ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.055 std_dev=0.039
N1 A 0, 0.019, 0.065, 0.112, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.065 std_dev=0.046
C5 A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.070 std_dev=0.050
N3 A 0, 0.027, 0.092, 0.157, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.092 std_dev=0.065
C1' A 0, 0.027, 0.093, 0.158, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.093 std_dev=0.066
C4 A 0, 0.029, 0.099, 0.170, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.099 std_dev=0.070
N7 A 0, 0.027, 0.099, 0.170, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.099 std_dev=0.071
N9 A 0, 0.031, 0.105, 0.180, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.105 std_dev=0.075
C8 A 0, 0.038, 0.134, 0.229, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.134 std_dev=0.095
N6 A 0, 0.044, 0.152, 0.260, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.152 std_dev=0.108
C5 B 0, 0.050, 0.365, 0.680, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.365 std_dev=0.315
N7 B 0, 0.121, 0.450, 0.779, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.450 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.143, 0.495, 0.847, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.495 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.046, 0.404, 0.762, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.404 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.168, 0.575, 0.983, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.575 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.129, 0.549, 0.970, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.549 std_dev=0.421
N6 B 0, 0.053, 0.484, 0.915, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.484 std_dev=0.431
N9 B 0, 0.168, 0.603, 1.038, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.603 std_dev=0.435
N3 B 0, 0.182, 0.623, 1.064, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.623 std_dev=0.441
C2 B 0, 0.182, 0.647, 1.112, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.647 std_dev=0.465
O4' B 0, 0.246, 0.918, 1.590, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.918 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.246, 1.003, 1.760, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.003 std_dev=0.757
C4' B 0, 0.361, 1.463, 2.565, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.463 std_dev=1.102
O4' A 0, 0.473, 1.620, 2.767, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.620 std_dev=1.147
C2' A 0, 0.528, 1.802, 3.076, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.802 std_dev=1.274
C4' A 0, 0.560, 1.939, 3.317, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.939 std_dev=1.378
C3' B 0, 0.594, 2.028, 3.463, 3.086 max_d=3.086 avg_d=2.028 std_dev=1.435
C2' B 0, 0.638, 2.185, 3.732, 3.373 max_d=3.373 avg_d=2.185 std_dev=1.547
O3' B 0, 0.684, 2.366, 4.048, 3.757 max_d=3.757 avg_d=2.366 std_dev=1.682
