ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53920

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.017, 0.040, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.053 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.051 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.023, 0.057, 0.091, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.074, 0.172, 0.269, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.172 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.046, 0.166, 0.285, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.166 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.158, 0.329, 0.499, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.329 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.142, 0.317, 0.492, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.317 std_dev=0.175
C3' A 0, 0.140, 0.316, 0.492, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.316 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.202, 0.382, 0.561, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.382 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.210, 0.389, 0.569, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.389 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.173, 0.363, 0.552, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.363 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.158, 0.394, 0.630, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.394 std_dev=0.236
N9 B 0, 0.326, 0.596, 0.867, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.596 std_dev=0.270
O4' B 0, 0.174, 0.449, 0.724, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.449 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.256, 0.533, 0.809, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.533 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.253, 0.541, 0.830, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.541 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.274, 0.564, 0.855, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.564 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.165, 0.475, 0.786, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.475 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.176, 0.489, 0.801, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.489 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.274, 0.631, 0.988, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.631 std_dev=0.357
P B 0, 0.419, 0.780, 1.140, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.780 std_dev=0.361
C5' A 0, 0.289, 0.664, 1.038, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.664 std_dev=0.375
N6 B 0, 0.428, 0.843, 1.258, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.843 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.491, 0.907, 1.322, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.907 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.307, 0.727, 1.148, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.727 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.343, 0.855, 1.366, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.855 std_dev=0.512
C5' B 0, 0.536, 1.083, 1.631, 1.720 max_d=1.720 avg_d=1.083 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.679, 1.265, 1.852, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.265 std_dev=0.587
OP2 B 0, 0.577, 1.187, 1.798, 1.820 max_d=1.820 avg_d=1.187 std_dev=0.610
C2' B 0, 0.787, 1.491, 2.195, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.491 std_dev=0.704
O3' B 0, 0.794, 1.515, 2.236, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.515 std_dev=0.721
OP1 B 0, 0.252, 0.986, 1.721, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.986 std_dev=0.735
P A 0, 0.429, 1.312, 2.196, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.312 std_dev=0.884
O2' B 0, 0.951, 1.845, 2.739, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.845 std_dev=0.894
OP1 A 0, 0.424, 1.394, 2.363, 2.494 max_d=2.494 avg_d=1.394 std_dev=0.970
