ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.004, 0.018, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.022
C1' A 0, -0.001, 0.022, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.005, 0.025, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.029
N1 A 0, -0.006, 0.026, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.031
C5 A 0, -0.011, 0.029, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.040
C4 A 0, -0.014, 0.040, 0.093, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.040 std_dev=0.054
C2 B 0, -0.006, 0.058, 0.122, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.058 std_dev=0.064
N9 A 0, -0.017, 0.050, 0.118, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.050 std_dev=0.067
N7 A 0, -0.022, 0.061, 0.144, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.061 std_dev=0.083
N6 A 0, -0.019, 0.065, 0.148, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.065 std_dev=0.083
N1 B 0, -0.018, 0.079, 0.176, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.079 std_dev=0.097
C8 A 0, -0.028, 0.080, 0.188, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.080 std_dev=0.108
C6 B 0, -0.047, 0.140, 0.328, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.140 std_dev=0.187
N3 B 0, -0.052, 0.170, 0.391, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.170 std_dev=0.221
C5 B 0, -0.073, 0.211, 0.496, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.211 std_dev=0.284
N6 B 0, -0.082, 0.212, 0.506, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.212 std_dev=0.294
C4 B 0, -0.076, 0.224, 0.524, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.224 std_dev=0.300
N7 B 0, -0.114, 0.315, 0.744, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.315 std_dev=0.429
N9 B 0, -0.125, 0.342, 0.809, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.342 std_dev=0.467
C8 B 0, -0.135, 0.368, 0.870, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.368 std_dev=0.503
O4' B 0, -0.175, 0.455, 1.086, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.455 std_dev=0.631
C1' B 0, -0.184, 0.488, 1.159, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.488 std_dev=0.672
C4' B 0, -0.280, 0.713, 1.707, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.713 std_dev=0.994
C2' A 0, -0.280, 0.715, 1.710, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.715 std_dev=0.995
O4' A 0, -0.286, 0.745, 1.776, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.745 std_dev=1.031
C4' A 0, -0.345, 0.899, 2.143, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.899 std_dev=1.244
C3' A 0, -0.379, 0.971, 2.320, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.971 std_dev=1.350
O2' A 0, -0.406, 1.042, 2.490, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.042 std_dev=1.448
O3' A 0, -0.416, 1.055, 2.526, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.055 std_dev=1.471
C2' B 0, -0.514, 1.294, 3.102, 3.851 max_d=3.851 avg_d=1.294 std_dev=1.808
