ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53925

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.007, 0.044, 0.082, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.010, 0.054, 0.099, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.054 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.004, 0.065, 0.125, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.065 std_dev=0.061
C4 B 0, 0.140, 0.497, 0.854, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.497 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.159, 0.546, 0.933, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.546 std_dev=0.387
N9 B 0, 0.153, 0.545, 0.937, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.545 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.065, 0.496, 0.927, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.496 std_dev=0.431
N7 B 0, 0.154, 0.590, 1.025, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.590 std_dev=0.435
O4' A 0, 0.091, 0.531, 0.972, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.531 std_dev=0.440
C2' A 0, 0.097, 0.539, 0.981, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.539 std_dev=0.442
C8 B 0, 0.103, 0.563, 1.023, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.563 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.119, 0.626, 1.133, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.626 std_dev=0.507
O2' A 0, 0.147, 0.654, 1.161, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.654 std_dev=0.507
C1' B 0, 0.150, 0.666, 1.182, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.666 std_dev=0.516
C2 B 0, -0.069, 0.497, 1.064, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.497 std_dev=0.566
N1 B 0, 0.030, 0.607, 1.185, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.607 std_dev=0.578
N6 B 0, 0.190, 0.792, 1.394, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.792 std_dev=0.602
C4' A 0, 0.128, 0.785, 1.442, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.785 std_dev=0.657
O2' B 0, 0.182, 0.872, 1.562, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.872 std_dev=0.690
C2' B 0, 0.184, 0.892, 1.600, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.892 std_dev=0.708
C3' A 0, 0.155, 0.863, 1.572, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.863 std_dev=0.708
O3' A 0, 0.203, 1.229, 2.256, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.229 std_dev=1.026
C5' A 0, 0.231, 1.298, 2.365, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.298 std_dev=1.067
OP2 A 0, 0.102, 1.217, 2.331, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.217 std_dev=1.114
O4' B 0, 0.076, 1.195, 2.315, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.195 std_dev=1.120
O5' A 0, 0.280, 1.424, 2.567, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.424 std_dev=1.144
P A 0, 0.193, 1.478, 2.764, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.478 std_dev=1.286
C3' B 0, 0.091, 1.384, 2.677, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.384 std_dev=1.293
C4' B 0, 0.010, 1.478, 2.946, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.478 std_dev=1.468
OP1 A 0, 0.201, 1.696, 3.190, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.696 std_dev=1.495
O3' B 0, 0.063, 1.840, 3.618, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.840 std_dev=1.778
C5' B 0, -0.188, 2.069, 4.327, 5.790 max_d=5.790 avg_d=2.069 std_dev=2.257
O5' B 0, -0.237, 2.309, 4.855, 6.544 max_d=6.544 avg_d=2.309 std_dev=2.546
P B 0, -0.644, 2.793, 6.231, 8.630 max_d=8.630 avg_d=2.793 std_dev=3.437
OP1 B 0, -0.659, 2.871, 6.401, 8.864 max_d=8.864 avg_d=2.871 std_dev=3.530
OP2 B 0, -0.736, 3.185, 7.107, 9.871 max_d=9.871 avg_d=3.185 std_dev=3.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.25 0.20 0.01 0.04 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.27 0.15 0.22 0.24 0.26 0.25
