ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 18, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N9 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N7 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C8 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N3 B 0, 0.126, 0.218, 0.311, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.218 std_dev=0.092
C4 B 0, 0.078, 0.172, 0.267, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.172 std_dev=0.094
C2 B 0, 0.175, 0.271, 0.367, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.271 std_dev=0.096
N9 B 0, 0.122, 0.232, 0.341, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.232 std_dev=0.109
C5 B 0, 0.089, 0.208, 0.328, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.208 std_dev=0.119
N1 B 0, 0.162, 0.285, 0.409, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.285 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.168, 0.299, 0.430, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.299 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.124, 0.259, 0.393, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.259 std_dev=0.135
C8 B 0, 0.138, 0.290, 0.442, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.290 std_dev=0.152
N7 B 0, 0.113, 0.280, 0.447, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.280 std_dev=0.167
O4' B 0, 0.143, 0.316, 0.490, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.316 std_dev=0.174
N6 B 0, 0.171, 0.354, 0.538, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.354 std_dev=0.184
C2' B 0, 0.158, 0.369, 0.580, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.369 std_dev=0.211
O4' A 0, -0.057, 0.165, 0.387, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.165 std_dev=0.222
C2' A 0, -0.035, 0.196, 0.428, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.196 std_dev=0.231
OP1 A 0, 0.164, 0.418, 0.673, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.418 std_dev=0.254
O5' B 0, 0.175, 0.436, 0.697, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.436 std_dev=0.261
OP2 B 0, 0.266, 0.545, 0.824, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.545 std_dev=0.279
P B 0, 0.228, 0.512, 0.796, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.512 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.154, 0.451, 0.747, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.451 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.112, 0.411, 0.709, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.411 std_dev=0.298
C4' A 0, -0.053, 0.257, 0.567, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.257 std_dev=0.310
C3' A 0, -0.012, 0.301, 0.614, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.301 std_dev=0.313
O2' A 0, -0.026, 0.304, 0.633, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.304 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.128, 0.472, 0.816, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.472 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.068, 0.435, 0.803, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.435 std_dev=0.367
P A 0, 0.038, 0.405, 0.773, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.405 std_dev=0.368
OP2 A 0, 0.062, 0.456, 0.849, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.456 std_dev=0.394
O3' A 0, 0.038, 0.444, 0.849, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.444 std_dev=0.405
OP1 B 0, 0.198, 0.638, 1.079, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.638 std_dev=0.441
C5' A 0, -0.051, 0.413, 0.877, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.413 std_dev=0.464
O5' A 0, -0.140, 0.453, 1.046, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.453 std_dev=0.593
O3' B 0, -0.002, 0.640, 1.283, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.640 std_dev=0.642

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.12 0.22 0.08
C2 0.02 0.00 0.14 0.17 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.19 0.06 0.12 0.11 0.23 0.12
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.06 0.06 0.08 0.11 0.15 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.17 0.30 0.27 0.18
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.15 0.08 0.17 0.16 0.15 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.14 0.23 0.11 0.07
C4 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.03 0.12 0.11 0.23 0.12
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.14 0.01 0.14 0.12 0.25 0.14
C5' 0.04 0.07 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.03 0.14 0.13 0.25 0.15
C8 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.05 0.15 0.12 0.26 0.12
N1 0.01 0.00 0.11 0.17 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.05 0.14 0.12 0.24 0.14
N3 0.02 0.00 0.15 0.16 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.06 0.11 0.10 0.22 0.11
N6 0.01 0.00 0.04 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.17 0.02 0.15 0.15 0.26 0.16
N7 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.03 0.15 0.13 0.26 0.15
N9 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.12 0.11 0.23 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.13 0.11 0.08 0.11 0.11 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.00 0.06 0.08 0.13 0.25 0.26 0.14
O3' 0.02 0.19 0.04 0.01 0.13 0.02 0.14 0.07 0.17 0.08 0.19 0.16 0.17 0.11 0.07 0.06 0.00 0.02 0.19 0.27 0.11 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.08 0.20 0.11