C3' A 0, 0.710, 2.433, 4.155, 3.754 max_d=3.754 avg_d=2.433 std_dev=1.722
O2' A 0, 0.745, 2.550, 4.355, 3.926 max_d=3.926 avg_d=2.550 std_dev=1.805
C5' B 0, 0.733, 2.675, 4.617, 4.551 max_d=4.551 avg_d=2.675 std_dev=1.942
O3' A 0, 0.926, 3.176, 5.427, 4.944 max_d=4.944 avg_d=3.176 std_dev=2.251
O2' B 0, 0.893, 3.241, 5.589, 5.489 max_d=5.489 avg_d=3.241 std_dev=2.348
O5' B 0, 0.544, 3.060, 5.576, 6.163 max_d=6.163 avg_d=3.060 std_dev=2.516
C5' A 0, 1.117, 3.839, 6.561, 5.999 max_d=5.999 avg_d=3.839 std_dev=2.722
O5' A 0, 1.440, 4.918, 8.397, 7.466 max_d=7.466 avg_d=4.918 std_dev=3.479
P B 0, 0.311, 3.923, 7.536, 8.719 max_d=8.719 avg_d=3.923 std_dev=3.613
OP1 B 0, 0.470, 4.530, 8.589, 9.848 max_d=9.848 avg_d=4.530 std_dev=4.059
OP2 B 0, -0.016, 4.244, 8.504, 10.069 max_d=10.069 avg_d=4.244 std_dev=4.260
P A 0, 1.946, 6.689, 11.431, 10.461 max_d=10.461 avg_d=6.689 std_dev=4.743
OP2 A 0, 1.985, 6.959, 11.933, 11.330 max_d=11.330 avg_d=6.959 std_dev=4.974
OP1 A 0, 2.245, 7.710, 13.175, 12.034 max_d=12.034 avg_d=7.710 std_dev=5.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.25 0.64 0.27
C2 0.05 0.00 0.25 0.29 0.02 0.28 0.03 0.49 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.42 0.32 0.27 0.67 0.77 1.04 0.82
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.08 0.19 0.18 0.26 0.03 0.13 0.03 0.00 0.01 0.00 0.14 0.16 0.51 0.15
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.40 0.15 0.30 0.08 0.34 0.12 0.01 0.01 0.01 0.27 0.10 0.32 0.01
C4 0.04 0.02 0.11 0.07 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.14 0.19 0.30 0.65 0.32
C4' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.06 0.27 0.17 0.29 0.04 0.22 0.06 0.08 0.01 0.00 0.02 0.08 0.35 0.08
C5 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.10 0.04 0.16 0.39 0.70 0.34
C5' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.00 0.09 0.44 0.31 0.48 0.07 0.38 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01
C6 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.15 0.03 0.09 0.12 0.33 0.60 0.28
C8 0.01 0.04 0.19 0.40 0.01 0.27 0.03 0.44 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.21 0.39 0.19 0.66 0.86 1.19 0.85
N1 0.05 0.01 0.18 0.15 0.00 0.17 0.02 0.31 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.31 0.18 0.19 0.41 0.52 0.77 0.54
N3 0.07 0.00 0.26 0.30 0.00 0.29 0.01 0.48 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.41 0.32 0.27 0.65 0.70 0.97 0.77
N6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03 0.11 0.09 0.05 0.17 0.44 0.64 0.35
N7 0.01 0.03 0.13 0.34 0.01 0.22 0.01 0.38 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.15 0.35 0.13 0.58 0.83 1.13 0.79
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.16 0.37 0.74 0.35
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.18 0.08 0.07 0.07 0.15 0.21 0.31 0.41 0.11 0.15 0.04 0.00 0.04 0.07 0.14 0.10 0.46 0.07
O3' 0.01 0.32 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.04 0.03 0.39 0.18 0.32 0.09 0.35 0.10 0.04 0.00 0.01 0.35 0.21 0.12 0.17
