ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.006, 0.019, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.003, 0.031, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.002, 0.031, 0.059, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N3 A 0, -0.003, 0.028, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.006, 0.040, 0.073, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.007, 0.048, 0.088, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.048 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.009, 0.061, 0.112, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.061 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.027, 0.086, 0.146, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.086 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.047, 0.142, 0.238, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.142 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.068, 0.263, 0.457, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.263 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.168, 0.440, 0.713, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.440 std_dev=0.272
N9 B 0, 0.147, 0.436, 0.724, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.436 std_dev=0.289
C8 B 0, 0.266, 0.557, 0.847, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.557 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.258, 0.558, 0.859, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.558 std_dev=0.301
C5 B 0, 0.195, 0.507, 0.820, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.507 std_dev=0.313
C4' A 0, -0.012, 0.308, 0.628, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.308 std_dev=0.320
C3' A 0, 0.044, 0.371, 0.699, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.371 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.177, 0.510, 0.842, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.510 std_dev=0.332
N7 B 0, 0.270, 0.606, 0.942, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.606 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.185, 0.573, 0.961, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.573 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.235, 0.624, 1.012, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.624 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.262, 0.659, 1.056, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.659 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.238, 0.656, 1.074, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.656 std_dev=0.418
C2 B 0, 0.162, 0.584, 1.006, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.584 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.168, 0.604, 1.039, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.604 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.265, 0.701, 1.136, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.701 std_dev=0.436
O5' A 0, 0.084, 0.532, 0.979, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.532 std_dev=0.448
N6 B 0, 0.236, 0.701, 1.167, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.701 std_dev=0.465
C5' A 0, -0.005, 0.476, 0.958, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.476 std_dev=0.481
O3' A 0, 0.111, 0.631, 1.151, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.631 std_dev=0.520
P A 0, 0.210, 0.770, 1.331, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.770 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.599, 1.233, 1.868, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.233 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.307, 0.958, 1.608, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.958 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.510, 1.270, 2.029, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.270 std_dev=0.760
O2' B 0, 0.384, 1.182, 1.980, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.182 std_dev=0.798
OP2 A 0, 0.545, 1.456, 2.368, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.456 std_dev=0.911
