ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.015, 0.038, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.007, 0.037, 0.067, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.030
N9 A 0, -0.002, 0.037, 0.076, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.037 std_dev=0.039
C6 B 0, 0.135, 0.307, 0.480, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.307 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.114, 0.293, 0.471, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.293 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.157, 0.346, 0.534, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.346 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.116, 0.310, 0.504, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.310 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.174, 0.383, 0.591, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.383 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.169, 0.382, 0.596, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.382 std_dev=0.214
N6 B 0, 0.225, 0.456, 0.686, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.456 std_dev=0.231
N7 B 0, 0.249, 0.499, 0.750, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.499 std_dev=0.250
N9 B 0, 0.274, 0.557, 0.840, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.557 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.294, 0.593, 0.892, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.593 std_dev=0.299
C1' B 0, 0.366, 0.740, 1.115, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.740 std_dev=0.374
O3' B 0, 0.465, 0.934, 1.404, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.934 std_dev=0.470
C3' B 0, 0.373, 0.887, 1.400, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.887 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.149, 0.765, 1.380, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.765 std_dev=0.615
C3' A 0, 0.745, 1.550, 2.356, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.550 std_dev=0.806
O3' A 0, 0.234, 1.149, 2.065, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.149 std_dev=0.916
O4' B 0, 0.485, 1.450, 2.415, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.450 std_dev=0.965
C4' B 0, 0.525, 1.527, 2.529, 3.153 max_d=3.153 avg_d=1.527 std_dev=1.002
C2' A 0, 0.484, 1.597, 2.709, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.597 std_dev=1.113
O4' A 0, 0.469, 1.611, 2.753, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.611 std_dev=1.142
C4' A 0, 0.773, 2.071, 3.370, 3.120 max_d=3.120 avg_d=2.071 std_dev=1.298
O2' B 0, -0.294, 1.147, 2.588, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.147 std_dev=1.441
O2' A 0, 0.996, 2.783, 4.570, 4.252 max_d=4.252 avg_d=2.783 std_dev=1.787
C5' B 0, 0.345, 2.280, 4.216, 5.870 max_d=5.870 avg_d=2.280 std_dev=1.936
O5' B 0, 0.042, 2.289, 4.536, 6.599 max_d=6.599 avg_d=2.289 std_dev=2.247
C5' A 0, 1.085, 3.723, 6.360, 5.890 max_d=5.890 avg_d=3.723 std_dev=2.637
O5' A 0, 2.026, 5.213, 8.400, 7.717 max_d=7.717 avg_d=5.213 std_dev=3.187
OP1 B 0, 0.176, 3.372, 6.568, 9.460 max_d=9.460 avg_d=3.372 std_dev=3.196
P B 0, 0.039, 3.280, 6.522, 9.507 max_d=9.507 avg_d=3.280 std_dev=3.242
OP2 B 0, 0.020, 3.741, 7.463, 10.900 max_d=10.900 avg_d=3.741 std_dev=3.721
OP2 A 0, 2.328, 6.455, 10.581, 9.752 max_d=9.752 avg_d=6.455 std_dev=4.127
P A 0, 2.179, 6.609, 11.040, 10.202 max_d=10.202 avg_d=6.609 std_dev=4.430
OP1 A 0, 2.301, 7.792, 13.283, 12.253 max_d=12.253 avg_d=7.792 std_dev=5.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.30 0.00 0.27 0.39 0.47 0.38
C2 0.04 0.00 0.09 0.15 0.01 0.62 0.01 1.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.08 0.52 0.76 0.86 1.08 0.93
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.22 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.03 0.38 0.10