O4' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.19 0.19 0.27 0.05 0.13 0.01 0.07 0.01 0.00 0.17 0.22 0.56 0.27
O5' 0.05 0.67 0.14 0.27 0.19 0.02 0.16 0.01 0.12 0.66 0.41 0.65 0.17 0.58 0.16 0.14 0.35 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.25 0.77 0.16 0.10 0.30 0.08 0.39 0.06 0.33 0.86 0.52 0.70 0.44 0.83 0.37 0.10 0.21 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.64 1.04 0.51 0.32 0.65 0.35 0.70 0.17 0.60 1.19 0.77 0.97 0.64 1.13 0.74 0.46 0.12 0.56 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.27 0.82 0.15 0.01 0.32 0.08 0.34 0.01 0.28 0.85 0.54 0.77 0.35 0.79 0.35 0.07 0.17 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.33 0.61 0.41 0.09 0.22 0.11 0.57 0.18 0.44 0.40 0.14 0.23 0.37 0.29 0.97 0.60 0.10 0.76 0.87 1.20 0.84
C2 0.28 0.42 0.65 0.31 0.08 0.55 0.11 1.22 0.15 0.36 0.44 0.20 0.13 0.32 0.24 1.38 0.62 0.35 0.50 0.73 0.66 0.78
C2' 0.39 0.56 0.59 0.45 0.34 0.40 0.40 0.73 0.46 0.58 0.63 0.39 0.54 0.58 0.40 0.82 0.60 0.30 0.84 0.90 1.23 0.91
C3' 0.46 0.58 0.70 0.58 0.36 0.55 0.42 0.77 0.53 0.63 0.69 0.40 0.66 0.58 0.45 0.86 0.68 0.44 1.18 1.42 1.65 1.37
C4 0.32 0.40 0.69 0.41 0.07 0.24 0.08 0.68 0.26 0.42 0.49 0.17 0.31 0.35 0.27 1.18 0.65 0.10 0.48 0.43 0.76 0.42
C4' 0.27 0.51 0.59 0.47 0.08 0.33 0.11 0.55 0.41 0.35 0.62 0.26 0.52 0.24 0.20 0.82 0.58 0.20 1.10 1.46 1.67 1.34
C5 0.35 0.40 0.80 0.52 0.02 0.19 0.02 0.54 0.33 0.43 0.50 0.16 0.40 0.31 0.28 1.24 0.72 0.05 0.68 0.71 1.05 0.68
C5' 0.23 0.70 0.62 0.54 0.22 0.41 0.29 0.62 0.63 0.31 0.84 0.41 0.79 0.23 0.15 0.80 0.59 0.23 1.36 1.92 2.06 1.73
C6 0.34 0.40 0.85 0.48 0.02 0.27 0.02 0.75 0.29 0.38 0.47 0.18 0.30 0.26 0.27 1.45 0.75 0.21 0.32 0.18 0.49 0.17
C8 0.36 0.36 0.75 0.60 0.05 0.31 0.04 0.48 0.34 0.43 0.48 0.15 0.47 0.29 0.28 0.97 0.69 0.17 1.19 1.49 1.85 1.43
N1 0.29 0.42 0.74 0.34 0.05 0.52 0.07 1.18 0.19 0.34 0.44 0.20 0.17 0.27 0.23 1.50 0.68 0.39 0.45 0.62 0.55 0.69
N3 0.30 0.41 0.64 0.32 0.10 0.41 0.13 0.99 0.18 0.40 0.46 0.20 0.18 0.36 0.26 1.25 0.61 0.23 0.30 0.32 0.42 0.38
N6 0.38 0.35 1.03 0.64 0.02 0.20 0.08 0.59 0.30 0.33 0.41 0.16 0.32 0.14 0.26 1.59 0.87 0.21 0.47 0.41 0.68 0.35
N7 0.38 0.37 0.84 0.66 0.06 0.32 0.08 0.47 0.38 0.43 0.49 0.17 0.50 0.25 0.29 1.07 0.75 0.15 1.21 1.47 1.85 1.43
N9 0.33 0.37 0.68 0.46 0.05 0.21 0.06 0.53 0.26 0.44 0.46 0.15 0.35 0.35 0.28 1.03 0.64 0.08 0.80 0.93 1.26 0.89
O2' 0.31 0.63 0.46 0.35 0.34 0.36 0.39 0.82 0.47 0.54 0.66 0.45 0.52 0.56 0.35 0.71 0.49 0.21 0.67 0.67 1.07 0.72
O3' 0.54 0.66 0.73 0.64 0.47 0.64 0.52 0.88 0.59 0.73 0.75 0.49 0.69 0.70 0.54 0.84 0.72 0.56 1.24 1.47 1.67 1.43
O4' 0.27 0.50 0.63 0.47 0.15 0.16 0.17 0.39 0.43 0.31 0.61 0.28 0.53 0.20 0.21 0.95 0.61 0.06 0.92 1.21 1.47 1.10
O5' 0.45 0.62 0.90 0.83 0.10 0.67 0.21 0.87 0.51 0.55 0.75 0.28 0.68 0.42 0.33 1.05 0.84 0.43 1.70 2.34 2.51 2.14
OP1 0.68 1.22 0.67 0.53 0.84 0.59 0.99 0.84 1.22 0.91 1.37 0.93 1.41 1.01 0.75 0.87 0.54 0.55 1.51 2.44 2.43 2.13
