Doublet Group distance statistics: 53918

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 4, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8	A	0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O4'	A	0, 0.003, 0.106, 0.208, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.106 std_dev=0.102
C2'	A	0, 0.055, 0.172, 0.289, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.172 std_dev=0.117
C4'	A	0, 0.084, 0.234, 0.383, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.234 std_dev=0.150
C4	B	0, 0.272, 0.443, 0.615, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.443 std_dev=0.171
C6	B	0, 0.172, 0.352, 0.533, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.352 std_dev=0.181
C3'	A	0, 0.094, 0.284, 0.475, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.284 std_dev=0.191
C5	B	0, 0.268, 0.471, 0.674, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.471 std_dev=0.203
N3	B	0, 0.184, 0.393, 0.602, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.393 std_dev=0.209
N9	B	0, 0.363, 0.574, 0.786, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.574 std_dev=0.211
C1'	B	0, 0.375, 0.586, 0.798, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.586 std_dev=0.211
O2'	A	0, 0.070, 0.281, 0.493, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.281 std_dev=0.211
N6	B	0, 0.157, 0.369, 0.581, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.369 std_dev=0.212
N1	B	0, 0.097, 0.315, 0.533, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.315 std_dev=0.218
O5'	B	0, 0.430, 0.679, 0.929, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.679 std_dev=0.249
O4'	B	0, 0.272, 0.527, 0.782, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.527 std_dev=0.255
C2	B	0, 0.113, 0.368, 0.624, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.368 std_dev=0.255
P	B	0, 0.274, 0.554, 0.835, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.554 std_dev=0.281
C5'	A	0, 0.111, 0.405, 0.699, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.405 std_dev=0.294
C2'	B	0, 0.430, 0.734, 1.039, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.734 std_dev=0.305
O3'	A	0, 0.130, 0.445, 0.760, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.445 std_dev=0.315
C8	B	0, 0.389, 0.713, 1.036, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.713 std_dev=0.323
N7	B	0, 0.326, 0.655, 0.984, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.655 std_dev=0.329
O2'	B	0, 0.481, 0.824, 1.167, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.824 std_dev=0.343
OP2	B	0, 0.269, 0.618, 0.968, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.618 std_dev=0.349
C4'	B	0, 0.389, 0.739, 1.089, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.739 std_dev=0.350
O3'	B	0, 0.522, 0.874, 1.227, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.874 std_dev=0.353
C3'	B	0, 0.436, 0.795, 1.154, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.795 std_dev=0.359
OP1	B	0, 0.259, 0.647, 1.035, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.647 std_dev=0.388
C5'	B	0, 0.298, 1.003, 1.709, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.003 std_dev=0.706
O5'	A	0, -0.017, 0.758, 1.533, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.758 std_dev=0.775
OP2	A	0, -0.019, 1.202, 2.424, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.202 std_dev=1.221
P	A	0, -0.177, 1.259, 2.695, 4.168 max_d=4.168 avg_d=1.259 std_dev=1.436
OP1	A	0, -0.229, 1.625, 3.479, 5.317 max_d=5.317 avg_d=1.625 std_dev=1.854

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.14	0.29	0.11	0.12
C2	0.02	0.00	0.12	0.06	0.01	0.02	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.12	0.04	0.29	0.75	0.21	0.43
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.02	0.06	0.06	0.09	0.11	0.05	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.28	0.17	0.35	0.18