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.19 0.37 0.12 0.16 0.25 0.37 0.19 0.03 0.01 0.01 0.15 0.13 0.15 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.25 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.05 0.28 0.18 0.16 0.28 0.13
C4' 0.01 0.62 0.01 0.00 0.25 0.00 0.08 0.00 0.22 0.37 0.46 0.60 0.13 0.25 0.06 0.24 0.03 0.00 0.03 0.16 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.08 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.04 0.13 0.52 0.65 0.71 0.64
C5' 0.08 1.29 0.22 0.01 0.58 0.00 0.28 0.00 0.56 0.50 1.01 1.20 0.39 0.30 0.06 0.05 0.18 0.01 0.01 0.34 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.22 0.01 0.56 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.08 0.24 0.29 0.30 0.34 0.27
C8 0.01 0.01 0.03 0.37 0.01 0.37 0.01 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.36 0.05 0.27 1.25 1.51 1.62 1.55
N1 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.46 0.01 1.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.08 0.41 0.41 0.42 0.55 0.46
N3 0.04 0.00 0.08 0.16 0.00 0.60 0.01 1.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.09 0.52 0.68 0.70 0.92 0.78
N6 0.03 0.02 0.05 0.25 0.02 0.13 0.02 0.39 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.22 0.11 0.17 0.49 0.62 0.68 0.59
N7 0.01 0.01 0.03 0.37 0.01 0.25 0.01 0.30 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.34 0.05 0.13 1.14 1.43 1.57 1.45
N9 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.10 0.01 0.56 0.69 0.74 0.69
O2' 0.05 0.25 0.01 0.03 0.12 0.24 0.20 0.05 0.17 0.36 0.16 0.25 0.22 0.34 0.18 0.00 0.06 0.16 0.13 0.07 0.39 0.05
O3' 0.30 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.18 0.08 0.05 0.08 0.09 0.11 0.05 0.10 0.06 0.00 0.24 0.16 0.23 0.14 0.10
O4' 0.00 0.52 0.03 0.01 0.28 0.00 0.13 0.01 0.24 0.27 0.41 0.52 0.17 0.13 0.01 0.16 0.24 0.00 0.31 0.50 0.52 0.46
O5' 0.27 0.76 0.10 0.15 0.18 0.03 0.52 0.01 0.29 1.25 0.41 0.68 0.49 1.14 0.56 0.13 0.16 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.86 0.03 0.13 0.16 0.16 0.65 0.34 0.30 1.51 0.42 0.70 0.62 1.43 0.69 0.07 0.23 0.50 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 1.08 0.38 0.15 0.28 0.28 0.71 0.28 0.34 1.62 0.55 0.92 0.68 1.57 0.74 0.39 0.14 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.93 0.10 0.06 0.13 0.07 0.64 0.02 0.27 1.55 0.46 0.78 0.59 1.45 0.69 0.05 0.10 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.19 0.25 0.09 0.08 0.32 0.07 0.37 0.10 0.10 0.18 0.15 0.10 0.12 0.07 0.56 0.09 0.43 0.18 0.41 0.72 0.48
C2 0.11 0.11 0.07 0.25 0.07 0.77 0.08 1.18 0.11 0.06 0.06 0.13 0.18 0.11 0.07 0.70 0.07 0.75 1.02 1.01 0.91 1.04
C2' 0.37 0.63 0.11 0.24 0.48 0.59 0.49 0.64 0.62 0.33 0.69 0.54 0.67 0.38 0.40 0.23 0.18 0.71 0.33 0.13 0.29 0.16
C3' 0.57 0.56 0.36 0.46 0.60 0.73 0.65 0.72 0.67 0.62 0.60 0.56 0.74 0.65 0.60 0.13 0.43 0.84 0.42 0.17 0.27 0.20
C4 0.09 0.18 0.23 0.05 0.10 0.48 0.06 0.63 0.09 0.06 0.16 0.16 0.08 0.08 0.08 0.68 0.08 0.60 0.28 0.13 0.40 0.24
C4' 0.20 0.44 0.31 0.21 0.28 0.24 0.26 0.25 0.35 0.17 0.45 0.37 0.33 0.17 0.21 0.53 0.24 0.32 0.23 0.46 0.70 0.53
C5 0.13 0.19 0.33 0.09 0.15 0.46 0.11 0.53 0.13 0.07 0.17 0.19 0.10 0.06 0.13 0.77 0.09 0.66 0.16 0.21 0.69 0.35
C5' 0.39 1.05 0.53 0.42 0.58 0.23 0.44 0.17 0.69 0.18 1.03 0.85 0.56 0.18 0.36 0.78 0.48 0.27 0.39 0.61 0.87 0.68
C6 0.16 0.16 0.29 0.06 0.15 0.66 0.08 0.85 0.07 0.08 0.11 0.18 0.06 0.06 0.14 0.89 0.09 0.83 0.44 0.31 0.27 0.30
C8 0.11 0.21 0.40 0.23 0.14 0.23 0.14 0.19 0.19 0.09 0.22 0.18 0.20 0.09 0.11 0.65 0.11 0.45 0.52 0.90 1.42 1.01
N1 0.14 0.11 0.12 0.22 0.09 0.82 0.05 1.23 0.06 0.05 0.03 0.15 0.11 0.07 0.10 0.82 0.08 0.86 0.99 0.96 0.76 0.97
