ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N7 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C8 A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
P B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C2' A 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
OP1 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O4' A 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O2' A 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C3' A 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
OP2 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O3' B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C5' B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C4 B 0, 0.000, 0.409, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C3' B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C5 B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
N9 B 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
N1 B 0, 0.000, 0.471, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.471 std_dev=0.471
C6 B 0, 0.000, 0.501, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.501 std_dev=0.501
N7 B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
C8 B 0, 0.000, 0.528, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C5' A 0, 0.000, 0.529, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C1' B 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
N6 B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C2' B 0, 0.000, 0.760, 1.519, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.760 std_dev=0.760
P A 0, 0.000, 0.771, 1.542, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.771 std_dev=0.771
O5' A 0, 0.000, 0.799, 1.597, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.799 std_dev=0.799
OP1 A 0, 0.000, 0.799, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.799 std_dev=0.799
OP2 A 0, 0.000, 1.029, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.029 std_dev=1.029
O2' B 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.29 0.01 0.14
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.28 0.19 0.13 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.25 0.04 0.11
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.10 0.09 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.22 0.26 0.02 0.04
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.10 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.23 0.26 0.02 0.03
C5' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.11 0.16 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.28 0.18 0.04 0.05
C8 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.40 0.19 0.22
N1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.30 0.17 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.24 0.23 0.10 0.01
N6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.29 0.14 0.03 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.16 0.33 0.15 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.14 0.32 0.06 0.13
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.27 0.06 0.11
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.11 0.19 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.25 0.02 0.16
O5' 0.07 0.28 0.10 0.08 0.22 0.00 0.23 0.00 0.28 0.09 0.30 0.24 0.29 0.16 0.14 0.09 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.29 0.19 0.25 0.14 0.26 0.13 0.26 0.01 0.18 0.40 0.17 0.23 0.14 0.33 0.32 0.27 0.11 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.13 0.04 0.14 0.02 0.10 0.02 0.13 0.04 0.19 0.11 0.10 0.03 0.15 0.06 0.06 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.06 0.11 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.05 0.22 0.08 0.01 0.08 0.13 0.13 0.11 0.02 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.04 0.12 0.10 0.01 0.12 0.10 0.11 0.16 0.03 0.14 0.05 0.22 0.10 0.03 0.30 0.10 0.12 0.10 0.04 0.15 0.06
C2 0.08 0.21 0.07 0.14 0.11 0.09 0.02 0.17 0.03 0.03 0.14 0.20 0.05 0.06 0.05 0.05 0.10 0.08 0.12 0.03 0.19 0.07
C2' 0.17 0.05 0.15 0.14 0.03 0.18 0.04 0.17 0.11 0.03 0.13 0.06 0.15 0.03 0.08 0.32 0.15 0.17 0.07 0.04 0.21 0.09
C3' 0.16 0.01 0.15 0.16 0.07 0.20 0.02 0.20 0.03 0.07 0.05 0.08 0.07 0.03 0.10 0.35 0.17 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
