ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53919

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 2, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.020, 0.039, 0.059, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.033, 0.054, 0.074, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.054 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.022, 0.046, 0.069, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.019, 0.044, 0.068, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C5 B 0, 0.273, 0.595, 0.918, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.595 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.338, 0.667, 0.996, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.667 std_dev=0.329
N7 B 0, 0.305, 0.639, 0.973, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.639 std_dev=0.334
C4 B 0, 0.235, 0.574, 0.913, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.574 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.204, 0.545, 0.886, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.545 std_dev=0.341
N9 B 0, 0.264, 0.613, 0.962, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.613 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.230, 0.592, 0.954, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.592 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.272, 0.637, 1.003, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.637 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.294, 0.661, 1.029, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.661 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.291, 0.667, 1.043, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.667 std_dev=0.376
C4' B 0, 0.268, 0.658, 1.049, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.658 std_dev=0.391
C5' B 0, 0.357, 0.771, 1.184, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.771 std_dev=0.413
C1' B 0, 0.285, 0.708, 1.130, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.708 std_dev=0.422
C3' B 0, 0.378, 0.816, 1.254, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.816 std_dev=0.438
N6 B 0, 0.268, 0.721, 1.174, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.721 std_dev=0.453
O5' B 0, 0.432, 0.943, 1.455, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.943 std_dev=0.511
O3' B 0, 0.334, 0.874, 1.414, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.874 std_dev=0.540
C2' B 0, 0.301, 0.931, 1.561, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.931 std_dev=0.630
P B 0, 0.571, 1.483, 2.396, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.483 std_dev=0.913
C3' A 0, 0.082, 1.036, 1.991, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.036 std_dev=0.955
O2' B 0, 0.274, 1.317, 2.359, 3.232 max_d=3.232 avg_d=1.317 std_dev=1.043
OP2 B 0, 0.458, 1.559, 2.661, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.559 std_dev=1.101
O4' A 0, -0.361, 0.755, 1.871, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.755 std_dev=1.116
O3' A 0, -0.042, 1.091, 2.224, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.091 std_dev=1.133
C2' A 0, -0.399, 0.737, 1.873, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.737 std_dev=1.136
OP1 B 0, 0.648, 1.878, 3.109, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.878 std_dev=1.230
C4' A 0, -0.344, 1.015, 2.374, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.015 std_dev=1.359
O2' A 0, -0.235, 1.549, 3.333, 4.546 max_d=4.546 avg_d=1.549 std_dev=1.784
C5' A 0, -0.637, 1.866, 4.368, 6.221 max_d=6.221 avg_d=1.866 std_dev=2.502
O5' A 0, -0.497, 2.610, 5.716, 7.941 max_d=7.941 avg_d=2.610 std_dev=3.106
OP2 A 0, -1.046, 3.332, 7.711, 11.152 max_d=11.152 avg_d=3.332 std_dev=4.379
P A 0, -1.315, 3.124, 7.563, 10.873 max_d=10.873 avg_d=3.124 std_dev=4.439
OP1 A 0, -1.023, 4.014, 9.051, 12.588 max_d=12.588 avg_d=4.014 std_dev=5.037

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.39 0.61 0.65 0.46