N3 0.08 0.15 0.11 0.15 0.07 0.62 0.07 0.91 0.09 0.07 0.10 0.14 0.17 0.12 0.06 0.64 0.07 0.65 0.69 0.60 0.50 0.63
N6 0.22 0.14 0.42 0.07 0.18 0.68 0.13 0.80 0.10 0.14 0.11 0.18 0.09 0.11 0.21 1.05 0.10 0.96 0.28 0.16 0.46 0.16
N7 0.14 0.21 0.45 0.25 0.17 0.27 0.17 0.20 0.20 0.11 0.21 0.19 0.19 0.11 0.15 0.74 0.11 0.53 0.53 0.85 1.44 0.99
N9 0.09 0.20 0.29 0.11 0.11 0.34 0.09 0.37 0.13 0.08 0.20 0.17 0.13 0.09 0.09 0.62 0.09 0.49 0.19 0.43 0.82 0.52
O2' 0.32 0.84 0.18 0.14 0.51 0.44 0.50 0.48 0.73 0.25 0.92 0.66 0.76 0.30 0.35 0.47 0.19 0.60 0.16 0.21 0.45 0.22
O3' 0.48 0.71 0.32 0.39 0.58 0.57 0.58 0.52 0.69 0.45 0.76 0.64 0.73 0.48 0.51 0.16 0.38 0.67 0.28 0.26 0.45 0.34
O4' 0.35 0.56 0.55 0.39 0.47 0.22 0.50 0.25 0.60 0.37 0.61 0.50 0.67 0.42 0.39 0.80 0.39 0.26 0.44 0.70 0.98 0.77
O5' 0.70 0.57 0.45 0.57 0.52 0.85 0.63 0.82 0.44 1.02 0.57 0.43 0.47 1.02 0.73 0.25 0.58 0.95 0.48 0.35 0.33 0.21
OP1 0.71 0.69 0.55 0.68 0.32 0.92 0.53 0.95 0.18 1.21 0.66 0.30 0.24 1.17 0.74 0.32 0.63 0.97 0.75 0.88 0.92 0.74
OP2 1.05 0.50 0.79 0.92 0.61 1.22 0.88 1.22 0.32 1.67 0.45 0.10 0.48 1.65 1.11 0.50 0.89 1.32 0.94 1.00 0.86 0.81
P 0.72 0.73 0.49 0.63 0.36 0.92 0.55 0.93 0.23 1.22 0.71 0.36 0.26 1.19 0.76 0.23 0.61 1.00 0.65 0.71 0.69 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.18 0.09 0.25 0.24
C2 0.04 0.00 0.38 0.39 0.01 0.44 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.04 0.27 0.98 1.03 1.27 1.05
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.18 0.01 0.06 0.07 0.14 0.22 0.27 0.40 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.14 0.21 0.16
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.17 0.00 0.06 0.03 0.14 0.21 0.28 0.38 0.09 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.28 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.18 0.17 0.00 0.19 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.14 0.23 0.19 0.21 0.14
C4' 0.01 0.44 0.01 0.00 0.19 0.00 0.07 0.01 0.18 0.26 0.34 0.42 0.11 0.16 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.13 0.25 0.36 0.36
C5' 0.06 0.79 0.07 0.03 0.27 0.01 0.06 0.00 0.24 0.58 0.58 0.72 0.12 0.43 0.14 0.07 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.14 0.01 0.18 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.14 0.18 0.09 0.18 0.11
C8 0.02 0.01 0.22 0.21 0.01 0.26 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.15 0.92 1.03 1.27 1.22
N1 0.03 0.00 0.27 0.28 0.01 0.34 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.22 0.67 0.65 0.83 0.65
N3 0.04 0.00 0.40 0.38 0.00 0.42 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.04 0.26 0.88 0.91 1.06 0.90
N6 0.02 0.02 0.08 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.10 0.06 0.22 0.28 0.29
N7 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.16 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.73 0.94 1.15 1.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.30 0.31 0.46 0.45
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.07 0.07 0.04 0.11 0.13 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.21 0.24 0.14
O3' 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.38 0.10 0.13
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.02 0.14 0.15 0.22 0.26 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.11 0.16 0.17
O5' 0.18 0.98 0.16 0.05 0.23 0.03 0.13 0.01 0.18 0.92 0.67 0.88 0.06 0.73 0.30 0.16 0.04 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 1.03 0.14 0.28 0.19 0.09 0.25 0.12 0.09 1.03 0.65 0.91 0.22 0.94 0.31 0.21 0.38 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 1.27 0.21 0.08 0.21 0.04 0.36 0.02 0.18 1.27 0.83 1.06 0.28 1.15 0.46 0.24 0.10 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 1.05 0.16 0.08 0.14 0.02 0.36 0.02 0.11 1.22 0.65 0.90 0.29 1.09 0.45 0.14 0.13 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00