C4 0.10 0.06 0.08 0.11 0.02 0.11 0.09 0.15 0.14 0.06 0.07 0.11 0.22 0.12 0.02 0.16 0.09 0.10 0.11 0.00 0.19 0.07
C4' 0.15 0.02 0.15 0.15 0.05 0.18 0.01 0.18 0.06 0.04 0.05 0.09 0.11 0.01 0.08 0.36 0.16 0.16 0.03 0.15 0.10 0.08
C5 0.08 0.06 0.05 0.10 0.00 0.10 0.11 0.16 0.16 0.08 0.07 0.10 0.27 0.14 0.00 0.12 0.08 0.09 0.10 0.00 0.17 0.06
C5' 0.17 0.08 0.15 0.16 0.10 0.21 0.04 0.22 0.00 0.08 0.01 0.13 0.04 0.04 0.12 0.34 0.18 0.18 0.07 0.13 0.19 0.11
C6 0.06 0.14 0.04 0.11 0.03 0.10 0.07 0.18 0.09 0.08 0.03 0.13 0.21 0.14 0.01 0.05 0.09 0.08 0.10 0.00 0.16 0.05
C8 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.10 0.15 0.13 0.23 0.08 0.19 0.03 0.32 0.16 0.01 0.21 0.08 0.09 0.10 0.02 0.16 0.06
N1 0.06 0.20 0.04 0.12 0.08 0.09 0.01 0.18 0.01 0.06 0.13 0.17 0.10 0.10 0.03 0.01 0.09 0.07 0.10 0.02 0.17 0.06
N3 0.11 0.15 0.10 0.13 0.08 0.10 0.03 0.16 0.05 0.03 0.04 0.17 0.12 0.07 0.06 0.14 0.10 0.10 0.12 0.02 0.20 0.08
N6 0.05 0.14 0.02 0.11 0.03 0.10 0.07 0.20 0.08 0.09 0.04 0.13 0.21 0.15 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.02 0.13 0.04
N7 0.07 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.14 0.15 0.22 0.09 0.15 0.05 0.33 0.17 0.01 0.15 0.07 0.09 0.10 0.01 0.16 0.06
N9 0.10 0.02 0.09 0.10 0.01 0.11 0.12 0.13 0.18 0.06 0.15 0.06 0.26 0.12 0.02 0.23 0.09 0.11 0.11 0.02 0.17 0.07
O2' 0.13 0.16 0.13 0.10 0.07 0.12 0.13 0.08 0.19 0.03 0.20 0.06 0.21 0.10 0.01 0.32 0.10 0.13 0.15 0.07 0.33 0.16
O3' 0.13 0.04 0.14 0.11 0.03 0.16 0.01 0.12 0.05 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.37 0.14 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.14 0.01 0.14 0.13 0.01 0.15 0.07 0.14 0.13 0.01 0.11 0.07 0.19 0.07 0.05 0.34 0.13 0.14 0.03 0.14 0.01 0.03
O5' 0.29 0.27 0.27 0.29 0.26 0.31 0.21 0.33 0.17 0.22 0.20 0.30 0.12 0.19 0.26 0.43 0.29 0.29 0.11 0.15 0.24 0.15
OP1 0.09 0.10 0.10 0.01 0.15 0.01 0.23 0.11 0.26 0.22 0.20 0.08 0.33 0.26 0.15 0.02 0.01 0.05 0.11 0.05 0.02 0.03
OP2 0.28 0.19 0.28 0.37 0.19 0.41 0.12 0.50 0.06 0.16 0.09 0.24 0.02 0.11 0.22 0.43 0.41 0.32 0.31 0.36 0.46 0.34
P 0.11 0.08 0.09 0.16 0.06 0.19 0.00 0.26 0.03 0.02 0.00 0.10 0.09 0.02 0.06 0.23 0.18 0.13 0.04 0.10 0.16 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.13 0.30 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.14 0.23 0.36 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.30 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.13 0.09 0.03 0.15 0.15 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.08
C4 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.13 0.20 0.36 0.18
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.04 0.13 0.02 0.00 0.00 0.08 0.11 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.12 0.20 0.34 0.18
C5' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.19 0.12 0.18 0.12 0.21 0.16 0.10 0.12 0.03 0.00 0.00 0.17 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.12 0.22 0.33 0.19
C8 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.01 0.11 0.17 0.33 0.15
N1 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.13 0.23 0.32 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.22 0.39 0.20
N6 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.22 0.31 0.19
N7 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.01 0.11 0.18 0.33 0.16
N9 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.12 0.17 0.34 0.15
O2' 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.13 0.09 0.12 0.07 0.14 0.03 0.02 0.09 0.14 0.06 0.00 0.00 0.13 0.18 0.13 0.11 0.13
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.02 0.12 0.03 0.13 0.11 0.10 0.03 0.16 0.14 0.06 0.00 0.00 0.02 0.06 0.12 0.10 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.02 0.00 0.12 0.11 0.27 0.10
O5' 0.10 0.14 0.03 0.01 0.13 0.00 0.12 0.00 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.18 0.06 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.13 0.23 0.14 0.18 0.20 0.08 0.20 0.17 0.22 0.17 0.23 0.22 0.22 0.18 0.17 0.13 0.12 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.36 0.30 0.20 0.36 0.11 0.34 0.04 0.33 0.33 0.32 0.39 0.31 0.33 0.34 0.11 0.10 0.27 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.09 0.08 0.18 0.02 0.18 0.01 0.19 0.15 0.20 0.20 0.19 0.16 0.15 0.13 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00