C3' B 0, -0.536, 1.342, 3.219, 3.997 max_d=3.997 avg_d=1.342 std_dev=1.877
C5' B 0, -0.628, 1.568, 3.764, 4.674 max_d=4.674 avg_d=1.568 std_dev=2.196
O3' B 0, -0.681, 1.678, 4.037, 5.014 max_d=5.014 avg_d=1.678 std_dev=2.359
O2' B 0, -0.695, 1.756, 4.206, 5.221 max_d=5.221 avg_d=1.756 std_dev=2.450
C5' A 0, -0.701, 1.767, 4.235, 5.257 max_d=5.257 avg_d=1.767 std_dev=2.468
O5' B 0, -0.748, 1.855, 4.457, 5.535 max_d=5.535 avg_d=1.855 std_dev=2.602
OP1 B 0, -0.842, 2.083, 5.008, 6.219 max_d=6.219 avg_d=2.083 std_dev=2.925
O5' A 0, -0.879, 2.201, 5.282, 6.558 max_d=6.558 avg_d=2.201 std_dev=3.081
P B 0, -0.901, 2.229, 5.359, 6.656 max_d=6.656 avg_d=2.229 std_dev=3.130
OP2 B 0, -1.233, 3.018, 7.269, 9.030 max_d=9.030 avg_d=3.018 std_dev=4.251
P A 0, -1.257, 3.111, 7.479, 9.288 max_d=9.288 avg_d=3.111 std_dev=4.368
OP2 A 0, -1.328, 3.285, 7.899, 9.809 max_d=9.809 avg_d=3.285 std_dev=4.613
OP1 A 0, -1.411, 3.471, 8.354, 10.376 max_d=10.376 avg_d=3.471 std_dev=4.883

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.19 0.01 0.25 0.25 0.56 0.40
C2 0.01 0.00 0.25 0.24 0.00 0.53 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.74 0.15 0.56 0.84 0.79 0.73 0.79
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03 0.04 0.04 0.26 0.16 0.26 0.02 0.19 0.06 0.00 0.04 0.00 0.16 0.12 0.51 0.29
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.24 0.00 0.30 0.04 0.31 0.24 0.29 0.21 0.33 0.29 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.04
C4 0.00 0.00 0.09 0.24 0.00 0.27 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.39 0.04 0.27 0.11 0.01 0.22 0.10
C4' 0.01 0.53 0.02 0.00 0.27 0.00 0.13 0.00 0.24 0.23 0.42 0.51 0.15 0.12 0.03 0.19 0.06 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.09 0.05 0.27 0.47 0.69 0.58
C5' 0.05 0.91 0.04 0.04 0.40 0.00 0.18 0.00 0.39 0.46 0.72 0.82 0.25 0.28 0.01 0.14 0.15 0.03 0.00 0.04 0.12 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.31 0.01 0.24 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.07 0.17 0.00 0.18 0.31 0.25
C8 0.02 0.01 0.26 0.24 0.00 0.23 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.19 0.38 1.05 1.23 1.64 1.45
N1 0.01 0.01 0.16 0.29 0.01 0.42 0.01 0.72 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.60 0.04 0.39 0.51 0.41 0.36 0.39
N3 0.01 0.00 0.26 0.21 0.00 0.51 0.01 0.82 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.71 0.18 0.60 0.76 0.69 0.55 0.66
N6 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.14 0.05 0.24 0.49 0.60 0.56
N7 0.02 0.01 0.19 0.29 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.22 0.26 0.90 1.18 1.53 1.35
N9 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.39 0.48 0.79 0.63
O2' 0.01 0.74 0.00 0.01 0.39 0.19 0.22 0.14 0.37 0.22 0.60 0.71 0.28 0.08 0.08 0.00 0.11 0.11 0.10 0.25 0.29 0.01
O3' 0.19 0.15 0.04 0.01 0.04 0.06 0.09 0.15 0.07 0.19 0.04 0.18 0.14 0.22 0.01 0.11 0.00 0.18 0.10 0.45 0.18 0.22
