_dev=0.107
C3'	A	0, 0.049, 0.168, 0.288, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.168 std_dev=0.120
N3	B	0, 0.208, 0.349, 0.490, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.349 std_dev=0.141
C2	B	0, 0.215, 0.367, 0.518, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.367 std_dev=0.151
C4	B	0, 0.196, 0.354, 0.513, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.354 std_dev=0.159
N9	B	0, 0.229, 0.395, 0.561, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.395 std_dev=0.166
O3'	A	0, 0.089, 0.258, 0.427, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.258 std_dev=0.169
C1'	B	0, 0.233, 0.404, 0.576, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.404 std_dev=0.171
N1	B	0, 0.201, 0.375, 0.550, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.375 std_dev=0.175
C5	B	0, 0.205, 0.383, 0.560, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.383 std_dev=0.178
C5'	A	0, 0.074, 0.262, 0.450, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.262 std_dev=0.188
C6	B	0, 0.191, 0.382, 0.572, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.382 std_dev=0.191
O4'	B	0, 0.167, 0.359, 0.550, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.359 std_dev=0.191
C8	B	0, 0.254, 0.451, 0.648, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.451 std_dev=0.197
C2'	B	0, 0.227, 0.429, 0.630, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.429 std_dev=0.201
N7	B	0, 0.241, 0.445, 0.649, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.445 std_dev=0.204
C3'	B	0, 0.180, 0.394, 0.609, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.394 std_dev=0.215
O5'	A	0, 0.070, 0.287, 0.504, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.287 std_dev=0.217
P	B	0, 0.105, 0.328, 0.551, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.328 std_dev=0.223
C4'	B	0, 0.146, 0.373, 0.600, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.373 std_dev=0.227
N6	B	0, 0.204, 0.432, 0.660, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.432 std_dev=0.228
OP2	B	0, 0.180, 0.432, 0.683, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.432 std_dev=0.252
O5'	B	0, 0.103, 0.357, 0.612, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.357 std_dev=0.255
OP1	B	0, 0.170, 0.426, 0.682, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.426 std_dev=0.256
O3'	B	0, 0.180, 0.453, 0.726, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.453 std_dev=0.273
O2'	B	0, 0.244, 0.518, 0.793, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.518 std_dev=0.275
C5'	B	0, 0.022, 0.382, 0.742, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.382 std_dev=0.360
P	A	0, 0.001, 0.393, 0.786, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP1	A	0, -0.008, 0.560, 1.128, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.560 std_dev=0.568
OP2	A	0, -0.117, 0.639, 1.395, 3.788 max_d=3.788 avg_d=0.639 std_dev=0.756

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.14	0.19	0.07
C2	0.03	0.00	0.07	0.09	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.06	0.12	0.03	0.08	0.20	0.27	0.11
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.05	0.07	0.03	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.10	0.30	0.11
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.06	0.07	0.08	0.08	0.07	0.07	0.03	0.01	0.01	0.01	0.04	0.15	0.34	0.12
C4	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.07	0.01	0.07	0.21	0.24	0.10
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.10	0.22	0.04
