ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 7, 15, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.030, 0.130, 0.230, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.130 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.073, 0.179, 0.285, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.179 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.073, 0.190, 0.306, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.190 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.036, 0.161, 0.287, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.161 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.078, 0.214, 0.350, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.214 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.124, 0.288, 0.453, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.288 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.134, 0.308, 0.483, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.308 std_dev=0.175
O2 B 0, 0.135, 0.329, 0.523, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.329 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.107, 0.302, 0.497, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.302 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.067, 0.271, 0.475, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.271 std_dev=0.204
O2' A 0, 0.092, 0.304, 0.517, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.304 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.109, 0.332, 0.554, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.332 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.104, 0.332, 0.561, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.332 std_dev=0.229
C3' B 0, 0.109, 0.350, 0.590, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.350 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.105, 0.354, 0.603, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.354 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.087, 0.337, 0.587, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.337 std_dev=0.250
O3' B 0, 0.159, 0.416, 0.674, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.416 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.105, 0.368, 0.631, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.368 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.311, 0.582, 0.854, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.582 std_dev=0.271
P A 0, 0.273, 0.550, 0.828, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.550 std_dev=0.277
N4 B 0, 0.094, 0.383, 0.672, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.383 std_dev=0.289
OP1 A 0, 0.296, 0.596, 0.897, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.596 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.078, 0.388, 0.699, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.388 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.163, 0.494, 0.824, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.494 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.073, 0.410, 0.748, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.410 std_dev=0.337
O4' B 0, 0.055, 0.398, 0.742, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.398 std_dev=0.344
O5' B 0, 0.108, 0.483, 0.859, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.483 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.096, 0.488, 0.880, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.488 std_dev=0.392
OP2 B 0, 0.030, 0.451, 0.872, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.451 std_dev=0.421
P B 0, 0.095, 0.535, 0.975, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.535 std_dev=0.440
OP1 B 0, 0.153, 0.640, 1.127, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.640 std_dev=0.487

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.11 0.19 0.16 0.13
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.09 0.21 0.23 0.26 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.25 0.22 0.18
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.24 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.05 0.19 0.22 0.24 0.20
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.19 0.23 0.27 0.22
C5' 0.03 0.11 0.06 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.11 0.10 0.10 0.07 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.20 0.23 0.28 0.23
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.06 0.15 0.21 0.24 0.20
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.07 0.22 0.24 0.27 0.22
