Doublet Group distance statistics: 53929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7	A	0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.012, 0.044, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N7	B	0, 0.126, 0.514, 0.902, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.514 std_dev=0.388
C8	B	0, 0.164, 0.569, 0.973, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.569 std_dev=0.404
O4'	A	0, 0.176, 0.599, 1.023, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.599 std_dev=0.424
O4'	B	0, 0.179, 0.651, 1.124, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.651 std_dev=0.473
C5	B	0, 0.158, 0.633, 1.108, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.633 std_dev=0.475
N9	B	0, 0.202, 0.693, 1.184, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.693 std_dev=0.491
C2'	A	0, 0.206, 0.707, 1.208, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.707 std_dev=0.501
C4	B	0, 0.204, 0.727, 1.250, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.727 std_dev=0.523
C6	B	0, 0.148, 0.744, 1.339, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.744 std_dev=0.596
C4'	B	0, 0.237, 0.833, 1.430, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.833 std_dev=0.597
C5'	B	0, 0.117, 0.721, 1.326, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.721 std_dev=0.605
N6	B	0, 0.111, 0.745, 1.378, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.745 std_dev=0.634
N3	B	0, 0.241, 0.876, 1.511, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.876 std_dev=0.635
C1'	B	0, 0.264, 0.911, 1.558, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.911 std_dev=0.647
O3'	B	0, 0.266, 0.927, 1.588, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.927 std_dev=0.661
C3'	A	0, 0.270, 0.934, 1.597, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.934 std_dev=0.663
C4'	A	0, 0.285, 0.974, 1.662, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.974 std_dev=0.688
N1	B	0, 0.186, 0.900, 1.614, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.900 std_dev=0.714
O5'	B	0, -0.055, 0.662, 1.378, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.662 std_dev=0.717
C2	B	0, 0.234, 0.956, 1.678, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.956 std_dev=0.722
OP2	B	0, 0.077, 0.882, 1.688, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.882 std_dev=0.805
P	B	0, 0.122, 0.969, 1.816, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.969 std_dev=0.847
C3'	B	0, 0.358, 1.241, 2.124, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.241 std_dev=0.883
C5'	A	0, 0.369, 1.264, 2.159, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.264 std_dev=0.895
O3'	A	0, 0.368, 1.282, 2.196, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.282 std_dev=0.914
O5'	A	0, 0.375, 1.292, 2.209, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.292 std_dev=0.917
OP2	A	0, 0.367, 1.342, 2.316, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.342 std_dev=0.974
O2'	A	0, 0.411, 1.419, 2.427, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.419 std_dev=1.008
C2'	B	0, 0.436, 1.514, 2.593, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.514 std_dev=1.078
OP1	B	0, 0.238, 1.324, 2.410, 2.660 max_d=2.660 avg_d=1.324 std_dev=1.086
P	A	0, 0.444, 1.542, 2.641, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.542 std_dev=1.099
OP1	A	0, 0.640, 2.201, 3.761, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.201 std_dev=1.560
O2'	B	0, 0.646, 2.209, 3.772, 3.383 max_d=3.383 avg_d=2.209 std_dev=1.563

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.10	0.01	0.17	0.16	0.18	0.17
C2	0.01	0.00	0.14	0.13	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.08	0.09	0.12	0.15	0.19	0.18
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.07	0.01	0.04	0.14	0.05	0.13	0.10	0.15	0.05	0.10	0.03	0.01	0.01	0.01	0.29	0.27	0.37	0.31
