ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53927

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.010, 0.039, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.052 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.016, 0.054, 0.091, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.054 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.021, 0.060, 0.098, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.060 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.020, 0.061, 0.102, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.061 std_dev=0.041
N6 A 0, 0.029, 0.089, 0.149, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.089 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.049, 0.158, 0.266, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.158 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.006, 0.194, 0.382, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.194 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.116, 0.334, 0.552, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.334 std_dev=0.218
N6 B 0, 0.155, 0.382, 0.609, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.382 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.101, 0.340, 0.579, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.340 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.102, 0.343, 0.583, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.343 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.089, 0.332, 0.575, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.332 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.068, 0.329, 0.590, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.329 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.078, 0.348, 0.617, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.348 std_dev=0.269
N7 B 0, 0.096, 0.385, 0.675, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.385 std_dev=0.289
O5' A 0, 0.176, 0.479, 0.782, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.479 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.055, 0.363, 0.671, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.363 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.086, 0.401, 0.716, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.401 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.047, 0.371, 0.695, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.371 std_dev=0.324
P B 0, 0.198, 0.523, 0.847, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.523 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.186, 0.512, 0.838, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.512 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.090, 0.422, 0.754, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.422 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.050, 0.405, 0.760, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.405 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.257, 0.629, 1.002, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.629 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.051, 0.426, 0.802, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.426 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.184, 0.562, 0.939, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.562 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.256, 0.635, 1.013, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.635 std_dev=0.379
O3' A 0, 0.161, 0.549, 0.938, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.549 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.154, 0.581, 1.008, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.581 std_dev=0.427
OP2 A 0, 0.246, 0.694, 1.142, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.694 std_dev=0.448
O5' B 0, 0.133, 0.596, 1.059, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.596 std_dev=0.463
P A 0, 0.251, 0.716, 1.180, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.716 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.179, 0.656, 1.132, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.656 std_dev=0.477
C3' B 0, 0.199, 0.697, 1.195, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.697 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.184, 0.705, 1.226, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.705 std_dev=0.521
OP2 B 0, 0.261, 0.862, 1.462, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.862 std_dev=0.601
OP1 A 0, 0.320, 0.947, 1.573, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.947 std_dev=0.626
C5' B 0, 0.244, 0.890, 1.537, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.890 std_dev=0.647

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03
C2 0.04 0.00 0.12 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.14 0.12 0.07 0.07 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.10 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.07 0.09 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.08 0.05
C4 0.02 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.10 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.12 0.13 0.13 0.12
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.06 0.01 0.14 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.12 0.16 0.17 0.16
C8 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.06 0.02 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.13 0.11 0.07 0.08
N1 0.04 0.00 0.10 0.07 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.12 0.11 0.07 0.10 0.13 0.16 0.14
N3 0.04 0.00 0.12 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.11 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06
N6 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.10 0.05 0.14 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.08 0.06 0.04 0.04 0.11 0.15 0.22 0.24 0.22
N7 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.14 0.15 0.13 0.13