C5	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.09	0.27	0.30	0.12
C5'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.07	0.04	0.04	0.06	0.07	0.04	0.03	0.04	0.01	0.01	0.09	0.20	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.09	0.28	0.32	0.12
C8	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.08	0.03	0.11	0.29	0.28	0.14
N1	0.02	0.00	0.05	0.08	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.02	0.08	0.24	0.29	0.11
N3	0.03	0.00	0.07	0.08	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.11	0.03	0.07	0.18	0.25	0.10
N6	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.04	0.01	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.02	0.10	0.31	0.38	0.13
N7	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.08	0.02	0.10	0.32	0.35	0.14
N9	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.07	0.21	0.21	0.10
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.05	0.06	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.13	0.32	0.09
O3'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.07	0.02	0.07	0.04	0.08	0.08	0.10	0.11	0.09	0.08	0.04	0.02	0.00	0.02	0.06	0.28	0.44	0.14
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.16	0.11	0.05
O5'	0.04	0.08	0.04	0.04	0.07	0.01	0.09	0.01	0.09	0.11	0.08	0.07	0.10	0.10	0.07	0.03	0.06	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.14	0.20	0.10	0.15	0.21	0.10	0.27	0.09	0.28	0.29	0.24	0.18	0.31	0.32	0.21	0.13	0.28	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.27	0.30	0.34	0.24	0.22	0.30	0.20	0.32	0.28	0.29	0.25	0.38	0.35	0.21	0.32	0.44	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.07	0.11	0.11	0.12	0.10	0.04	0.12	0.01	0.12	0.14	0.11	0.10	0.13	0.14	0.10	0.09	0.14	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.20	0.12	0.12	0.17	0.14	0.19	0.27	0.21	0.18	0.21	0.17	0.22	0.19	0.17	0.15	0.15	0.12	0.16	0.04	0.06	0.05
C2	0.19	0.17	0.19	0.19	0.14	0.23	0.17	0.34	0.19	0.19	0.19	0.15	0.22	0.19	0.17	0.23	0.19	0.22	0.19	0.14	0.19	0.15
C2'	0.15	0.20	0.11	0.12	0.17	0.13	0.18	0.24	0.20	0.17	0.21	0.18	0.21	0.18	0.16	0.14	0.15	0.12	0.17	0.07	0.07	0.08
C3'	0.13	0.20	0.11	0.16	0.16	0.16	0.17	0.26	0.20	0.15	0.21	0.17	0.20	0.16	0.14	0.14	0.22	0.12	0.06	0.02	0.05	0.02
C4	0.15	0.17	0.13	0.15	0.14	0.19	0.17	0.34	0.19	0.18	0.20	0.12	0.22	0.18	0.15	0.15	0.16	0.14	0.15	0.09	0.15	0.10
C4'	0.14	0.20	0.10	0.14	0.16	0.14	0.17	0.24	0.20	0.16	0.21	0.16	0.21	0.17	0.15	0.13	0.20	0.12	0.07	0.06	0.11	0.04
C5	0.16	0.16	0.14	0.16	0.15	0.20	0.18	0.35	0.20	0.19	0.20	0.12	0.23	0.19	0.16	0.16	0.17	0.15	0.14	0.11	0.17	0.11
C5'	0.13	0.21	0.11	0.18	0.16	0.16	0.17	0.26	0.20	0.15	0.22	0.16	0.22	0.16	0.14	0.14	0.24	0.12	0.05	0.13	0.20	0.10
C6	0.17	0.14	0.16	0.17	0.14	0.21	0.17	0.35	0.18	0.19	0.17	0.12	0.23	0.20	0.17	0.19	0.17	0.18	0.16	0.13	0.19	0.13
C8	0.16	0.21	0.13	0.17	0.18	0.19	0.20	0.35	0.23	0.19	0.24	0.17	0.24	0.20	0.18	0.14	0.19	0.15	0.14	0.11	0.14	0.11
N1	0.19	0.16	0.19	0.18	0.14	0.22	0.15	0.34	0.17	0.20	0.18	0.14	0.22	0.19	0.18	0.23	0.18	0.21	0.18	0.14	0.20	0.15
N3	0.16	0.17	0.15	0.16	0.14	0.21	0.17	0.33	0.19	0.18	0.19	0.13	0.21	0.19	0.15	0.18	0.17	0.17	0.18	0.12	0.17	0.13
N6	0.18	0.13	0.17	0.17	0.16	0.21	0.18	0.34	0.18	0.21	0.16	0.14	0.24	0.21	0.18	0.20	0.17	0.18	0.16	0.15	0.21	0.15
N7	0.16	0.20	0.14	0.17	0.18	0.20	0.20	0.36	0.23	0.19	0.23	0.16	0.25	0.21	0.18	0.15	0.19	0.15	0.14	0.12	0.17	0.12
N9	0.16	0.19	0.12	0.14	0.16	0.17	0.19	0.33	0.21	0.18	0.21	0.15	0.22	0.19	0.16	0.14	0.16	0.13	0.14	0.06	0.11	0.07