O5' 0.10 0.12 0.17 0.14 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.11 0.30 0.23 0.11 0.09 0.12 0.05 0.13 0.12 0.12 0.10 0.15 0.13 0.11 0.25 0.27 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.23 0.27 0.11 0.23 0.13 0.25 0.09 0.25 0.26 0.24 0.22 0.26 0.26 0.23 0.26 0.11 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.18 0.07 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.11 0.16 0.15 0.10 0.14 0.12 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.13 0.10 0.10 0.07 0.10 0.13 0.09 0.14 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.23 0.13 0.12 0.30 0.17 0.18 0.16
C2 0.12 0.12 0.21 0.10 0.11 0.08 0.11 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12 0.27 0.09 0.11 0.29 0.16 0.19 0.17
C2' 0.13 0.16 0.15 0.13 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.13 0.27 0.13 0.13 0.35 0.20 0.18 0.20
C3' 0.26 0.30 0.30 0.15 0.28 0.19 0.27 0.14 0.27 0.26 0.29 0.29 0.26 0.26 0.26 0.45 0.30 0.26 0.48 0.31 0.26 0.29
C4 0.12 0.11 0.16 0.08 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.14 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.24 0.12 0.12 0.31 0.17 0.17 0.17
C4' 0.20 0.20 0.22 0.10 0.20 0.12 0.20 0.10 0.19 0.22 0.20 0.19 0.19 0.22 0.20 0.35 0.26 0.18 0.37 0.21 0.19 0.20
C5 0.12 0.11 0.16 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.15 0.10 0.10 0.12 0.14 0.12 0.20 0.17 0.13 0.32 0.19 0.17 0.18
C5' 0.21 0.20 0.22 0.13 0.20 0.14 0.22 0.10 0.21 0.24 0.20 0.19 0.22 0.24 0.21 0.34 0.31 0.19 0.36 0.21 0.18 0.19
C6 0.13 0.11 0.19 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.14 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.20 0.15 0.13 0.32 0.20 0.18 0.18
C8 0.12 0.11 0.13 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.19 0.22 0.13 0.31 0.20 0.16 0.17
N1 0.12 0.12 0.21 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.10 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.24 0.09 0.12 0.31 0.17 0.19 0.18
N3 0.12 0.12 0.19 0.10 0.11 0.07 0.11 0.15 0.10 0.14 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12 0.27 0.09 0.12 0.30 0.16 0.18 0.16
N6 0.13 0.11 0.18 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.14 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.16 0.21 0.15 0.32 0.24 0.17 0.20
N7 0.12 0.11 0.13 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.15 0.11 0.10 0.13 0.14 0.12 0.18 0.24 0.14 0.31 0.21 0.16 0.18
N9 0.12 0.11 0.14 0.09 0.09 0.07 0.09 0.12 0.08 0.14 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.22 0.15 0.12 0.31 0.17 0.17 0.16
O2' 0.23 0.21 0.20 0.33 0.23 0.23 0.27 0.28 0.28 0.28 0.24 0.20 0.34 0.30 0.24 0.22 0.26 0.19 0.20 0.15 0.21 0.15
O3' 0.30 0.35 0.35 0.18 0.32 0.21 0.31 0.15 0.33 0.29 0.35 0.34 0.32 0.30 0.31 0.53 0.32 0.28 0.51 0.33 0.28 0.32
O4' 0.15 0.12 0.16 0.08 0.13 0.08 0.13 0.12 0.10 0.19 0.11 0.12 0.10 0.18 0.15 0.27 0.20 0.14 0.30 0.16 0.18 0.16
O5' 0.29 0.29 0.31 0.23 0.30 0.23 0.32 0.17 0.33 0.33 0.30 0.29 0.35 0.34 0.30 0.43 0.43 0.26 0.43 0.31 0.28 0.28
OP1 0.23 0.14 0.22 0.21 0.18 0.20 0.17 0.14 0.15 0.24 0.15 0.16 0.15 0.22 0.22 0.29 0.39 0.22 0.33 0.23 0.18 0.17
OP2 0.29 0.22 0.28 0.27 0.25 0.26 0.24 0.22 0.21 0.30 0.21 0.24 0.20 0.28 0.28 0.35 0.46 0.27 0.38 0.31 0.22 0.24
P 0.28 0.22 0.27 0.24 0.25 0.24 0.25 0.15 0.23 0.30 0.22 0.24 0.22 0.29 0.28 0.37 0.47 0.27 0.42 0.31 0.22 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.22 0.29 0.10 0.16
C2 0.01 0.00 0.11 0.23 0.00 0.19 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.21 0.11 0.22 0.15 0.18 0.12
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.09 0.06 0.05 0.09 0.11 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.31 0.42 0.19 0.28
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.15 0.00 0.14 0.02 0.18 0.05 0.22 0.21 0.17 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.28 0.18 0.07
C4 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.05 0.05 0.25 0.20 0.15 0.13
C4' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.17 0.18 0.12 0.04 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.19 0.16 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.07 0.03 0.25 0.19 0.16 0.13
C5' 0.04 0.31 0.09 0.02 0.19 0.00 0.19 0.00 0.24 0.09 0.29 0.27 0.24 0.14 0.10 0.03 0.09 0.01 0.01 0.20 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.08 0.05 0.24 0.16 0.18 0.13
C8 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.22 0.04 0.25 0.25 0.13 0.15
N1 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.16 0.08 0.22 0.15 0.19 0.13
N3 0.01 0.00 0.11 0.21 0.00 0.18 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.16 0.11 0.24 0.18 0.16 0.12
N6 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.07 0.04 0.24 0.15 0.19 0.13
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.16 0.02 0.25 0.22 0.15 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.14 0.01 0.25 0.25 0.12 0.15
O2' 0.01 0.28 0.00 0.02 0.20 0.09 0.20 0.03 0.25 0.09 0.28 0.24 0.25 0.14 0.11 0.00 0.05 0.07 0.21 0.38 0.20 0.24
O3' 0.20 0.21 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.08 0.22 0.16 0.16 0.07 0.16 0.14 0.05 0.00 0.12 0.27 0.13 0.45 0.27
O4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.11 0.04 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.16 0.22 0.08 0.10
O5' 0.22 0.22 0.31 0.06 0.25 0.01 0.25 0.01 0.24 0.25 0.22 0.24 0.24 0.25 0.25 0.21 0.27 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.29 0.15 0.42 0.28 0.20 0.19 0.19 0.20 0.16 0.25 0.15 0.18 0.15 0.22 0.25 0.38 0.13 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.18 0.19 0.18 0.15 0.16 0.16 0.19 0.18 0.13 0.19 0.16 0.19 0.15 0.12 0.20 0.45 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.12 0.28 0.07 0.13 0.02 0.13 0.01 0.13 0.15 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.24 0.27 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00