ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O2' A 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
N6 B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O5' A 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C4' A 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C6 B 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C3' A 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
N1 B 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
C4' B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C5 B 0, 0.000, 0.527, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C2 B 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N3 B 0, 0.000, 0.573, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.573 std_dev=0.573
C4 B 0, 0.000, 0.583, 1.167, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.583 std_dev=0.583
N7 B 0, 0.000, 0.595, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.595
OP2 B 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.000, 0.608, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.608 std_dev=0.608
P A 0, 0.000, 0.614, 1.229, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.614 std_dev=0.614
P B 0, 0.000, 0.631, 1.263, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.631 std_dev=0.631
O3' B 0, 0.000, 0.637, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.637 std_dev=0.637
C3' B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
OP1 B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
N9 B 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C8 B 0, 0.000, 0.676, 1.353, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.676 std_dev=0.676
O3' A 0, 0.000, 0.683, 1.365, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.683 std_dev=0.683
C5' A 0, 0.000, 0.691, 1.383, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.691 std_dev=0.691
OP2 A 0, 0.000, 0.708, 1.416, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.708 std_dev=0.708
OP1 A 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
C1' B 0, 0.000, 0.732, 1.463, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.732 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.000, 0.816, 1.631, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.816 std_dev=0.816
O2' B 0, 0.000, 0.926, 1.852, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.926 std_dev=0.926
O5' B 0, 0.000, 1.165, 2.330, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.165 std_dev=1.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03
C2 0.04 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.13 0.17 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.06 0.14 0.17 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.06
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.12 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02
C8 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
N1 0.03 0.00 0.13 0.14 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00
N3 0.04 0.00 0.17 0.17 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.21 0.00 0.07 0.06 0.03 0.04
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04 0.07 0.10 0.07
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.11 0.14 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.06 0.20 0.21 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.03 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.10 0.07 0.08
O5' 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.11 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.10 0.07 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.21 0.35 0.09 0.05
C2 0.13 0.18 0.14 0.16 0.18 0.15 0.16 0.19 0.15 0.13 0.16 0.19 0.12 0.13 0.16 0.14 0.16 0.10 0.59 0.21 0.16 0.21
C2' 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.06 0.14 0.06 0.08 0.03 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.07 0.17 0.24 0.01 0.02
C3' 0.11 0.06 0.08 0.09 0.08 0.18 0.08 0.23 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.14 0.16 0.08 0.07
C4 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.36 0.35 0.01 0.04
C4' 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.13 0.03 0.17 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.09 0.08 0.06 0.17 0.20 0.01 0.02
C5 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.10 0.30 0.36 0.01 0.03
C5' 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.15 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.13 0.06 0.16 0.18 0.04 0.04
C6 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.10 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.37 0.31 0.08 0.09
C8 0.15 0.14 0.17 0.15 0.14 0.09 0.10 0.01 0.08 0.10 0.10 0.16 0.03 0.08 0.13 0.14 0.12 0.15 0.14 0.41 0.08 0.07
N1 0.08 0.16 0.11 0.13 0.16 0.10 0.15 0.16 0.15 0.11 0.16 0.17 0.13 0.12 0.12 0.09 0.14 0.04 0.50 0.24 0.15 0.18
N3 0.06 0.12 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09 0.15 0.10 0.07 0.11 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.04 0.54 0.26 0.08 0.14
N6 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.33 0.32 0.10 0.09
N7 0.15 0.15 0.16 0.12 0.14 0.08 0.11 0.02 0.09 0.11 0.11 0.16 0.03 0.09 0.14 0.14 0.09 0.15 0.19 0.40 0.04 0.03
N9 0.08 0.05 0.10 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.07 0.09 0.23 0.39 0.07 0.04
O2' 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.06 0.12 0.20 0.08 0.05
O3' 0.19 0.12 0.17 0.18 0.15 0.27 0.14 0.30 0.13 0.18 0.12 0.13 0.14 0.16 0.18 0.23 0.18 0.21 0.09 0.04 0.15 0.11
O4' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.31 0.08 0.04
O5' 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.12 0.06 0.05 0.08 0.08 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.09 0.26 0.01 0.02
OP1 0.06 0.12 0.07 0.03 0.10 0.06 0.10 0.15 0.11 0.07 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.20 0.02 0.00
OP2 0.09 0.13 0.09 0.02 0.12 0.04 0.13 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.10 0.12 0.11 0.05 0.05 0.07 0.06 0.27 0.04 0.01
P 0.07 0.11 0.08 0.03 0.10 0.05 0.09 0.13 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.08 0.08 0.04 0.02 0.05 0.08 0.26 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.31 0.20
C2 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.12 0.22 0.23 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.30 0.14
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.20 0.17 0.20 0.06
C4 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.18 0.18 0.26 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.23 0.15
C5 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.23 0.19 0.25 0.17
C5' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.16 0.06 0.18 0.15 0.15 0.09 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.26 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.23 0.21 0.25 0.17
C8 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.26 0.13 0.28 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.23 0.23 0.15
N3 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.21 0.24 0.14
N6 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.15 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.03 0.26 0.22 0.23 0.17
N7 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.27 0.16 0.27 0.19
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.13 0.29 0.20
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.02 0.37 0.19
O3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.12 0.04 0.14 0.10 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.43 0.18 0.11 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.08 0.30 0.22
O5' 0.13 0.12 0.08 0.20 0.18 0.00 0.23 0.00 0.23 0.26 0.18 0.10 0.26 0.27 0.21 0.10 0.43 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.22 0.09 0.17 0.18 0.10 0.19 0.26 0.21 0.13 0.23 0.21 0.22 0.16 0.13 0.02 0.18 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.23 0.30 0.20 0.26 0.23 0.25 0.00 0.25 0.28 0.23 0.24 0.23 0.27 0.29 0.37 0.11 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.13 0.14 0.06 0.17 0.15 0.17 0.00 0.17 0.20 0.15 0.14 0.17 0.19 0.20 0.19 0.04 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00