OP2 A 0, 0.485, 1.802, 3.118, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.802 std_dev=1.317

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.14 0.15 0.37 0.09
C2 0.04 0.00 0.14 0.09 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.25 0.13 0.03 0.37 0.31 1.01 0.51
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.06 0.12 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.26 0.18 0.54 0.15
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.12 0.20 0.09 0.08 0.14 0.19 0.11 0.01 0.01 0.01 0.37 0.18 0.58 0.22
C4 0.02 0.03 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.07 0.02 0.40 0.36 0.99 0.55
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.04 0.10 0.11 0.05 0.11 0.02 0.01 0.01 0.31 0.07 0.17
C5 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.13 0.04 0.51 0.59 1.28 0.80
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.17 0.18 0.14 0.08 0.21 0.20 0.10 0.10 0.04 0.01 0.01 0.13 0.03 0.02
C6 0.04 0.01 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.12 0.05 0.52 0.62 1.37 0.84
C8 0.03 0.03 0.06 0.20 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.21 0.07 0.50 0.56 1.12 0.76
N1 0.04 0.01 0.12 0.09 0.03 0.07 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.22 0.10 0.04 0.45 0.48 1.23 0.70
N3 0.03 0.01 0.13 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.12 0.03 0.32 0.23 0.85 0.40
N6 0.04 0.02 0.07 0.14 0.03 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.15 0.16 0.06 0.57 0.78 1.55 1.00
N7 0.03 0.02 0.05 0.19 0.01 0.11 0.00 0.20 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.21 0.07 0.57 0.73 1.40 0.95
N9 0.01 0.04 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.09 0.02 0.36 0.30 0.83 0.47
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.11 0.12 0.10 0.17 0.04 0.22 0.23 0.15 0.06 0.05 0.00 0.06 0.08 0.18 0.28 0.31 0.09
O3' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.04 0.12 0.21 0.10 0.12 0.16 0.21 0.09 0.06 0.00 0.03 0.34 0.24 0.49 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.08 0.22 0.05 0.14
O5' 0.14 0.37 0.26 0.37 0.40 0.01 0.51 0.01 0.52 0.50 0.45 0.32 0.57 0.57 0.36 0.18 0.34 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.31 0.18 0.18 0.36 0.31 0.59 0.13 0.62 0.56 0.48 0.23 0.78 0.73 0.30 0.28 0.24 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 1.01 0.54 0.58 0.99 0.07 1.28 0.03 1.37 1.12 1.23 0.85 1.55 1.40 0.83 0.31 0.49 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.51 0.15 0.22 0.55 0.17 0.80 0.02 0.84 0.76 0.70 0.40 1.00 0.95 0.47 0.09 0.11 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.10 0.14 0.13 0.09 0.21 0.17 0.23 0.20 0.22 0.13 0.28 0.23 0.13 0.19 0.12 0.08 0.26 0.05 0.17 0.08
C2 0.16 0.15 0.16 0.14 0.08 0.18 0.12 0.18 0.08 0.27 0.11 0.14 0.15 0.26 0.16 0.20 0.15 0.17 0.36 0.16 0.33 0.17
C2' 0.16 0.18 0.15 0.18 0.15 0.10 0.20 0.18 0.19 0.25 0.18 0.13 0.23 0.24 0.19 0.17 0.14 0.14 0.26 0.12 0.21 0.13
C3' 0.25 0.33 0.31 0.34 0.27 0.21 0.30 0.21 0.33 0.31 0.35 0.26 0.34 0.30 0.28 0.18 0.29 0.25 0.11 0.03 0.09 0.02
C4 0.12 0.16 0.15 0.13 0.15 0.11 0.24 0.16 0.23 0.29 0.18 0.13 0.28 0.31 0.19 0.13 0.12 0.11 0.39 0.18 0.36 0.22
C4' 0.19 0.35 0.24 0.29 0.26 0.15 0.32 0.22 0.37 0.28 0.40 0.26 0.40 0.30 0.24 0.20 0.25 0.19 0.08 0.14 0.24 0.11
C5 0.15 0.19 0.21 0.15 0.20 0.10 0.32 0.21 0.32 0.35 0.24 0.15 0.38 0.39 0.23 0.18 0.15 0.11 0.45 0.28 0.46 0.31
C5' 0.31 0.53 0.41 0.44 0.43 0.24 0.48 0.24 0.55 0.41 0.59 0.43 0.59 0.45 0.38 0.25 0.39 0.28 0.14 0.25 0.45 0.22
C6 0.18 0.17 0.22 0.15 0.18 0.11 0.30 0.22 0.27 0.37 0.18 0.14 0.35 0.42 0.24 0.25 0.16 0.13 0.46 0.28 0.47 0.31
C8 0.11 0.25 0.20 0.17 0.23 0.10 0.33 0.21 0.37 0.31 0.33 0.17 0.42 0.36 0.22 0.10 0.16 0.07 0.42 0.30 0.41 0.32
N1 0.18 0.16 0.20 0.14 0.13 0.15 0.19 0.18 0.13 0.33 0.13 0.14 0.20 0.35 0.21 0.25 0.15 0.16 0.41 0.22 0.41 0.24
N3 0.14 0.13 0.14 0.13 0.07 0.16 0.13 0.19 0.11 0.24 0.09 0.13 0.17 0.24 0.14 0.16 0.14 0.15 0.34 0.14 0.29 0.14
