ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53941

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 6, 26, 38, 14, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.045 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.026, 0.057, 0.087, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.057 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.025, 0.056, 0.087, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.056 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.027, 0.068, 0.109, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.068 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.025, 0.070, 0.115, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.070 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.034, 0.090, 0.145, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.090 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.104, 0.204, 0.304, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.204 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.072, 0.185, 0.298, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.185 std_dev=0.113
C5 B 0, 0.256, 0.396, 0.535, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.396 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.262, 0.409, 0.555, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.409 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.286, 0.433, 0.580, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.433 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.255, 0.405, 0.554, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.405 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.237, 0.396, 0.556, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.396 std_dev=0.159
O2' A 0, 0.173, 0.333, 0.492, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.333 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.199, 0.359, 0.520, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.359 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.112, 0.278, 0.443, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.278 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.128, 0.297, 0.467, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.297 std_dev=0.170
O2 B 0, 0.347, 0.529, 0.710, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.529 std_dev=0.182
N4 B 0, 0.195, 0.380, 0.565, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.380 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.268, 0.465, 0.662, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.465 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.211, 0.409, 0.608, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.409 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.250, 0.481, 0.712, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.481 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.257, 0.495, 0.733, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.495 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.194, 0.454, 0.715, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.454 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.217, 0.480, 0.742, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.480 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.224, 0.505, 0.785, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.505 std_dev=0.280
C5' A 0, 0.173, 0.457, 0.742, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.457 std_dev=0.284
OP1 A 0, 0.252, 0.537, 0.822, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.537 std_dev=0.285
P A 0, 0.236, 0.529, 0.822, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.529 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.216, 0.528, 0.840, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.528 std_dev=0.312
O5' A 0, 0.177, 0.492, 0.806, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.492 std_dev=0.315
P B 0, 0.153, 0.470, 0.788, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.470 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.249, 0.583, 0.917, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.583 std_dev=0.334
OP2 A 0, 0.316, 0.651, 0.986, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.651 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.143, 0.495, 0.847, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.495 std_dev=0.352
O3' B 0, 0.193, 0.555, 0.916, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.555 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.104, 0.536, 0.968, 2.762 max_d=2.762 avg_d=0.536 std_dev=0.432

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.11 0.22 0.07 0.09
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.07 0.15 0.19 0.08 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.21 0.22 0.12 0.12
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.09 0.10 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.17 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.15 0.04 0.17 0.19 0.09 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.08 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.04 0.21 0.19 0.13 0.12
C5' 0.03 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.05 0.14 0.15 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.05 0.20 0.20 0.14 0.13
C8 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.24 0.18 0.12 0.12
