Doublet Group distance statistics: 53928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C5	A	0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C4	A	0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N9	A	0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.055 std_dev=0.040
N6	A	0, 0.018, 0.067, 0.116, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.067 std_dev=0.049
N7	A	0, 0.021, 0.078, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.078 std_dev=0.057
C8	A	0, 0.025, 0.095, 0.165, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.095 std_dev=0.070
N3	B	0, 0.095, 0.326, 0.556, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.326 std_dev=0.230
C2	B	0, 0.062, 0.321, 0.581, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.321 std_dev=0.260
N1	B	0, 0.140, 0.485, 0.830, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.485 std_dev=0.345
C4	B	0, -0.007, 0.407, 0.821, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.407 std_dev=0.414
C6	B	0, 0.102, 0.560, 1.017, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.560 std_dev=0.457
C5	B	0, -0.010, 0.514, 1.039, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.514 std_dev=0.525
C2'	A	0, 0.235, 0.812, 1.390, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.812 std_dev=0.578
N6	B	0, 0.137, 0.761, 1.386, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.761 std_dev=0.625
O4'	A	0, 0.254, 0.893, 1.531, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.893 std_dev=0.639
N9	B	0, -0.104, 0.535, 1.174, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.535 std_dev=0.639
C1'	B	0, 0.039, 0.724, 1.409, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.724 std_dev=0.685
O4'	B	0, 0.136, 0.828, 1.520, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.828 std_dev=0.692
C2'	B	0, 0.282, 0.978, 1.674, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.978 std_dev=0.696
N7	B	0, -0.071, 0.690, 1.450, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.690 std_dev=0.761
O2'	A	0, 0.319, 1.103, 1.886, 1.749 max_d=1.749 avg_d=1.103 std_dev=0.783
C8	B	0, -0.131, 0.684, 1.499, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.684 std_dev=0.815
C4'	B	0, -0.058, 0.811, 1.680, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.811 std_dev=0.869
C4'	A	0, 0.348, 1.253, 2.158, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.253 std_dev=0.905
C3'	A	0, 0.378, 1.290, 2.202, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.290 std_dev=0.912
C3'	B	0, 0.066, 1.018, 1.969, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.018 std_dev=0.951
O3'	A	0, 0.494, 1.697, 2.899, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.697 std_dev=1.203
O2'	B	0, 0.495, 1.698, 2.902, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.698 std_dev=1.203
C5'	B	0, 0.499, 1.810, 3.121, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.810 std_dev=1.311
C5'	A	0, 0.589, 2.031, 3.473, 3.201 max_d=3.201 avg_d=2.031 std_dev=1.442