C2 0.03 0.00 0.22 0.38 0.02 0.72 0.03 1.33 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.38 0.34 0.53 0.84 0.90 0.92 0.87
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.22 0.08 0.13 0.16 0.22 0.06 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.30 0.45 0.42 0.19
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.25 0.49 0.29 0.38 0.30 0.46 0.22 0.04 0.00 0.02 0.42 0.49 0.37 0.37
C4 0.02 0.02 0.11 0.20 0.00 0.31 0.01 0.56 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.17 0.28 0.31 0.74 0.49 0.26
C4' 0.01 0.72 0.01 0.01 0.31 0.00 0.12 0.01 0.26 0.42 0.53 0.70 0.15 0.29 0.07 0.30 0.03 0.02 0.03 0.19 0.36 0.09
C5 0.01 0.03 0.05 0.27 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.31 0.05 0.12 0.61 1.24 1.03 0.81
C5' 0.09 1.33 0.22 0.02 0.56 0.01 0.21 0.00 0.51 0.64 1.00 1.24 0.30 0.43 0.06 0.11 0.21 0.02 0.01 0.37 0.31 0.03
C6 0.01 0.04 0.08 0.25 0.01 0.26 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.35 0.07 0.23 0.38 1.03 0.67 0.45
C8 0.03 0.03 0.13 0.49 0.01 0.42 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.29 0.20 0.30 1.39 1.97 1.98 1.75
N1 0.03 0.01 0.16 0.29 0.02 0.53 0.02 1.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.36 0.19 0.41 0.48 0.75 0.45 0.37
N3 0.04 0.01 0.22 0.38 0.01 0.70 0.02 1.24 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.35 0.37 0.54 0.77 0.77 0.78 0.73
N6 0.02 0.03 0.06 0.30 0.01 0.15 0.02 0.30 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.36 0.09 0.15 0.57 1.35 1.03 0.80
N7 0.02 0.04 0.09 0.46 0.01 0.29 0.01 0.43 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.32 0.21 0.17 1.26 2.01 1.94 1.67
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.09 0.02 0.66 1.06 0.99 0.81
O2' 0.02 0.38 0.01 0.04 0.29 0.30 0.31 0.11 0.35 0.29 0.36 0.35 0.36 0.32 0.21 0.00 0.06 0.19 0.36 0.40 0.38 0.19
O3' 0.31 0.34 0.03 0.00 0.17 0.03 0.05 0.21 0.07 0.20 0.19 0.37 0.09 0.21 0.09 0.06 0.00 0.22 0.59 0.65 0.46 0.56
O4' 0.01 0.53 0.02 0.02 0.28 0.02 0.12 0.02 0.23 0.30 0.41 0.54 0.15 0.17 0.02 0.19 0.22 0.00 0.40 0.52 0.70 0.50
O5' 0.39 0.84 0.30 0.42 0.31 0.03 0.61 0.01 0.38 1.39 0.48 0.77 0.57 1.26 0.66 0.36 0.59 0.40 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.61 0.90 0.45 0.49 0.74 0.19 1.24 0.37 1.03 1.97 0.75 0.77 1.35 2.01 1.06 0.40 0.65 0.52 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.65 0.92 0.42 0.37 0.49 0.36 1.03 0.31 0.67 1.98 0.45 0.78 1.03 1.94 0.99 0.38 0.46 0.70 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.46 0.87 0.19 0.37 0.26 0.09 0.81 0.03 0.45 1.75 0.37 0.73 0.80 1.67 0.81 0.19 0.56 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.34 0.14 0.46 0.20 0.22 0.18 0.31 0.22 0.18 0.33 0.27 0.21 0.19 0.17 0.71 0.42 0.14 0.29 0.26 0.40 0.45
C2 0.24 0.43 0.18 0.42 0.27 0.18 0.20 0.22 0.26 0.12 0.36 0.38 0.21 0.13 0.20 0.64 0.29 0.19 0.24 0.38 0.38 0.30
C2' 0.26 0.46 0.14 0.57 0.38 0.41 0.47 0.44 0.58 0.37 0.56 0.38 0.75 0.46 0.32 0.56 0.47 0.35 0.38 0.46 0.44 0.33
C3' 0.24 0.17 0.29 0.84 0.17 0.63 0.27 0.74 0.20 0.43 0.18 0.08 0.30 0.45 0.28 0.42 0.75 0.40 0.69 0.84 0.88 0.75
C4 0.22 0.40 0.14 0.46 0.26 0.22 0.21 0.29 0.27 0.15 0.37 0.34 0.21 0.14 0.20 0.74 0.42 0.12 0.27 0.24 0.40 0.38
C4' 0.51 0.86 0.42 0.59 0.63 0.46 0.59 0.48 0.73 0.41 0.87 0.75 0.71 0.43 0.52 0.88 0.61 0.47 0.37 0.34 0.38 0.40
C5 0.25 0.39 0.20 0.47 0.30 0.25 0.25 0.33 0.29 0.15 0.36 0.36 0.25 0.14 0.23 0.82 0.49 0.12 0.32 0.27 0.48 0.42
C5' 0.84 1.60 0.68 0.60 1.08 0.54 0.95 0.41 1.23 0.53 1.59 1.37 1.11 0.54 0.82 1.22 0.76 0.69 0.26 0.36 0.43 0.21
C6 0.28 0.41 0.19 0.47 0.33 0.25 0.25 0.32 0.27 0.15 0.34 0.40 0.19 0.13 0.26 0.83 0.48 0.13 0.32 0.38 0.50 0.39
C8 0.23 0.38 0.24 0.47 0.26 0.27 0.24 0.37 0.32 0.17 0.38 0.32 0.34 0.15 0.21 0.82 0.53 0.13 0.34 0.27 0.47 0.50
N1 0.27 0.44 0.17 0.43 0.31 0.20 0.21 0.25 0.24 0.13 0.35 0.42 0.16 0.10 0.23 0.73 0.34 0.17 0.28 0.45 0.44 0.33
