ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53921

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.034 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.113, 0.373, 0.633, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.373 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.157, 0.522, 0.887, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.522 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.103, 0.511, 0.919, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.511 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.196, 0.613, 1.031, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.613 std_dev=0.417
N3 B 0, 0.018, 0.452, 0.886, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.452 std_dev=0.434
C8 B 0, 0.179, 0.734, 1.289, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.734 std_dev=0.555
N7 B 0, 0.146, 0.729, 1.313, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.729 std_dev=0.583
C6 B 0, 0.051, 0.636, 1.221, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.636 std_dev=0.585
O4' A 0, 0.080, 0.673, 1.266, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.673 std_dev=0.593
C2' A 0, 0.078, 0.712, 1.347, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.712 std_dev=0.635
C2 B 0, 0.014, 0.651, 1.287, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.651 std_dev=0.637
C4' A 0, 0.186, 0.835, 1.484, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.835 std_dev=0.649
N1 B 0, 0.013, 0.706, 1.399, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.706 std_dev=0.693
C2' B 0, 0.129, 0.894, 1.659, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.894 std_dev=0.765
N6 B 0, 0.018, 0.835, 1.652, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.835 std_dev=0.817
C3' A 0, 0.109, 1.199, 2.288, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.199 std_dev=1.089
O2' A 0, -0.053, 1.097, 2.247, 2.846 max_d=2.846 avg_d=1.097 std_dev=1.150
O2' B 0, 0.162, 1.355, 2.549, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.355 std_dev=1.193
O4' B 0, -0.190, 1.216, 2.623, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.216 std_dev=1.407
C3' B 0, -0.166, 1.356, 2.878, 4.128 max_d=4.128 avg_d=1.356 std_dev=1.522
C5' A 0, 0.244, 1.773, 3.302, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.773 std_dev=1.529
C4' B 0, -0.275, 1.326, 2.926, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.326 std_dev=1.600
O3' A 0, 0.113, 1.779, 3.445, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.779 std_dev=1.666
O3' B 0, -0.224, 1.668, 3.560, 5.029 max_d=5.029 avg_d=1.668 std_dev=1.892
O5' A 0, -0.440, 2.241, 4.921, 6.280 max_d=6.280 avg_d=2.241 std_dev=2.681
C5' B 0, -0.738, 2.119, 4.977, 6.736 max_d=6.736 avg_d=2.119 std_dev=2.858
O5' B 0, -0.944, 2.803, 6.549, 8.528 max_d=8.528 avg_d=2.803 std_dev=3.746
P A 0, -0.887, 3.112, 7.111, 9.099 max_d=9.099 avg_d=3.112 std_dev=3.999
OP1 A 0, -0.903, 3.302, 7.507, 9.674 max_d=9.674 avg_d=3.302 std_dev=4.205
OP2 A 0, -1.107, 3.506, 8.120, 10.326 max_d=10.326 avg_d=3.506 std_dev=4.613
OP1 B 0, -1.194, 3.430, 8.054, 10.434 max_d=10.434 avg_d=3.430 std_dev=4.624
P B 0, -1.192, 3.596, 8.384, 10.821 max_d=10.821 avg_d=3.596 std_dev=4.788
OP2 B 0, -1.418, 4.392, 10.202, 13.111 max_d=13.111 avg_d=4.392 std_dev=5.810

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.43 0.58 0.21 0.36
C2 0.03 0.00 0.24 0.71 0.03 0.57 0.02 1.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.20 0.29 0.28 0.85 1.18 1.89 1.37
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.19 0.12 0.13 0.19 0.22 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.63 0.90 0.60 0.69
C3' 0.01 0.71 0.00 0.00 0.46 0.01 0.41 0.02 0.53 0.12 0.66 0.64 0.51 0.22 0.21 0.02 0.01 0.03 0.34 0.61 0.25 0.36