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.15 0.01 0.11 0.03 0.17 0.08 0.23 0.24 0.16 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.08 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.03 0.16 0.12 0.20 0.18 0.17 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.04 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.14 0.15 0.08 0.20 0.21 0.21 0.20
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.10 0.08 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.01 0.00
C5 0.01 0.02 0.11 0.12 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.24 0.26 0.28 0.26
C5' 0.03 0.15 0.03 0.03 0.13 0.00 0.16 0.00 0.18 0.12 0.17 0.13 0.19 0.16 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.16 0.02 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.21 0.07 0.25 0.29 0.32 0.29
C8 0.01 0.02 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.13 0.06 0.21 0.22 0.16 0.17
N1 0.02 0.00 0.23 0.20 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.11 0.23 0.27 0.31 0.28
N3 0.02 0.01 0.24 0.18 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.24 0.23 0.14 0.19 0.21 0.21 0.20
N6 0.05 0.01 0.16 0.17 0.03 0.10 0.03 0.19 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.15 0.22 0.05 0.26 0.32 0.36 0.32
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.25 0.28 0.27 0.25
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.17 0.13 0.13
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.04 0.10 0.04 0.16 0.06 0.23 0.24 0.15 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.15 0.05 0.05
O3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.15 0.04 0.14 0.02 0.21 0.13 0.27 0.23 0.22 0.11 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.18 0.06 0.06
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.11 0.14 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.07 0.07 0.04
O5' 0.10 0.22 0.08 0.04 0.20 0.02 0.24 0.00 0.25 0.21 0.23 0.19 0.26 0.25 0.17 0.05 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.13 0.24 0.18 0.19 0.21 0.11 0.26 0.09 0.29 0.22 0.27 0.21 0.32 0.28 0.17 0.15 0.18 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.26 0.08 0.07 0.21 0.01 0.28 0.01 0.32 0.16 0.31 0.21 0.36 0.27 0.13 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.25 0.07 0.07 0.20 0.00 0.26 0.01 0.29 0.17 0.28 0.20 0.32 0.25 0.13 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.43 0.15 0.71 0.16 1.41 0.34 2.05 0.55 0.07 0.60 0.16 0.65 0.26 0.06 0.24 0.67 1.25 2.25 2.30 2.96 2.60
C2 0.31 0.12 0.47 0.28 0.08 0.49 0.18 0.67 0.28 0.09 0.24 0.07 0.35 0.15 0.15 0.46 0.49 0.80 0.77 0.67 1.06 0.82
C2' 0.54 0.46 0.45 1.19 0.08 1.81 0.22 2.46 0.47 0.18 0.59 0.11 0.55 0.13 0.25 0.30 1.22 1.49 2.63 2.52 3.20 2.89
C3' 0.71 0.24 0.71 1.58 0.22 2.16 0.16 2.99 0.35 0.33 0.44 0.20 0.48 0.17 0.43 0.50 1.68 1.67 3.24 3.34 4.12 3.73
C4 0.28 0.22 0.19 0.29 0.10 0.97 0.31 1.39 0.47 0.11 0.43 0.02 0.57 0.27 0.08 0.26 0.17 1.07 1.45 1.35 2.00 1.60
C4' 0.54 0.22 0.43 1.27 0.10 1.94 0.19 2.77 0.41 0.15 0.46 0.12 0.56 0.13 0.27 0.26 1.34 1.54 3.10 3.47 4.11 3.71
C5 0.27 0.08 0.23 0.23 0.08 0.82 0.30 1.21 0.43 0.20 0.31 0.13 0.59 0.33 0.14 0.27 0.16 0.93 1.22 1.09 1.80 1.33
C5' 0.58 0.10 0.50 1.38 0.14 2.01 0.15 2.92 0.38 0.15 0.37 0.22 0.56 0.12 0.30 0.30 1.47 1.56 3.25 3.78 4.49 3.95
C6 0.30 0.14 0.39 0.26 0.13 0.55 0.20 0.77 0.25 0.26 0.13 0.20 0.41 0.32 0.22 0.38 0.37 0.76 0.78 0.63 1.20 0.81
C8 0.26 0.22 0.08 0.58 0.09 1.19 0.36 1.79 0.57 0.15 0.53 0.09 0.74 0.35 0.05 0.18 0.52 1.09 1.83 1.80 2.70 2.11
N1 0.33 0.06 0.52 0.42 0.11 0.41 0.12 0.52 0.18 0.20 0.12 0.14 0.30 0.19 0.22 0.48 0.61 0.69 0.58 0.45 0.85 0.57