O5'	B	0, 0.662, 2.292, 3.923, 3.653 max_d=3.653 avg_d=2.292 std_dev=1.630
O3'	B	0, -0.012, 1.704, 3.420, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.704 std_dev=1.716
O5'	A	0, 0.434, 2.626, 4.819, 5.368 max_d=5.368 avg_d=2.626 std_dev=2.193
P	B	0, 0.676, 3.066, 5.455, 5.829 max_d=5.829 avg_d=3.066 std_dev=2.389
OP2	B	0, 0.838, 3.289, 5.741, 5.883 max_d=5.883 avg_d=3.289 std_dev=2.452
OP1	B	0, 0.690, 3.380, 6.070, 6.583 max_d=6.583 avg_d=3.380 std_dev=2.690
P	A	0, 0.568, 3.823, 7.077, 7.954 max_d=7.954 avg_d=3.823 std_dev=3.255
OP2	A	0, 0.600, 4.276, 7.951, 8.974 max_d=8.974 avg_d=4.276 std_dev=3.676
OP1	A	0, 0.472, 4.478, 8.484, 9.723 max_d=9.723 avg_d=4.478 std_dev=4.006

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.09	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.01	0.00	0.02	0.13	0.00	0.26	0.24	0.08	0.21
C2	0.04	0.00	0.16	0.05	0.00	0.16	0.01	0.20	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.27	0.33	0.22	0.15	0.63	0.15	0.19
C2'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.09	0.04	0.06	0.16	0.08	0.11	0.12	0.16	0.07	0.09	0.03	0.00	0.05	0.02	0.59	0.86	0.31	0.59
C3'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.13	0.00	0.26	0.02	0.22	0.41	0.11	0.07	0.30	0.41	0.20	0.02	0.00	0.01	0.39	0.88	0.11	0.40
C4	0.02	0.00	0.09	0.13	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.21	0.09	0.11	0.16	0.08	0.44	0.20
C4'	0.00	0.16	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.04	0.19	0.10	0.16	0.05	0.16	0.06	0.29	0.01	0.00	0.02	0.20	0.55	0.10
C5	0.01	0.01	0.06	0.26	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.24	0.12	0.04	0.34	0.18	0.87	0.48
C5'	0.09	0.20	0.16	0.02	0.09	0.01	0.03	0.00	0.06	0.16	0.14	0.19	0.01	0.13	0.06	0.13	0.15	0.02	0.00	0.32	0.40	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.22	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.25	0.05	0.09	0.22	0.11	0.81	0.35
C8	0.01	0.00	0.11	0.41	0.00	0.19	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.23	0.39	0.13	0.71	0.75	1.15	0.89
N1	0.02	0.00	0.12	0.11	0.00	0.10	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.26	0.17	0.17	0.00	0.44	0.46	0.07
N3	0.04	0.00	0.16	0.07	0.00	0.16	0.01	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.25	0.35	0.22	0.13	0.53	0.08	0.17
N6	0.00	0.01	0.07	0.30	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.26	0.16	0.05	0.32	0.17	1.08	0.53
N7	0.01	0.01	0.09	0.41	0.00	0.16	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.25	0.37	0.08	0.64	0.64	1.29	0.88
N9	0.00	0.00	0.03	0.20	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.07	0.01	0.38	0.29	0.56	0.42
O2'	0.02	0.27	0.00	0.02	0.21	0.29	0.24	0.13	0.25	0.23	0.26	0.25	0.26	0.25	0.17	0.00	0.05	0.16	0.24	0.49	0.34	0.23
O3'	0.13	0.33	0.05	0.00	0.09	0.01	0.12	0.15	0.05	0.39	0.17	0.35	0.16	0.37	0.07	0.05	0.00	0.12	0.19	0.77	0.60	0.13
O4'	0.00	0.22	0.02	0.01	0.11	0.00	0.04	0.02	0.09	0.13	0.17	0.22	0.05	0.08	0.01	0.16	0.12	0.00	0.13	0.20	0.36	0.19