OP1 A 0, 0.613, 1.679, 2.745, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.679 std_dev=1.066
OP1 B 0, 0.723, 1.925, 3.126, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.925 std_dev=1.202
P B 0, 0.487, 1.806, 3.124, 3.296 max_d=3.296 avg_d=1.806 std_dev=1.319
OP2 B 0, 0.709, 2.310, 3.911, 4.310 max_d=4.310 avg_d=2.310 std_dev=1.601

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.33 0.42 0.16
C2 0.05 0.00 0.09 0.15 0.03 0.07 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.12 0.14 0.04 0.14 0.42 0.43 0.16
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.32 0.32 0.12
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.03 0.19 0.13 0.18 0.11 0.22 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.29 0.08
C4 0.01 0.03 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.12 0.02 0.20 0.46 0.40 0.15
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.08 0.05 0.13 0.15 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.20 0.25 0.09
C5 0.01 0.03 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.02 0.27 0.55 0.36 0.17
C5' 0.04 0.15 0.02 0.03 0.17 0.01 0.25 0.00 0.25 0.27 0.20 0.12 0.29 0.30 0.16 0.06 0.08 0.02 0.01 0.29 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.21 0.02 0.26 0.56 0.37 0.17
C8 0.01 0.05 0.03 0.13 0.03 0.14 0.02 0.27 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.33 0.57 0.34 0.18
N1 0.03 0.01 0.09 0.18 0.02 0.08 0.03 0.20 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.10 0.19 0.03 0.20 0.50 0.40 0.16
N3 0.04 0.01 0.08 0.11 0.02 0.05 0.02 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.12 0.10 0.04 0.12 0.38 0.44 0.16
N6 0.02 0.00 0.08 0.22 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.25 0.02 0.30 0.62 0.36 0.20
N7 0.01 0.05 0.05 0.17 0.02 0.15 0.02 0.30 0.04 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.35 0.63 0.35 0.21
N9 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.21 0.46 0.38 0.14
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.02 0.10 0.12 0.07 0.03 0.04 0.00 0.03 0.07 0.11 0.09 0.31 0.14
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.08 0.21 0.14 0.19 0.10 0.25 0.19 0.08 0.03 0.00 0.01 0.09 0.24 0.27 0.04
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.29 0.46 0.19
O5' 0.08 0.14 0.04 0.02 0.20 0.02 0.27 0.01 0.26 0.33 0.20 0.12 0.30 0.35 0.21 0.11 0.09 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.33 0.42 0.32 0.35 0.46 0.20 0.55 0.29 0.56 0.57 0.50 0.38 0.62 0.63 0.46 0.09 0.24 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.43 0.32 0.29 0.40 0.25 0.36 0.27 0.37 0.34 0.40 0.44 0.36 0.35 0.38 0.31 0.27 0.46 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.16 0.16 0.12 0.08 0.15 0.09 0.17 0.02 0.17 0.18 0.16 0.16 0.20 0.21 0.14 0.14 0.04 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.40 0.56 0.43 0.28 0.15 0.37 0.40 0.50 0.17 0.48 0.31 0.63 0.31 0.21 0.87 0.64 0.15 0.62 0.88 1.18 1.03
C2 0.30 0.17 0.36 0.32 0.10 0.28 0.09 0.32 0.13 0.18 0.15 0.16 0.23 0.19 0.18 0.53 0.48 0.25 0.46 0.53 0.77 0.65
C2' 0.21 0.52 0.47 0.37 0.37 0.17 0.47 0.47 0.64 0.23 0.62 0.42 0.77 0.36 0.26 0.67 0.53 0.29 0.59 0.97 1.13 1.06
C3' 0.31 0.64 0.35 0.24 0.54 0.37 0.66 0.74 0.77 0.43 0.73 0.55 0.88 0.61 0.42 0.59 0.44 0.53 0.90 1.28 1.47 1.39
C4 0.33 0.30 0.53 0.41 0.19 0.27 0.20 0.34 0.32 0.09 0.33 0.25 0.39 0.16 0.19 0.83 0.58 0.19 0.52 0.63 0.93 0.79
C4' 0.23 0.53 0.41 0.25 0.46 0.28 0.58 0.71 0.68 0.41 0.63 0.45 0.81 0.57 0.36 0.74 0.53 0.43 0.96 1.31 1.62 1.45
C5 0.38 0.25 0.53 0.41 0.17 0.33 0.19 0.33 0.27 0.08 0.26 0.24 0.32 0.20 0.18 0.90 0.59 0.25 0.52 0.54 0.87 0.72
C5' 0.31 0.58 0.30 0.23 0.54 0.42 0.67 0.86 0.73 0.55 0.67 0.51 0.84 0.69 0.46 0.66 0.53 0.57 1.17 1.46 1.84 1.62
C6 0.38 0.16 0.41 0.34 0.06 0.36 0.10 0.34 0.15 0.13 0.15 0.17 0.22 0.17 0.17 0.72 0.53 0.33 0.46 0.44 0.72 0.59
C8 0.36 0.34 0.67 0.49 0.29 0.27 0.36 0.36 0.42 0.20 0.39 0.30 0.50 0.35 0.25 1.08 0.76 0.17 0.65 0.71 1.15 0.93
