ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.040 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.023, 0.047, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.047 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.037, 0.069, 0.102, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.069 std_dev=0.033
N6 A 0, -0.004, 0.059, 0.123, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.059 std_dev=0.063
C4 B 0, 0.133, 0.367, 0.600, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.367 std_dev=0.233
N4 B 0, 0.089, 0.335, 0.581, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.335 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.137, 0.418, 0.699, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.418 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.185, 0.538, 0.891, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.538 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.196, 0.593, 0.990, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.593 std_dev=0.397
O2 B 0, 0.221, 0.681, 1.141, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.681 std_dev=0.460
O4' A 0, 0.055, 0.541, 1.026, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.541 std_dev=0.485
C6 B 0, 0.251, 0.737, 1.222, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.737 std_dev=0.485
N1 B 0, 0.259, 0.771, 1.284, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.771 std_dev=0.512
C2' A 0, 0.123, 0.703, 1.283, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.703 std_dev=0.580
C1' B 0, 0.319, 1.019, 1.720, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.019 std_dev=0.701
O4' B 0, 0.435, 1.149, 1.863, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.149 std_dev=0.714
C2' B 0, 0.324, 1.104, 1.884, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.104 std_dev=0.780
C3' B 0, 0.358, 1.140, 1.922, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.140 std_dev=0.782
C3' A 0, 0.013, 0.799, 1.586, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.799 std_dev=0.787
C4' B 0, 0.456, 1.245, 2.035, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.245 std_dev=0.789
C5' B 0, 0.530, 1.344, 2.158, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.344 std_dev=0.814
C4' A 0, 0.174, 0.988, 1.802, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.988 std_dev=0.814
O3' B 0, 0.382, 1.247, 2.112, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.247 std_dev=0.865
OP2 B 0, 0.109, 0.976, 1.842, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.976 std_dev=0.866
P B 0, 0.452, 1.343, 2.234, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.343 std_dev=0.891
O2' A 0, 0.319, 1.238, 2.158, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.238 std_dev=0.920
O2' B 0, 0.360, 1.287, 2.214, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.287 std_dev=0.927
O5' B 0, 0.557, 1.526, 2.494, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.526 std_dev=0.968
OP1 B 0, 0.500, 1.495, 2.491, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.495 std_dev=0.996
O3' A 0, -0.089, 0.962, 2.012, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.962 std_dev=1.050
C5' A 0, 0.353, 1.652, 2.952, 3.738 max_d=3.738 avg_d=1.652 std_dev=1.299
O5' A 0, -0.044, 1.413, 2.871, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.413 std_dev=1.458
P A 0, 0.562, 2.292, 4.021, 4.879 max_d=4.879 avg_d=2.292 std_dev=1.730
OP2 A 0, 0.741, 2.499, 4.256, 4.911 max_d=4.911 avg_d=2.499 std_dev=1.758