C3'	0.02	0.13	0.00	0.00	0.15	0.00	0.20	0.03	0.21	0.20	0.17	0.11	0.23	0.23	0.15	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01
C4	0.00	0.01	0.07	0.15	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.04	0.04	0.11	0.13	0.17	0.16
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.06	0.15	0.02	0.04	0.09	0.15	0.06	0.15	0.04	0.00	0.03	0.05	0.03	0.03
C5	0.01	0.01	0.04	0.20	0.00	0.08	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.24	0.10	0.01	0.11	0.15	0.20	0.18
C5'	0.06	0.06	0.14	0.03	0.05	0.00	0.09	0.00	0.08	0.15	0.05	0.07	0.11	0.16	0.06	0.02	0.13	0.02	0.01	0.06	0.03	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.21	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.22	0.09	0.02	0.11	0.16	0.23	0.19
C8	0.00	0.01	0.13	0.20	0.00	0.15	0.01	0.15	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.29	0.13	0.10	0.12	0.14	0.15	0.16
N1	0.01	0.00	0.10	0.17	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.14	0.06	0.06	0.10	0.14	0.21	0.18
N3	0.01	0.00	0.15	0.11	0.01	0.04	0.02	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.09	0.10	0.14	0.15	0.18	0.18
N6	0.01	0.01	0.05	0.23	0.01	0.09	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.28	0.13	0.02	0.13	0.20	0.26	0.21
N7	0.01	0.02	0.10	0.23	0.01	0.15	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.31	0.16	0.07	0.14	0.19	0.21	0.20
N9	0.00	0.01	0.03	0.15	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.03	0.02	0.11	0.13	0.15	0.15
O2'	0.02	0.04	0.01	0.03	0.13	0.15	0.24	0.02	0.22	0.29	0.14	0.01	0.28	0.31	0.15	0.00	0.06	0.12	0.21	0.18	0.40	0.25
O3'	0.10	0.08	0.01	0.01	0.04	0.04	0.10	0.13	0.09	0.13	0.06	0.09	0.13	0.16	0.03	0.06	0.00	0.04	0.15	0.22	0.14	0.17
O4'	0.01	0.09	0.01	0.02	0.04	0.00	0.01	0.02	0.02	0.10	0.06	0.10	0.02	0.07	0.02	0.12	0.04	0.00	0.11	0.11	0.08	0.10
O5'	0.17	0.12	0.29	0.01	0.11	0.03	0.11	0.01	0.11	0.12	0.10	0.14	0.13	0.14	0.11	0.21	0.15	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.16	0.15	0.27	0.03	0.13	0.05	0.15	0.06	0.16	0.14	0.14	0.15	0.20	0.19	0.13	0.18	0.22	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.18	0.19	0.37	0.02	0.17	0.03	0.20	0.03	0.23	0.15	0.21	0.18	0.26	0.21	0.15	0.40	0.14	0.08	0.01	0.02	0.00	0.00
P	0.17	0.18	0.31	0.01	0.16	0.03	0.18	0.02	0.19	0.16	0.18	0.18	0.21	0.20	0.15	0.25	0.17	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.37	0.26	0.45	0.16	0.31	0.18	0.31	0.15	0.24	0.21	0.30	0.34	0.31	0.15	0.16	0.33	0.21	0.38	0.48	0.62	0.51
C2	0.17	0.07	0.37	0.50	0.22	0.35	0.38	0.37	0.38	0.39	0.23	0.03	0.47	0.46	0.26	0.03	0.35	0.22	0.45	0.48	0.61	0.52
C2'	0.31	0.54	0.37	0.51	0.29	0.36	0.19	0.26	0.21	0.18	0.37	0.47	0.35	0.24	0.23	0.17	0.40	0.29	0.26	0.34	0.48	0.38
C3'	0.53	0.69	0.55	0.72	0.54	0.60	0.47	0.52	0.50	0.43	0.63	0.63	0.47	0.42	0.50	0.27	0.58	0.54	0.47	0.51	0.56	0.51
C4	0.14	0.29	0.25	0.46	0.11	0.33	0.24	0.35	0.19	0.31	0.09	0.24	0.37	0.39	0.16	0.19	0.34	0.21	0.43	0.51	0.65	0.55
C4'	0.35	0.55	0.35	0.56	0.37	0.46	0.34	0.44	0.37	0.32	0.49	0.47	0.39	0.35	0.34	0.16	0.42	0.38	0.45	0.57	0.65	0.57
C5	0.09	0.34	0.16	0.42	0.07	0.32	0.15	0.36	0.08	0.28	0.21	0.28	0.24	0.36	0.10	0.33	0.34	0.20	0.45	0.53	0.68	0.57
C5'	0.35	0.56	0.30	0.55	0.40	0.49	0.38	0.50	0.43	0.36	0.54	0.48	0.44	0.39	0.36	0.16	0.43	0.43	0.53	0.66	0.75	0.67
C6	0.06	0.25	0.15	0.43	0.05	0.33	0.23	0.38	0.18	0.34	0.16	0.20	0.28	0.40	0.14	0.35	0.34	0.20	0.49	0.53	0.67	0.58
C8	0.14	0.47	0.15	0.40	0.18	0.29	0.08	0.31	0.13	0.18	0.39	0.37	0.09	0.24	0.10	0.34	0.33	0.20	0.39	0.51	0.66	0.55
N1	0.13	0.16	0.29	0.48	0.18	0.35	0.34	0.39	0.31	0.39	0.21	0.09	0.38	0.44	0.23	0.16	0.35	0.22	0.47	0.50	0.61	0.54
N3	0.18	0.11	0.34	0.49	0.18	0.35	0.35	0.36	0.35	0.36	0.13	0.14	0.48	0.45	0.23	0.06	0.34	0.22	0.44	0.49	0.63	0.53
N6	0.05	0.27	0.08	0.38	0.12	0.31	0.18	0.40	0.16	0.31	0.21	0.24	0.20	0.33	0.11	0.54	0.34	0.19	0.52	0.56	0.69	0.61