N1 0.34 0.12 0.33 0.30 0.10 0.32 0.13 0.33 0.14 0.18 0.11 0.15 0.22 0.20 0.19 0.52 0.50 0.32 0.45 0.44 0.69 0.57
N3 0.30 0.26 0.45 0.37 0.13 0.25 0.09 0.33 0.23 0.15 0.28 0.21 0.31 0.13 0.18 0.67 0.52 0.19 0.48 0.62 0.86 0.75
N6 0.41 0.14 0.37 0.32 0.05 0.42 0.11 0.36 0.13 0.15 0.12 0.15 0.18 0.19 0.15 0.72 0.56 0.40 0.44 0.38 0.62 0.49
N7 0.39 0.29 0.64 0.46 0.24 0.33 0.29 0.34 0.34 0.17 0.31 0.27 0.40 0.31 0.23 1.11 0.71 0.22 0.60 0.59 1.01 0.80
N9 0.32 0.35 0.60 0.45 0.26 0.23 0.33 0.36 0.43 0.15 0.42 0.30 0.52 0.28 0.22 0.93 0.66 0.15 0.59 0.74 1.08 0.92
O2' 0.21 0.43 0.49 0.39 0.29 0.15 0.34 0.43 0.49 0.22 0.51 0.33 0.63 0.26 0.22 0.67 0.52 0.26 0.53 1.01 1.11 1.05
O3' 0.43 0.73 0.32 0.22 0.63 0.57 0.72 0.95 0.83 0.50 0.81 0.65 0.94 0.65 0.51 0.50 0.34 0.72 1.03 1.55 1.58 1.57
O4' 0.26 0.41 0.59 0.41 0.33 0.15 0.45 0.49 0.55 0.27 0.51 0.34 0.69 0.43 0.26 0.97 0.70 0.20 0.78 1.02 1.41 1.20
O5' 0.20 0.49 0.28 0.28 0.45 0.34 0.60 0.79 0.68 0.49 0.60 0.41 0.81 0.65 0.38 0.69 0.63 0.49 1.15 1.41 1.85 1.59
OP1 0.69 0.26 1.09 1.11 0.34 0.71 0.23 0.48 0.22 0.38 0.19 0.37 0.37 0.27 0.46 1.41 1.61 0.59 0.62 0.89 1.27 0.98
OP2 0.55 0.64 0.46 0.36 0.70 0.68 0.80 1.19 0.79 0.84 0.70 0.62 0.86 0.91 0.70 0.87 0.39 0.79 1.69 1.83 2.46 2.09
P 0.28 0.47 0.45 0.35 0.45 0.34 0.58 0.74 0.64 0.51 0.57 0.41 0.76 0.63 0.40 0.90 0.76 0.47 1.17 1.34 1.88 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.11 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.26 0.01 0.22 0.16 0.25 0.30
C2 0.03 0.00 0.09 0.04 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.42 0.16 0.37 0.30 0.54 0.42
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.21 0.05 0.18 0.03 0.12 0.09 0.17 0.06 0.01 0.06 0.02 0.45 0.38 0.49 0.41
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.07 0.16 0.03 0.04 0.09 0.15 0.08 0.04 0.01 0.03 0.09 0.35 0.39 0.15
C4 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.29 0.10 0.38 0.40 0.55 0.51
C4' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.10 0.12 0.13 0.14 0.05 0.22 0.07 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10
C5 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.10 0.00 0.35 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.22 0.09 0.45 0.63 0.76 0.71
C5' 0.11 0.24 0.21 0.02 0.26 0.01 0.35 0.00 0.33 0.43 0.27 0.23 0.40 0.45 0.26 0.07 0.23 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.00 0.33 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.26 0.10 0.43 0.64 0.81 0.71
C8 0.02 0.01 0.18 0.16 0.01 0.13 0.02 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.25 0.17 0.12 0.54 0.69 0.75 0.78
N1 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.35 0.11 0.39 0.48 0.69 0.56
N3 0.03 0.01 0.12 0.04 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.42 0.17 0.35 0.24 0.43 0.35
N6 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.13 0.01 0.40 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.15 0.22 0.11 0.48 0.81 0.94 0.83
N7 0.03 0.01 0.17 0.15 0.01 0.14 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.24 0.17 0.12 0.55 0.80 0.89 0.87
N9 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.19 0.03 0.37 0.40 0.49 0.51
O2' 0.04 0.22 0.01 0.04 0.10 0.22 0.13 0.07 0.11 0.25 0.13 0.24 0.15 0.24 0.10 0.00 0.05 0.14 0.39 0.30 0.62 0.40
O3' 0.26 0.42 0.06 0.01 0.29 0.07 0.22 0.23 0.26 0.17 0.35 0.42 0.22 0.17 0.19 0.05 0.00 0.22 0.16 0.64 0.66 0.40
O4' 0.01 0.16 0.02 0.03 0.10 0.01 0.09 0.02 0.10 0.12 0.11 0.17 0.11 0.12 0.03 0.14 0.22 0.00 0.11 0.21 0.26 0.31
O5' 0.22 0.37 0.45 0.09 0.38 0.01 0.45 0.01 0.43 0.54 0.39 0.35 0.48 0.55 0.37 0.39 0.16 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.30 0.38 0.35 0.40 0.11 0.63 0.10 0.64 0.69 0.48 0.24 0.81 0.80 0.40 0.30 0.64 0.21 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.25 0.54 0.49 0.39 0.55 0.17 0.76 0.08 0.81 0.75 0.69 0.43 0.94 0.89 0.49 0.62 0.66 0.26 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.30 0.42 0.41 0.15 0.51 0.10 0.71 0.02 0.71 0.78 0.56 0.35 0.83 0.87 0.51 0.40 0.40 0.31 0.01 0.02 0.02 0.00