N3 0.21 0.41 0.15 0.44 0.24 0.18 0.20 0.24 0.25 0.14 0.36 0.34 0.21 0.15 0.18 0.66 0.32 0.15 0.23 0.27 0.36 0.32
N6 0.33 0.38 0.30 0.48 0.34 0.29 0.26 0.37 0.26 0.20 0.30 0.39 0.22 0.20 0.30 0.94 0.58 0.15 0.39 0.49 0.64 0.47
N7 0.26 0.38 0.29 0.48 0.29 0.29 0.28 0.39 0.33 0.18 0.37 0.35 0.34 0.18 0.25 0.87 0.57 0.14 0.37 0.26 0.54 0.50
N9 0.21 0.38 0.16 0.47 0.24 0.23 0.21 0.32 0.28 0.16 0.38 0.32 0.26 0.15 0.19 0.76 0.46 0.11 0.30 0.24 0.41 0.44
O2' 0.74 1.27 0.46 0.43 0.97 0.60 1.01 0.54 1.27 0.69 1.40 1.10 1.39 0.79 0.79 0.92 0.44 0.79 0.46 0.43 0.36 0.32
O3' 0.22 0.46 0.18 0.72 0.25 0.57 0.31 0.70 0.34 0.42 0.45 0.34 0.39 0.46 0.27 0.51 0.57 0.39 0.72 0.87 1.02 0.88
O4' 0.65 0.87 0.50 0.52 0.77 0.52 0.79 0.54 0.89 0.64 0.91 0.80 0.94 0.69 0.68 0.98 0.53 0.63 0.50 0.31 0.40 0.58
O5' 0.40 1.19 0.37 0.77 0.58 0.62 0.50 0.84 0.78 0.51 1.19 0.88 0.71 0.50 0.41 0.76 0.73 0.46 0.90 1.31 1.38 1.02
OP1 0.95 1.27 1.05 1.69 0.76 1.55 0.73 1.89 0.75 1.24 1.23 0.96 0.62 1.13 0.92 0.71 1.66 1.21 1.91 2.57 2.62 2.22
OP2 0.60 1.38 0.77 0.97 0.62 0.92 0.62 1.38 0.77 1.03 1.33 0.98 0.72 1.01 0.64 0.98 0.80 0.67 1.59 2.21 2.28 1.88
P 0.16 1.40 0.37 0.88 0.45 0.71 0.26 1.10 0.73 0.55 1.38 0.96 0.60 0.49 0.16 0.68 0.83 0.34 1.21 1.86 1.93 1.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.10 0.37 0.15 0.14
C2 0.05 0.00 0.20 0.16 0.02 0.08 0.02 0.13 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.24 0.29 0.16 0.15 0.25 0.25 0.13
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.21 0.09 0.11 0.17 0.20 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.53 0.87 0.73 0.65
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.22 0.01 0.32 0.01 0.31 0.37 0.25 0.13 0.37 0.40 0.23 0.04 0.01 0.03 0.25 0.65 0.30 0.35
C4 0.02 0.02 0.11 0.22 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.12 0.09 0.16 0.25 0.23 0.13
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.19 0.06 0.08 0.11 0.18 0.08 0.31 0.03 0.02 0.02 0.22 0.03 0.09
C5 0.02 0.02 0.06 0.32 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.09 0.04 0.22 0.21 0.33 0.17
C5' 0.08 0.13 0.21 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.15 0.10 0.13 0.13 0.16 0.07 0.11 0.19 0.02 0.02 0.20 0.06 0.04
C6 0.03 0.04 0.09 0.31 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.35 0.07 0.08 0.23 0.21 0.38 0.20
C8 0.02 0.03 0.11 0.37 0.01 0.19 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.33 0.23 0.09 0.22 0.20 0.28 0.14
N1 0.04 0.02 0.17 0.25 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.29 0.14 0.12 0.19 0.21 0.34 0.18
N3 0.05 0.01 0.20 0.13 0.01 0.08 0.02 0.13 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.20 0.32 0.16 0.13 0.28 0.20 0.11
N6 0.03 0.04 0.08 0.37 0.02 0.11 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.39 0.16 0.05 0.27 0.24 0.46 0.24
N7 0.02 0.02 0.07 0.40 0.01 0.18 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.26 0.05 0.26 0.21 0.38 0.19
N9 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.05 0.01 0.14 0.26 0.18 0.11
O2' 0.02 0.24 0.01 0.04 0.25 0.31 0.33 0.11 0.35 0.33 0.29 0.20 0.39 0.37 0.22 0.00 0.04 0.19 0.34 0.83 0.75 0.51
O3' 0.28 0.29 0.03 0.01 0.12 0.03 0.09 0.19 0.07 0.23 0.14 0.32 0.16 0.26 0.05 0.04 0.00 0.19 0.12 0.54 0.15 0.20
O4' 0.01 0.16 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.02 0.08 0.09 0.12 0.16 0.05 0.05 0.01 0.19 0.19 0.00 0.24 0.23 0.25 0.25
O5' 0.10 0.15 0.53 0.25 0.16 0.02 0.22 0.02 0.23 0.22 0.19 0.13 0.27 0.26 0.14 0.34 0.12 0.24 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.37 0.25 0.87 0.65 0.25 0.22 0.21 0.20 0.21 0.20 0.21 0.28 0.24 0.21 0.26 0.83 0.54 0.23 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.15 0.25 0.73 0.30 0.23 0.03 0.33 0.06 0.38 0.28 0.34 0.20 0.46 0.38 0.18 0.75 0.15 0.25 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.14 0.13 0.65 0.35 0.13 0.09 0.17 0.04 0.20 0.14 0.18 0.11 0.24 0.19 0.11 0.51 0.20 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00