N1 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.06 0.18 0.19 0.12 0.10
N3 0.03 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.06 0.14 0.19 0.07 0.07
N6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.15 0.05 0.22 0.22 0.18 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.25 0.19 0.16 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.17 0.20 0.07 0.07
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.12 0.01 0.11 0.05 0.15 0.06 0.20 0.20 0.15 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.23 0.24 0.13 0.14
O3' 0.08 0.23 0.03 0.01 0.15 0.02 0.13 0.02 0.16 0.05 0.21 0.22 0.15 0.07 0.09 0.05 0.00 0.05 0.11 0.18 0.12 0.07
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.25 0.10 0.16
O5' 0.11 0.15 0.21 0.15 0.17 0.02 0.21 0.01 0.20 0.24 0.18 0.14 0.22 0.25 0.17 0.23 0.11 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.19 0.22 0.17 0.19 0.15 0.19 0.08 0.20 0.18 0.19 0.19 0.22 0.19 0.20 0.24 0.18 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.12 0.13 0.09 0.08 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.07 0.18 0.16 0.07 0.13 0.12 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.12 0.01 0.13 0.12 0.10 0.07 0.16 0.15 0.07 0.14 0.07 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.17 0.13 0.13 0.17 0.10 0.16 0.09 0.16 0.12 0.20 0.19 0.20 0.14 0.21 0.08 0.10 0.19 0.26 0.12
C2 0.12 0.17 0.11 0.12 0.14 0.13 0.20 0.15 0.18 0.12 0.20 0.16 0.23 0.12 0.16 0.12 0.17 0.27 0.31 0.19
C2' 0.13 0.17 0.14 0.14 0.16 0.12 0.16 0.11 0.15 0.14 0.18 0.17 0.19 0.15 0.21 0.13 0.12 0.18 0.28 0.13
C3' 0.12 0.17 0.13 0.12 0.16 0.11 0.15 0.11 0.14 0.13 0.18 0.17 0.19 0.15 0.21 0.12 0.13 0.18 0.33 0.17
C4 0.11 0.18 0.11 0.11 0.14 0.10 0.16 0.10 0.16 0.11 0.21 0.16 0.24 0.12 0.15 0.08 0.12 0.23 0.26 0.13
C4' 0.11 0.16 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.12 0.16 0.12 0.18 0.17 0.20 0.17 0.23 0.10 0.13 0.22 0.32 0.19
C5 0.15 0.20 0.15 0.14 0.12 0.13 0.18 0.14 0.18 0.14 0.21 0.12 0.27 0.16 0.15 0.13 0.15 0.24 0.24 0.14
C5' 0.13 0.17 0.13 0.13 0.15 0.16 0.16 0.18 0.17 0.13 0.19 0.16 0.22 0.17 0.20 0.14 0.18 0.31 0.33 0.25
C6 0.17 0.20 0.16 0.15 0.14 0.15 0.22 0.15 0.20 0.16 0.19 0.14 0.27 0.18 0.15 0.15 0.16 0.26 0.26 0.16
C8 0.16 0.22 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.22 0.16 0.27 0.14 0.15 0.15 0.17 0.24 0.23 0.17
N1 0.15 0.19 0.14 0.13 0.15 0.14 0.23 0.16 0.20 0.15 0.19 0.16 0.25 0.16 0.15 0.14 0.17 0.27 0.29 0.18
N3 0.09 0.17 0.10 0.12 0.14 0.11 0.17 0.12 0.16 0.10 0.20 0.18 0.22 0.11 0.17 0.09 0.14 0.25 0.30 0.16
N6 0.20 0.22 0.20 0.18 0.18 0.18 0.24 0.18 0.22 0.19 0.19 0.20 0.30 0.23 0.17 0.19 0.19 0.26 0.25 0.17
N7 0.19 0.23 0.18 0.17 0.13 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.22 0.13 0.30 0.19 0.17 0.17 0.18 0.25 0.23 0.17
N9 0.11 0.19 0.11 0.11 0.16 0.09 0.16 0.09 0.16 0.12 0.21 0.17 0.23 0.11 0.16 0.08 0.11 0.21 0.24 0.12
O2' 0.19 0.19 0.18 0.18 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.19 0.22 0.21 0.20 0.28 0.29 0.18
O3' 0.13 0.17 0.14 0.13 0.18 0.13 0.19 0.14 0.17 0.15 0.19 0.20 0.19 0.15 0.21 0.15 0.16 0.23 0.36 0.20
O4' 0.16 0.16 0.20 0.20 0.15 0.18 0.17 0.15 0.20 0.14 0.18 0.17 0.20 0.22 0.29 0.14 0.14 0.20 0.28 0.17
O5' 0.13 0.22 0.10 0.13 0.21 0.14 0.17 0.22 0.16 0.16 0.24 0.22 0.26 0.08 0.02 0.16 0.24 0.30 0.31 0.26
OP1 0.15 0.23 0.14 0.08 0.23 0.07 0.24 0.07 0.23 0.18 0.25 0.24 0.29 0.15 0.02 0.11 0.14 0.20 0.20 0.15
OP2 0.16 0.16 0.18 0.06 0.12 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.12 0.21 0.28 0.02 0.15 0.11 0.35 0.22 0.21
P 0.06 0.13 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.07 0.12 0.07 0.14 0.12 0.19 0.13 0.01 0.04 0.09 0.24 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.13 0.18 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.05 0.11 0.24 0.24 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.10 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.02 0.13 0.06 0.07 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.15 0.32 0.30 0.20
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03 0.15 0.33 0.30 0.20
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.12 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.13 0.27 0.24 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.21 0.21 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.14 0.29 0.27 0.18
N4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.16 0.35 0.32 0.21
O2 0.03 0.00 0.13 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.12 0.08 0.10 0.21 0.22 0.13
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.08 0.05 0.15 0.00 0.05 0.06 0.06 0.16 0.11 0.08
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.15 0.06 0.08 0.12 0.12 0.05 0.00 0.02 0.10 0.24 0.17 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.06 0.10 0.21 0.11
O5' 0.05 0.11 0.04 0.06 0.15 0.01 0.15 0.01 0.13 0.10 0.14 0.16 0.10 0.06 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.24 0.13 0.13 0.32 0.10 0.33 0.11 0.27 0.21 0.29 0.35 0.21 0.16 0.24 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.24 0.10 0.08 0.30 0.11 0.30 0.10 0.24 0.21 0.27 0.32 0.22 0.11 0.17 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.06 0.07 0.20 0.03 0.20 0.02 0.17 0.14 0.18 0.21 0.13 0.08 0.15 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00