O2'	0.20	0.22	0.16	0.11	0.21	0.11	0.21	0.16	0.22	0.21	0.22	0.21	0.22	0.22	0.21	0.19	0.12	0.17	0.25	0.12	0.09	0.12
O3'	0.13	0.21	0.13	0.17	0.16	0.15	0.18	0.18	0.20	0.15	0.21	0.18	0.20	0.16	0.15	0.18	0.24	0.14	0.01	0.02	0.02	0.01
O4'	0.15	0.20	0.10	0.13	0.17	0.14	0.19	0.27	0.21	0.18	0.22	0.16	0.22	0.19	0.16	0.13	0.17	0.12	0.11	0.04	0.10	0.03
O5'	0.13	0.21	0.13	0.20	0.16	0.19	0.18	0.30	0.21	0.15	0.23	0.17	0.22	0.17	0.15	0.15	0.26	0.13	0.08	0.12	0.19	0.10
OP1	0.23	0.29	0.23	0.29	0.26	0.22	0.28	0.29	0.31	0.25	0.32	0.26	0.33	0.27	0.24	0.21	0.35	0.22	0.28	0.44	0.38	0.34
OP2	0.39	0.38	0.51	0.64	0.36	0.60	0.38	0.72	0.41	0.36	0.42	0.36	0.45	0.37	0.36	0.55	0.76	0.39	0.56	0.67	0.68	0.61
P	0.20	0.23	0.28	0.38	0.20	0.34	0.21	0.46	0.23	0.19	0.25	0.21	0.24	0.20	0.19	0.29	0.47	0.20	0.24	0.29	0.38	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.16	0.18	0.18	0.15
C2	0.01	0.00	0.10	0.18	0.00	0.15	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.21	0.02	0.22	0.26	0.31	0.25
C2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.01	0.06	0.06	0.08	0.09	0.06	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.07	0.09	0.10	0.06
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.10	0.00	0.08	0.02	0.12	0.03	0.16	0.17	0.11	0.03	0.03	0.02	0.01	0.03	0.13	0.10	0.11	0.10
C4	0.01	0.00	0.06	0.10	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.11	0.01	0.21	0.22	0.26	0.21
C4'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.09	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.14	0.14	0.10	0.04	0.03	0.02	0.02	0.00	0.01	0.10	0.07	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.09	0.01	0.21	0.23	0.29	0.22
C5'	0.02	0.27	0.01	0.02	0.17	0.00	0.17	0.00	0.22	0.07	0.26	0.24	0.21	0.12	0.09	0.02	0.06	0.01	0.01	0.17	0.14	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.11	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.14	0.02	0.21	0.25	0.31	0.24
C8	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.04	0.01	0.19	0.20	0.24	0.19
N1	0.01	0.00	0.08	0.16	0.00	0.14	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.19	0.02	0.21	0.27	0.32	0.25
N3	0.01	0.00	0.09	0.17	0.00	0.14	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.18	0.02	0.22	0.24	0.27	0.23
N6	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.10	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.13	0.02	0.21	0.26	0.31	0.24
N7	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.04	0.01	0.20	0.22	0.27	0.21
N9	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.03	0.01	0.19	0.20	0.23	0.18
O2'	0.02	0.07	0.00	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.06	0.10	0.06	0.07	0.07	0.09	0.05	0.00	0.04	0.03	0.07	0.09	0.06	0.08
O3'	0.01	0.21	0.01	0.01	0.11	0.02	0.09	0.06	0.14	0.04	0.19	0.18	0.13	0.04	0.03	0.04	0.00	0.03	0.23	0.13	0.17	0.18
O4'	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.23	0.22	0.20	0.18
O5'	0.16	0.22	0.07	0.13	0.21	0.01	0.21	0.01	0.21	0.19	0.21	0.22	0.21	0.20	0.19	0.07	0.23	0.23	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.18	0.26	0.09	0.10	0.22	0.10	0.23	0.17	0.25	0.20	0.27	0.24	0.26	0.22	0.20	0.09	0.13	0.22	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.18	0.31	0.10	0.11	0.26	0.07	0.29	0.14	0.31	0.24	0.32	0.27	0.31	0.27	0.23	0.06	0.17	0.20	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.15	0.25	0.06	0.10	0.21	0.02	0.22	0.01	0.24	0.19	0.25	0.23	0.24	0.21	0.18	0.08	0.18	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00