OP1 A 0, 0.871, 2.881, 4.890, 5.372 max_d=5.372 avg_d=2.881 std_dev=2.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.01 0.28 0.26 0.51 0.26
C2 0.04 0.00 0.27 0.16 0.02 0.21 0.03 0.25 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.27 0.40 0.25 0.24 0.43 0.89 0.61
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.03 0.09 0.17 0.15 0.08 0.22 0.26 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.58 0.69 0.66 0.60
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.21 0.01 0.30 0.02 0.28 0.40 0.22 0.14 0.32 0.41 0.23 0.03 0.01 0.03 0.40 0.67 0.35 0.45
C4 0.01 0.02 0.15 0.21 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.14 0.18 0.25 0.72 0.43
C4' 0.02 0.21 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.06 0.28 0.14 0.21 0.07 0.22 0.10 0.30 0.05 0.01 0.03 0.27 0.33 0.09
C5 0.01 0.03 0.09 0.30 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.15 0.08 0.27 0.38 0.77 0.50
C5' 0.06 0.25 0.17 0.02 0.07 0.02 0.13 0.00 0.10 0.39 0.16 0.24 0.15 0.34 0.14 0.15 0.18 0.02 0.01 0.15 0.34 0.02
C6 0.01 0.03 0.15 0.28 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.14 0.19 0.45 0.86 0.57
C8 0.01 0.03 0.08 0.40 0.01 0.28 0.01 0.39 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.44 0.24 0.15 0.62 0.47 0.59 0.54
N1 0.02 0.00 0.22 0.22 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.24 0.30 0.21 0.17 0.46 0.91 0.62
N3 0.04 0.01 0.26 0.14 0.01 0.21 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.25 0.41 0.24 0.23 0.33 0.80 0.52
N6 0.02 0.05 0.10 0.32 0.01 0.07 0.02 0.15 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.06 0.03 0.32 0.17 0.12 0.23 0.55 0.90 0.62
N7 0.01 0.04 0.02 0.41 0.02 0.22 0.00 0.34 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.43 0.25 0.08 0.53 0.51 0.72 0.57
N9 0.00 0.03 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.22 0.11 0.03 0.33 0.22 0.57 0.33
O2' 0.01 0.27 0.01 0.03 0.18 0.30 0.29 0.15 0.26 0.44 0.24 0.25 0.32 0.43 0.22 0.00 0.04 0.19 0.48 0.72 0.72 0.56
O3' 0.28 0.40 0.01 0.01 0.22 0.05 0.15 0.18 0.19 0.24 0.30 0.41 0.17 0.25 0.11 0.04 0.00 0.21 0.43 0.87 0.47 0.57
O4' 0.01 0.25 0.03 0.03 0.14 0.01 0.08 0.02 0.14 0.15 0.21 0.24 0.12 0.08 0.03 0.19 0.21 0.00 0.14 0.12 0.58 0.26
O5' 0.28 0.24 0.58 0.40 0.18 0.03 0.27 0.01 0.19 0.62 0.17 0.23 0.23 0.53 0.33 0.48 0.43 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.26 0.43 0.69 0.67 0.25 0.27 0.38 0.15 0.45 0.47 0.46 0.33 0.55 0.51 0.22 0.72 0.87 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.51 0.89 0.66 0.35 0.72 0.33 0.77 0.34 0.86 0.59 0.91 0.80 0.90 0.72 0.57 0.72 0.47 0.58 0.01 0.04 0.00 0.01
P 0.26 0.61 0.60 0.45 0.43 0.09 0.50 0.02 0.57 0.54 0.62 0.52 0.62 0.57 0.33 0.56 0.57 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.29 0.32 0.22 0.10 0.20 0.07 0.23 0.15 0.24 0.25 0.10 0.35 0.41 0.23 0.20 0.42 0.27 0.32 0.27
C2 0.46 0.28 0.49 0.42 0.11 0.40 0.21 0.37 0.32 0.36 0.11 0.20 0.34 0.60 0.42 0.41 0.65 0.53 0.58 0.51
C2' 0.35 0.44 0.33 0.27 0.36 0.29 0.27 0.28 0.27 0.35 0.46 0.38 0.48 0.37 0.26 0.33 0.26 0.18 0.21 0.19
C3' 0.41 0.44 0.34 0.36 0.50 0.44 0.54 0.54 0.48 0.43 0.47 0.59 0.47 0.36 0.33 0.47 0.39 0.66 0.68 0.63
C4 0.31 0.26 0.35 0.26 0.05 0.23 0.12 0.26 0.20 0.25 0.16 0.15 0.30 0.45 0.26 0.23 0.52 0.39 0.47 0.39
C4' 0.21 0.25 0.27 0.14 0.24 0.12 0.27 0.29 0.19 0.18 0.23 0.37 0.36 0.39 0.17 0.16 0.30 0.45 0.50 0.44
C5 0.26 0.20 0.32 0.22 0.02 0.20 0.12 0.29 0.18 0.21 0.14 0.15 0.25 0.41 0.21 0.18 0.53 0.43 0.52 0.43