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.09 0.20 0.23 0.24 0.20
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.20 0.24 0.29 0.23
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.17 0.22 0.27 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.21 0.22 0.18
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.09 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.29 0.27 0.21
O3' 0.06 0.13 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.09 0.05 0.11 0.12 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.07 0.28 0.15 0.15
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.12 0.12 0.08
O5' 0.11 0.21 0.10 0.06 0.19 0.01 0.19 0.01 0.20 0.15 0.22 0.20 0.20 0.17 0.16 0.10 0.07 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.23 0.25 0.24 0.22 0.15 0.23 0.10 0.23 0.21 0.24 0.23 0.24 0.22 0.21 0.29 0.28 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.26 0.22 0.15 0.24 0.04 0.27 0.04 0.28 0.24 0.27 0.24 0.29 0.27 0.22 0.27 0.15 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.21 0.18 0.13 0.20 0.04 0.22 0.01 0.23 0.20 0.22 0.20 0.23 0.21 0.18 0.21 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.17 0.21 0.13 0.28 0.24 0.33 0.26 0.19 0.14 0.12 0.17 0.16 0.19 0.30 0.33 0.37 0.37 0.36
C2 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.14 0.19 0.16 0.16 0.11 0.11 0.16 0.18 0.13 0.13 0.14 0.15 0.18 0.15 0.15
C2' 0.21 0.13 0.18 0.23 0.11 0.31 0.19 0.37 0.24 0.17 0.15 0.19 0.15 0.17 0.22 0.32 0.37 0.43 0.43 0.42
C3' 0.21 0.13 0.17 0.23 0.11 0.31 0.22 0.37 0.25 0.18 0.14 0.13 0.16 0.17 0.21 0.32 0.37 0.44 0.44 0.42
C4 0.16 0.13 0.14 0.18 0.09 0.22 0.19 0.25 0.21 0.14 0.14 0.13 0.17 0.14 0.16 0.23 0.24 0.27 0.24 0.24
C4' 0.20 0.15 0.17 0.21 0.14 0.28 0.24 0.33 0.25 0.19 0.14 0.12 0.17 0.16 0.18 0.30 0.33 0.39 0.39 0.37
C5 0.14 0.13 0.14 0.17 0.14 0.20 0.15 0.23 0.16 0.12 0.16 0.19 0.16 0.14 0.16 0.20 0.20 0.24 0.18 0.20
C5' 0.22 0.16 0.19 0.23 0.14 0.30 0.22 0.35 0.24 0.19 0.16 0.13 0.19 0.18 0.21 0.31 0.33 0.41 0.39 0.38
C6 0.11 0.14 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.16 0.13 0.10 0.16 0.17 0.17 0.13 0.13 0.13 0.12 0.17 0.11 0.12
C8 0.20 0.14 0.18 0.22 0.16 0.28 0.17 0.33 0.21 0.16 0.17 0.24 0.16 0.17 0.20 0.29 0.31 0.35 0.32 0.33
N1 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.14 0.12 0.08 0.12 0.14 0.19 0.13 0.13 0.10 0.11 0.15 0.11 0.11
N3 0.14 0.12 0.13 0.16 0.13 0.19 0.23 0.22 0.21 0.14 0.11 0.14 0.17 0.13 0.15 0.20 0.21 0.24 0.22 0.21
N6 0.12 0.16 0.12 0.11 0.19 0.11 0.20 0.13 0.18 0.14 0.18 0.21 0.17 0.13 0.11 0.10 0.10 0.14 0.12 0.11
N7 0.17 0.14 0.16 0.20 0.19 0.25 0.17 0.29 0.18 0.14 0.18 0.26 0.16 0.16 0.19 0.25 0.25 0.29 0.23 0.26
N9 0.19 0.14 0.16 0.20 0.12 0.26 0.20 0.31 0.23 0.17 0.15 0.16 0.16 0.16 0.18 0.28 0.30 0.33 0.32 0.31
O2' 0.21 0.12 0.18 0.24 0.12 0.33 0.19 0.39 0.24 0.16 0.17 0.24 0.15 0.17 0.23 0.33 0.41 0.47 0.47 0.45
O3' 0.21 0.17 0.17 0.22 0.15 0.30 0.25 0.36 0.26 0.19 0.18 0.15 0.20 0.16 0.19 0.31 0.37 0.44 0.44 0.42
O4' 0.20 0.16 0.17 0.20 0.15 0.26 0.24 0.30 0.25 0.19 0.15 0.13 0.18 0.16 0.16 0.28 0.30 0.34 0.34 0.33
O5' 0.26 0.21 0.24 0.29 0.18 0.34 0.21 0.39 0.25 0.23 0.21 0.19 0.24 0.24 0.28 0.34 0.36 0.43 0.39 0.39
OP1 0.31 0.26 0.28 0.32 0.23 0.39 0.27 0.44 0.30 0.28 0.25 0.22 0.27 0.27 0.30 0.40 0.42 0.48 0.46 0.47
OP2 0.31 0.28 0.28 0.33 0.25 0.39 0.25 0.46 0.28 0.28 0.29 0.27 0.31 0.28 0.32 0.40 0.42 0.53 0.48 0.49
P 0.28 0.24 0.25 0.30 0.21 0.37 0.23 0.43 0.27 0.25 0.24 0.21 0.26 0.25 0.29 0.37 0.40 0.49 0.45 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.16 0.20 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.13 0.17 0.20 0.18
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.11 0.13 0.14 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.11 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.13 0.18 0.15
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.14 0.19 0.23 0.20
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.04 0.07 0.08 0.12 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.07 0.08 0.09 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.09 0.04 0.06 0.13 0.01 0.13 0.01 0.11 0.08 0.11 0.14 0.07 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.05 0.06 0.16 0.04 0.17 0.05 0.13 0.09 0.13 0.19 0.08 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.07 0.06 0.20 0.02 0.20 0.01 0.14 0.11 0.18 0.23 0.12 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.05 0.05 0.17 0.01 0.18 0.01 0.13 0.10 0.15 0.20 0.09 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00