ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53936

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O3' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
N6 B 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
P A 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.000, 0.213, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C4 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
N9 B 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C8 B 0, 0.000, 0.422, 0.843, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
P B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
OP2 B 0, 0.000, 0.501, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.501 std_dev=0.501
O4' B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
OP1 A 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C4' B 0, 0.000, 0.512, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.512 std_dev=0.512
C1' B 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
OP1 B 0, 0.000, 0.536, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C3' B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
O3' B 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
C2' B 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
O2' B 0, 0.000, 0.716, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.716 std_dev=0.716

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.15 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.17 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.17 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.16 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.12 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.15 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.02 0.10 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.12 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.14 0.05
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.11 0.17 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.08 0.14 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.16 0.06
N6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.09 0.12 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.16 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.17 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.14 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.04
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.01 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.12 0.08 0.19 0.23 0.09 0.17 0.09 0.13 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.20 0.31 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.15 0.17 0.17 0.16 0.12 0.15 0.12 0.14 0.17 0.14 0.16 0.12 0.16 0.17 0.13 0.14 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.07 0.27 0.19 0.17 0.19 0.14 0.13 0.05 0.25 0.02 0.14 0.02 0.20 0.23 0.34 0.18 0.22 0.08 0.08 0.04 0.03
C2 0.10 0.01 0.09 0.03 0.05 0.08 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.08 0.18 0.05 0.10 0.02 0.00 0.15 0.06
C2' 0.22 0.06 0.24 0.16 0.15 0.16 0.14 0.10 0.06 0.23 0.02 0.12 0.01 0.20 0.21 0.29 0.15 0.19 0.06 0.04 0.06 0.00
C3' 0.28 0.10 0.31 0.23 0.20 0.22 0.17 0.16 0.08 0.29 0.05 0.16 0.01 0.24 0.26 0.35 0.21 0.25 0.13 0.10 0.02 0.07
C4 0.21 0.07 0.21 0.13 0.15 0.15 0.10 0.10 0.02 0.17 0.02 0.13 0.06 0.12 0.19 0.29 0.13 0.19 0.04 0.05 0.09 0.01
C4' 0.34 0.10 0.38 0.30 0.22 0.28 0.18 0.22 0.08 0.33 0.05 0.18 0.00 0.26 0.30 0.43 0.29 0.31 0.18 0.18 0.08 0.14
C5 0.23 0.09 0.22 0.13 0.15 0.17 0.07 0.10 0.00 0.15 0.02 0.15 0.08 0.07 0.19 0.31 0.13 0.20 0.04 0.06 0.08 0.00
C5' 0.43 0.16 0.48 0.40 0.29 0.38 0.23 0.32 0.12 0.39 0.10 0.25 0.02 0.30 0.38 0.53 0.39 0.40 0.27 0.28 0.18 0.24
C6 0.16 0.06 0.13 0.06 0.09 0.12 0.00 0.07 0.04 0.05 0.01 0.11 0.09 0.01 0.11 0.24 0.08 0.15 0.00 0.04 0.11 0.03
C8 0.31 0.11 0.32 0.22 0.20 0.23 0.14 0.16 0.04 0.26 0.05 0.18 0.05 0.17 0.27 0.38 0.20 0.27 0.10 0.11 0.01 0.06
N1 0.09 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02 0.05 0.17 0.04 0.09 0.03 0.01 0.15 0.06
N3 0.16 0.04 0.15 0.08 0.10 0.11 0.07 0.06 0.01 0.13 0.01 0.09 0.06 0.09 0.13 0.24 0.09 0.14 0.01 0.02 0.12 0.04
N6 0.15 0.06 0.10 0.04 0.05 0.12 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.11 0.10 0.07 0.07 0.24 0.06 0.14 0.01 0.04 0.11 0.03
N7 0.30 0.11 0.31 0.20 0.19 0.22 0.10 0.15 0.02 0.22 0.04 0.18 0.07 0.10 0.26 0.38 0.19 0.26 0.08 0.10 0.03 0.05
N9 0.26 0.09 0.27 0.18 0.18 0.19 0.14 0.13 0.04 0.24 0.03 0.15 0.04 0.18 0.24 0.34 0.17 0.23 0.07 0.08 0.05 0.03
O2' 0.18 0.02 0.20 0.13 0.11 0.12 0.11 0.07 0.03 0.20 0.02 0.07 0.02 0.17 0.17 0.26 0.12 0.15 0.04 0.02 0.09 0.03
O3' 0.24 0.06 0.28 0.20 0.16 0.19 0.14 0.13 0.05 0.25 0.02 0.12 0.00 0.21 0.22 0.32 0.19 0.22 0.10 0.07 0.00 0.05
O4' 0.30 0.09 0.34 0.25 0.20 0.25 0.16 0.18 0.06 0.28 0.03 0.16 0.02 0.22 0.27 0.40 0.24 0.27 0.13 0.14 0.02 0.09
O5' 0.43 0.15 0.49 0.42 0.28 0.40 0.22 0.33 0.10 0.39 0.07 0.24 0.01 0.29 0.37 0.55 0.42 0.40 0.27 0.32 0.20 0.26
OP1 0.51 0.26 0.54 0.48 0.38 0.48 0.34 0.45 0.24 0.49 0.21 0.34 0.18 0.42 0.47 0.57 0.45 0.51 0.42 0.46 0.43 0.44
OP2 0.20 0.06 0.27 0.20 0.03 0.17 0.04 0.10 0.13 0.11 0.13 0.02 0.21 0.00 0.12 0.34 0.21 0.17 0.03 0.11 0.01 0.04
P 0.32 0.07 0.37 0.30 0.18 0.29 0.13 0.24 0.03 0.28 0.01 0.15 0.04 0.19 0.27 0.42 0.29 0.30 0.19 0.25 0.17 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.11 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.11 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.17 0.11
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.05 0.10 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.17 0.11
C8 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.11 0.05 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.08 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.10 0.21 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.12 0.10 0.19 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.10 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.01 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.00
O5' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.11 0.01 0.03 0.07 0.12 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.03 0.14 0.13 0.01 0.08 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.10 0.10 0.02 0.12 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.00 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.17 0.15 0.14 0.08 0.21 0.19 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.07 0.01 0.14 0.15 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00