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.12 0.13 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.11 0.11 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.11 0.02 0.12 0.07
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.07 0.05 0.11 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03
O5' 0.04 0.07 0.02 0.06 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.10 0.07 0.15 0.14 0.08 0.03 0.11 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.09 0.05 0.04 0.08 0.03 0.13 0.03 0.16 0.11 0.13 0.05 0.22 0.15 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.12 0.06 0.08 0.08 0.05 0.13 0.03 0.17 0.07 0.16 0.08 0.24 0.13 0.05 0.07 0.12 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.04 0.05 0.07 0.03 0.12 0.02 0.16 0.08 0.14 0.06 0.22 0.13 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.13 0.06 0.10 0.06 0.07 0.12 0.08 0.13 0.24 0.11 0.12 0.23 0.27 0.07 0.07 0.10 0.11 0.05 0.07 0.02 0.03
C2 0.16 0.28 0.14 0.16 0.21 0.18 0.16 0.22 0.19 0.09 0.26 0.27 0.11 0.06 0.16 0.09 0.10 0.16 0.17 0.27 0.20 0.19
C2' 0.11 0.12 0.11 0.15 0.08 0.12 0.10 0.10 0.11 0.19 0.11 0.12 0.19 0.20 0.09 0.10 0.14 0.17 0.09 0.09 0.04 0.06
C3' 0.07 0.10 0.06 0.13 0.06 0.09 0.10 0.10 0.11 0.21 0.09 0.10 0.19 0.20 0.08 0.07 0.14 0.14 0.03 0.04 0.01 0.01
C4 0.08 0.20 0.10 0.12 0.10 0.10 0.01 0.13 0.06 0.14 0.15 0.20 0.17 0.19 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.15 0.09 0.10
C4' 0.05 0.14 0.04 0.11 0.07 0.08 0.13 0.11 0.14 0.24 0.12 0.12 0.23 0.24 0.08 0.06 0.15 0.12 0.04 0.03 0.04 0.02
C5 0.08 0.22 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.13 0.03 0.18 0.14 0.21 0.16 0.22 0.09 0.06 0.04 0.07 0.12 0.13 0.07 0.07
C5' 0.02 0.17 0.02 0.10 0.07 0.06 0.11 0.13 0.13 0.23 0.14 0.15 0.22 0.23 0.07 0.06 0.17 0.08 0.09 0.04 0.11 0.06
C6 0.12 0.31 0.10 0.10 0.18 0.12 0.10 0.16 0.12 0.12 0.25 0.28 0.03 0.13 0.13 0.11 0.06 0.12 0.14 0.18 0.11 0.11
C8 0.10 0.11 0.04 0.04 0.08 0.08 0.21 0.14 0.17 0.36 0.10 0.08 0.28 0.38 0.16 0.07 0.01 0.11 0.13 0.04 0.09 0.07
N1 0.16 0.32 0.13 0.13 0.22 0.17 0.17 0.21 0.21 0.11 0.30 0.30 0.10 0.09 0.17 0.10 0.07 0.16 0.17 0.25 0.18 0.17
N3 0.13 0.24 0.13 0.16 0.16 0.15 0.09 0.18 0.12 0.05 0.20 0.23 0.13 0.06 0.12 0.08 0.11 0.13 0.14 0.23 0.17 0.16
N6 0.10 0.34 0.10 0.09 0.16 0.09 0.11 0.13 0.13 0.13 0.27 0.28 0.07 0.15 0.12 0.17 0.10 0.11 0.14 0.14 0.08 0.07
N7 0.10 0.13 0.06 0.06 0.07 0.08 0.18 0.13 0.14 0.30 0.07 0.12 0.24 0.33 0.14 0.06 0.04 0.10 0.13 0.06 0.08 0.06
N9 0.01 0.14 0.04 0.08 0.03 0.04 0.13 0.09 0.13 0.26 0.11 0.13 0.25 0.30 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03
O2' 0.14 0.14 0.12 0.17 0.11 0.16 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.14 0.18 0.15 0.11 0.10 0.16 0.21 0.12 0.16 0.11 0.11
O3' 0.07 0.07 0.04 0.12 0.05 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.07 0.06 0.15 0.15 0.07 0.05 0.13 0.14 0.03 0.02 0.01 0.01
O4' 0.04 0.14 0.03 0.08 0.06 0.04 0.14 0.09 0.15 0.27 0.13 0.12 0.25 0.28 0.09 0.09 0.10 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01
O5' 0.08 0.18 0.06 0.04 0.07 0.12 0.12 0.22 0.12 0.27 0.15 0.15 0.20 0.24 0.11 0.07 0.07 0.13 0.20 0.11 0.22 0.16
OP1 0.05 0.24 0.06 0.11 0.10 0.06 0.10 0.08 0.14 0.15 0.19 0.22 0.21 0.15 0.02 0.10 0.25 0.04 0.15 0.10 0.10 0.07
OP2 0.21 0.17 0.21 0.21 0.11 0.23 0.18 0.27 0.18 0.33 0.16 0.13 0.26 0.30 0.20 0.22 0.18 0.22 0.25 0.16 0.24 0.19
P 0.11 0.18 0.10 0.08 0.08 0.11 0.15 0.19 0.16 0.28 0.16 0.15 0.25 0.27 0.13 0.13 0.13 0.11 0.18 0.11 0.18 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.03 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.19 0.07 0.07
C2 0.05 0.00 0.13 0.10 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.24 0.18 0.09 0.12 0.17 0.06 0.06
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.11 0.09 0.12 0.13 0.16 0.08 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.20 0.05 0.07
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.09 0.13 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.20 0.02 0.10
C4 0.03 0.03 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.12 0.15 0.04 0.04
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.07 0.05
C5 0.04 0.03 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.03 0.18 0.13 0.02 0.15 0.13 0.03 0.04
C5' 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.06 0.11 0.06 0.04 0.04 0.12 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.13 0.07 0.02
C6 0.07 0.03 0.11 0.09 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.22 0.17 0.05 0.15 0.12 0.04 0.05
C8 0.02 0.03 0.09 0.03 0.01 0.05 0.01 0.11 0.05 0.00 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.18 0.08 0.07 0.17 0.14 0.04 0.06
N1 0.05 0.01 0.12 0.09 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.22 0.17 0.07 0.13 0.15 0.05 0.06
N3 0.04 0.01 0.13 0.09 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.23 0.16 0.08 0.11 0.17 0.06 0.06
N6 0.10 0.03 0.16 0.13 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.10 0.02 0.04 0.00 0.11 0.09 0.26 0.20 0.06 0.18 0.09 0.05 0.08
N7 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.05 0.00 0.05 0.02 0.11 0.00 0.02 0.19 0.09 0.04 0.17 0.14 0.07 0.07
N9 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.13 0.16 0.04 0.05
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.16 0.01 0.18 0.05 0.22 0.18 0.22 0.23 0.26 0.19 0.08 0.00 0.03 0.01 0.09 0.20 0.07 0.09
O3' 0.08 0.18 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.17 0.08 0.17 0.16 0.20 0.09 0.09 0.03 0.00 0.06 0.09 0.18 0.05 0.09
O4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.14 0.21 0.13 0.13
O5' 0.09 0.12 0.07 0.10 0.12 0.03 0.15 0.01 0.15 0.17 0.13 0.11 0.18 0.17 0.13 0.09 0.09 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.17 0.20 0.20 0.15 0.16 0.13 0.13 0.12 0.14 0.15 0.17 0.09 0.14 0.16 0.20 0.18 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.06 0.05 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.07 0.10 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00