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.05	0.02	0.04	0.13	0.03	0.06	0.06	0.12	0.05	0.01	0.00	0.01	0.36	0.19	0.51	0.24
C4	0.01	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.03	0.03	0.34	0.77	0.26	0.49
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.04	0.08	0.02	0.02	0.05	0.08	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.24	0.14	0.14
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.05	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.05	0.02	0.45	1.06	0.38	0.73
C5'	0.03	0.08	0.02	0.02	0.10	0.00	0.14	0.00	0.14	0.16	0.11	0.06	0.16	0.17	0.10	0.03	0.02	0.01	0.01	0.14	0.25	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.04	0.01	0.04	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.04	0.02	0.45	1.12	0.38	0.75
C8	0.00	0.01	0.06	0.13	0.01	0.08	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.14	0.03	0.50	1.00	0.43	0.75
N1	0.02	0.00	0.09	0.03	0.01	0.02	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.08	0.03	0.38	0.96	0.30	0.61
N3	0.01	0.00	0.11	0.06	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.12	0.04	0.25	0.61	0.17	0.34
N6	0.02	0.01	0.05	0.06	0.01	0.05	0.01	0.16	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.10	0.06	0.02	0.51	1.29	0.46	0.89
N7	0.01	0.01	0.04	0.12	0.00	0.08	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.13	0.02	0.54	1.21	0.49	0.89
N9	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.04	0.01	0.33	0.68	0.26	0.45
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.11	0.04	0.08	0.03	0.12	0.03	0.17	0.18	0.10	0.03	0.04	0.00	0.03	0.04	0.15	0.28	0.23	0.08
O3'	0.02	0.12	0.01	0.00	0.03	0.02	0.05	0.02	0.04	0.14	0.08	0.12	0.06	0.13	0.04	0.03	0.00	0.02	0.30	0.51	0.60	0.16
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.09	0.21	0.10	0.10
O5'	0.14	0.29	0.28	0.36	0.34	0.01	0.45	0.01	0.45	0.50	0.38	0.25	0.51	0.54	0.33	0.15	0.30	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.29	0.75	0.17	0.19	0.77	0.24	1.06	0.14	1.12	1.00	0.96	0.61	1.29	1.21	0.68	0.28	0.51	0.21	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.11	0.21	0.35	0.51	0.26	0.14	0.38	0.25	0.38	0.43	0.30	0.17	0.46	0.49	0.26	0.23	0.60	0.10	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.43	0.18	0.24	0.49	0.14	0.73	0.01	0.75	0.75	0.61	0.34	0.89	0.89	0.45	0.08	0.16	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.17	0.12	0.18	0.12	0.09	0.20	0.19	0.17	0.26	0.12	0.16	0.22	0.28	0.15	0.15	0.13	0.09	0.24	0.03	0.09	0.07
C2	0.20	0.28	0.22	0.17	0.20	0.13	0.18	0.13	0.14	0.27	0.19	0.28	0.18	0.31	0.19	0.29	0.17	0.13	0.23	0.08	0.22	0.11
C2'	0.15	0.14	0.20	0.25	0.17	0.13	0.24	0.21	0.20	0.32	0.12	0.13	0.23	0.32	0.22	0.07	0.18	0.17	0.27	0.09	0.15	0.13
C3'	0.24	0.11	0.35	0.42	0.20	0.22	0.23	0.26	0.18	0.32	0.11	0.12	0.20	0.30	0.26	0.14	0.35	0.24	0.08	0.02	0.05	0.01
C4	0.09	0.26	0.09	0.08	0.12	0.06	0.18	0.10	0.15	0.24	0.14	0.24	0.21	0.29	0.12	0.15	0.06	0.05	0.24	0.08	0.20	0.12
C4'	0.19	0.12	0.30	0.39	0.18	0.21	0.23	0.30	0.19	0.30	0.12	0.11	0.22	0.30	0.23	0.08	0.33	0.22	0.06	0.13	0.18	0.09
C5	0.08	0.28	0.07	0.06	0.09	0.09	0.14	0.16	0.11	0.19	0.16	0.23	0.21	0.25	0.08	0.09	0.06	0.08	0.24	0.13	0.25	0.17
C5'	0.22	0.10	0.40	0.48	0.19	0.24	0.21	0.29	0.17	0.28	0.12	0.12	0.19	0.27	0.23	0.16	0.44	0.23	0.12	0.24	0.34	0.20
C6	0.12	0.28	0.08	0.07	0.12	0.09	0.11	0.15	0.09	0.17	0.20	0.25	0.17	0.23	0.09	0.12	0.07	0.09	0.23	0.12	0.27	0.16
C8	0.08	0.19	0.16	0.16	0.08	0.13	0.17	0.21	0.15	0.21	0.08	0.15	0.22	0.24	0.11	0.08	0.15	0.10	0.28	0.18	0.24	0.21
N1	0.17	0.28	0.17	0.13	0.17	0.09	0.14	0.09	0.12	0.21	0.20	0.27	0.15	0.26	0.15	0.21	0.14	0.10	0.22	0.08	0.25	0.13
N3	0.18	0.27	0.17	0.14	0.18	0.13	0.20	0.16	0.16	0.29	0.17	0.28	0.20	0.32	0.18	0.27	0.14	0.13	0.23	0.07	0.19	0.10
N6	0.12	0.28	0.08	0.11	0.13	0.13	0.09	0.22	0.09	0.13	0.22	0.23	0.13	0.17	0.10	0.09	0.10	0.12	0.23	0.17	0.31	0.19