O4' 0.01 0.56 0.00 0.02 0.27 0.01 0.05 0.03 0.17 0.38 0.39 0.60 0.05 0.26 0.04 0.11 0.18 0.00 0.21 0.19 0.34 0.28
O5' 0.25 0.84 0.16 0.02 0.11 0.02 0.27 0.00 0.00 1.05 0.51 0.76 0.24 0.90 0.39 0.10 0.10 0.21 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.25 0.79 0.12 0.07 0.01 0.05 0.47 0.04 0.18 1.23 0.41 0.69 0.49 1.18 0.48 0.25 0.45 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 0.73 0.51 0.11 0.22 0.07 0.69 0.12 0.31 1.64 0.36 0.55 0.60 1.53 0.79 0.29 0.18 0.34 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.40 0.79 0.29 0.04 0.10 0.03 0.58 0.02 0.25 1.45 0.39 0.66 0.56 1.35 0.63 0.01 0.22 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.06 0.04 0.36 0.18 0.46 0.21 0.68 0.14 0.25 0.06 0.12 0.12 0.27 0.20 0.27 0.27 0.40 0.18 0.47 1.00 0.28
C2 0.17 0.04 0.60 0.03 0.04 0.51 0.05 1.07 0.01 0.10 0.05 0.00 0.01 0.09 0.10 1.11 0.21 0.54 0.93 0.14 0.21 0.59
C2' 0.17 0.64 0.20 0.07 0.30 0.07 0.25 0.25 0.49 0.03 0.69 0.47 0.53 0.02 0.15 0.49 0.01 0.00 0.24 0.74 1.36 0.63
C3' 0.01 0.36 0.06 0.23 0.11 0.28 0.12 0.48 0.32 0.10 0.43 0.22 0.42 0.05 0.01 0.34 0.15 0.21 0.00 0.58 1.15 0.42
C4 0.01 0.01 0.30 0.08 0.05 0.38 0.03 0.66 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.05 0.05 0.60 0.06 0.41 0.32 0.40 0.71 0.09
C4' 0.15 0.23 0.04 0.39 0.19 0.50 0.13 0.75 0.12 0.09 0.19 0.24 0.00 0.07 0.15 0.25 0.33 0.42 0.25 0.50 0.99 0.28
C5 0.03 0.02 0.40 0.13 0.05 0.25 0.02 0.43 0.07 0.02 0.03 0.07 0.16 0.04 0.05 0.55 0.25 0.38 0.11 0.65 0.96 0.30
C5' 0.09 0.34 0.06 0.29 0.15 0.45 0.01 0.70 0.05 0.12 0.25 0.31 0.16 0.18 0.05 0.28 0.26 0.37 0.21 0.63 1.08 0.37
C6 0.06 0.06 0.66 0.30 0.01 0.27 0.07 0.54 0.06 0.11 0.01 0.07 0.13 0.15 0.04 0.82 0.45 0.47 0.38 0.45 0.52 0.01
C8 0.15 0.01 0.10 0.02 0.10 0.20 0.06 0.22 0.06 0.18 0.07 0.07 0.18 0.14 0.15 0.18 0.03 0.27 0.27 0.95 1.56 0.75
N1 0.18 0.06 0.78 0.21 0.05 0.41 0.09 0.91 0.04 0.17 0.04 0.03 0.08 0.17 0.13 1.15 0.44 0.55 0.85 0.01 0.13 0.52
N3 0.08 0.01 0.38 0.17 0.01 0.50 0.02 0.96 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.85 0.03 0.48 0.69 0.04 0.17 0.32
N6 0.01 0.10 0.77 0.56 0.04 0.15 0.08 0.30 0.06 0.14 0.03 0.12 0.15 0.19 0.02 0.75 0.67 0.47 0.22 0.68 0.67 0.14
N7 0.12 0.01 0.25 0.17 0.08 0.13 0.00 0.12 0.09 0.11 0.06 0.07 0.21 0.02 0.11 0.25 0.21 0.27 0.29 1.03 1.56 0.76
N9 0.10 0.00 0.11 0.17 0.11 0.35 0.10 0.52 0.01 0.17 0.03 0.06 0.07 0.17 0.13 0.35 0.07 0.35 0.07 0.61 1.10 0.38
O2' 0.36 0.94 0.34 0.03 0.49 0.09 0.34 0.13 0.59 0.02 0.93 0.76 0.43 0.02 0.30 0.72 0.14 0.19 0.36 0.79 1.40 0.70
O3' 0.16 0.65 0.24 0.07 0.30 0.13 0.25 0.36 0.48 0.03 0.69 0.48 0.50 0.00 0.14 0.57 0.04 0.06 0.10 0.67 1.20 0.50
O4' 0.29 0.54 0.14 0.51 0.41 0.67 0.35 0.93 0.42 0.22 0.52 0.50 0.32 0.21 0.31 0.16 0.44 0.59 0.42 0.38 0.83 0.12
O5' 0.11 0.56 0.28 0.11 0.10 0.32 0.08 0.61 0.11 0.43 0.48 0.39 0.09 0.45 0.14 0.51 0.10 0.22 0.11 0.87 1.21 0.55
OP1 0.53 0.34 0.70 0.37 0.26 0.18 0.46 0.05 0.19 0.93 0.25 0.12 0.38 0.92 0.57 0.85 0.33 0.27 0.47 1.52 1.88 1.21
