ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O3' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.000, 0.137, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
P A 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O5' B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP2 B 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O4' B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O2' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C5' B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
N6 B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.000, 0.275, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.275 std_dev=0.275
P B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C8 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
OP1 B 0, 0.000, 0.524, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.524 std_dev=0.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.03 0.15 0.14 0.07 0.15 0.07 0.13 0.01 0.20 0.05 0.02 0.02 0.16 0.15 0.16 0.09 0.16 0.13 0.13 0.00 0.06
C2 0.16 0.03 0.13 0.13 0.15 0.15 0.17 0.12 0.10 0.23 0.02 0.09 0.10 0.22 0.19 0.09 0.07 0.15 0.11 0.11 0.04 0.02
C2' 0.12 0.08 0.12 0.12 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.13 0.10 0.03 0.09 0.07 0.08 0.15 0.07 0.12 0.10 0.11 0.00 0.04
C3' 0.12 0.05 0.11 0.10 0.02 0.10 0.02 0.09 0.04 0.13 0.07 0.02 0.05 0.08 0.08 0.14 0.06 0.12 0.09 0.08 0.01 0.03
C4 0.18 0.02 0.15 0.15 0.11 0.16 0.11 0.13 0.02 0.23 0.04 0.04 0.01 0.20 0.18 0.13 0.09 0.16 0.13 0.15 0.02 0.05
C4' 0.14 0.02 0.12 0.11 0.05 0.12 0.06 0.10 0.01 0.16 0.03 0.01 0.00 0.13 0.12 0.14 0.07 0.13 0.09 0.10 0.01 0.04
C5 0.18 0.03 0.15 0.16 0.10 0.17 0.09 0.14 0.01 0.22 0.05 0.03 0.01 0.17 0.18 0.11 0.10 0.17 0.13 0.17 0.01 0.06
C5' 0.12 0.04 0.10 0.10 0.03 0.10 0.04 0.08 0.01 0.14 0.04 0.01 0.01 0.10 0.09 0.13 0.06 0.11 0.07 0.10 0.01 0.03
C6 0.17 0.01 0.13 0.15 0.12 0.16 0.12 0.14 0.04 0.21 0.03 0.06 0.02 0.17 0.19 0.08 0.08 0.16 0.12 0.17 0.03 0.05
C8 0.17 0.06 0.16 0.16 0.05 0.17 0.04 0.15 0.04 0.19 0.08 0.00 0.05 0.12 0.14 0.16 0.11 0.16 0.14 0.19 0.02 0.09
N1 0.16 0.03 0.12 0.13 0.15 0.15 0.15 0.12 0.09 0.22 0.02 0.09 0.07 0.20 0.19 0.07 0.07 0.15 0.11 0.13 0.04 0.03
N3 0.17 0.01 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15 0.12 0.07 0.24 0.00 0.07 0.06 0.22 0.19 0.11 0.07 0.16 0.12 0.11 0.03 0.03
N6 0.16 0.02 0.11 0.14 0.10 0.17 0.09 0.14 0.02 0.17 0.03 0.05 0.01 0.14 0.17 0.04 0.09 0.15 0.12 0.19 0.02 0.06
N7 0.17 0.06 0.15 0.17 0.06 0.17 0.04 0.16 0.03 0.18 0.08 0.00 0.04 0.12 0.15 0.14 0.11 0.17 0.14 0.21 0.01 0.09
N9 0.17 0.04 0.15 0.15 0.07 0.16 0.07 0.14 0.01 0.22 0.06 0.02 0.02 0.17 0.16 0.15 0.09 0.17 0.13 0.16 0.00 0.07
O2' 0.12 0.09 0.13 0.13 0.01 0.12 0.04 0.11 0.11 0.11 0.12 0.04 0.15 0.03 0.07 0.16 0.08 0.13 0.12 0.11 0.01 0.05
O3' 0.13 0.03 0.12 0.11 0.04 0.12 0.04 0.10 0.02 0.14 0.05 0.01 0.04 0.10 0.10 0.15 0.07 0.14 0.10 0.07 0.01 0.04
O4' 0.16 0.01 0.14 0.13 0.08 0.14 0.09 0.12 0.03 0.20 0.02 0.03 0.03 0.17 0.15 0.15 0.08 0.16 0.11 0.13 0.00 0.05
O5' 0.10 0.07 0.09 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.10 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.12 0.05 0.10 0.05 0.11 0.02 0.03
OP1 0.05 0.09 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.01 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.09 0.03 0.00
OP2 0.04 0.12 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.12 0.09 0.09 0.01 0.00 0.07 0.03 0.05 0.02 0.14 0.02 0.03
P 0.07 0.09 0.06 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.03 0.12 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.09 0.06
C2 0.05 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.13 0.03 0.05 0.06 0.20 0.14
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.11 0.04 0.00
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.02 0.02
C4 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.11 0.02 0.06 0.07 0.20 0.15
C4' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01
C5 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.09 0.13 0.25 0.19
C5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.07 0.04 0.11 0.12 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00
C6 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.08 0.13 0.25 0.19
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.12 0.14 0.26 0.21
N1 0.04 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.03 0.06 0.10 0.23 0.17
N3 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.12 0.02 0.04 0.03 0.18 0.12
N6 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.12 0.04 0.10 0.18 0.28 0.23
N7 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.11 0.17 0.28 0.23
N9 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.08 0.07 0.20 0.15
O2' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.03 0.09 0.00 0.12 0.13 0.08 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.03 0.16 0.00 0.04
O3' 0.08 0.13 0.06 0.01 0.11 0.01 0.11 0.03 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.00 0.05 0.00 0.19 0.03 0.03
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
O5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.06 0.04 0.10 0.11 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.04 0.06 0.11 0.14 0.07 0.08 0.13 0.07 0.13 0.14 0.10 0.03 0.18 0.17 0.07 0.16 0.19 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.09 0.20 0.04 0.02 0.20 0.04 0.25 0.02 0.25 0.26 0.23 0.18 0.28 0.28 0.20 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.00 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.21 0.17 0.12 0.23 0.23 0.15 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00