ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 20, 11, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.016, 0.032, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C3' A 0, 0.082, 0.144, 0.206, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.144 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.059, 0.123, 0.187, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.123 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.065, 0.129, 0.193, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.129 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.078, 0.149, 0.220, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.149 std_dev=0.071
N3 B 0, 0.101, 0.183, 0.264, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.081
C2 B 0, 0.109, 0.193, 0.278, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.193 std_dev=0.085
N1 B 0, 0.108, 0.196, 0.285, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.196 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.041, 0.139, 0.238, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.139 std_dev=0.099
C4 B 0, 0.091, 0.194, 0.296, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.194 std_dev=0.103
C1' B 0, 0.117, 0.222, 0.327, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.222 std_dev=0.105
O2 B 0, 0.154, 0.259, 0.365, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.259 std_dev=0.105
O2' B 0, 0.159, 0.266, 0.373, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.266 std_dev=0.107
C6 B 0, 0.117, 0.227, 0.337, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.227 std_dev=0.110
C2' B 0, 0.124, 0.236, 0.348, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.236 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.100, 0.213, 0.326, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.213 std_dev=0.113
N4 B 0, 0.103, 0.227, 0.352, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.227 std_dev=0.124
C5 B 0, 0.106, 0.233, 0.359, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.233 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.149, 0.277, 0.404, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.277 std_dev=0.127
O5' A 0, 0.132, 0.273, 0.414, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.273 std_dev=0.141
O4' B 0, 0.118, 0.265, 0.411, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.265 std_dev=0.147
OP2 B 0, 0.262, 0.416, 0.569, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.416 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.124, 0.278, 0.432, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.278 std_dev=0.154
P B 0, 0.202, 0.365, 0.527, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.365 std_dev=0.162
C4' B 0, 0.128, 0.297, 0.466, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.297 std_dev=0.169
O3' B 0, 0.124, 0.297, 0.470, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.297 std_dev=0.173
P A 0, 0.184, 0.365, 0.545, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.365 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.104, 0.286, 0.468, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.286 std_dev=0.182
OP1 B 0, 0.210, 0.396, 0.582, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.396 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.123, 0.314, 0.505, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.314 std_dev=0.191
OP1 A 0, 0.233, 0.425, 0.617, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.184, 0.388, 0.593, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.388 std_dev=0.205

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.10 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.07 0.10 0.12 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.14 0.10
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.07 0.11 0.13 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.13 0.16 0.11
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.09 0.12 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.11 0.15 0.18 0.14
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.08 0.11 0.14 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05 0.07 0.10 0.11 0.07
N6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.10 0.14 0.18 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.11 0.15 0.19 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.12 0.13 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.16 0.18 0.13
O3' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.04 0.00 0.03 0.03 0.12 0.10 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03
O5' 0.04 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.07 0.13 0.03 0.12 0.15 0.11 0.10 0.14 0.15 0.12 0.16 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.14 0.09 0.13 0.04 0.16 0.01 0.16 0.18 0.14 0.11 0.18 0.19 0.13 0.18 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.14 0.09 0.07 0.13 0.14 0.09 0.13 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.11 0.06 0.08 0.12 0.07 0.12 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
C2 0.09 0.09 0.06 0.06 0.12 0.08 0.18 0.08 0.16 0.11 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09
C2' 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.08 0.13 0.08 0.13 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08
C3' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.08 0.12 0.07 0.12 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.14 0.06 0.14 0.08 0.08 0.11 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08
C4' 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.12 0.07 0.08 0.12 0.07 0.11 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
C5 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.13 0.07 0.14 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.10 0.09
C5' 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.14 0.08 0.14 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09
C6 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.13 0.09 0.15 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10
C8 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.11 0.06 0.10 0.06 0.10 0.13 0.09 0.12 0.11 0.06 0.08 0.09 0.11 0.09
N1 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.16 0.09 0.16 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10
N3 0.08 0.07 0.06 0.06 0.11 0.06 0.17 0.07 0.16 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
N6 0.10 0.07 0.10 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11
N7 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.05 0.11 0.06 0.12 0.07 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.05 0.09 0.10 0.11 0.10
N9 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.05 0.12 0.05 0.12 0.06 0.08 0.12 0.07 0.11 0.10 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08
O2' 0.12 0.09 0.14 0.15 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.17 0.16 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13
O3' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10
O4' 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.12 0.05 0.12 0.07 0.08 0.13 0.07 0.11 0.10 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07
O5' 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.09 0.16 0.09 0.17 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
OP1 0.16 0.15 0.14 0.13 0.18 0.15 0.21 0.17 0.21 0.17 0.16 0.19 0.15 0.13 0.12 0.17 0.19 0.21 0.19 0.20
OP2 0.20 0.19 0.18 0.16 0.20 0.18 0.24 0.19 0.26 0.22 0.18 0.19 0.18 0.17 0.13 0.20 0.21 0.20 0.20 0.20
P 0.15 0.14 0.13 0.12 0.15 0.13 0.19 0.15 0.20 0.16 0.14 0.16 0.13 0.13 0.11 0.16 0.17 0.18 0.16 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.09 0.10 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.09 0.10 0.11 0.10
C5' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.08 0.08 0.07 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07
N4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.08 0.10 0.12 0.10
O2 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.05 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.10 0.05 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.06 0.04 0.10 0.03 0.11 0.02 0.07 0.06 0.09 0.12 0.07 0.09 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.05 0.03 0.09 0.02 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.10 0.07 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00