N6 0.20 0.16 0.27 0.17 0.21 0.11 0.33 0.26 0.31 0.39 0.19 0.14 0.43 0.45 0.26 0.31 0.18 0.13 0.49 0.35 0.53 0.37
N7 0.15 0.24 0.24 0.18 0.25 0.10 0.37 0.25 0.40 0.35 0.34 0.17 0.47 0.41 0.25 0.17 0.18 0.08 0.47 0.35 0.49 0.37
N9 0.11 0.19 0.15 0.15 0.18 0.09 0.27 0.16 0.29 0.28 0.25 0.13 0.33 0.31 0.19 0.11 0.13 0.09 0.36 0.17 0.31 0.21
O2' 0.21 0.15 0.18 0.17 0.11 0.15 0.17 0.35 0.14 0.26 0.12 0.12 0.19 0.24 0.19 0.34 0.17 0.17 0.27 0.19 0.17 0.13
O3' 0.25 0.36 0.28 0.33 0.24 0.22 0.26 0.28 0.31 0.27 0.36 0.28 0.31 0.26 0.25 0.18 0.28 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01
O4' 0.14 0.27 0.18 0.22 0.22 0.11 0.29 0.19 0.34 0.26 0.34 0.19 0.38 0.29 0.20 0.19 0.19 0.13 0.15 0.09 0.16 0.04
O5' 0.32 0.70 0.28 0.32 0.51 0.30 0.56 0.29 0.67 0.40 0.74 0.57 0.70 0.50 0.39 0.33 0.29 0.31 0.46 0.43 0.52 0.43
OP1 0.23 0.77 0.37 0.46 0.50 0.24 0.62 0.30 0.80 0.40 0.90 0.54 0.89 0.54 0.36 0.17 0.45 0.19 0.22 0.33 0.36 0.21
OP2 0.88 1.58 0.89 0.89 1.27 0.71 1.41 0.62 1.62 1.13 1.72 1.33 1.70 1.31 1.08 0.87 0.86 0.74 0.88 0.43 0.93 0.68
P 0.31 0.98 0.34 0.38 0.68 0.17 0.81 0.15 1.00 0.55 1.10 0.74 1.09 0.71 0.50 0.26 0.34 0.22 0.35 0.21 0.46 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.22 0.13 0.09
C2 0.07 0.00 0.21 0.14 0.05 0.23 0.04 0.50 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.20 0.17 0.12 0.62 0.56 0.56 0.52
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.01 0.09 0.10 0.16 0.21 0.08 0.09 0.02 0.00 0.03 0.00 0.24 0.33 0.15 0.20
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.20 0.19 0.17 0.12 0.20 0.24 0.13 0.01 0.00 0.01 0.32 0.41 0.18 0.28
C4 0.02 0.05 0.09 0.15 0.00 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.13 0.15 0.08 0.48 0.39 0.34 0.32
C4' 0.03 0.23 0.02 0.00 0.16 0.00 0.14 0.01 0.19 0.04 0.22 0.21 0.16 0.10 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.04
C5 0.02 0.04 0.05 0.20 0.01 0.14 0.00 0.32 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.15 0.21 0.05 0.51 0.42 0.42 0.36
C5' 0.02 0.50 0.01 0.01 0.32 0.01 0.32 0.00 0.42 0.13 0.49 0.43 0.39 0.24 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.25 0.37 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.20 0.00 0.19 0.02 0.42 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.18 0.23 0.07 0.58 0.50 0.53 0.46
C8 0.03 0.07 0.10 0.19 0.02 0.04 0.04 0.13 0.06 0.00 0.07 0.04 0.10 0.00 0.01 0.07 0.18 0.03 0.36 0.30 0.25 0.21
N1 0.05 0.01 0.16 0.17 0.04 0.22 0.03 0.49 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.20 0.21 0.10 0.61 0.56 0.59 0.52
N3 0.07 0.00 0.21 0.12 0.02 0.21 0.02 0.43 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.18 0.13 0.12 0.56 0.46 0.39 0.40
N6 0.05 0.02 0.08 0.20 0.02 0.16 0.04 0.39 0.01 0.10 0.02 0.03 0.00 0.09 0.06 0.21 0.24 0.04 0.57 0.50 0.56 0.46
N7 0.03 0.04 0.09 0.24 0.03 0.10 0.01 0.24 0.05 0.00 0.05 0.02 0.09 0.00 0.03 0.10 0.24 0.02 0.45 0.37 0.37 0.30
N9 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.06 0.02 0.15 0.04 0.01 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.35 0.30 0.21 0.20
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.13 0.07 0.15 0.06 0.18 0.07 0.20 0.18 0.21 0.10 0.08 0.00 0.05 0.08 0.05 0.25 0.15 0.06
O3' 0.02 0.17 0.03 0.00 0.15 0.01 0.21 0.03 0.23 0.18 0.21 0.13 0.24 0.24 0.11 0.05 0.00 0.01 0.26 0.41 0.22 0.26
O4' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.12 0.04 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.15 0.17 0.24 0.08
O5' 0.20 0.62 0.24 0.32 0.48 0.01 0.51 0.01 0.58 0.36 0.61 0.56 0.57 0.45 0.35 0.05 0.26 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.22 0.56 0.33 0.41 0.39 0.19 0.42 0.25 0.50 0.30 0.56 0.46 0.50 0.37 0.30 0.25 0.41 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.56 0.15 0.18 0.34 0.25 0.42 0.37 0.53 0.25 0.59 0.39 0.56 0.37 0.21 0.15 0.22 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.52 0.20 0.28 0.32 0.04 0.36 0.02 0.46 0.21 0.52 0.40 0.46 0.30 0.20 0.06 0.26 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00