ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53940

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 18, 6, 12, 16, 23, 11, 11, 4, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.036 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.071, 0.255, 0.439, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.255 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.070, 0.263, 0.456, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.263 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.269, 0.515, 0.760, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.515 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.261, 0.520, 0.779, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.520 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.272, 0.533, 0.793, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.533 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.291, 0.562, 0.834, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.562 std_dev=0.272
N4 B 0, 0.260, 0.558, 0.856, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.558 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.268, 0.568, 0.867, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.568 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.339, 0.641, 0.943, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.641 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.283, 0.590, 0.897, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.590 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.336, 0.647, 0.958, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.647 std_dev=0.311
C4' A 0, 0.050, 0.378, 0.706, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.378 std_dev=0.328
P A 0, 0.341, 0.693, 1.044, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.693 std_dev=0.351
P B 0, 0.282, 0.644, 1.006, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.644 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.359, 0.723, 1.088, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.723 std_dev=0.364
O5' A 0, 0.223, 0.603, 0.983, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.603 std_dev=0.380
O5' B 0, 0.375, 0.756, 1.137, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.756 std_dev=0.381
C5' A 0, 0.203, 0.592, 0.982, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.592 std_dev=0.389
O2 B 0, 0.297, 0.689, 1.082, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.689 std_dev=0.392
O2' A 0, 0.098, 0.505, 0.912, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.505 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.384, 0.799, 1.215, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.799 std_dev=0.415
C3' A 0, -0.087, 0.330, 0.748, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.330 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.356, 0.784, 1.212, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.784 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.337, 0.770, 1.203, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.770 std_dev=0.433
C3' B 0, 0.254, 0.714, 1.174, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.714 std_dev=0.460
OP1 A 0, 0.219, 0.873, 1.526, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.873 std_dev=0.653
O3' A 0, -0.316, 0.452, 1.219, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.452 std_dev=0.768
OP2 A 0, 0.196, 1.026, 1.856, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.026 std_dev=0.830
O3' B 0, 0.028, 0.905, 1.783, 4.024 max_d=4.024 avg_d=0.905 std_dev=0.877
OP2 B 0, 1.240, 2.369, 3.498, 3.853 max_d=3.853 avg_d=2.369 std_dev=1.129
OP1 B 0, 0.877, 2.127, 3.376, 3.928 max_d=3.928 avg_d=2.127 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.00 0.10 0.53 0.11 0.18
C2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.08 0.15 0.66 0.37 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.13 0.08 0.07 0.12 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.28 0.50 0.25 0.34
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.20 0.02 0.20 0.24 0.15 0.09 0.23 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.23 0.12
C4 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.15 0.05 0.16 0.66 0.35 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.04 0.09 0.12 0.06 0.18 0.03 0.00 0.02 0.19 0.14 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.04 0.23 0.69 0.50 0.20
C5' 0.05 0.05 0.13 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.13 0.07 0.05 0.13 0.15 0.06 0.07 0.13 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.11 0.05 0.23 0.69 0.55 0.20
C8 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.13 0.06 0.25 0.67 0.43 0.19
N1 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.07 0.19 0.69 0.48 0.18
N3 0.02 0.00 0.14 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.08 0.12 0.64 0.29 0.16
N6 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.11 0.05 0.27 0.69 0.65 0.23
N7 0.01 0.01 0.04 0.26 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.14 0.04 0.28 0.69 0.57 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.01 0.15 0.63 0.27 0.17