OP2 0.91 0.06 1.12 0.80 0.68 0.53 0.95 0.27 0.68 1.41 0.19 0.27 0.92 1.45 0.99 1.23 0.77 0.59 0.71 1.73 2.01 1.39
P 0.54 0.36 0.74 0.38 0.27 0.13 0.50 0.14 0.22 0.98 0.25 0.13 0.44 0.99 0.59 0.90 0.35 0.22 0.35 1.41 1.70 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.26 0.02 0.56 0.13
C2 0.01 0.00 0.31 1.02 0.00 0.81 0.01 1.33 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.36 0.84 0.43 0.85 0.74 0.28 0.70
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.20 0.01 0.16 0.03 0.22 0.00 0.28 0.30 0.20 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.29 0.14 0.58 0.21
C3' 0.02 1.02 0.00 0.00 0.58 0.01 0.42 0.03 0.63 0.12 0.88 0.96 0.55 0.06 0.18 0.01 0.03 0.01 0.25 0.20 0.41 0.23
C4 0.02 0.00 0.20 0.58 0.00 0.42 0.00 0.62 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.21 0.43 0.22 0.13 0.07 0.53 0.01
C4' 0.01 0.81 0.01 0.01 0.42 0.00 0.26 0.01 0.43 0.20 0.67 0.77 0.35 0.06 0.08 0.07 0.04 0.01 0.02 0.33 0.03 0.19
C5 0.02 0.01 0.16 0.42 0.00 0.26 0.00 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.13 0.35 0.08 0.18 0.35 1.06 0.40
C5' 0.01 1.33 0.03 0.03 0.62 0.01 0.38 0.00 0.68 0.36 1.09 1.20 0.54 0.14 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00
C6 0.00 0.01 0.22 0.63 0.01 0.43 0.01 0.68 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.55 0.19 0.11 0.11 0.78 0.16
C8 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.20 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.23 0.92 0.99 1.80 1.08
N1 0.01 0.00 0.28 0.88 0.01 0.67 0.00 1.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.76 0.33 0.57 0.38 0.16 0.35
N3 0.01 0.00 0.30 0.96 0.00 0.77 0.00 1.20 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.35 0.73 0.44 0.75 0.70 0.23 0.65
N6 0.00 0.01 0.20 0.55 0.02 0.35 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.51 0.12 0.08 0.38 1.12 0.42
N7 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.14 0.74 0.94 1.78 1.01
N9 0.01 0.00 0.09 0.18 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.36 0.32 0.97 0.41
O2' 0.03 0.36 0.00 0.01 0.21 0.07 0.13 0.05 0.19 0.08 0.29 0.35 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.04 0.42 0.12 0.24
O3' 0.06 0.84 0.02 0.03 0.43 0.04 0.35 0.03 0.55 0.08 0.76 0.73 0.51 0.07 0.11 0.08 0.00 0.05 0.03 0.28 0.06 0.13
O4' 0.00 0.43 0.01 0.01 0.22 0.01 0.08 0.02 0.19 0.23 0.33 0.44 0.12 0.14 0.01 0.03 0.05 0.00 0.18 0.11 0.33 0.00
O5' 0.26 0.85 0.29 0.25 0.13 0.02 0.18 0.01 0.11 0.92 0.57 0.75 0.08 0.74 0.36 0.04 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.74 0.14 0.20 0.07 0.33 0.35 0.07 0.11 0.99 0.38 0.70 0.38 0.94 0.32 0.42 0.28 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00
OP2 0.56 0.28 0.58 0.41 0.53 0.03 1.06 0.09 0.78 1.80 0.16 0.23 1.12 1.78 0.97 0.12 0.06 0.33 0.01 0.07 0.00 0.01
P 0.13 0.70 0.21 0.23 0.01 0.19 0.40 0.00 0.16 1.08 0.35 0.65 0.42 1.01 0.41 0.24 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00