C5' 0.18 0.25 0.24 0.10 0.37 0.15 0.41 0.36 0.29 0.20 0.29 0.51 0.33 0.37 0.13 0.20 0.32 0.54 0.56 0.52
C6 0.31 0.20 0.36 0.27 0.07 0.25 0.19 0.32 0.25 0.24 0.12 0.16 0.28 0.46 0.26 0.25 0.63 0.52 0.62 0.52
C8 0.21 0.21 0.29 0.21 0.10 0.18 0.06 0.31 0.12 0.18 0.20 0.14 0.24 0.36 0.21 0.13 0.42 0.32 0.37 0.31
N1 0.43 0.23 0.46 0.40 0.12 0.37 0.23 0.37 0.33 0.33 0.11 0.18 0.29 0.56 0.39 0.37 0.69 0.57 0.64 0.56
N3 0.41 0.31 0.44 0.35 0.09 0.33 0.17 0.30 0.27 0.33 0.15 0.18 0.37 0.54 0.36 0.35 0.58 0.45 0.50 0.44
N6 0.30 0.21 0.35 0.24 0.08 0.25 0.19 0.36 0.24 0.22 0.15 0.13 0.30 0.44 0.21 0.24 0.67 0.58 0.69 0.58
N7 0.23 0.20 0.32 0.23 0.07 0.21 0.06 0.34 0.14 0.19 0.16 0.14 0.24 0.38 0.22 0.16 0.46 0.37 0.45 0.36
N9 0.26 0.26 0.32 0.22 0.08 0.19 0.08 0.25 0.15 0.22 0.22 0.11 0.30 0.40 0.22 0.18 0.45 0.32 0.38 0.31
O2' 0.63 0.67 0.61 0.56 0.58 0.57 0.56 0.51 0.59 0.63 0.66 0.52 0.70 0.65 0.54 0.62 0.80 0.60 0.55 0.61
O3' 0.52 0.58 0.51 0.38 0.43 0.40 0.47 0.40 0.45 0.49 0.53 0.46 0.72 0.62 0.38 0.48 0.49 0.68 0.70 0.66
O4' 0.32 0.31 0.41 0.28 0.06 0.21 0.07 0.25 0.13 0.25 0.22 0.19 0.42 0.53 0.31 0.20 0.42 0.35 0.40 0.33
O5' 0.51 0.56 0.42 0.40 0.79 0.51 0.84 0.60 0.72 0.59 0.65 0.93 0.49 0.45 0.34 0.61 0.80 1.02 1.05 1.02
OP1 0.45 0.47 0.39 0.46 0.75 0.52 0.81 0.66 0.69 0.52 0.58 0.89 0.37 0.41 0.49 0.59 0.74 0.98 0.95 0.98
OP2 0.68 0.65 0.79 0.82 0.73 0.78 0.81 0.85 0.75 0.68 0.66 0.80 0.64 0.83 0.87 0.75 0.77 1.00 0.94 0.97
P 0.49 0.50 0.53 0.55 0.71 0.56 0.78 0.67 0.66 0.53 0.57 0.84 0.45 0.57 0.57 0.59 0.71 0.96 0.95 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.10 0.29 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.09 0.02 0.18 0.14 0.29 0.16
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.06 0.06 0.12 0.01 0.03 0.01 0.23 0.19 0.25 0.15
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.12 0.02 0.01 0.02 0.35 0.26 0.25 0.22
C4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.25 0.20 0.27 0.20
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.06 0.30 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.05 0.26 0.20 0.26 0.20
C5' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.17 0.01 0.18 0.00 0.15 0.11 0.15 0.19 0.08 0.07 0.11 0.03 0.02 0.10 0.33 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.07 0.23 0.17 0.27 0.17
N1 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.17 0.14 0.29 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.03 0.22 0.17 0.28 0.18
N4 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.12 0.03 0.27 0.21 0.26 0.21
O2 0.03 0.01 0.12 0.12 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.13 0.06 0.14 0.11 0.29 0.13
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.05 0.06 0.00 0.05 0.02 0.11 0.14 0.26 0.10
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.09 0.03 0.11 0.11 0.10 0.04 0.09 0.12 0.13 0.05 0.00 0.01 0.35 0.31 0.28 0.25
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.35 0.14
O5' 0.09 0.18 0.23 0.35 0.25 0.03 0.26 0.02 0.23 0.17 0.22 0.27 0.14 0.11 0.35 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.10 0.14 0.19 0.26 0.20 0.06 0.20 0.10 0.17 0.14 0.17 0.21 0.11 0.14 0.31 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.29 0.25 0.25 0.27 0.30 0.26 0.33 0.27 0.29 0.28 0.26 0.29 0.26 0.28 0.35 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.15 0.22 0.20 0.05 0.20 0.03 0.17 0.15 0.18 0.21 0.13 0.10 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00