ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2 A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C8 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N7 A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
N9 A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C1' B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
N9 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C5 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C2' B 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O4' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2' B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C3' B 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
N6 B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
P B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O2' A 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C5' A 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
OP1 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
N1 B 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C2 B 0, 0.000, 0.580, 1.161, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.580 std_dev=0.580
O5' A 0, 0.000, 0.887, 1.773, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.887 std_dev=0.887
OP1 A 0, 0.000, 1.024, 2.047, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.024 std_dev=1.024
P A 0, 0.000, 1.172, 2.344, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.172 std_dev=1.172
OP2 A 0, 0.000, 1.479, 2.957, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.479 std_dev=1.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.29 0.30 0.02 0.20
C2 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.11 0.38 0.34 0.19 0.32
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.21 0.25 0.07 0.16
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.22 0.02 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.43 0.39 0.23 0.37
C4' 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.15 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.52 0.47 0.38 0.49
C5' 0.04 0.17 0.02 0.06 0.16 0.00 0.19 0.00 0.20 0.18 0.20 0.15 0.21 0.21 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.31 0.35 0.01
C6 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.08 0.51 0.47 0.40 0.50
C8 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.55 0.49 0.39 0.52
N1 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.11 0.45 0.41 0.30 0.41
N3 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.10 0.35 0.31 0.13 0.27
N6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.06 0.57 0.54 0.52 0.59
N7 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.57 0.53 0.50 0.59
N9 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.44 0.40 0.21 0.37
O2' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.05 0.08 0.02 0.07 0.13 0.05
O3' 0.05 0.06 0.04 0.01 0.07 0.06 0.08 0.13 0.08 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.05 0.00 0.05 0.13 0.03 0.12 0.10
O4' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.11 0.10 0.06 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.26 0.30 0.10 0.16
O5' 0.29 0.38 0.21 0.12 0.43 0.02 0.52 0.01 0.51 0.55 0.45 0.35 0.57 0.57 0.44 0.02 0.13 0.26 0.00 0.02 0.06 0.01
OP1 0.30 0.34 0.25 0.22 0.39 0.15 0.47 0.31 0.47 0.49 0.41 0.31 0.54 0.53 0.40 0.07 0.03 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.19 0.07 0.02 0.23 0.27 0.38 0.35 0.40 0.39 0.30 0.13 0.52 0.50 0.21 0.13 0.12 0.10 0.06 0.01 0.00 0.03
P 0.20 0.32 0.16 0.11 0.37 0.06 0.49 0.01 0.50 0.52 0.41 0.27 0.59 0.59 0.37 0.05 0.10 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.38 0.02 0.06 0.11 0.08 0.05 0.11 0.18 0.19 0.34 0.29 0.14 0.15 0.04 0.02 0.08 0.02 0.14 0.00 0.09 0.02
C2 0.01 0.27 0.03 0.02 0.10 0.10 0.07 0.13 0.18 0.19 0.27 0.20 0.17 0.14 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.04 0.12 0.01
C2' 0.09 0.24 0.02 0.04 0.00 0.07 0.08 0.12 0.02 0.25 0.17 0.18 0.00 0.22 0.13 0.05 0.06 0.02 0.14 0.05 0.07 0.01