C4 0.02 0.03 0.12 0.46 0.00 0.30 0.00 0.47 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.10 0.13 0.05 0.15 0.60 0.30
C4' 0.00 0.57 0.01 0.01 0.30 0.00 0.20 0.00 0.31 0.12 0.47 0.54 0.26 0.04 0.07 0.30 0.03 0.00 0.03 0.33 0.22 0.04
C5 0.01 0.02 0.06 0.41 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.33 0.11 0.04 0.26 0.13 0.24 0.07
C5' 0.05 1.07 0.19 0.02 0.47 0.00 0.29 0.00 0.52 0.31 0.87 0.97 0.41 0.14 0.05 0.11 0.20 0.00 0.01 0.31 0.34 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.53 0.00 0.31 0.01 0.52 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.32 0.20 0.10 0.07 0.32 0.75 0.40
C8 0.01 0.03 0.13 0.12 0.01 0.12 0.01 0.31 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.35 0.15 0.13 1.00 1.05 0.92 0.97
N1 0.03 0.00 0.19 0.66 0.02 0.47 0.03 0.87 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.27 0.28 0.20 0.55 0.91 1.52 1.04
N3 0.03 0.01 0.22 0.64 0.01 0.54 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.30 0.70 0.87 1.53 1.10
N6 0.02 0.00 0.10 0.51 0.01 0.26 0.02 0.41 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.36 0.22 0.07 0.13 0.16 0.50 0.21
N7 0.01 0.03 0.06 0.22 0.01 0.04 0.01 0.14 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.39 0.10 0.09 0.82 0.80 0.66 0.75
N9 0.01 0.03 0.01 0.21 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.10 0.01 0.49 0.51 0.19 0.36
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.24 0.30 0.33 0.11 0.32 0.35 0.27 0.17 0.36 0.39 0.22 0.00 0.03 0.20 0.29 0.68 0.54 0.46
O3' 0.31 0.29 0.02 0.01 0.10 0.03 0.11 0.20 0.20 0.15 0.28 0.22 0.22 0.10 0.10 0.03 0.00 0.20 0.57 0.39 0.58 0.50
O4' 0.00 0.28 0.03 0.03 0.13 0.00 0.04 0.00 0.10 0.13 0.20 0.30 0.07 0.09 0.01 0.20 0.20 0.00 0.31 0.41 0.24 0.23
O5' 0.43 0.85 0.63 0.34 0.05 0.03 0.26 0.01 0.07 1.00 0.55 0.70 0.13 0.82 0.49 0.29 0.57 0.31 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.58 1.18 0.90 0.61 0.15 0.33 0.13 0.31 0.32 1.05 0.91 0.87 0.16 0.80 0.51 0.68 0.39 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 1.89 0.60 0.25 0.60 0.22 0.24 0.34 0.75 0.92 1.52 1.53 0.50 0.66 0.19 0.54 0.58 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.36 1.37 0.69 0.36 0.30 0.04 0.07 0.01 0.40 0.97 1.04 1.10 0.21 0.75 0.36 0.46 0.50 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.46 0.26 0.29 0.26 0.45 0.21 0.67 0.30 0.12 0.44 0.37 0.21 0.12 0.19 0.97 0.09 0.49 0.21 0.18 0.58 0.07
C2 0.29 0.16 0.11 0.51 0.14 0.99 0.10 1.62 0.32 0.13 0.33 0.21 0.49 0.07 0.23 0.87 0.14 1.05 1.65 1.61 1.48 1.63
C2' 0.21 0.24 0.67 0.22 0.11 0.05 0.22 0.08 0.13 0.39 0.21 0.12 0.23 0.43 0.21 1.28 0.49 0.06 0.44 0.55 1.40 0.79
C3' 0.10 0.57 0.40 0.14 0.19 0.36 0.03 0.53 0.11 0.21 0.44 0.45 0.17 0.30 0.06 1.02 0.19 0.43 0.11 0.14 0.87 0.31
C4 0.22 0.21 0.26 0.30 0.21 0.66 0.10 1.04 0.08 0.16 0.06 0.27 0.22 0.11 0.23 1.02 0.22 0.77 0.80 0.78 0.30 0.66
C4' 0.30 0.90 0.24 0.44 0.49 0.70 0.34 1.00 0.51 0.13 0.83 0.74 0.33 0.12 0.32 0.96 0.19 0.74 0.56 0.42 0.27 0.26
C5 0.24 0.04 0.34 0.15 0.18 0.60 0.14 0.92 0.14 0.24 0.11 0.15 0.20 0.17 0.26 1.10 0.43 0.81 0.72 0.72 0.24 0.63
C5' 0.41 1.27 0.31 0.52 0.67 0.88 0.48 1.26 0.71 0.15 1.17 1.04 0.48 0.16 0.42 1.04 0.31 0.95 0.84 0.63 0.23 0.55
C6 0.29 0.24 0.27 0.20 0.10 0.78 0.11 1.24 0.27 0.23 0.36 0.07 0.33 0.13 0.26 1.02 0.48 1.02 1.25 1.23 0.96 1.24
C8 0.18 0.29 0.43 0.12 0.28 0.29 0.32 0.38 0.33 0.27 0.31 0.27 0.31 0.31 0.26 1.11 0.40 0.47 0.11 0.10 0.89 0.31
N1 0.31 0.28 0.15 0.40 0.09 0.99 0.12 1.61 0.36 0.17 0.45 0.11 0.46 0.07 0.24 0.89 0.30 1.13 1.73 1.69 1.60 1.75
N3 0.24 0.21 0.16 0.46 0.18 0.84 0.06 1.36 0.18 0.11 0.12 0.29 0.39 0.08 0.22 0.93 0.10 0.89 1.23 1.20 0.88 1.13
N6 0.30 0.39 0.34 0.09 0.11 0.72 0.14 1.13 0.29 0.29 0.42 0.20 0.30 0.18 0.27 1.05 0.74 1.05 1.23 1.26 1.01 1.30