O5'	0.26	0.15	0.59	0.39	0.16	0.02	0.34	0.00	0.22	0.71	0.00	0.13	0.32	0.64	0.38	0.24	0.19	0.13	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.24	0.63	0.86	0.88	0.08	0.20	0.18	0.32	0.11	0.75	0.44	0.53	0.17	0.64	0.29	0.49	0.77	0.20	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.15	0.31	0.11	0.44	0.55	0.87	0.40	0.81	1.15	0.46	0.08	1.08	1.29	0.56	0.34	0.60	0.36	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.21	0.19	0.59	0.40	0.20	0.10	0.48	0.01	0.35	0.89	0.07	0.17	0.53	0.88	0.42	0.23	0.13	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.45	0.11	0.29	0.05	0.13	0.09	0.04	0.77	0.17	0.19	0.24	0.12	0.25	0.08	0.26	0.82	0.68	0.16	1.38	2.06	1.65	1.83
C2	0.16	0.13	0.39	0.15	0.27	0.55	0.38	0.96	0.33	0.40	0.22	0.13	0.36	0.45	0.28	0.93	0.60	0.55	0.99	1.28	1.00	1.03
C2'	0.53	0.30	0.32	0.35	0.28	0.51	0.28	0.87	0.40	0.28	0.45	0.29	0.50	0.26	0.35	0.68	0.60	0.52	1.31	1.87	1.64	1.80
C3'	0.71	0.44	0.55	0.49	0.32	0.64	0.34	0.71	0.57	0.30	0.64	0.37	0.74	0.28	0.41	1.03	1.09	0.62	1.12	1.87	1.49	1.70
C4	0.22	0.08	0.23	0.10	0.16	0.31	0.13	0.83	0.09	0.16	0.05	0.15	0.09	0.14	0.17	0.76	0.54	0.26	1.13	1.53	1.20	1.30
C4'	0.65	0.28	0.56	0.34	0.21	0.27	0.14	0.73	0.33	0.29	0.43	0.21	0.45	0.14	0.38	1.16	1.09	0.33	1.39	2.46	1.87	2.08
C5	0.08	0.16	0.12	0.19	0.07	0.38	0.04	0.76	0.08	0.04	0.13	0.14	0.08	0.05	0.03	0.61	0.40	0.36	0.96	1.24	0.99	1.06
C5'	0.58	0.29	0.52	0.27	0.26	0.14	0.20	0.86	0.31	0.28	0.38	0.28	0.40	0.18	0.36	1.14	1.03	0.21	1.47	2.61	2.00	2.17
C6	0.13	0.21	0.14	0.22	0.09	0.52	0.14	0.77	0.25	0.03	0.27	0.13	0.29	0.08	0.06	0.59	0.37	0.53	0.84	1.02	0.82	0.85
C8	0.17	0.05	0.08	0.17	0.01	0.19	0.13	0.71	0.21	0.07	0.14	0.12	0.32	0.16	0.03	0.58	0.42	0.12	1.10	1.48	1.24	1.34
N1	0.09	0.19	0.24	0.18	0.18	0.60	0.33	0.86	0.37	0.19	0.30	0.12	0.44	0.34	0.09	0.72	0.45	0.63	0.85	1.03	0.83	0.83
N3	0.32	0.07	0.39	0.11	0.27	0.38	0.28	0.96	0.20	0.36	0.10	0.15	0.20	0.34	0.32	0.94	0.67	0.33	1.18	1.61	1.23	1.33
N6	0.25	0.23	0.13	0.27	0.08	0.55	0.08	0.71	0.26	0.20	0.32	0.13	0.33	0.07	0.18	0.48	0.29	0.58	0.74	0.85	0.70	0.71
N7	0.08	0.14	0.08	0.22	0.03	0.30	0.12	0.69	0.12	0.15	0.02	0.12	0.21	0.20	0.06	0.53	0.35	0.26	0.96	1.24	1.03	1.10
N9	0.28	0.00	0.19	0.09	0.10	0.18	0.05	0.78	0.13	0.09	0.14	0.13	0.21	0.06	0.15	0.71	0.54	0.10	1.22	1.71	1.38	1.51
O2'	0.78	0.19	0.43	0.34	0.43	0.67	0.27	0.75	0.10	0.49	0.12	0.44	0.10	0.34	0.57	0.79	0.61	0.78	1.11	1.67	1.56	1.68
O3'	1.15	0.39	0.98	0.98	0.47	1.19	0.27	0.87	0.47	0.55	0.59	0.51	0.68	0.28	0.72	1.45	1.61	1.12	0.79	1.50	1.18	1.39
O4'	0.60	0.10	0.56	0.32	0.21	0.09	0.09	0.82	0.13	0.33	0.23	0.16	0.22	0.18	0.38	1.16	1.04	0.15	1.46	2.45	1.83	2.03
O5'	0.44	0.58	0.32	0.02	0.46	0.18	0.50	1.11	0.60	0.39	0.65	0.50	0.65	0.45	0.40	0.87	0.66	0.08	1.67	2.82	2.27	2.35
OP1	0.14	0.64	0.13	0.41	0.33	0.57	0.46	1.50	0.68	0.17	0.78	0.41	0.80	0.35	0.14	0.47	0.35	0.32	2.06	3.29	2.85	2.82
OP2	0.38	0.84	0.22	0.47	0.71	0.53	0.92	1.47	1.11	0.71	1.09	0.63	1.29	0.89	0.57	0.58	0.11	0.27	2.05	3.32	2.94	2.89