N7	0.09	0.24	0.14	0.13	0.08	0.15	0.14	0.25	0.13	0.18	0.11	0.20	0.21	0.22	0.09	0.09	0.13	0.12	0.27	0.20	0.28	0.22
N9	0.06	0.20	0.11	0.13	0.09	0.06	0.19	0.12	0.16	0.24	0.11	0.18	0.22	0.28	0.12	0.10	0.10	0.04	0.25	0.09	0.17	0.13
O2'	0.16	0.14	0.14	0.23	0.18	0.19	0.27	0.35	0.22	0.37	0.13	0.13	0.26	0.37	0.25	0.17	0.16	0.22	0.35	0.13	0.16	0.16
O3'	0.29	0.10	0.39	0.47	0.20	0.29	0.22	0.37	0.16	0.33	0.10	0.12	0.17	0.30	0.28	0.19	0.41	0.30	0.01	0.02	0.02	0.00
O4'	0.11	0.14	0.20	0.29	0.15	0.14	0.23	0.24	0.20	0.27	0.14	0.13	0.25	0.30	0.18	0.09	0.23	0.14	0.14	0.07	0.12	0.03
O5'	0.36	0.71	0.21	0.15	0.48	0.30	0.44	0.27	0.51	0.31	0.64	0.62	0.46	0.34	0.38	0.37	0.16	0.34	0.39	0.18	0.34	0.29
OP1	0.14	0.81	0.28	0.48	0.49	0.35	0.63	0.52	0.86	0.35	0.96	0.54	0.97	0.52	0.30	0.18	0.60	0.15	0.46	0.97	0.56	0.66
OP2	0.52	0.85	0.42	0.44	0.62	0.57	0.56	0.61	0.63	0.43	0.77	0.77	0.57	0.44	0.52	0.56	0.48	0.53	0.67	0.60	0.73	0.66
P	0.36	0.99	0.21	0.13	0.65	0.22	0.68	0.19	0.85	0.44	1.00	0.79	0.86	0.55	0.48	0.32	0.12	0.30	0.25	0.17	0.27	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.07	0.15	0.07
C2	0.02	0.00	0.29	0.17	0.01	0.11	0.00	0.30	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.25	0.19	0.12	0.10	0.12	0.24	0.12
C2'	0.00	0.29	0.00	0.00	0.15	0.01	0.08	0.01	0.14	0.12	0.23	0.28	0.11	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.24	0.19	0.13	0.22
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.05	0.16	0.11	0.17	0.06	0.15	0.07	0.01	0.01	0.02	0.38	0.27	0.15	0.30
C4	0.01	0.01	0.15	0.05	0.00	0.07	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.16	0.06	0.07	0.07	0.04	0.21	0.06
C4'	0.03	0.11	0.01	0.00	0.07	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.10	0.10	0.07	0.03	0.02	0.07	0.01	0.00	0.01	0.07	0.20	0.02
C5	0.01	0.00	0.08	0.06	0.00	0.06	0.00	0.18	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.15	0.05	0.04	0.07	0.04	0.21	0.06
C5'	0.01	0.30	0.01	0.01	0.19	0.00	0.18	0.00	0.24	0.06	0.28	0.27	0.23	0.12	0.09	0.06	0.02	0.01	0.01	0.10	0.33	0.01
C6	0.01	0.01	0.14	0.05	0.01	0.08	0.01	0.24	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.20	0.06	0.06	0.09	0.07	0.23	0.08
C8	0.01	0.01	0.12	0.16	0.01	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.13	0.04	0.05	0.07	0.18	0.07
N1	0.02	0.00	0.23	0.11	0.01	0.10	0.01	0.28	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.25	0.13	0.09	0.10	0.11	0.24	0.11
N3	0.02	0.00	0.28	0.17	0.00	0.10	0.01	0.27	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.22	0.18	0.13	0.08	0.09	0.23	0.09
N6	0.01	0.01	0.11	0.06	0.01	0.07	0.01	0.23	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.20	0.05	0.04	0.09	0.07	0.23	0.07
N7	0.01	0.01	0.06	0.15	0.01	0.03	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.08	0.12	0.02	0.06	0.05	0.20	0.05
N9	0.00	0.02	0.02	0.07	0.00	0.02	0.00	0.09	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.04	0.02	0.05	0.04	0.18	0.06
O2'	0.01	0.25	0.00	0.01	0.16	0.07	0.15	0.06	0.20	0.04	0.25	0.22	0.20	0.08	0.07	0.00	0.03	0.07	0.05	0.08	0.07	0.05
O3'	0.02	0.19	0.01	0.01	0.06	0.01	0.05	0.02	0.06	0.13	0.13	0.18	0.05	0.12	0.04	0.03	0.00	0.01	0.34	0.26	0.13	0.27
O4'	0.00	0.12	0.01	0.02	0.07	0.00	0.04	0.01	0.06	0.04	0.09	0.13	0.04	0.02	0.02	0.07	0.01	0.00	0.06	0.04	0.23	0.08
O5'	0.04	0.10	0.24	0.38	0.07	0.01	0.07	0.01	0.09	0.05	0.10	0.08	0.09	0.06	0.05	0.05	0.34	0.06	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.07	0.12	0.19	0.27	0.04	0.07	0.04	0.10	0.07	0.07	0.11	0.09	0.07	0.05	0.04	0.08	0.26	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.15	0.24	0.13	0.15	0.21	0.20	0.21	0.33	0.23	0.18	0.24	0.23	0.23	0.20	0.18	0.07	0.13	0.23	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.12	0.22	0.30	0.06	0.02	0.06	0.01	0.08	0.07	0.11	0.09	0.07	0.05	0.06	0.05	0.27	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00