N3 0.30 0.25 0.30 0.11 0.12 0.81 0.26 1.12 0.39 0.05 0.38 0.10 0.46 0.19 0.09 0.34 0.13 1.02 1.23 1.14 1.62 1.34
N6 0.32 0.31 0.43 0.37 0.20 0.47 0.18 0.62 0.08 0.36 0.20 0.29 0.30 0.39 0.27 0.41 0.49 0.65 0.60 0.42 0.98 0.57
N7 0.25 0.13 0.12 0.41 0.06 0.98 0.32 1.47 0.50 0.20 0.36 0.17 0.71 0.37 0.10 0.19 0.33 0.96 1.46 1.36 2.22 1.64
N9 0.28 0.32 0.11 0.55 0.13 1.22 0.35 1.79 0.55 0.10 0.55 0.08 0.66 0.29 0.04 0.22 0.47 1.17 1.88 1.84 2.61 2.15
O2' 0.38 0.58 0.31 1.02 0.18 1.63 0.30 2.20 0.52 0.10 0.65 0.30 0.58 0.16 0.11 0.21 1.08 1.28 2.50 2.48 2.90 2.74
O3' 0.84 0.22 0.97 1.92 0.32 2.41 0.20 3.30 0.27 0.48 0.37 0.26 0.38 0.29 0.56 0.73 2.12 1.75 3.70 3.97 4.48 4.30
O4' 0.37 0.27 0.18 0.85 0.07 1.57 0.29 2.32 0.50 0.05 0.51 0.01 0.65 0.25 0.10 0.23 0.83 1.34 2.60 2.87 3.52 3.11
O5' 0.57 0.06 0.52 1.38 0.17 1.96 0.13 2.86 0.36 0.13 0.32 0.29 0.57 0.13 0.30 0.32 1.47 1.51 3.08 3.50 4.44 3.73
OP1 0.56 0.12 0.59 1.50 0.20 2.00 0.09 2.94 0.28 0.14 0.21 0.32 0.50 0.10 0.32 0.35 1.66 1.46 3.15 3.73 4.64 3.84
OP2 0.51 0.24 0.45 1.22 0.22 1.73 0.08 2.55 0.26 0.09 0.13 0.40 0.51 0.13 0.29 0.28 1.29 1.34 2.63 2.92 3.97 3.14
P 0.56 0.16 0.50 1.35 0.21 1.90 0.09 2.79 0.29 0.11 0.20 0.36 0.53 0.12 0.31 0.31 1.44 1.47 2.98 3.44 4.38 3.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.39 0.11 0.27
C2 0.03 0.00 0.10 0.61 0.03 0.78 0.02 1.27 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.14 0.60 0.55 0.95 0.60 1.72 0.96
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.08 0.10
C3' 0.01 0.61 0.00 0.00 0.25 0.00 0.08 0.01 0.22 0.42 0.46 0.58 0.12 0.28 0.06 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.10 0.05
C4 0.01 0.03 0.03 0.25 0.00 0.33 0.00 0.52 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.25 0.22 0.16 0.64 0.16
C4' 0.01 0.78 0.01 0.00 0.33 0.00 0.13 0.01 0.30 0.40 0.59 0.75 0.19 0.25 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05
C5 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.08 0.44 0.42 0.32
C5' 0.02 1.27 0.01 0.01 0.52 0.01 0.24 0.00 0.52 0.56 0.98 1.16 0.36 0.37 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.30 0.00 0.52 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.20 0.20 0.23 0.21 0.76 0.22
C8 0.02 0.03 0.07 0.42 0.01 0.40 0.00 0.56 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.40 0.25 0.67 0.95 0.70 0.93
N1 0.01 0.01 0.07 0.46 0.02 0.59 0.02 0.98 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.45 0.40 0.67 0.33 1.39 0.64
N3 0.03 0.00 0.10 0.58 0.01 0.75 0.01 1.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.54 0.56 0.82 0.43 1.41 0.77
N6 0.03 0.02 0.02 0.12 0.01 0.19 0.01 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.12 0.11 0.37 0.62 0.29
N7 0.02 0.03 0.05 0.28 0.00 0.25 0.00 0.37 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.29 0.15 0.54 0.89 0.58 0.83
N9 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.52 0.21 0.41
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.12 0.13 0.08 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
O3' 0.02 0.60 0.03 0.01 0.21 0.02 0.06 0.01 0.20 0.40 0.45 0.54 0.11 0.29 0.07 0.04 0.00 0.02 0.26 0.47 0.15 0.23
O4' 0.01 0.55 0.00 0.01 0.25 0.00 0.09 0.02 0.20 0.25 0.40 0.56 0.12 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.19 0.44 0.08 0.29
O5' 0.14 0.95 0.02 0.11 0.22 0.02 0.08 0.01 0.23 0.67 0.67 0.82 0.11 0.54 0.21 0.05 0.26 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 0.60 0.08 0.16 0.16 0.05 0.44 0.05 0.21 0.95 0.33 0.43 0.37 0.89 0.52 0.05 0.47 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 1.72 0.08 0.10 0.64 0.08 0.42 0.09 0.76 0.70 1.39 1.41 0.62 0.58 0.21 0.06 0.15 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.96 0.10 0.05 0.16 0.05 0.32 0.02 0.22 0.93 0.64 0.77 0.29 0.83 0.41 0.05 0.23 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00