N7 0.22 0.13 0.48 0.16 0.24 0.34 0.26 0.46 0.20 0.33 0.13 0.16 0.20 0.32 0.29 1.18 0.57 0.58 0.12 0.16 0.57 0.05
N9 0.18 0.36 0.31 0.22 0.26 0.47 0.22 0.70 0.23 0.17 0.32 0.33 0.16 0.17 0.23 1.03 0.22 0.58 0.31 0.29 0.41 0.09
O2' 0.83 0.35 1.17 0.74 0.70 0.72 0.79 0.69 0.60 0.99 0.35 0.50 0.64 1.01 0.83 1.70 0.93 0.69 1.24 1.31 2.24 1.63
O3' 0.32 0.22 0.72 0.23 0.34 0.08 0.54 0.16 0.53 0.61 0.30 0.19 0.80 0.73 0.39 1.29 0.51 0.05 0.34 0.49 1.24 0.70
O4' 0.41 0.95 0.18 0.58 0.61 0.83 0.53 1.17 0.70 0.32 0.95 0.79 0.57 0.33 0.46 0.89 0.25 0.86 0.73 0.65 0.06 0.47
O5' 0.38 0.77 1.05 0.39 0.05 0.10 0.21 0.46 0.14 0.71 0.68 0.45 0.06 0.68 0.34 1.84 0.71 0.21 0.06 0.27 0.74 0.31
OP1 0.49 0.80 1.22 0.55 0.12 0.05 0.41 0.33 0.07 1.00 0.61 0.47 0.33 1.01 0.50 1.93 0.80 0.11 0.13 0.52 0.93 0.49
OP2 0.22 1.27 1.08 0.42 0.27 0.26 0.07 0.64 0.37 0.74 1.07 0.90 0.10 0.71 0.21 1.82 0.71 0.46 0.27 0.21 0.51 0.14
P 0.26 1.09 1.02 0.33 0.18 0.24 0.11 0.64 0.28 0.72 0.93 0.74 0.05 0.70 0.25 1.79 0.63 0.38 0.23 0.18 0.55 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.28 0.22 0.50 0.16
C2 0.07 0.00 0.06 0.69 0.02 0.67 0.03 1.24 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.60 0.21 0.46 1.04 1.19 0.85 0.97
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.15 0.06 0.02 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.63 0.09 0.84 0.42
C3' 0.01 0.69 0.01 0.00 0.50 0.01 0.48 0.01 0.58 0.14 0.67 0.62 0.57 0.29 0.26 0.03 0.01 0.04 0.42 0.16 0.39 0.19
C4 0.05 0.02 0.04 0.50 0.00 0.37 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.13 0.23 0.22 0.49 0.21 0.15
C4' 0.02 0.67 0.03 0.01 0.37 0.00 0.23 0.00 0.36 0.17 0.55 0.64 0.29 0.06 0.08 0.37 0.01 0.00 0.01 0.44 0.06 0.18
C5 0.03 0.03 0.05 0.48 0.00 0.23 0.00 0.35 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.45 0.23 0.07 0.16 0.13 0.76 0.33
C5' 0.06 1.24 0.15 0.01 0.58 0.00 0.35 0.00 0.60 0.43 1.00 1.14 0.46 0.25 0.10 0.22 0.22 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.58 0.01 0.36 0.01 0.60 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.54 0.30 0.16 0.15 0.37 0.42 0.09
C8 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.17 0.02 0.43 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.17 0.08 0.27 1.00 0.59 1.68 1.12
N1 0.06 0.00 0.06 0.67 0.01 0.55 0.02 1.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.61 0.28 0.33 0.69 0.86 0.37 0.57
N3 0.07 0.00 0.05 0.62 0.01 0.64 0.01 1.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.54 0.11 0.49 0.94 1.10 0.71 0.88
N6 0.03 0.01 0.07 0.57 0.01 0.29 0.01 0.46 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.51 0.35 0.09 0.09 0.15 0.77 0.33
N7 0.01 0.03 0.03 0.29 0.01 0.06 0.01 0.25 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.31 0.19 0.18 0.81 0.50 1.61 1.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.26 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.04 0.02 0.34 0.07 0.78 0.37
O2' 0.02 0.60 0.00 0.03 0.45 0.37 0.45 0.22 0.54 0.17 0.61 0.54 0.51 0.31 0.25 0.00 0.06 0.24 0.20 0.67 0.40 0.22
O3' 0.28 0.21 0.02 0.01 0.13 0.01 0.23 0.22 0.30 0.08 0.28 0.11 0.35 0.19 0.04 0.06 0.00 0.16 0.07 0.75 0.17 0.32
O4' 0.01 0.46 0.02 0.04 0.23 0.00 0.07 0.02 0.16 0.27 0.33 0.49 0.09 0.18 0.02 0.24 0.16 0.00 0.12 0.33 0.19 0.10
O5' 0.28 1.04 0.63 0.42 0.22 0.01 0.16 0.00 0.15 1.00 0.69 0.94 0.09 0.81 0.34 0.20 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 1.19 0.09 0.16 0.49 0.44 0.13 0.14 0.37 0.59 0.86 1.10 0.15 0.50 0.07 0.67 0.75 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.85 0.84 0.39 0.21 0.06 0.76 0.11 0.42 1.68 0.37 0.71 0.77 1.61 0.78 0.40 0.17 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.97 0.42 0.19 0.15 0.18 0.33 0.01 0.09 1.12 0.57 0.88 0.33 1.02 0.37 0.22 0.32 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00