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.19 0.18 0.22 0.07 0.24 0.18 0.25 0.22 0.25 0.21 0.13 0.00 0.04 0.13 0.22 0.43 0.29 0.30
O3' 0.21 0.26 0.03 0.01 0.15 0.03 0.09 0.13 0.11 0.13 0.18 0.28 0.11 0.14 0.09 0.04 0.00 0.15 0.15 0.29 0.31 0.20
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.01 0.13 0.15 0.00 0.09 0.45 0.13 0.15
O5' 0.10 0.15 0.28 0.10 0.16 0.02 0.23 0.01 0.23 0.25 0.19 0.12 0.27 0.28 0.15 0.22 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.53 0.66 0.50 0.18 0.66 0.19 0.69 0.12 0.69 0.67 0.69 0.64 0.69 0.69 0.63 0.43 0.29 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.37 0.25 0.23 0.35 0.14 0.50 0.22 0.55 0.43 0.48 0.29 0.65 0.57 0.27 0.29 0.31 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.17 0.34 0.12 0.17 0.05 0.20 0.01 0.20 0.19 0.18 0.16 0.23 0.22 0.17 0.30 0.20 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.26 0.15 0.38 0.26 0.23 0.27 0.17 0.24 0.20 0.30 0.28 0.30 0.31 0.55 0.17 0.13 0.54 0.92 0.23
C2 0.15 0.15 0.16 0.25 0.15 0.15 0.25 0.18 0.23 0.15 0.18 0.17 0.20 0.44 0.25 0.15 0.21 1.06 1.00 0.26
C2' 0.25 0.28 0.24 0.48 0.26 0.33 0.26 0.26 0.26 0.25 0.28 0.26 0.30 0.29 0.64 0.26 0.22 0.50 0.94 0.20
C3' 0.41 0.34 0.47 0.19 0.29 0.24 0.32 0.26 0.37 0.37 0.31 0.28 0.35 0.55 0.33 0.37 0.36 0.36 1.00 0.49
C4 0.11 0.18 0.13 0.28 0.17 0.15 0.23 0.15 0.21 0.11 0.23 0.21 0.25 0.41 0.32 0.10 0.15 0.87 0.88 0.23
C4' 0.20 0.20 0.26 0.17 0.20 0.10 0.23 0.17 0.24 0.18 0.22 0.23 0.24 0.38 0.50 0.18 0.30 0.36 0.95 0.50
C5 0.14 0.16 0.16 0.25 0.15 0.16 0.24 0.17 0.23 0.12 0.21 0.19 0.25 0.45 0.24 0.13 0.19 0.88 0.75 0.26
C5' 0.13 0.19 0.19 0.20 0.18 0.15 0.19 0.20 0.17 0.12 0.21 0.21 0.25 0.29 0.60 0.12 0.28 0.54 0.81 0.48
C6 0.19 0.15 0.20 0.23 0.18 0.18 0.29 0.20 0.27 0.17 0.16 0.22 0.22 0.48 0.21 0.18 0.23 1.00 0.78 0.28
C8 0.14 0.28 0.13 0.30 0.23 0.19 0.23 0.15 0.23 0.17 0.30 0.23 0.35 0.37 0.38 0.14 0.15 0.62 0.62 0.26
N1 0.19 0.16 0.19 0.23 0.18 0.17 0.29 0.20 0.26 0.18 0.16 0.20 0.21 0.47 0.20 0.18 0.23 1.07 0.90 0.28
N3 0.12 0.17 0.13 0.28 0.16 0.14 0.22 0.16 0.21 0.12 0.21 0.21 0.22 0.40 0.32 0.12 0.17 0.96 1.02 0.23
N6 0.23 0.18 0.24 0.23 0.25 0.21 0.31 0.24 0.29 0.22 0.20 0.30 0.24 0.50 0.24 0.23 0.26 0.99 0.69 0.30
N7 0.13 0.23 0.15 0.25 0.19 0.17 0.22 0.17 0.22 0.13 0.26 0.21 0.32 0.44 0.26 0.13 0.19 0.74 0.59 0.26
N9 0.13 0.24 0.12 0.32 0.23 0.18 0.24 0.14 0.22 0.16 0.28 0.25 0.30 0.36 0.42 0.12 0.12 0.69 0.82 0.23
O2' 0.47 0.54 0.37 0.61 0.56 0.52 0.55 0.44 0.53 0.51 0.56 0.56 0.53 0.33 0.71 0.50 0.45 0.86 1.06 0.28
O3' 0.61 0.41 0.65 0.37 0.31 0.57 0.36 0.66 0.47 0.48 0.34 0.30 0.43 0.69 0.20 0.65 0.73 0.68 1.26 0.91
O4' 0.11 0.22 0.13 0.32 0.22 0.18 0.22 0.16 0.21 0.13 0.25 0.25 0.28 0.31 0.59 0.11 0.17 0.33 0.90 0.36
O5' 0.09 0.20 0.15 0.29 0.18 0.26 0.19 0.26 0.17 0.13 0.21 0.20 0.25 0.29 0.64 0.15 0.15 0.48 0.56 0.30
OP1 0.41 0.64 0.41 0.31 0.66 0.21 0.59 0.09 0.52 0.53 0.69 0.69 0.67 0.35 0.60 0.29 0.22 0.30 0.47 0.32
OP2 0.27 0.34 0.30 0.11 0.30 0.26 0.27 0.40 0.26 0.28 0.34 0.31 0.39 0.50 0.41 0.21 0.35 0.86 0.49 0.48
P 0.22 0.27 0.18 0.40 0.26 0.41 0.27 0.34 0.27 0.24 0.27 0.26 0.30 0.12 0.81 0.31 0.14 0.53 0.35 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.09 0.56 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.17 0.05 0.14 0.90 0.33 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.08 0.02 0.08 0.04 0.17 0.00 0.03 0.01 0.25 0.43 0.17 0.29
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.21 0.00 0.25 0.02 0.23 0.13 0.16 0.23 0.11 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.07 0.02 0.25 1.14 0.64 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.05 0.10 0.06 0.17 0.02 0.00 0.02 0.13 0.39 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.05 0.27 1.13 0.68 0.20
C5' 0.04 0.07 0.11 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.07 0.10 0.16 0.07 0.06 0.13 0.02 0.01 0.35 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.06 0.22 0.95 0.43 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.01 0.13 0.82 0.28 0.16
N3 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.04 0.19 1.05 0.48 0.18
N4 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.09 0.02 0.27 1.21 0.77 0.22
O2 0.03 0.00 0.17 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.32 0.09 0.11 0.81 0.28 0.18
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.22 0.17 0.22 0.06 0.18 0.12 0.18 0.24 0.13 0.00 0.05 0.12 0.18 0.32 0.27 0.23
O3' 0.19 0.17 0.03 0.01 0.07 0.02 0.15 0.13 0.13 0.08 0.12 0.09 0.32 0.05 0.00 0.12 0.14 0.45 0.18 0.21
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.12 0.12 0.00 0.07 0.44 0.51 0.19
O5' 0.09 0.14 0.25 0.06 0.25 0.02 0.27 0.01 0.22 0.13 0.19 0.27 0.11 0.18 0.14 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.56 0.90 0.43 0.13 1.14 0.13 1.13 0.35 0.95 0.82 1.05 1.21 0.81 0.32 0.45 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.33 0.17 0.08 0.64 0.39 0.68 0.44 0.43 0.28 0.48 0.77 0.28 0.27 0.18 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.17 0.29 0.07 0.20 0.06 0.20 0.02 0.17 0.16 0.18 0.22 0.18 0.23 0.21 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00