ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.023, 0.087, 0.151, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.087 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.047, 0.147, 0.247, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.147 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.022, 0.155, 0.288, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.155 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.023, 0.192, 0.360, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.192 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.094, 0.278, 0.462, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.278 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.037, 0.247, 0.456, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.247 std_dev=0.209
C4' B 0, 0.168, 0.399, 0.631, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.399 std_dev=0.232
O5' A 0, 0.080, 0.362, 0.644, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.362 std_dev=0.282
P A 0, 0.149, 0.434, 0.720, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.434 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.165, 0.456, 0.746, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.456 std_dev=0.290
O3' A 0, 0.058, 0.349, 0.641, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.349 std_dev=0.291
P B 0, 0.170, 0.494, 0.817, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.494 std_dev=0.323
OP1 B 0, 0.219, 0.552, 0.886, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.552 std_dev=0.333
OP2 A 0, 0.151, 0.487, 0.823, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.487 std_dev=0.336
O4' B 0, 0.089, 0.478, 0.867, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.478 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.150, 0.561, 0.972, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.561 std_dev=0.411
N3 B 0, 0.054, 0.496, 0.938, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.496 std_dev=0.442
O5' B 0, 0.272, 0.715, 1.157, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.715 std_dev=0.443
C2 B 0, 0.108, 0.564, 1.020, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.564 std_dev=0.456
C1' B 0, 0.117, 0.580, 1.043, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.580 std_dev=0.463
C5' B 0, 0.322, 0.814, 1.307, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.814 std_dev=0.493
N9 B 0, 0.045, 0.540, 1.035, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.540 std_dev=0.495
C4 B 0, -0.002, 0.496, 0.995, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.496 std_dev=0.498
N1 B 0, 0.104, 0.616, 1.127, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.616 std_dev=0.511
C3' B 0, -0.045, 0.499, 1.044, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.499 std_dev=0.545
C8 B 0, 0.065, 0.619, 1.173, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.619 std_dev=0.554
C6 B 0, 0.030, 0.608, 1.185, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.608 std_dev=0.577
C5 B 0, -0.067, 0.520, 1.107, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.520 std_dev=0.587
N7 B 0, 0.009, 0.622, 1.236, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.622 std_dev=0.614
O3' B 0, -0.084, 0.553, 1.190, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.553 std_dev=0.637
N6 B 0, 0.096, 0.736, 1.376, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.736 std_dev=0.640
C2' B 0, 0.001, 0.657, 1.312, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.657 std_dev=0.655
O2' B 0, 0.132, 0.859, 1.586, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.859 std_dev=0.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.19 0.12
C2 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.12 0.02 0.02 0.04 0.15 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.11 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.12 0.04 0.08 0.06 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.03 0.04 0.17 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.01 0.04 0.05 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.07 0.15 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.11 0.04 0.02 0.10 0.13 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.08 0.07 0.13 0.07
C8 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.10 0.07 0.19 0.08
N1 0.02 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.02 0.05 0.05 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.01 0.03 0.03 0.16 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.11 0.09 0.13 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.12 0.09 0.16 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.19 0.10
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06 0.02 0.09 0.03 0.14 0.16 0.08 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.13 0.07 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.12 0.07 0.13 0.05 0.12 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.29 0.18 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.08 0.23 0.16