N7	0.11	0.45	0.13	0.38	0.18	0.28	0.03	0.32	0.14	0.18	0.38	0.36	0.05	0.24	0.07	0.41	0.33	0.19	0.41	0.53	0.68	0.57
N9	0.16	0.40	0.22	0.44	0.15	0.32	0.17	0.33	0.11	0.25	0.25	0.32	0.30	0.33	0.14	0.23	0.34	0.21	0.40	0.50	0.64	0.54
O2'	0.12	0.21	0.10	0.17	0.15	0.03	0.34	0.21	0.38	0.36	0.14	0.18	0.64	0.48	0.18	0.23	0.08	0.14	0.39	0.50	0.66	0.57
O3'	0.48	0.58	0.49	0.62	0.46	0.51	0.40	0.43	0.42	0.37	0.52	0.54	0.41	0.36	0.43	0.28	0.45	0.47	0.36	0.41	0.46	0.40
O4'	0.19	0.42	0.22	0.44	0.21	0.34	0.20	0.36	0.20	0.24	0.33	0.33	0.27	0.29	0.18	0.24	0.32	0.24	0.43	0.56	0.68	0.57
O5'	0.34	0.53	0.25	0.54	0.39	0.50	0.39	0.53	0.44	0.38	0.54	0.45	0.45	0.41	0.36	0.19	0.43	0.45	0.56	0.70	0.78	0.71
OP1	0.40	0.60	0.25	0.57	0.47	0.58	0.49	0.63	0.56	0.46	0.63	0.51	0.59	0.48	0.44	0.20	0.47	0.56	0.66	0.83	0.89	0.83
OP2	0.37	0.48	0.21	0.57	0.39	0.60	0.40	0.67	0.44	0.44	0.51	0.41	0.45	0.45	0.39	0.25	0.50	0.55	0.71	0.87	0.95	0.89
P	0.32	0.50	0.19	0.52	0.37	0.53	0.39	0.61	0.45	0.40	0.53	0.41	0.46	0.42	0.35	0.27	0.43	0.49	0.66	0.83	0.91	0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.08	0.02	0.01	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.04	0.16	0.00	0.19	0.20	0.15	0.18
C2	0.04	0.00	0.19	0.20	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.08	0.05	0.13	0.14	0.12	0.17
C2'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.08	0.01	0.01	0.17	0.04	0.15	0.13	0.20	0.02	0.11	0.02	0.00	0.03	0.00	0.30	0.34	0.34	0.33
C3'	0.03	0.20	0.00	0.00	0.18	0.00	0.20	0.03	0.21	0.15	0.22	0.18	0.20	0.19	0.14	0.01	0.02	0.01	0.03	0.07	0.04	0.02
C4	0.02	0.01	0.08	0.18	0.00	0.05	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.05	0.01	0.13	0.14	0.13	0.17
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.08	0.13	0.06	0.04	0.08	0.13	0.07	0.19	0.02	0.01	0.02	0.08	0.03	0.02
C5	0.02	0.00	0.01	0.20	0.00	0.09	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.22	0.05	0.05	0.09	0.11	0.11	0.14
C5'	0.08	0.04	0.17	0.03	0.03	0.01	0.03	0.00	0.03	0.06	0.02	0.05	0.04	0.07	0.03	0.07	0.12	0.01	0.00	0.10	0.01	0.03
C6	0.02	0.00	0.04	0.21	0.00	0.08	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.19	0.07	0.03	0.08	0.10	0.11	0.15
C8	0.01	0.01	0.15	0.15	0.01	0.13	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.28	0.06	0.14	0.07	0.11	0.11	0.12
N1	0.04	0.00	0.13	0.22	0.01	0.06	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.08	0.06	0.02	0.10	0.11	0.11	0.16
N3	0.04	0.00	0.20	0.18	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.09	0.06	0.15	0.16	0.13	0.18
N6	0.02	0.01	0.02	0.20	0.01	0.08	0.01	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.27	0.08	0.04	0.07	0.10	0.11	0.15
N7	0.01	0.01	0.11	0.19	0.01	0.13	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.31	0.09	0.12	0.05	0.08	0.09	0.12
N9	0.01	0.02	0.02	0.14	0.01	0.07	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.05	0.05	0.14	0.16	0.13	0.16
O2'	0.04	0.03	0.00	0.01	0.09	0.19	0.22	0.07	0.19	0.28	0.08	0.07	0.27	0.31	0.13	0.00	0.06	0.16	0.22	0.26	0.36	0.26
O3'	0.16	0.08	0.03	0.02	0.05	0.02	0.05	0.12	0.07	0.06	0.06	0.09	0.08	0.09	0.05	0.06	0.00	0.14	0.13	0.17	0.15	0.14
O4'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.03	0.14	0.02	0.06	0.04	0.12	0.05	0.16	0.14	0.00	0.09	0.10	0.06	0.06
O5'	0.19	0.13	0.30	0.03	0.13	0.02	0.09	0.00	0.08	0.07	0.10	0.15	0.07	0.05	0.14	0.22	0.13	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.20	0.14	0.34	0.07	0.14	0.08	0.11	0.10	0.10	0.11	0.11	0.16	0.10	0.08	0.16	0.26	0.17	0.10	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	0.12	0.34	0.04	0.13	0.03	0.11	0.01	0.11	0.11	0.11	0.13	0.11	0.09	0.13	0.36	0.15	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.17	0.33	0.02	0.17	0.02	0.14	0.03	0.15	0.12	0.16	0.18	0.15	0.12	0.16	0.26	0.14	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00