ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53947

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 4, 1, 2, 3, 8, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.017, 0.029, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.018, 0.052, 0.086, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.052 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.015, 0.050, 0.085, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.024, 0.066, 0.108, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.066 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.029, 0.168, 0.308, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.168 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.145, 0.287, 0.429, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.287 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.232, 0.385, 0.539, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.385 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.029, 0.186, 0.343, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.186 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.192, 0.390, 0.587, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.390 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.182, 0.386, 0.591, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.386 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.114, 0.323, 0.531, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.323 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.372, 0.584, 0.795, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.584 std_dev=0.212
O3' B 0, 0.411, 0.632, 0.854, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.632 std_dev=0.222
N4 B 0, 0.218, 0.441, 0.665, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.441 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.003, 0.244, 0.484, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.244 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.174, 0.418, 0.662, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.418 std_dev=0.244
O5' B 0, 0.530, 0.778, 1.026, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.778 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.229, 0.481, 0.734, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.481 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.150, 0.413, 0.676, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.413 std_dev=0.263
C4' B 0, 0.487, 0.760, 1.033, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.760 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.239, 0.512, 0.785, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.512 std_dev=0.273
C5' B 0, 0.633, 0.908, 1.183, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.908 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.248, 0.532, 0.815, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.532 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.263, 0.559, 0.855, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.559 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.436, 0.744, 1.052, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.744 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.282, 0.600, 0.919, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.600 std_dev=0.319
P A 0, 0.550, 0.879, 1.208, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.879 std_dev=0.329
C5' A 0, 0.111, 0.455, 0.799, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.455 std_dev=0.344
P B 0, 0.396, 0.791, 1.187, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.791 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.228, 0.636, 1.044, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.636 std_dev=0.408
O2 B 0, 0.328, 0.744, 1.160, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.744 std_dev=0.416
OP2 A 0, 0.985, 1.499, 2.014, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.499 std_dev=0.514
OP1 A 0, 1.051, 1.646, 2.241, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.646 std_dev=0.595
OP1 B 0, 0.190, 1.212, 2.234, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.212 std_dev=1.022
OP2 B 0, -0.094, 0.933, 1.959, 3.518 max_d=3.518 avg_d=0.933 std_dev=1.027

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.62 0.37 0.11
C2 0.02 0.00 0.12 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.06 0.14 1.02 0.29 0.27
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.33 0.78 0.28
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.28 0.82 0.37
C4 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.03 0.16 1.01 0.23 0.29
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.20 0.28 0.08
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.04 0.21 1.19 0.18 0.41
C5' 0.03 0.07 0.05 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.19 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.05 0.22 1.24 0.19 0.43
C8 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.06 0.05 0.23 1.13 0.20 0.42
N1 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.06 0.18 1.16 0.20 0.36
N3 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.05 0.12 0.92 0.34 0.21