P	0.31	0.70	0.15	0.23	0.51	0.38	0.64	1.34	0.80	0.43	0.85	0.52	0.92	0.57	0.39	0.68	0.42	0.15	1.91	3.16	2.67	2.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.12	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.01	0.00	0.02	0.20	0.01	0.38	0.34	0.33	0.36
C2	0.03	0.00	0.33	0.55	0.00	0.23	0.00	0.45	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.26	0.09	0.62	0.41	0.68	0.64
C2'	0.00	0.33	0.00	0.00	0.19	0.01	0.12	0.21	0.19	0.15	0.28	0.32	0.15	0.07	0.04	0.00	0.02	0.01	0.48	0.43	0.41	0.46
C3'	0.01	0.55	0.00	0.00	0.33	0.00	0.28	0.04	0.38	0.13	0.49	0.51	0.35	0.16	0.13	0.02	0.01	0.03	0.04	0.15	0.17	0.05
C4	0.02	0.00	0.19	0.33	0.00	0.13	0.00	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.10	0.05	0.20	0.30	0.23	0.25
C4'	0.02	0.23	0.01	0.00	0.13	0.00	0.10	0.00	0.14	0.06	0.20	0.22	0.13	0.06	0.04	0.18	0.02	0.01	0.01	0.24	0.15	0.06
C5	0.01	0.00	0.12	0.28	0.00	0.10	0.00	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.13	0.02	0.33	0.59	0.41	0.51
C5'	0.12	0.45	0.21	0.04	0.19	0.00	0.21	0.00	0.24	0.35	0.35	0.40	0.25	0.32	0.18	0.01	0.16	0.00	0.00	0.11	0.21	0.01
C6	0.01	0.00	0.19	0.38	0.01	0.14	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.19	0.04	0.18	0.46	0.24	0.32
C8	0.02	0.01	0.15	0.13	0.00	0.06	0.01	0.35	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.20	0.19	0.03	0.80	0.92	0.92	1.00
N1	0.02	0.00	0.28	0.49	0.00	0.20	0.01	0.35	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.24	0.07	0.37	0.29	0.40	0.36
N3	0.04	0.00	0.32	0.51	0.00	0.22	0.00	0.40	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.20	0.10	0.54	0.30	0.58	0.53
N6	0.01	0.00	0.15	0.35	0.01	0.13	0.01	0.25	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.12	0.20	0.02	0.25	0.63	0.37	0.47
N7	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.06	0.00	0.32	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.18	0.15	0.01	0.69	0.93	0.85	0.94
N9	0.00	0.00	0.04	0.13	0.00	0.04	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.10	0.00	0.46	0.53	0.47	0.55
O2'	0.02	0.06	0.00	0.02	0.08	0.18	0.12	0.01	0.10	0.20	0.08	0.06	0.12	0.18	0.11	0.00	0.07	0.07	0.32	0.41	0.19	0.30
O3'	0.20	0.26	0.02	0.01	0.10	0.02	0.13	0.16	0.19	0.19	0.24	0.20	0.20	0.15	0.10	0.07	0.00	0.15	0.35	0.49	0.59	0.47
O4'	0.01	0.09	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02	0.00	0.04	0.03	0.07	0.10	0.02	0.01	0.00	0.07	0.15	0.00	0.21	0.14	0.21	0.13
O5'	0.38	0.62	0.48	0.04	0.20	0.01	0.33	0.00	0.18	0.80	0.37	0.54	0.25	0.69	0.46	0.32	0.35	0.21	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.34	0.41	0.43	0.15	0.30	0.24	0.59	0.11	0.46	0.92	0.29	0.30	0.63	0.93	0.53	0.41	0.49	0.14	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.33	0.68	0.41	0.17	0.23	0.15	0.41	0.21	0.24	0.92	0.40	0.58	0.37	0.85	0.47	0.19	0.59	0.21	0.01	0.02	0.00	0.00
P	0.36	0.64	0.46	0.05	0.25	0.06	0.51	0.01	0.32	1.00	0.36	0.53	0.47	0.94	0.55	0.30	0.47	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00