ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53935

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O3' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
N7 B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
P A 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP2 A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N9 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
OP1 A 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C5' B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
N6 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
P B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
OP2 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.13 0.08 0.09
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.04 0.06
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.06
C5' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.05 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.12 0.07 0.09
N3 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.11 0.06 0.08
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.05 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.05
O5' 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.13 0.00 0.01 0.09 0.04 0.09 0.05 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.08 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.07 0.12 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C2 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.16 0.09 0.15 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02
C2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.07 0.12 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
C3' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.12 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.10 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.12 0.07 0.12 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.08 0.02 0.02
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.07 0.13 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.11 0.01 0.03
C5' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.03 0.10 0.05 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00
C6 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.12 0.02 0.04
C8 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03
N1 0.00 0.12 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.14 0.07 0.11 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.12 0.02 0.03
N3 0.01 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.15 0.09 0.16 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01
N6 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.14 0.01 0.04
N7 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.04
N9 0.00 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.10 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
O2' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.02 0.11 0.07 0.12 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00
O3' 0.03 0.10 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.02 0.11 0.04 0.12 0.08 0.13 0.07 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.02 0.04
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.08 0.14 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
O5' 0.07 0.12 0.05 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.13 0.06 0.13 0.11 0.14 0.08 0.08 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.10 0.07
OP1 0.15 0.20 0.14 0.15 0.17 0.13 0.16 0.11 0.18 0.12 0.20 0.18 0.17 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.11 0.08 0.17 0.13
OP2 0.11 0.13 0.09 0.10 0.11 0.08 0.10 0.06 0.10 0.08 0.12 0.13 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.08 0.15 0.11
P 0.12 0.16 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.07 0.15 0.09 0.16 0.15 0.14 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.07 0.07 0.14 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.00
C2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.03 0.13 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.01 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.01 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.12 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.15 0.08
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.15 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.06
N1 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.15 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.12 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.04 0.16 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.16 0.09
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.11 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.04
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.02 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02
O5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.03 0.15 0.15 0.03 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.04 0.15 0.14 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.01 0.01 0.12 0.02 0.15 0.00 0.15 0.13 0.15 0.12 0.16 0.16 0.11 0.02 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00