N6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.08 0.05 0.25 1.33 0.26 0.51
N7 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.25 1.28 0.27 0.50
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.15 0.92 0.21 0.26
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.10 0.01 0.09 0.04 0.13 0.09 0.17 0.18 0.13 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.16 0.32 1.01 0.38
O3' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.08 0.03 0.07 0.03 0.09 0.06 0.11 0.12 0.08 0.06 0.06 0.04 0.00 0.06 0.12 0.27 0.85 0.36
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.62 0.16 0.22
O5' 0.07 0.14 0.13 0.15 0.16 0.02 0.21 0.01 0.22 0.23 0.18 0.12 0.25 0.25 0.15 0.16 0.12 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.62 1.02 0.33 0.28 1.01 0.20 1.19 0.19 1.24 1.13 1.16 0.92 1.33 1.28 0.92 0.32 0.27 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.29 0.78 0.82 0.23 0.28 0.18 0.12 0.19 0.20 0.20 0.34 0.26 0.27 0.21 1.01 0.85 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.27 0.28 0.37 0.29 0.08 0.41 0.01 0.43 0.42 0.36 0.21 0.51 0.50 0.26 0.38 0.36 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.13 0.09 0.15 0.10 0.18 0.12 0.18 0.10 0.22 0.18 0.27 0.14 0.07 0.12 0.13 0.45 0.76 0.11
C2 0.20 0.18 0.21 0.15 0.14 0.15 0.23 0.14 0.23 0.19 0.18 0.13 0.22 0.24 0.15 0.17 0.13 0.84 0.66 0.17
C2' 0.16 0.20 0.23 0.23 0.16 0.18 0.19 0.15 0.14 0.12 0.20 0.22 0.27 0.24 0.25 0.16 0.14 0.43 0.76 0.11
C3' 0.12 0.19 0.19 0.18 0.17 0.14 0.21 0.14 0.16 0.10 0.20 0.22 0.26 0.20 0.24 0.13 0.18 0.27 0.81 0.16
C4 0.18 0.16 0.19 0.16 0.11 0.16 0.23 0.16 0.25 0.16 0.19 0.14 0.22 0.22 0.15 0.17 0.15 0.70 0.61 0.17
C4' 0.09 0.18 0.07 0.07 0.18 0.15 0.24 0.25 0.24 0.11 0.21 0.21 0.26 0.08 0.05 0.16 0.30 0.33 0.76 0.28
C5 0.25 0.15 0.27 0.24 0.11 0.24 0.26 0.23 0.30 0.22 0.15 0.13 0.21 0.30 0.23 0.24 0.21 0.71 0.48 0.23
C5' 0.21 0.24 0.13 0.19 0.26 0.30 0.34 0.44 0.35 0.23 0.26 0.27 0.31 0.11 0.11 0.30 0.48 0.50 0.70 0.47
C6 0.29 0.19 0.30 0.26 0.16 0.26 0.28 0.24 0.31 0.26 0.13 0.17 0.23 0.34 0.26 0.27 0.21 0.80 0.47 0.25
C8 0.19 0.19 0.21 0.22 0.11 0.22 0.21 0.24 0.26 0.14 0.22 0.15 0.29 0.22 0.21 0.21 0.24 0.51 0.47 0.23
N1 0.25 0.20 0.26 0.21 0.16 0.21 0.26 0.19 0.27 0.23 0.17 0.14 0.24 0.30 0.21 0.23 0.17 0.85 0.55 0.22
N3 0.16 0.17 0.17 0.12 0.14 0.12 0.21 0.12 0.21 0.15 0.19 0.16 0.21 0.20 0.11 0.14 0.11 0.77 0.71 0.14
N6 0.35 0.24 0.36 0.31 0.22 0.32 0.30 0.29 0.33 0.31 0.16 0.23 0.26 0.42 0.32 0.33 0.26 0.80 0.39 0.30
N7 0.26 0.14 0.29 0.28 0.11 0.28 0.24 0.28 0.30 0.21 0.18 0.15 0.25 0.31 0.28 0.27 0.26 0.60 0.40 0.26
N9 0.14 0.18 0.16 0.14 0.12 0.15 0.20 0.16 0.23 0.12 0.21 0.16 0.26 0.18 0.12 0.15 0.16 0.56 0.62 0.16
O2' 0.32 0.26 0.34 0.36 0.18 0.36 0.17 0.34 0.23 0.27 0.23 0.22 0.30 0.34 0.36 0.34 0.33 0.69 0.90 0.26
O3' 0.16 0.19 0.19 0.20 0.17 0.19 0.17 0.20 0.14 0.13 0.20 0.21 0.26 0.20 0.24 0.18 0.22 0.38 0.92 0.21
O4' 0.12 0.17 0.13 0.13 0.14 0.17 0.22 0.24 0.24 0.10 0.20 0.18 0.26 0.15 0.11 0.17 0.25 0.34 0.73 0.22
O5' 0.10 0.21 0.09 0.09 0.20 0.17 0.25 0.29 0.25 0.14 0.23 0.22 0.29 0.09 0.02 0.16 0.31 0.31 0.52 0.30
OP1 0.57 0.75 0.65 0.30 0.79 0.08 0.73 0.21 0.67 0.68 0.80 0.81 0.74 0.59 0.02 0.29 0.11 0.64 0.38 0.29
OP2 0.38 0.44 0.15 0.36 0.57 0.62 0.63 0.93 0.60 0.48 0.49 0.59 0.36 0.14 0.02 0.60 1.00 1.56 1.18 1.22
P 0.08 0.14 0.17 0.02 0.15 0.15 0.16 0.29 0.15 0.10 0.15 0.16 0.18 0.22 0.00 0.07 0.24 0.68 0.47 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.35 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.04 0.11 0.66 0.15 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.15 0.00 0.02 0.01 0.04 0.20 0.14 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.05 0.10 0.08 0.15 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.15 0.89 0.32 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.31 0.06
C5 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.15 0.89 0.36 0.19
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.28 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.04 0.13 0.72 0.21 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.10 0.59 0.14 0.16
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.13 0.79 0.22 0.19
N4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.15 0.96 0.41 0.21
O2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.19 0.06 0.09 0.58 0.18 0.17
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.04 0.12 0.00 0.05 0.05 0.05 0.12 0.21 0.08
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.09 0.05 0.12 0.10 0.19 0.05 0.00 0.02 0.08 0.32 0.20 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.26 0.39 0.16
O5' 0.05 0.11 0.04 0.05 0.15 0.02 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.15 0.09 0.05 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.66 0.20 0.13 0.89 0.10 0.89 0.28 0.72 0.59 0.79 0.96 0.58 0.12 0.32 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.15 0.14 0.14 0.32 0.31 0.36 0.35 0.21 0.14 0.22 0.41 0.18 0.21 0.20 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.09 0.08 0.20 0.06 0.19 0.02 0.18 0.16 0.19 0.21 0.17 0.08 0.13 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00