OP2 0.75 1.45 0.77 0.63 1.02 0.65 1.23 0.87 1.51 1.05 1.64 1.12 1.74 1.22 0.87 0.95 0.64 0.63 1.52 2.44 2.48 2.12
P 0.47 1.16 0.61 0.53 0.68 0.50 0.83 0.77 1.13 0.71 1.32 0.83 1.32 0.81 0.54 0.78 0.51 0.41 1.53 2.40 2.48 2.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.43 0.39 0.26 0.39
C2 0.06 0.00 0.44 0.58 0.02 0.71 0.03 1.43 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.42 0.09 0.34 1.02 1.38 1.70 1.42
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.22 0.02 0.11 0.15 0.20 0.19 0.35 0.44 0.15 0.10 0.01 0.00 0.05 0.02 0.52 0.40 0.43 0.39
C3' 0.01 0.58 0.00 0.00 0.29 0.00 0.18 0.01 0.30 0.21 0.47 0.55 0.25 0.11 0.06 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.33 0.04
C4 0.03 0.02 0.22 0.29 0.00 0.35 0.01 0.73 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.25 0.10 0.17 0.19 0.29 0.36 0.28
C4' 0.02 0.71 0.02 0.00 0.35 0.00 0.19 0.00 0.34 0.27 0.57 0.67 0.25 0.14 0.04 0.15 0.06 0.00 0.01 0.13 0.27 0.01
C5 0.01 0.03 0.11 0.18 0.01 0.19 0.00 0.52 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.12 0.05 0.26 0.24 0.21 0.24
C5' 0.09 1.43 0.15 0.01 0.73 0.00 0.52 0.00 0.80 0.46 1.20 1.31 0.66 0.34 0.22 0.02 0.14 0.01 0.00 0.32 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.20 0.30 0.01 0.34 0.01 0.80 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.24 0.08 0.12 0.13 0.25 0.36 0.24
C8 0.03 0.04 0.19 0.21 0.01 0.27 0.03 0.46 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.21 0.23 1.15 1.26 1.35 1.32
N1 0.05 0.01 0.35 0.47 0.01 0.57 0.01 1.20 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.37 0.06 0.24 0.68 0.98 1.20 0.99
N3 0.07 0.01 0.44 0.55 0.00 0.67 0.01 1.31 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.40 0.10 0.35 0.89 1.13 1.40 1.17
N6 0.03 0.02 0.15 0.25 0.01 0.25 0.03 0.66 0.00 0.09 0.02 0.03 0.00 0.09 0.04 0.16 0.10 0.06 0.11 0.05 0.18 0.05
N7 0.01 0.03 0.10 0.11 0.02 0.14 0.01 0.34 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.18 0.16 0.92 1.06 1.17 1.10
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.17 0.02 0.51 0.50 0.42 0.51
O2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.25 0.15 0.17 0.02 0.24 0.08 0.37 0.40 0.16 0.04 0.09 0.00 0.03 0.07 0.49 0.34 0.47 0.38
O3' 0.22 0.09 0.05 0.01 0.10 0.06 0.12 0.14 0.08 0.21 0.06 0.10 0.10 0.18 0.17 0.03 0.00 0.14 0.13 0.25 0.44 0.22
O4' 0.00 0.34 0.02 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01 0.12 0.23 0.24 0.35 0.06 0.16 0.02 0.07 0.14 0.00 0.31 0.43 0.13 0.37
O5' 0.43 1.02 0.52 0.13 0.19 0.01 0.26 0.00 0.13 1.15 0.68 0.89 0.11 0.92 0.51 0.49 0.13 0.31 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 1.38 0.40 0.08 0.29 0.13 0.24 0.32 0.25 1.26 0.98 1.13 0.05 1.06 0.50 0.34 0.25 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 1.70 0.43 0.33 0.36 0.27 0.21 0.38 0.36 1.35 1.20 1.40 0.18 1.17 0.42 0.47 0.44 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.39 1.42 0.39 0.04 0.28 0.01 0.24 0.01 0.24 1.32 0.99 1.17 0.05 1.10 0.51 0.38 0.22 0.37 0.01 0.00 0.00 0.00