C3' 0.11 0.23 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.24 0.16 0.15 0.02 0.22 0.14 0.07 0.01 0.08 0.07 0.03 0.08 0.04
C4 0.05 0.34 0.03 0.00 0.09 0.06 0.04 0.08 0.19 0.23 0.33 0.23 0.16 0.20 0.07 0.05 0.02 0.03 0.09 0.02 0.15 0.05
C4' 0.13 0.32 0.07 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.11 0.23 0.28 0.20 0.10 0.18 0.12 0.11 0.04 0.11 0.01 0.13 0.11 0.10
C5 0.04 0.33 0.02 0.01 0.08 0.04 0.04 0.06 0.21 0.20 0.35 0.21 0.18 0.18 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.18 0.07
C5' 0.11 0.38 0.05 0.07 0.07 0.10 0.06 0.14 0.20 0.15 0.37 0.22 0.20 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08 0.33 0.21 0.23
C6 0.03 0.27 0.03 0.02 0.08 0.05 0.05 0.07 0.20 0.16 0.30 0.17 0.20 0.14 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.19 0.07
C8 0.02 0.44 0.03 0.04 0.11 0.06 0.04 0.06 0.20 0.18 0.41 0.28 0.14 0.16 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.16 0.06
N1 0.00 0.26 0.03 0.00 0.10 0.08 0.08 0.11 0.20 0.15 0.28 0.18 0.19 0.11 0.01 0.03 0.02 0.08 0.09 0.01 0.15 0.03
N3 0.04 0.30 0.04 0.02 0.10 0.09 0.05 0.12 0.18 0.24 0.29 0.22 0.16 0.18 0.05 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.11 0.01
N6 0.02 0.22 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.16 0.12 0.25 0.13 0.17 0.11 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.08 0.22 0.10
N7 0.02 0.39 0.02 0.02 0.10 0.05 0.05 0.05 0.21 0.16 0.41 0.24 0.16 0.15 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.18 0.08
N9 0.02 0.43 0.03 0.06 0.14 0.08 0.07 0.10 0.22 0.19 0.40 0.31 0.17 0.15 0.03 0.01 0.07 0.05 0.12 0.02 0.12 0.03
O2' 0.25 0.11 0.19 0.10 0.11 0.07 0.16 0.03 0.05 0.35 0.07 0.04 0.05 0.29 0.25 0.23 0.04 0.21 0.07 0.08 0.06 0.00
O3' 0.21 0.11 0.13 0.07 0.12 0.11 0.16 0.09 0.07 0.30 0.05 0.04 0.08 0.27 0.22 0.16 0.05 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
O4' 0.05 0.37 0.00 0.03 0.09 0.04 0.04 0.06 0.16 0.18 0.33 0.26 0.14 0.14 0.06 0.03 0.04 0.01 0.08 0.07 0.14 0.07
O5' 0.33 0.14 0.24 0.14 0.38 0.11 0.51 0.02 0.46 0.59 0.27 0.19 0.53 0.64 0.44 0.24 0.10 0.23 0.02 0.07 0.14 0.01
OP1 0.38 0.25 0.30 0.24 0.43 0.21 0.53 0.16 0.50 0.59 0.36 0.28 0.57 0.63 0.47 0.31 0.22 0.30 0.19 0.16 0.30 0.20
OP2 0.34 0.32 0.33 0.27 0.44 0.15 0.56 0.07 0.58 0.57 0.45 0.32 0.67 0.64 0.45 0.33 0.28 0.20 0.15 0.10 0.35 0.15
P 0.33 0.23 0.27 0.19 0.41 0.12 0.54 0.04 0.52 0.58 0.36 0.25 0.61 0.65 0.45 0.27 0.16 0.22 0.09 0.03 0.26 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08
C2 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.25 0.09 0.01 0.03 0.09 0.00
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.11 0.01 0.14 0.13 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.07 0.03 0.06 0.18 0.09
C4' 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.06 0.11 0.24 0.14
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.16 0.07 0.05 0.11 0.24 0.12
C8 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.05 0.11 0.25 0.17
N1 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.22 0.09 0.03 0.07 0.16 0.05
N3 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.10 0.00 0.01 0.09 0.01
N6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.13 0.08 0.05 0.12 0.26 0.13
N7 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.14 0.28 0.19
N9 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.19 0.12
O2' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.08 0.09 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.05 0.25 0.03 0.01 0.10 0.03 0.10 0.02 0.16 0.04 0.22 0.19 0.13 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.10 0.02 0.03
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.09 0.10 0.08 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.01 0.03 0.05 0.09 0.06 0.05 0.11 0.03 0.11 0.11 0.07 0.01 0.12 0.14 0.06 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.02 0.02 0.18 0.02 0.24 0.02 0.24 0.25 0.16 0.09 0.26 0.28 0.19 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.14 0.02 0.12 0.17 0.05 0.01 0.13 0.19 0.12 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00