O5' 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.05 0.03 0.11 0.12 0.03 0.03 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.10 0.16 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.09 0.09 0.05 0.13 0.29 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.15 0.08 0.08 0.17 0.06 0.15 0.01 0.13 0.19 0.13 0.16 0.13 0.16 0.19 0.07 0.18 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.08 0.05 0.08 0.08 0.03 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.03 0.17 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.14 0.13 0.23 0.06 0.14 0.11 0.47 0.18 0.13 0.21 0.02 0.22 0.12 0.14 0.24 0.24 0.19 0.29 0.05 0.08 0.06
C2 0.09 0.25 0.11 0.21 0.04 0.23 0.02 0.43 0.14 0.17 0.25 0.15 0.11 0.12 0.09 0.12 0.21 0.14 0.19 0.10 0.19 0.11
C2' 0.17 0.19 0.10 0.25 0.05 0.15 0.11 0.47 0.18 0.08 0.22 0.07 0.21 0.09 0.07 0.15 0.27 0.16 0.30 0.11 0.08 0.11
C3' 0.12 0.23 0.18 0.37 0.13 0.19 0.18 0.45 0.24 0.12 0.27 0.14 0.27 0.16 0.10 0.10 0.43 0.15 0.14 0.03 0.09 0.00
C4 0.18 0.07 0.17 0.28 0.11 0.20 0.16 0.44 0.16 0.21 0.12 0.05 0.21 0.21 0.16 0.17 0.29 0.14 0.25 0.07 0.12 0.08
C4' 0.16 0.22 0.10 0.31 0.10 0.15 0.16 0.45 0.24 0.10 0.28 0.10 0.29 0.14 0.08 0.11 0.36 0.16 0.16 0.09 0.14 0.03
C5 0.20 0.06 0.24 0.34 0.20 0.22 0.27 0.38 0.26 0.30 0.13 0.12 0.33 0.33 0.23 0.19 0.34 0.17 0.27 0.09 0.10 0.11
C5' 0.13 0.27 0.18 0.39 0.16 0.18 0.23 0.43 0.31 0.15 0.34 0.15 0.36 0.20 0.12 0.08 0.47 0.15 0.07 0.21 0.22 0.11
C6 0.19 0.12 0.25 0.32 0.18 0.22 0.27 0.36 0.19 0.34 0.05 0.10 0.26 0.37 0.24 0.20 0.33 0.15 0.24 0.11 0.12 0.11
C8 0.23 0.16 0.23 0.35 0.21 0.21 0.28 0.38 0.33 0.26 0.29 0.15 0.41 0.30 0.22 0.20 0.37 0.23 0.32 0.09 0.07 0.14
N1 0.16 0.21 0.19 0.26 0.08 0.23 0.12 0.38 0.04 0.29 0.22 0.09 0.02 0.27 0.18 0.16 0.26 0.15 0.21 0.11 0.16 0.10
N3 0.13 0.20 0.09 0.22 0.03 0.21 0.01 0.48 0.08 0.14 0.17 0.13 0.07 0.10 0.09 0.15 0.22 0.08 0.21 0.08 0.18 0.10
N6 0.22 0.16 0.30 0.35 0.22 0.23 0.33 0.32 0.26 0.40 0.11 0.14 0.37 0.45 0.28 0.24 0.36 0.17 0.25 0.12 0.12 0.13
N7 0.22 0.15 0.27 0.37 0.24 0.23 0.33 0.36 0.37 0.32 0.27 0.18 0.46 0.37 0.25 0.21 0.39 0.22 0.31 0.11 0.09 0.15
N9 0.21 0.11 0.17 0.30 0.13 0.19 0.19 0.43 0.23 0.20 0.21 0.07 0.28 0.21 0.17 0.19 0.31 0.19 0.29 0.06 0.07 0.08
O2' 0.23 0.21 0.13 0.08 0.10 0.05 0.10 0.42 0.17 0.07 0.22 0.15 0.18 0.06 0.11 0.28 0.10 0.15 0.39 0.22 0.12 0.18
O3' 0.07 0.24 0.21 0.39 0.15 0.19 0.18 0.39 0.23 0.12 0.26 0.17 0.25 0.15 0.10 0.13 0.46 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.21 0.19 0.11 0.27 0.08 0.14 0.15 0.47 0.24 0.13 0.27 0.06 0.29 0.14 0.12 0.20 0.30 0.18 0.23 0.05 0.13 0.00
O5' 0.15 0.28 0.24 0.42 0.21 0.20 0.28 0.38 0.36 0.21 0.37 0.18 0.42 0.27 0.17 0.16 0.49 0.18 0.13 0.15 0.16 0.07
OP1 0.21 0.29 0.20 0.33 0.21 0.14 0.30 0.19 0.40 0.21 0.41 0.19 0.50 0.28 0.18 0.15 0.39 0.29 0.23 0.07 0.16 0.16
OP2 0.20 0.32 0.31 0.42 0.30 0.21 0.40 0.30 0.48 0.33 0.45 0.25 0.58 0.41 0.26 0.23 0.47 0.22 0.21 0.05 0.09 0.11
P 0.17 0.30 0.25 0.40 0.24 0.18 0.33 0.31 0.42 0.25 0.41 0.21 0.50 0.33 0.20 0.17 0.46 0.20 0.18 0.08 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.19 0.25 0.06 0.13
C2 0.02 0.00 0.23 0.36 0.01 0.19 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.41 0.07 0.13 0.18 0.24 0.18
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.10 0.19 0.21 0.10 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.10 0.21 0.14
C3' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.18 0.00 0.13 0.02 0.20 0.09 0.30 0.34 0.17 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.31 0.15 0.33 0.28
C4 0.00 0.01 0.12 0.18 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.20 0.05 0.14 0.12 0.13 0.09
C4' 0.00 0.19 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.13 0.04 0.17 0.18 0.12 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.19 0.09 0.02
C5 0.00 0.01 0.07 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.13 0.11 0.17 0.11
C5' 0.03 0.31 0.01 0.02 0.20 0.00 0.21 0.00 0.25 0.11 0.29 0.28 0.25 0.16 0.12 0.02 0.07 0.02 0.01 0.25 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.20 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.23 0.04 0.12 0.14 0.23 0.16
C8 0.01 0.02 0.10 0.09 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.09 0.04 0.16 0.17 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.19 0.30 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.35 0.06 0.13 0.19 0.27 0.20
N3 0.01 0.01 0.21 0.34 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.36 0.08 0.13 0.11 0.14 0.11
N6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.20 0.03 0.13 0.16 0.26 0.18
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.14 0.13 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.17 0.18 0.07 0.08
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.11 0.15 0.16 0.06 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.11 0.07 0.19 0.10
O3' 0.02 0.41 0.03 0.00 0.20 0.02 0.15 0.07 0.23 0.09 0.35 0.36 0.20 0.06 0.05 0.06 0.00 0.01 0.49 0.23 0.45 0.40
O4' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.34 0.36 0.23 0.26
O5' 0.19 0.13 0.13 0.31 0.14 0.02 0.13 0.01 0.12 0.16 0.13 0.13 0.13 0.14 0.17 0.11 0.49 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.18 0.10 0.15 0.12 0.19 0.11 0.25 0.14 0.17 0.19 0.11 0.16 0.13 0.18 0.07 0.23 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.24 0.21 0.33 0.13 0.09 0.17 0.17 0.23 0.09 0.27 0.14 0.26 0.14 0.07 0.19 0.45 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.14 0.28 0.09 0.02 0.11 0.01 0.16 0.08 0.20 0.11 0.18 0.08 0.08 0.10 0.40 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00